阳春砂叶绿体全基因组解析及系统发育研究

作     者：马孟莉 孟衡玲 张薇 雷恩 卢丙越 MA Mengli;MENG Hengling;ZHANG Wei;LEI En;LU Bingyue

作者机构：云南省高校滇南特色生物资源研究与利用重点实验室云南蒙自661100 红河学院生命科学与技术学院云南蒙自661100 

出 版 物：《西北植物学报》 (Acta Botanica Boreali-Occidentalia Sinica)

年 卷 期：2020年第40卷第6期

页      面：978-986页

核心收录：

学科分类：0710[理学-生物学] 07[理学] 08[工学] 09[农学] 071007[理学-遗传学] 0901[农学-作物学] 0836[工学-生物工程] 090102[农学-作物遗传育种] 0713[理学-生态学] 

基　　金：国家自然科学基金(31460380) 云南省地方本科高校基础研究联合专项资金(2020-8) 红河学院中青年学术骨干培养项目(2014GG0101) 红河学院重点学科开放基金(2018ZDXK02) 

主　　题：姜科 阳春砂 叶绿体基因组 系统发育 

摘      要：以姜科(Zingiberaceae)豆蔻属(Amomum Roxb.)阳春砂(Amomum villosum)为试材,利用Illumina Hiseq 4000测序平台对阳春砂叶绿体基因组进行测序,通过生物信息学分析方法进行序列组装、注释和特征分析,以揭示阳春砂与其他姜科植物的进化关系及其在系统发育中的地位,为豆蔻属植物的物种鉴定提供理论依据。结果表明:(1)阳春砂叶绿体基因组全长164069 bp,GC含量为36.1%,包括1对29959 bp的反向重复区(IR)、一个大单拷贝区(LSC;88798 bp)和一个小单拷贝区(SSC;15353 bp);共注释得到133个基因,包括8个rRNA基因、38个tRNA基因和87个蛋白编码基因。(2)在阳春砂基因组中共检测到157个SSR位点,大部分SSR均由A和T组成;豆蔻属物种在基因组大小、IR边界区高度保守,核酸变异主要发生在LSC和SSC区。(3)最大似然法(Maximum Likelihood,ML)聚类分析显示,阳春砂与同属的爪哇白豆蔻(Amomum compactum)和白豆蔻(Amomum kravanh)亲缘关系最近,并且与山姜属(Alpinia Roxb.)也有较近的亲缘关系。