西伯利亚白刺基因组信息初探

作     者：朱礼明 黎梦娟 张景波 杨秀艳 成铁龙 ZHU Li-ming;LI Meng-juan;ZHANG Jing-bo;YANG Xiu-yan;CHENG Tie-long

作者机构：南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室江苏南京210037 南京林业大学南方现代林业协同创新中心江苏南京210037 中国林业科学研究院沙漠林业实验中心内蒙古磴口015200 中国林业科学研究院国家林业和草原局盐碱地研究中心北京100091 

出 版 物：《林业科学研究》 (Forest Research)

年 卷 期：2020年第33卷第1期

页      面：144-151页

核心收录：

学科分类：0710[理学-生物学] 090701[农学-林木遗传育种] 0907[农学-林学] 07[理学] 09[农学] 071007[理学-遗传学] 

基　　金：唐古特白刺SOS信号通路在耐受高盐胁迫中的作用及其表观遗传分析(31770715) 

主　　题：西伯利亚白刺 流式细胞术 基因组大小 GC含量 SSR标记 

摘      要：[目的]为了解西伯利亚白刺(Nitraria sibirica Pall)基本基因组信息,如基因组大小、复杂程度等特征。[方法](1)以西伯利亚白刺的幼苗嫩叶为材料,以番茄为标定,用解离液mG解离叶片后,经流式细胞仪检测细胞悬液,收集细胞并计算西伯利亚白刺的C值。(2)通过构建小片段文库,进行Illumina HiSeq测序并分析测序结果,预估其基因组大小、GC含量、杂合率、重复序列比例等,使用MISA脚本对过滤后数据进行SSR位点分析。[结果]西伯利亚白刺预估全基因组大小为526.30 Mbp,基因组GC含量为36.78%,基因组杂合率为0.90%,重复序列比例为55.39%.对测序数据进行SSR位点标记,共得到521125个SSR位点,其中,单核昔酸重复为342883个,占总SSR位点的65.80%。[结论]由各项分析指标推测西伯利亚白刺为复杂基因组,可以采用二代Illumina与三代PacBio测序辅以Hi-C技术联合分析,有利于西伯利亚白刺基因组的组装及基因图谱的获取。