牛樟芝菌丝体全长cDNA文库构建及EST序列分析

作     者：李晶 陈莉 刘朋虎 夏舒宁 刘艳玲 林占熺 LI Jing;CHEN Li;LIU Peng-hu;XIA Shu-ning;LIU Yan-ling;LIN Zhan-xi

作者机构：福建农林大学国家菌草工程技术研究中心福建福州350002 福建农林大学生命科学学院福建福州350002 

出 版 物：《中草药》 (Chinese Traditional and Herbal Drugs)

年 卷 期：2020年第51卷第4期

页      面：1052-1059页

核心收录：

学科分类：1008[医学-中药学(可授医学、理学学位)] 1006[医学-中西医结合] 100602[医学-中西医结合临床] 10[医学] 

基　　金：福建省教育厅中青年科技项目“牛樟芝深层发酵及其三萜成分差异研究”(JT180121) 

主　　题：牛樟芝 cDNA文库 表达序列标签 GO功能注释 SSR 

摘      要：目的为了更好地挖掘牛樟芝Antrodiacinnamomea菌丝体三萜合成和代谢相关基因、筛选互作蛋白和牛樟芝指纹图谱分析,构建了牛樟芝菌丝体cDNA文库并分析其表达序列标签(EST)序列。方法以牛樟芝菌丝体为材料,采用Gateway法构建其cDNA文库,对部分EST序列进行生物信息学分析、功能注释和EST-SSR分析。结果成功构建了牛樟芝菌丝体cDNA文库,经鉴定文库重组率高达95%,文库滴度为6.1×106 cfu/mL,总克隆数为1.2×107 cfu,插入片段大小为300~2000 bp,平均长度达1000 bp。随机挑选单克隆进行测序获得65个有效EST序列,其中1个重叠群,64个单一序列,比对结果显示有45条序列有明确功能注释,18条为未知功能基因,GO功能注释结果表明序列涉及细胞组成、转运、催化活性、调控等功能。所有EST序列共含有271个SSR,牛樟芝核苷酸重复类型丰富,其中二核苷酸和三核苷酸重复基元占总重复基元的94.23%。结论初步明确牛樟芝菌丝体cDNA文库及其EST序列相关生物信息,为牛樟芝菌丝体基因组学研究奠定理论基础。