一种单细胞转录组数据可用性处理方法、介质及设备

专利申请号：CN202310126779.0

公 开 号：CN116072217B

发 明 人：陈哲名 郎秋蕾 陈志锋 

代 理 人：杭州信与义专利代理有限公司万景旺

代理机构：杭州信与义专利代理有限公司

专利类型：发明专利

申 请 日：20230725

公 开 日：20221102

专利主分类号：G16B25/10

关 键 词：基因表达量 拐点 细胞区 分析 数据可用性 样本数据 转录组 空液 判定 细胞 变化幅度 生物数据 可用性 表达谱 不可用 基因组 比对 遍历 磁珠 可用 排序 统计 预警 参考 分类 

摘      要：本发明公开了一种单细胞转录组数据可用性分析方法，涉及生物数据分析方法。包括以下步骤：根据基因表达量从大到小对barcode进行排序；求得基因表达量变化幅度的拐点；遍历所有拐点，将barcode分类为细胞区、空液滴区和磁珠区并统计相应的barcode数量；提取细胞区所有barcode的表达谱；统计比对上参考基因组的read数，计算细胞的平均read数；当有至少一个拐点对应的基因表达量大于G1，有至少1个拐点对应的基因表达量大于G2小于G1，且细胞区的barcode数量大于K3，空液滴区的barcode数量大于K4，细胞的平均read数大于K6时，判定样本数据可用；否则，判定样本数据不可用。本发明能系统性地分析单细胞转录组数据的可用性，在下游分析前提供数据可用性预警，节省分析人员的分析时间与精力。