新疆南部地方品种绵羊MSTN基因功能区的克隆及其蛋白二级结构和抗原表位的预测

作     者：牛玉清 任述强 李树伟 金波 尹阔 赵春霞 史惠君 

作者机构：塔里木大学生命科学学院新疆生产建设兵团塔里木盆地生物资源保护利用重点实验室新疆阿拉尔843300 新疆巴楚县畜牧兽医局新疆巴楚843800 

出 版 物：《黑龙江畜牧兽医》 (Heilongjiang Animal Science And veterinary Medicine)

年 卷 期：2011年第1期

页      面：44-47页

学科分类：0905[农学-畜牧学] 09[农学] 090501[农学-动物遗传育种与繁殖] 

基　　金：塔里木大学校长基金重点项目(2004-05) 新疆生产建设兵团科技局博士基金项目(2010JC08) 

主　　题：新疆南部地方品种绵羊 肌生成抑制素 蛋白功能区 蛋白二级结构 B细胞抗原表位 

摘      要：为了确定新疆南部地方品种绵羊肌生成抑制素（MSTN）成熟蛋白的功能区及二级结构和B细胞抗原表位,根据GenBank中绵羊肌生成抑制素基因序列及其所编码蛋白质的序列,应用GenBank的Blast功能检索其蛋白的功能区,并设计引物克隆新疆南部地方品种绵羊MSTN功能区基因,进行序列测定。然后运用DNAStar软件和***在线服务器等生物信息学方法分析其蛋白的二级结构,并通过Jameson-Wolf法、Kyte-Doolittle法、Emini法、Karplus-Schulz法、Hopp＆Woods法、Welling法分别预测其抗原指数、亲水性、表面可及性、柔韧性和抗原性等参数,并综合分析、预测该蛋白的B细胞抗原表位。结果表明：克隆出的MSTN功能区基因经测序和比对后与GenBank上Blast的结果相符。绵羊MSTN蛋白的B细胞抗原表位的优势区域最有可能的是肽链的301~305,321~323,331~333,343~344,346,354~356,358位肽段和氨基酸处。