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菲律宾蛤仔大水面生态采苗技术研究

菲律宾蛤仔大水面生态采苗技术研究

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中国动物学会·中国海洋湖沼学会贝类学分会第九次会员代表大会暨第十五次学术讨论会

作者：赵力强闫喜武陈国璋林光忠张国范孙焕强刘尧大连海洋大学水产与生命学院福建省平潭县福鑫围垦开发有限公司中国科学院海洋研究所

2008年9月,以连江、平潭、同安、饶平等海区1龄菲律宾蛤仔为亲贝开展了菲律宾蛤仔大水面生态采苗技术研究。结果表明:亲贝经过阴干和流水刺激后,Ⅰ、Ⅱ和Ⅴ批亲贝催产率均为100%,Ⅲ、Ⅳ批亲贝催产率较低,分别为47.5%和52%;五个批次受精... 详细信息

2008年9月,以连江、平潭、同安、饶平等海区1龄菲律宾蛤仔为亲贝开展了菲律宾蛤仔大水面生态采苗技术研究。结果表明:亲贝经过阴干和流水刺激后,Ⅰ、Ⅱ和Ⅴ批亲贝催产率均为100%,Ⅲ、Ⅳ批亲贝催产率较低,分别为47.5%和52%;五个批次受精率、孵化率、卵径和初孵D形幼虫大小差异不显著(P>0.05)。浮游幼虫期,各批次幼虫大小差异不显著(P>0.05),幼虫壳长与日龄呈线性关系,Ⅰ、Ⅱ、Ⅳ和Ⅴ批幼虫日生长速度分别为11.18μm·d、10.59μm·d、10.74μm·d和10.65μm·d;各批次幼虫存活率差异显著(P<0.05),依次为Ⅱ批(34.5±3.74%)>Ⅰ批(26.5±3.26%)>Ⅳ批(19.8±2.80%)>Ⅴ批(17.8±2.53%)>Ⅲ批(9.2±4.21%)。变态期,各批次幼虫附着大小、变态规格差异不显著(P>0.05),各批次幼虫变态率差异显著(P<0.05),依次为Ⅱ批(73.1±3.27%)>Ⅰ批(69.3±4.12%)>Ⅴ批(57.2±4.68%)>Ⅳ批(53.2±5.97%)>Ⅲ批(38.6±2.46%)。各采样点初孵D形幼虫分布极不均匀,Ⅰ、Ⅱ、Ⅳ和Ⅴ批1日龄幼虫最大密度分别为1860个/L、1242个/L、2734个/L和1098个/L,最小密度分别仅为26个/L、30个/L、18个/L和2个/L,随着幼虫生长发育,4-5日龄时幼虫分布最均匀。稚贝期,20日龄时C、C、C、C和C采样点Ⅰ批稚贝壳长差异不显著(P>0.05),C、C、C稚贝存活率显著高于C、C(P<0.05),40日龄时C、C、C稚贝壳长显著大于C、C(P<0.05),但各采样点稚贝存活率差异不显著(P>0.05)。截止至12月初,成功培育出壳长6 mm以上蛤苗441亿粒,3-6mm蛤苗1282亿粒,3 mm以下蛤苗305亿粒,表明开展垦区大水面生态采苗,是解决菲律宾蛤仔养殖生产中苗种不足的重要途径。

关键词：菲律宾蛤仔大水面生态采苗

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栉孔扇贝(Chlamys farreri)乙酰胆碱酯酶免疫调节功能的研究

栉孔扇贝(Chlamys farreri)乙酰胆碱酯酶免疫调节功能的研究

引用

中国动物学会·中国海洋湖沼学会贝类学分会第九次会员代表大会暨第十五次学术讨论会

作者：史晓委中国科学院海洋研究所

乙酰胆碱酯酶(AChE;EC 3.1.1.7)能催化分解乙酰胆碱的反应,是胆碱能神经系统的重要组成部分。在脊椎动物中,乙酰胆碱酯酶可以通过控制血清中乙酰胆碱的浓度,来调节炎症等固有性免疫应答。然而,至今未见乙酰胆碱酯酶调节无脊椎动物免疫... 详细信息

乙酰胆碱酯酶(AChE;EC 3.1.1.7)能催化分解乙酰胆碱的反应,是胆碱能神经系统的重要组成部分。在脊椎动物中,乙酰胆碱酯酶可以通过控制血清中乙酰胆碱的浓度,来调节炎症等固有性免疫应答。然而,至今未见乙酰胆碱酯酶调节无脊椎动物免疫应答的相关报道。本研究克隆获得栉孔扇贝Chlamys farreri乙酰胆碱酯酶基因cDNA全长(CfAChE),其开放阅读框1569 bp,共编码522个氨基酸。推导的CfAChE蛋白含有一个信号肽和一系列催化功能所必需的关键性位点,它们包括胆碱结合位点、活性催化位点和边缘阴离子位点等。在毕赤酵母GS115中表达了重组的扇贝乙酰胆碱酯酶成熟肽,活性实验检测rCfAChE的催化活性为71.3±1.3 U mg,从而表明CfAChE具有相应催化功能。利用Real time RT-PCR和免疫荧光技术,检测发现扇贝血淋巴细胞、肌肉、外套膜、肝胰腺、性腺、肾和鳃组织中均表达CfAChE的mRNA和蛋白。用浓度为0.5 mg mL的LPS刺激栉孔扇贝后,其血淋巴细胞中CfAChE的mRNA表达水平上调,并于刺激后12 h达到峰值(10.4倍,P<0.05)(图1);50ng mL的TNF-α刺激扇贝后,血淋巴细胞中CfAChE的表达水平在刺激后1h达到最高值(3.2倍,P<0.05)(图1),这些表明栉孔扇贝血淋巴细胞乙酰胆碱酯酶基因在免疫应答过程中能被细胞因子等免疫介质激活转录。利用乙酰胆碱酯酶的不可逆抑制剂敌敌畏(DDVP)处理栉孔扇贝,结果显示扇贝血淋巴中的乙酰胆碱酯酶活性显著下降,由0 h的0.16U mg降到3 h的0.03U mg,最后在96h未检测到乙酰胆碱酯酶活性(图2)。同时,扇贝血淋巴细胞中溶菌酶基因的表达水平却显著上调,并在处理后6 h达到最大值,为0 h表达水平的3.0倍(P<0.05)(图2)。所有结果共同表明,在免疫应答过程中能够显著诱导CfAChE的表达,同时高表达的CfAChE能通过本身活性的改变来调节扇贝机体的免疫应答水平,从而在扇贝免疫调节中发挥着重要作用。

关键词：栉孔扇贝乙酰胆碱酯酶脂多糖肿瘤坏死因子抑制剂

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粤东南澳岛潮间带夏、冬两季贝类种类和数量组成及分布特征

粤东南澳岛潮间带夏、冬两季贝类种类和数量组成及分布特征

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中国动物学会·中国海洋湖沼学会贝类学分会第九次会员代表大会暨第十五次学术讨论会

作者：杨彦鸿郑怀平孙泽伟张涛刘合露王迪文张倩张博林清邓华娟汕头大学广东省海洋生物技术重点实验室广东高校亚热带海水贝藻养殖工程技术研究中心

粤东南澳岛是广东唯一的海岛县,它位于北回归线上,东西狭长、呈葫芦状,贝类资源丰富。不久之后,连接南澳岛的跨海大桥即将开通。为了研究跨海大桥的建设是否会对南澳岛的潮间带贝类资源产生影响,我们于2010年夏季开始在南澳岛对不同断... 详细信息

粤东南澳岛是广东唯一的海岛县,它位于北回归线上,东西狭长、呈葫芦状,贝类资源丰富。不久之后,连接南澳岛的跨海大桥即将开通。为了研究跨海大桥的建设是否会对南澳岛的潮间带贝类资源产生影响,我们于2010年夏季开始在南澳岛对不同断面潮间带的贝类进行定期取样。本文是2010年6月(夏季)和12月(冬季)的云澳(岛南东部)、马岭(岛南西部)、竹沙湾(岛东)、白牛(岛北)、西阁(岛北西部)5个取样断面潮间带贝类资源调查的种类和数量分别。在夏、冬两季,5个断面的贝类种类组成共3纲8目17科51种。其中腹足纲种类分布最多、为3目11科37种,双壳纲次之,多板纲分布最少、仅为1目1科2种。夏季,高生物量和栖息密度断面为西阁和云澳,结果依次为1767.97 g/m2和671.06 ind/m2低生物量和低栖息密度断面均为竹沙湾,其值为310.87 g/m2和474.67 ind/m2。冬季,5个断面生物量和栖息密度均明显低于夏季,西阁和云澳依次为高生物量和栖息密度断面,结果分别为752.04g/m2和290.71 ind/m2。综合考虑到各种生物量和栖息密度,5个断面两季优势种为团聚牡蛎(Crassostrea glomerata),条纹隔贻贝(Septifer virgatus)和单齿螺(Monodonta labio)。各断面软体动物数量分布随季节变化显著。夏季水温较高,大量贝类从潮下带来到潮间带;冬季,由于水温下降和被捕食等原因,贝类生物量和栖息密度下降明显。目前结果可为南澳跨海大桥建成后是否会对南澳岛潮间带贝类资源造成影响提供了基础资料。

关键词：粤东南澳岛潮间带软体动物资源种类组成数量分布

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长牡蛎生理防御反应的组学研究

长牡蛎生理防御反应的组学研究

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中国动物学会·中国海洋湖沼学会贝类学分会第九次会员代表大会暨第十五次学术讨论会

作者：张琳琳孟杰朱亚兵杜以帅熊志强竺奇慧方晓东李莉张国范中国科学院海洋研究所深圳华大基因研究院

随着基因组学的发展,用基因组的方法研究海洋生态的生物学问题已经形成一个新兴活跃的领域。生态基因组学研究的一个重要方面是解码生物对环境的响应机制。牡蛎是近海潮间带固着滤食生活的双壳贝类,其生活环境复杂多变,但由于固着生活习... 详细信息

随着基因组学的发展,用基因组的方法研究海洋生态的生物学问题已经形成一个新兴活跃的领域。生态基因组学研究的一个重要方面是解码生物对环境的响应机制。牡蛎是近海潮间带固着滤食生活的双壳贝类,其生活环境复杂多变,但由于固着生活习性,无法趋利避害,所以其更加依赖机体的可塑性进行生理上的调节以适应复杂环境的影响。本研究基于长牡蛎基因组和9种环境因子下的68个RNA-seq表达谱序列信息,研究了长牡蛎防御基因对常见环境因子的响应机制,以期找到牡蛎能在潮间带多变环境成功生存的组学基础。本研究的主要结果包括:1)对在冠轮动物超门的四个物种中牡蛎,小头虫,水蛭和帽贝筛选出得牡蛎特异基因的GO富集结果表明牡蛎中的特异基因倾向于行使免疫防御的作用;2)对典型的抗性相关基因家族在己测序物种中的比较基因组学研究表明,多数基因家族在牡蛎中存在扩张现象,暗示了牡蛎基因组启用了更多的基因来调节不同环境条件下的细胞和机体的稳态平衡;3)描述了牡蛎在9种因子应激下的基因动态表达变化曲线,发现牡蛎在应激状态下的调控主要分为两个方面,代谢速率的调控和胞内应激系统的调节;在此基础上针对影响牡蛎养殖的两个主要因子(高温和低盐)影响下的表达谱数据进行了模块化聚类分析,找到了影响高温调节的三个主要模块;4)筛选了5,844个应激相关基因并分根据应激因子类型分成四类。研究发现不同类型因子下应激调控基因聚类的模块之间是紧密联系在一起的,暗示了抗性基因在不同因子应激下的可塑性;5)对牡蛎基因组的基因复制和功能分化的系统研究表明基因复制后的短时间内就发生了功能的分化。基于长牡蛎基因组和表达谱序列信息的研究是基因组学在海洋生物生理生态学研究的应用的典型范例,本研究提供了长牡蛎防御系统的基因组静态和表达谱动态数据,为解码长牡蛎对潮间带环境的响应机制提供了基础。

关键词：长牡蛎生理反应基因组 RNA-seq

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高温、低盐环境胁迫对不同基因型牡蛎蛋白质、脂肪含量的影响

高温、低盐环境胁迫对不同基因型牡蛎蛋白质、脂肪含量的影响

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中国动物学会·中国海洋湖沼学会贝类学分会第九次会员代表大会暨第十五次学术讨论会

作者：王迪文郑怀平林清刘合露孙泽伟张涛汕头大学广东省海洋生物技术重点实验室广东高校亚热带海水贝藻养殖工程技术研究中心

本文研究了高温、低盐环境胁迫对不同基因型牡蛎蛋白质、脂肪等营养成分的影响。实验材料为太平洋牡蛎(N)和葡萄牙牡蛎(S)的杂交组(NS和SN)和各自的近交组(NN和SS)等四种基因型组合。2010年7月15日通过杂交和自交产生了四种基因型幼虫,... 详细信息

本文研究了高温、低盐环境胁迫对不同基因型牡蛎蛋白质、脂肪等营养成分的影响。实验材料为太平洋牡蛎(N)和葡萄牙牡蛎(S)的杂交组(NS和SN)和各自的近交组(NN和SS)等四种基因型组合。2010年7月15日通过杂交和自交产生了四种基因型幼虫,室内培育15天后幼虫变态为稚贝,稚贝室内培育15天后海上挂养。2011年3月,从四个组合里每组挑选出180个牡蛎来进行胁迫实验。实验共3个组:29℃高温胁迫组、24低盐胁迫组、对照组(水温25℃、盐度31)。每组设置3个重复,每个重复各放入不同基因型牡蛎20个,为避免大小出现显著性差异,牡蛎经过了人工初步挑选。胁迫实验共进行了为40天,前10天缓慢升温至29℃和缓慢降盐至24,然后在高温和低盐环境下再养殖30天。实验过程中,出现的死亡个体及时捡出并记录。共进行了2次的蛋白质、脂肪等营养成分测定取样,首次取样为实验第一天,第二次取样为胁迫实验结束时。然后,对样品进行蛋白质、脂肪测定分析。结果如下,蛋白质方面:首次取样NS、SN、SS三组均显著地高于NN组,杂种优势为5.59%;二次取样,低盐组NS增加6.03%,其余降低,杂种优势为7.15%,高温组均降低,SS组降低最快,杂种优势为6.38%,对照组均增加,NS最快为6.66%,且对SS表现显著性,杂种优势为6.47%。脂肪方面:首次取样四个实验组问无显著性差异,杂种优势为1.1%;二次取样,低盐组均增加,其中SN组最高、为10.47%,杂种优势为1.37%,高温组中NN组降低,增加最快的是SN组为15.02%,且对其余组表现显著性,杂种优势为22.2%,对照组均增加,最快的是NS组为24.46%,对NN组表现显著性,杂种优势为12.9%。

关键词：牡蛎基因型环境胁迫营养成分

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太平洋牡蛎和香港巨牡蛎高温胁迫条件下基因表达谱分析

太平洋牡蛎和香港巨牡蛎高温胁迫条件下基因表达谱分析

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中国动物学会·中国海洋湖沼学会贝类学分会第九次会员代表大会暨第十五次学术讨论会

作者：童英张扬喻子牛中国科学院海洋生物资源可持续利用重点实验室(LMB)中国科学院南海海洋研究所

太平洋牡蛎和香港巨牡蛎是我国东南沿海广泛养殖的经济贝类,然而,牡蛎的大规模流行性死亡却给太平洋牡蛎和香港巨牡蛎牡蛎的养殖带来了巨大的经济损失。高温被认为是造成牡蛎大规模死亡的主要环境因素之一。为了大规模筛选牡蛎高温激胁... 详细信息

太平洋牡蛎和香港巨牡蛎是我国东南沿海广泛养殖的经济贝类,然而,牡蛎的大规模流行性死亡却给太平洋牡蛎和香港巨牡蛎牡蛎的养殖带来了巨大的经济损失。高温被认为是造成牡蛎大规模死亡的主要环境因素之一。为了大规模筛选牡蛎高温激胁迫相关基因,我们使用DGE方法,对高温处理前后牡蛎的腮组织进行了表达谱分析。在太平洋牡蛎高温胁迫前后的腮组织中分别获得了606.3和625.9万个clean reads,将这些clean reads与GenBank中的太平洋牡蛎EST序列(参考基因序列)进行比对,约有33.7%的clean reads被特异性定位到参考基因序列上。差异基因表达分析结果表明,在太平洋牡蛎腮组织中,有666个基因在高温处理前后表达量出现明显差异,其中424个基因表达上调,242个基因表达下调。表达量上调最多的基因主要有Hsp70、DNA topoisomeraseⅠ、核糖体蛋白S30、Actin 1、HistoneH3.3、Cytochrome b和Tyrosine kinase等。在香港巨牡蛎高温处理前后的腮组织中分别获得了624.7和597.0万个clean reads,将这些clean reads与香港巨牡蛎454转录组测序结果(参考基因序列)进行比对,约有65%的clean reads被特异性定位到参考基因序列上。差异基因表达分析结果表明,在香港巨牡蛎腮组织中,有503个基因在高温处理前后表达量出现明显差异,其中332个基因表达上调,171个基因表达下调。表达量上调最多的基因主要有Smallheat shock protein、Hsp70、BCL2-associated athanogene 3-like、Nucleotide exchange factorSIL1、Activator of heat shock 90kDa protein ATPase homolog 1-like、DnaJ homolog subfamily Cmember 3和Hsp70 binding protein等。对上述太平洋牡蛎和香港巨牡蛎中的差异表达基因进行GO注释和pathway富集分析,结果表明高温胁迫下太平洋牡蛎和香港巨牡蛎具有保守的差异表达基因,并且主要集中在内质网蛋白加工、细胞凋亡、MAPK和VEGF及Ubiquitin介导蛋白酶解等的信号通路。我们的结果为进一步研究牡蛎高温胁迫相关基因及信号通路奠定了基础。

关键词：高温胁迫 DGE 太平洋牡蛎香港巨牡蛎基因表达

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马氏珠母贝四种壳色选育系F5的生长及遗传多样性分析

马氏珠母贝四种壳色选育系F5的生长及遗传多样性分析

引用

中国动物学会·中国海洋湖沼学会贝类学分会第九次会员代表大会暨第十五次学术讨论会

作者：朱晓闻刘志刚王辉邬思荣广东海洋大学水产学院

测量马氏珠母贝四种壳色选育系F5和对照组的存活率及生长情况,分析四种壳色选育系与对照组在壳长(SL)、壳高(SH)、壳宽(SW)、绞合线长(HL)体重(BW)、壳重(SWT)和软体重(TW)的差异(表1)。结果显示,四种壳色选育系和对照组的生长性状之间... 详细信息

测量马氏珠母贝四种壳色选育系F5和对照组的存活率及生长情况,分析四种壳色选育系与对照组在壳长(SL)、壳高(SH)、壳宽(SW)、绞合线长(HL)体重(BW)、壳重(SWT)和软体重(TW)的差异(表1)。结果显示,四种壳色选育系和对照组的生长性状之间均存在显著差异(P<0.05)。利用微卫星分子标记(SSR)进行遗传多样性分析。从30对引物中扩增筛选获得8个多态位点,多态位点比例为26.67%,它们在四个壳色选育系共120个个体中产生了42个等位基因,平均每个多态位点产生5.25个。四个选育系的平均期望杂合度分别为0.6850、0.6831、0.6730、0.6622,平均观察杂合度分别为0.3750、0.2708、0.4667、0.3208,平均多态信息含量PIC值分别为0.6190、0.6182、0.6130、0.6025、0.6131,说明四个选育系的遗传多样性处于较高水平,具有育种潜力;平均遗传偏离指数分别为-0.4526、-0.6036、-0.3065、-0.5156,四个选育系均存在不同程度的杂合子缺失。鉴于人工养殖会降低贝类的遗传多样性,在已纯化的各壳色品系中,可以通过以增加亲本数量进行生产性育苗,以便提高养殖群体的遗传多样性,避免近交现象发生。遗传分化和遗传距离分析表明白壳色选育系与红壳色选育系之间的亲缘关系最近,黑壳色与白壳色之间的遗传距离最大(见表2)。UPGMA法进行聚类分析,结果见图1。本研究得出四种壳色选育系的遗传距离较小,出现这种现象的可能原因是由于相邻种群间的遗传差异不明显。不同群体马氏珠贝形态测量结果(见表1)显示,四种壳色选育系生长性能均高于对照组,说明经过连续5代闭锁繁育,控制壳色和生长的优良基因被纯化,杂色和不良生长基因被弃除,这也符合微卫星分析结果显示的杂合度有所下降。结合形态学数据和微卫星分析,表明四种壳色选育系经过5代壳色选育后,在存活率、生长速度和经济性状上均取得了较显著的遗传进展。研究结果可为马氏珠母贝新品种选育提供参考。

关键词：马氏珠母贝壳色选育系生长遗传多样性微卫星

来源：评论

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长牡蛎(Crassostrea gigas)在重金属应激下的组学分析

长牡蛎(Crassostrea gigas)在重金属应激下的组学分析

引用

中国动物学会·中国海洋湖沼学会贝类学分会第九次会员代表大会暨第十五次学术讨论会

作者：孟杰张琳琳李莉张国范中国科学院海洋研究所

牡蛎作为一类分布广泛、主要营固着、附着生活的滤食性生物,对重金属有很强的富集作用。本研究主要从转录水平对牡蛎富集重金属的机制进行了深入的探讨。五种常见的重金属污染元素Zn,Cd,Zn+Cd,Cu,Hg,Pb分别处理牡蛎,在12h(应激条件)和9d... 详细信息

牡蛎作为一类分布广泛、主要营固着、附着生活的滤食性生物,对重金属有很强的富集作用。本研究主要从转录水平对牡蛎富集重金属的机制进行了深入的探讨。五种常见的重金属污染元素Zn,Cd,Zn+Cd,Cu,Hg,Pb分别处理牡蛎,在12h(应激条件)和9d(累积条件)取鳃和内脏团做表达谱分析,结果表明:(1)总体调控模式上:与其它生物因素应激因素(病原菌,帕金虫,温度,盐度,干露)相比,牡蛎在重金属离子应激条件下,2110个基因被显著影响表达,其中1040个基因在此逆境下独特表达。统计每种离子下的显著表达的基因数目,发现在每种重金属离子的应激下,下调的基因数目>上调的基因数目,更倾向于抑制基因表达;(2)主成分分析结果表明,在重金属的应激条件下,鳃和内脏团在12h和9d应激基因分类上存在显著差异:在应激基因数目上12h鳃(1677个基因应激)>9d鳃(1154个基因应激)>9d内脏团(1126个基因应激)>12h内脏团(955个基因应激),说明鳃在12h应激条件下起主要的防御功能,内脏团在9d累积条件下行使主要功能:(3)分析不同金属离子应激基因的GO结果,表明:各种重金属离子均会引起牡蛎免疫抑制和氧化逆境胁迫,但不同离子间也存在差异,Cd,Pb,Zn+Cd对蛋白代谢过程影响更大;(4)分析表达谱的RPKM值,鉴定出一系列的与重金属转运、累积密切相关的基因:包括关键的重金属螯合基因,如金属硫蛋白,谷胱甘肽代谢关键基因,以及植物螯合肽等;关键的转运蛋白,包括ABC转运蛋白家族关键基因,水通道蛋白等,明晰了重金属体内转运关键通路上的关键基因;(5)基因组层面上分析牡蛎金属硫蛋白基因家族成员:牡蛎体内的金属硫蛋白主要包括MTⅡ和MTⅢ两个亚家族,其中MTⅡ包含3个拷贝,在重金属应激条件下显著表达,分析其上游序列表明,3个基因均存在多个MRE位点,推测其受MTF-1的转录调控;而MTⅣ在重金属应激下表达量变化幅度较小;(6)从转运,螯合等方面比较分析牡蛎,海胆,海葵,人的防御基因,结果表明牡蛎存在显著扩张的趋势(牡蛎502,海胆420,海葵296,人237),在一定程度上解释牡蛎防御重金属能力较强。

关键词：牡蛎重金属表达谱基因组

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长牡蛎(Crassostrea gigas)基因组SNP标记的开发及遗传连锁图谱构建

长牡蛎(Crassostrea gigas)基因组SNP标记的开发及遗传连锁图谱构...

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中国动物学会·中国海洋湖沼学会贝类学分会第九次会员代表大会暨第十五次学术讨论会

作者：王家丰亓海刚许飞李莉张国范中国科学院海洋研究所中国科学院研究生院

为开发长牡蛎(Crassostrea gigas)基因组SNP标记,对青岛、秦皇岛、大连3地不同长牡蛎群体分别取多个个体样品混合后进行转录组测序。测序后与全基因组测序结果比对,3个不同地区群体转录组Reads在全基因组上的匹配率均在75%以上,总碱基... 详细信息

为开发长牡蛎(Crassostrea gigas)基因组SNP标记,对青岛、秦皇岛、大连3地不同长牡蛎群体分别取多个个体样品混合后进行转录组测序。测序后与全基因组测序结果比对,3个不同地区群体转录组Reads在全基因组上的匹配率均在75%以上,总碱基匹配率也都在70%以上。同时发现长牡蛎基因组SNP频率极高,在三个转录组中分别为1.8%、1.79%和1.82;总频率达2.13%,即平均每47个碱基就会有一个SNP。如此高密度的SNP为牡蛎基因组SNP标记的应用奠定良好基础也为SNP标记的开发和利用带来极大的困难。我们尝试几种中、高等规模的SNP标记开发方法构建长牡蛎基因组SNP标记开发平台。最终确定基于高分辨率熔解曲线(HRM)的短扩增片段法、非标记探针法和基因组序列标签测序技术是目前适合中高通量开发SNP标记的最经济有效方案。其中基于高分辨率熔解曲线的分型方法获得的标记具有更为广泛的通用性和不同材料之间的可转移性,是目前开发长牡蛎基因组SNP标记最经济、有效且适用范围最为广泛的方法;该方法只需要在SNP位点两侧设计2到3条非标记的引物,既可以通过PCR扩增和HRM技术将不同基因型明显区分开;目前利用该方法设计引物1600余对,引物筛选效率在80%--90%之间,共验证SNP标记近650个,总体效率在40%以上。基因组序列标签测序技术是针对均匀覆盖长牡蛎基因组的一系列DNA片段做深度测序,在一个家系群体中能够稳定遗传且符合分离规律的序列标签作为一个标记。利用该技术在一个长牡蛎F1家系群体中成功构建一张高密度的遗传连锁图谱。图谱包含1488个标记,共有10个连锁群,全长共计1003CM,平均图距为0.67CM,是目前为止关于长牡蛎的标记密度最大的遗传连锁图谱。该图谱全部应用SNP标记构建,均匀覆盖整个牡蛎基因组,对今后重要经济性状的QTL定位、图位克隆等遗传研究有重要意义。

关键词：长牡蛎(Crassostrea gigas) 转录组 HRM 序列标签 SNP 高密度遗传连锁图谱

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笼具形状对合浦珠母贝幼贝的生长影响

笼具形状对合浦珠母贝幼贝的生长影响

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中国动物学会·中国海洋湖沼学会贝类学分会第九次会员代表大会暨第十五次学术讨论会

作者：郝博飞黄桂菊吴开畅李有宁陈明强喻达辉农业部南海渔业资源开发利用重点实验室中国水产科学研究院南海水产研究所上海海洋大学

2011年8月,用海南三亚地区的贝(母本)同广东徐闻地区的贝(父本)构建的第一代合浦珠母贝群体(Pinctada fucata)为材料,研究不同形状的笼具对合浦珠母贝早期生长的影响。所用笼具形状为长方形、圆柱形和半球形,在深度对比实验中3种笼具的... 详细信息

2011年8月,用海南三亚地区的贝(母本)同广东徐闻地区的贝(父本)构建的第一代合浦珠母贝群体(Pinctada fucata)为材料,研究不同形状的笼具对合浦珠母贝早期生长的影响。所用笼具形状为长方形、圆柱形和半球形,在深度对比实验中3种笼具的框架线总长度(190cm)和高度(15cm)相同,笼具自身高度的实验分设5、10、15、20cm等4组。吊养深度为2～7m(间隔1m),每笼吊养贝个体数量分别为长方形笼具74个,圆柱形120个,半球形150个,试验地点为海南陵水新村港。在单位面积密度相同的条件下,吊养在长方形笼具中4米水深的合浦珠母贝体重的日增长速度最大(0.223 mm/d),壳长生长速度与2米、3米、5米、6米和7米深的贝差异极显著(P<0.01)。半球形笼具在3米水深时,生长速率最大(0.204 mm/d),同时与其他深度的生长速率差异极显著(P<0.01)。圆柱形笼具吊养在5米和6米水深时生长最快(0.178 mm/d和0.184 mm/d),但两水层的壳长差异不显著,而和其他深度组差异极显著(P<0.01)。长方形笼具的自身高度对合浦贝的生长也有影响,10cm和20cm的生长速率相似,分别为0.192 mm/d和0.190 mm/d,二者之间差异不显著,20cm(0.178 mm/d)和15cm(0.159 mm/d)差异显著(P<0.05)。用长方形、圆柱形、半球形3种笼具吊养的合浦珠母贝在3米的深度下半球形笼具的壳长生长速度(0.204 mm/d)大于其他两种笼具(长方形笼具0.159 mm/d和圆柱形笼具0.130 mm/d)差异极显著(P<0.01),在4米的水深中长方形笼具的壳长生长速率(0.223 mm/d)高于其他形状的笼具(0.169 mm/d和0.140 mm/d)差异极显著(P<0.01),而在其他深度中3种笼具的合浦珠母贝生长速度差异不显著(P>0.05)。

关键词：笼具形状养殖深度合浦珠母贝密度

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