多序列比对是生物信息学研究中最常见的数据处理方法之一，通过它不仅可以发现蛋白家族的共有特性，为同源基因片段的PCR引物设计提供帮助，了解分子进化或预测第二和第三代结构。因此，不论一组同源序列是否可比，从基本的前期处理到大量的进一步分析都是必须的。其实，许多实验室开展的耗时耗钱的实验工作，都是依靠多种比对而得出的假说设计的。但很多用户并不是都了解它们在方法使用的可靠性和敏感性方面存在局限性。本研究对互联网上的三种蛋白多序列比对服务器进行了共性与特性分析，以两条不同物种的PICK1(protein that interacts with C kinase 1)序列为例，验证了比对结果存在差异性。
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