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文献类型

243 篇 会议

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243 篇 电子文献
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学科分类号

202 篇 农学
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主题

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8 篇 生长
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6 篇 菲律宾蛤仔
6 篇 文蛤
6 篇 杂色鲍
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5 篇 snp
5 篇 华贵栉孔扇贝
5 篇 转录组
5 篇 栉孔扇贝
5 篇 基因表达
5 篇 潮间带

机构

26 篇 上海海洋大学
23 篇 中国科学院海洋研...
22 篇 大连海洋大学
22 篇 广东海洋大学
20 篇 中国海洋大学
14 篇 厦门大学
10 篇 中国科学院海洋生...
9 篇 广东高校亚热带海...
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7 篇 农业部南海渔业资...
6 篇 热带生物资源教育...
6 篇 中国水产科学研究...
5 篇 中国科学院研究生...
5 篇 宁波大学
4 篇 宁波市海洋与渔业...
4 篇 国家海洋局第三海...
4 篇 南昌大学
3 篇 福建师范大学

作者

21 篇 闫喜武
13 篇 张国范
12 篇 柯才焕
11 篇 刘志刚
9 篇 喻子牛
9 篇 郑怀平
9 篇 李莉
8 篇 喻达辉
8 篇 林志华
8 篇 黄桂菊
8 篇 柴雪良
8 篇 李琪
7 篇 潘俐玲
7 篇 张涛
7 篇 顾志峰
7 篇 刘合露
7 篇 王爱民
7 篇 成书营
6 篇 石耀华
6 篇 张倩

语言

217 篇 中文
26 篇 英文

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基于转录组数据的长牡蛎基因组功能基因SNP分析与标记开发

基于转录组数据的长牡蛎基因组功能基因SNP分析与标记开发

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中国动物学会·中国海洋湖沼学会贝类学分会第九次会员代表大会暨第十五次学术讨论会

作者：亓海刚王家丰李莉张国范中国科学院海洋研究所

长牡蛎基因组序列图谱的完成为大规模鉴定和开发SNP标记提供了参考序列。编码序列区域通常受到较强的选择导致SNP等突变位点较少,有利于SNP位点的基凶型分析;同时,编码区域SNP,特别是非同义的SNP位点由于具备潜在的表型效应,也可作为基... 详细信息

长牡蛎基因组序列图谱的完成为大规模鉴定和开发SNP标记提供了参考序列。编码序列区域通常受到较强的选择导致SNP等突变位点较少,有利于SNP位点的基凶型分析;同时,编码区域SNP,特别是非同义的SNP位点由于具备潜在的表型效应,也可作为基因功能与表型性状分析研究的工具。本研究利用群体转录组高通量Solexa测序,鉴定并分析基因编码区域SNP,以期为长牡蛎分子标记相关研究提供序列和位点资源,主要步骤和结果如下:从青岛海岸收集野生长牡蛎20个,每5个个体为一组,提取鳃、外套膜和闭壳肌肉中总RNA,等量混合后按照常规的Solexa转录组流程进行测序,共计获得序列5.9×10条,借助Tophat程序将这些reads向牡蛎基因组参考序列进行比对,发现79%(4.7×10)的reads可以map到基因组上;其中,8.7%(2434个)的预测基因的覆盖度达到100%,～1.7万(61%)个预测基因的CDS序列的覆盖度大于50%,总长度2.3×10bp(87%)的CDS测序深度大于4;之后利用samtools程序,参数设置为SNP质量值>=20,比对质量值>=20,最小突变碱基深度>=4(单碱基质量值>=20),在这些区域中鉴定SNP位点4.1×10个,包括同义位点3.0×10个,非同义位点1.1×10个;呈现杂合状态的位点达到3.7×10个,纯合位点只有4.4×10个:转换位点2.8×10个,颠换位点1.3×10个。在这个群体中,SNP分布频率达到1.8%,即编码区平均每55bp存在一个SNP位点,进一步推算,在一个长牡蛎个体中,编码区域的平均杂合率为0.43%。对SNP率为0的560个基因进行功能分析发现,参与ATP合成、氧化磷酸化、呼吸链电子传递等生物学过程的基因富集,推测这些基因受到较强的纯化选择。之后针对每个基因的SNP位点,设计引物,使PCR产物长度在50～100bp,进行HRM分析,开发并验证基因CDS多态性标记300个,SNP标记设计效率达到～40%。数据表明,转录组测序和HRM分型策略适合多位点和多个体高通量SNP标记开发及基因型分析,获得的位点将极大丰富长牡蛎现有标记序列资源。

关键词：长牡蛎转录组 SNP

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Analysis and evaluation of nutritive composition of six different organizations of Manila clam Ruditapes philippinarum

Analysis and evaluation of nutritive composition of six diff...

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中国动物学会·中国海洋湖沼学会贝类学分会第九次会员代表大会暨第十五次学术讨论会

作者：吴云霞闫喜武 CollegeofFisheriesandLifescience DalianOceanUniversiyt

Objective Contents of moisture,crude ash,crude protein,sugar,crude lipid,fatty acids and amino acids of six different organizations of Ruditapes philippinarum,including adductor muscle, pallium,vis

关键词：

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中国几种主要海洋经济帘蛤目(Veneroida)贝类DNA条形码及其分子系统发育研究

中国几种主要海洋经济帘蛤目(Veneroida)贝类DNA条形码及其分子系...

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中国动物学会·中国海洋湖沼学会贝类学分会第九次会员代表大会暨第十五次学术讨论会

作者：王琳楠闫喜武秦艳杰杨霏牛泓博大连海洋大学水产与生命学院

中国的帘蛤目(Veneroida)贝类种类丰富,已经记录的有近千种,由于种类如此的繁多,仅仅依据壳型、放射肋、小月面等外部形态特征进行种属水平的形态学分类鉴定难度很大。因此需要以DNA为基础的系统分类的方法。由此产生的系统分类的新方... 详细信息

中国的帘蛤目(Veneroida)贝类种类丰富,已经记录的有近千种,由于种类如此的繁多,仅仅依据壳型、放射肋、小月面等外部形态特征进行种属水平的形态学分类鉴定难度很大。因此需要以DNA为基础的系统分类的方法。由此产生的系统分类的新方法之一DNA条形码技术可以弥补传统形态学鉴定的某些局限。本实验应用DNA条形码通用引物扩增了6种中国近海的经济帘蛤目贝类共计22个个体的线粒体细胞色素C氧化酶Ⅰ(Cytochrome C oxidaseⅠ,COI)基因片段,这六种经济种类分别为虹光亮樱蛤(Moerella iridescens)、大竹蛏(Solen grandis)、长竹蛏(Solen strictus)、畸心蛤(Anomalocadia producta)、日本镜蛤(Dosinia japonica)、中国绿螂(Glauconome chinensis),并与Genbank收录的11种55条帘蛤目贝类同源序列进行比对。经过生物信息学以及分子生物学软件分析后,结果表明,帘蛤目贝类COI基因存在插入缺失现象,一共存在102个插入缺失位点,其中杂色蛤仔(Ruditapes variegata)、裂纹哥特蛤(Katelysia hiantina)有插入缺失位点30个,大竹蛏(Solen grandis)为27个。碱基的组成出现偏倚现象,A+T的含量(64.2%)明显高于G+C的含量(35.8%)。基于K2P模型的计算,16个种的种内平均遗传距离为0.0146,16个种的种间平均遗传距离为0.4384,是种内平均遗传距离的30.02倍。从用K2P算法构建的NJ和MP系统发育树,通过对系统发育树聚类的分析,结果表明,2种方法构建的系统进化树得到相似的拓扑结构,但对不同分类阶元而言,分子系统关系与传统结果不尽相同。在种的水平上NJ树和MP树的分类一致性均为100%;属水平上的分类与形态分类结果略有差异,在这次的研究中发现菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum)与杂色蛤(Ruditapes variegata)可以准确的分开并且聚为一支,之后才与畸心蛤(Anomalocadia producta)聚为一支。科水平上的分类与传统的形态分类地位的一致性为83.3%。虹光亮樱蛤(Moerella iridescens)与中国绿螂(Glauconome chinensis)分别为不同的科,但是在NJ树和MP树中都聚在了一起。由于选取的物种都在同一目中,认为在目的水平上的一致性为100%。由此可见,COI基因在科、种、属水平上的鉴定及其系统进化关系与传统的形态学方法得到的一致性较高,由此也为线粒体COI基因作为帘蛤目贝类DNA条形码在物种鉴定的适用性上提供了一定的依据,同时也为形态分类系统提供了必要的佐证与补充。

关键词：帘蛤目 COI基因系统发育分类鉴定 DNA条形码

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Single nucleotide polymorphisms of CfPGRP-S1,CfLGBP gene and association with disease resistance to Listonella anguillarum infection

Single nucleotide polymorphisms of CfPGRP-S1,CfLGBP gene and...

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中国动物学会·中国海洋湖沼学会贝类学分会第九次会员代表大会暨第十五次学术讨论会

作者： Vinu.S.Siva 王玲玲宋林生 InstituteofOceanology CAS.266071

Peptidoglycan recognition protein(PGRP) and Lipopolysaccharide andβ-l,3-glucan binding protein(LGBP) are pattern recognition receptor,play important roles in the innate immune response against inva

关键词：

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Acusta属陆贝的分类与生物地理学

Acusta属陆贝的分类与生物地理学

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中国动物学会·中国海洋湖沼学会贝类学分会第九次会员代表大会暨第十五次学术讨论会

作者：黄重期吴书平周卫川钱周兴郭云海陈德牛大叶大学生物资源学系台北市立教育大学地球环境暨生物资源学系福建出入境检验检疫局国家软件动物检疫鉴定重点实验室浙江自然博物馆中国科学院动物研究所

Acusla属(Family Bradybaenidae)陆贝为耐旱性树栖种类,分布在低海拔地区,目前主要记录于东亚地区,由西伯利亚东南部,经中国东半部、朝鲜半岛、日本、台湾至中南半岛东侧,全世界目前有约30个可用名(available name)需要处理,现行分类大... 详细信息

Acusla属(Family Bradybaenidae)陆贝为耐旱性树栖种类,分布在低海拔地区,目前主要记录于东亚地区,由西伯利亚东南部,经中国东半部、朝鲜半岛、日本、台湾至中南半岛东侧,全世界目前有约30个可用名(available name)需要处理,现行分类大致为8种与21个亚种或异名。本属是广布于低海拔地区的物种,可以做为台湾低海拔地区较短地质史尺度的动物地理研究的无脊椎动物模式物种,藉此探讨低海拔地区的物种在亚洲大陆与东亚岛弧之间的演化历史与生物地理学。我们采样包括所有已经命名的物种,透过亲自采集,交换标本与博物馆借出方式取得,并与模式标本比对后先依据外壳形态与地理分布分成操作单位,检视外壳、解剖生殖系统与分子系统学研究之后,再进行分类处理与生物地理学的推论,厘清本属陆贝演化机制,并可作为其它低海拔陆生无脊椎动物模式。本研究选取粒线体DNA的16s rDNA(441 bp)与cytochrome oxidaseⅠ(COI,595 bp)进行PCR增幅之后定序,并进行亲缘关系分析。分析89只个体的COI序列得到67个haplotype,遗传距离在0.0017-0.2466之间;由样本里挑出31只代表性的个体作16S rRNA分析,全部为独特的haplotype,遗传距离在0.0024-0.209之间。分子亲缘关系显示东北的selski并不属于这一群,其它种类可以概分为8个分支分别属于4个主要类群,代表了可能的分种或是亚种类群,包括1.分布在华中和华南的ravida群(ravida)、2.华南、日本和台湾的assimilis群(assimilis、redfieldi、siebodiana)、3.琉球与南台湾的despecta群(despecta与一个未命名种"ampla")、4.越南与海南的tourannensis群(tourannensis、rhodostoma)。以COI基因的演化速率推论分歧年代,我们认为Acusta群应该是在更新世初期大约115—135百万年前开始分化出这4群。台湾的Acusta包含了上述8分支的4个分支,而且有2个特有种,远超过其它东亚岛屿的种类,每一种在岛内各有其独特的地理分布。台湾位处于东亚岛弧的中心,在第四纪冰河时期的多次海退作用中,曾与亚洲大陆间形成陆桥相接壤,与琉球群岛部分地区可能也曾相连,现今台湾的生物种源可能是亚洲大陆起源或东亚岛弧起源,同时也发生岛内的种化事件,才能有丰富的生物多样性。

关键词： Acusta 陆贝分类学生物地理学分子亲缘关系

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基于线粒体DNA序列探讨螺蛳(Margarya melanioides)的分类地位

基于线粒体DNA序列探讨螺蛳(Margarya melanioides)的分类地位

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中国动物学会·中国海洋湖沼学会贝类学分会第九次会员代表大会暨第十五次学术讨论会

作者：田明范彪杨榆玲刘民王文林陈元晓昆明医学院细胞生物学及遗传学教研室昆明医学院寄生虫学教研室

螺蛳(Margarya melanioides Nevill,1877)现生种群仅分布于云南省高原淡水湖泊,如:滇池、洱海、茈碧湖等,为螺蛳属的模式种。与其它淡水螺类比较,螺蛳具有独特形态特征,如:螺壳厚且硬,每一螺层有一到多条脊状突起,有一扶梯状平面环绕在... 详细信息

螺蛳(Margarya melanioides Nevill,1877)现生种群仅分布于云南省高原淡水湖泊,如:滇池、洱海、茈碧湖等,为螺蛳属的模式种。与其它淡水螺类比较,螺蛳具有独特形态特征,如:螺壳厚且硬,每一螺层有一到多条脊状突起,有一扶梯状平面环绕在缝合线外围,为云南特有属,是田螺科(Viviparidae)中独特的进化分支。国内外学者,如Nevill(1877)、张玺(1949)、夏武平(1982)、张立(1986)、陈元晓(1996)等,都对螺蛳进行过深入研究,但由于当时研究技术和方法的局限性,螺蛳属及其属模种——螺蛳的系统发育地位至今仍存在争论。目前,分子系统发育研究方法成熟,线粒体DNA因具有高突变率、母系遗传等特点而成为研究系统发育的良好标记。为揭示螺蛳在田螺科中的系统发育地位,本研究测定了采自云南高原湖泊中的螺蛳、铜锈环棱螺(Bellamya aeruginosa)和中国圆田螺(Cipangopaludina chinensis)的线粒体COI、16S rRNA基因部分序列,联合田螺科其它物种在GenBank中公布的相应序列,以瓶螺科(Ampullariidae)中的Marisa cornuarietis为外群,用最大简约法(MP)、最大似然法(ML)和贝叶斯法(BI)构建系统发育树。结果表明:螺蛳与中国圆田螺的遗传距离最近。在MP、ML、BI所构建的系统发育树中,螺蛳首先和中国圆田螺聚为一枝,支持率分别达到99、100、1,表明在田螺科中,螺蛳和圆田螺属(Cipangopaludina)的亲缘关系最近。来自云南的铜锈环棱螺没有与非洲的***,***,***,***,***,***,***环棱螺属以及Neothauma tanganyicense首先聚在一起,而是先和湄公螺属(Mekongia)、石田螺属(Sinotaia)聚为一枝,再与螺蛳、圆田螺属聚为一枝,而且支持率很高,该结论与Mita(2009)的研究结果一致,所以中国环棱螺属的分类地位有待深入研究。田螺属(Viviparus)为典型的古北界种类,其化石目前最早发现于中生代白垩纪,是古老的类群。在分子系统发育树中,田螺属的***和***首先聚在一起,与田螺科其它属较早分支,所以,DNA分子数据支持田螺属为古老类群的结论。本研究发现线粒体基因COI的突变速率要远高于16S,尤其是基因COI的第三位密码子,所以,在构建系统发育树或计算遗传距离时,需要慎重考虑基因COI第三位密码子的影响。本研究表明线粒体基因COI和16S在研究田螺科物种系统发育关系的可行性,线粒体DNA分子数据在研究物种系统发育关系时,可以弥补传统形态数据的不足。

关键词：螺蛳田螺科系统发育 16S COI

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长牡蛎对干露的适应机研究

长牡蛎对干露的适应机研究

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中国动物学会·中国海洋湖沼学会贝类学分会第九次会员代表大会暨第十五次学术讨论会

作者：杜以帅王晓通张琳琳李莉张国范中国科学院海洋研究所

牡蛎表现出极强的耐干露能力,牡蛎在干露调节下下的生理调控是生理生态学研究的重要方面。目前国内外对牡蛎耐干露的研究主要集中在对干露代谢产物的分析和代谢酶活性的测定上,对耐干露相关基因表达水平的研究极少。本研究在牡蛎基因组... 详细信息

牡蛎表现出极强的耐干露能力,牡蛎在干露调节下下的生理调控是生理生态学研究的重要方面。目前国内外对牡蛎耐干露的研究主要集中在对干露代谢产物的分析和代谢酶活性的测定上,对耐干露相关基因表达水平的研究极少。本研究在牡蛎基因组的基础上,对长牡蛎进行在室温20度下长期耐受干露实验,分别在干露的不同时间点取样并进行RNA-seq测序,通过对表达谱数据的分析从基因表达水平来探讨牡蛎对干露的耐受机制,分析结果如下:1)牡蛎的氧气感受机制。初步验证了在脊椎动物中对缺氧适应起关键作用的HIF-1通路在牡蛎干露状况下发挥调节作用。HIF-1通路中,作为"氧气感受器"的脯氨酸羟化酶(HPH)和天冬氨酰羟化酶(FIH)起到抑制转录因子HIF-1过量表达的作用,在干露条件下这两种酶的基因表达量呈下降趋势,表明通过转录后修饰发挥调节作用的转录因子HIF-1在干露状况下是过量表达的,从而发挥调节缺氧适应的作用。HIF-1通过与下游基因启动子附近的的缺氧反应原件(HRE)结合发挥转录激活作用,通过寻找牡蛎基因组基因集编码区上游2K以内的HRE序列,预测HIF-1诱导激活的基因,得到HIF诱导缺氧应激相关基因集。2)干露条件下代谢速率的降低。糖原是牡蛎的主要储能物质,是牡蛎干露条件下厌氧代谢的主要能量来源,糖原代谢的限速酶主要是糖原磷酸化酶和糖原合酶。表达谱数据糖原磷酸化酶和糖原合酶的基因表达在整个干露实验期间都比对照组显著下降,说明牡蛎干露期间糖原合成和分解的速率都是下降的,此外一些牡蛎体内参与物质代谢的关键酶比如磷酸葡萄糖异构酶、磷酸果糖激酶和烯醇化酶其基因表达量都是下降的,推测牡蛎是通过抑制代谢速率来减少物质消耗以维持生存。3)代谢途径的改变。牡蛎体内存在糖酵解(EMP)和三羧酸(TCA)循环。牡蛎体内有氧代谢和无氧代谢的分支点是催化磷酸烯醇式丙酮酸(PEP)生成丙酮酸(倾向于有氧代谢,此反应的酶是丙酮酸激酶)还是草酰乙酸(倾向于无氧代谢,此反应的酶是PEP羧激酶)。干露表达谱数据中丙酮酸激酶基因表达的下降和PEP羧激酶基因表达的显著上升说明牡蛎在干露条件下更倾向于无氧代谢。该分析为研究牡蛎乃至潮间带生物的耐干露的机制提供了大量的数据资源。

关键词：长牡蛎干露无氧代谢缺氧诱导因子

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基于454GSFLX高通量测序平台的蛤仔(Ruditapes Philippinarum)转录组学研究

基于454GSFLX高通量测序平台的蛤仔(Ruditapes Philippinarum)转...

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中国动物学会·中国海洋湖沼学会贝类学分会第九次会员代表大会暨第十五次学术讨论会

作者：秦艳杰闫喜武杨霏大连海洋大学水产与生命学院

2011年3月,选取白斑马、红斑马、黑斑马、斑马蛤及野生蛤仔个体,分别取鳃、外套膜、闭壳肌、性腺、斧足等组织,提取总RNA,SMART方法构建cDNA文库,酶切后连接454特有的A&B接头,油包水PCR之后进行454 GS FLX高通量测序,并对序列进行Bl... 详细信息

2011年3月,选取白斑马、红斑马、黑斑马、斑马蛤及野生蛤仔个体,分别取鳃、外套膜、闭壳肌、性腺、斧足等组织,提取总RNA,SMART方法构建cDNA文库,酶切后连接454特有的A&B接头,油包水PCR之后进行454 GS FLX高通量测序,并对序列进行Blast比对和功能注释、KEGG注释,利用测序数据分析SSR、SNP位点等。实验分2次,共有5/4run测序数据。合并2次测序数据进行reads长度频数统计,共得到1021732个reads,其中最短长度为40bp,最长为832bp,平均长度为301±163.27bp。各片段长度的reads分布见图1。由图可知,其中100-550bp的reads比例较高,占所有reads的94.75%。将所得的reads用SeqClean(Lastest864版本)和Lucy(1.20p版本)去掉cDNA文库制备及测序过程中所用的接头序列和引物序列。所得≥50bp reads数781104,碱基数为220354654bp。得到的序列用454 Newbler2.5.3进行低质量分数区域去除,最终保留长度≥50bp的reads 739584个。得到的reads用Newbler(2.5.3版本)进行拼接,设置"Use duplicate reads","Extend low depthoverlaps","Minimus read length"为45bp,"Reads limited to one contig","Single ACE file"。得到Isotig42499个,总长21349570bp,N50(bp)为560bp,最长的Isotig为3794bp,Singlets数目为76570个。Isotig和Singlets的长度分布见图2。将得到的Isotig和singlets进行blastx注释,与Uniprot(swissprot+trembl)数据库进行比对,合并比对结果,取e值小于1e-3,蛋白相似性大于30%的最好结果。其中5060个Isotig和19509个Singlets在Uniprot数据库中获得注释。blastx中比上的物种数量分布较多的六种依次为菲律宾蛤仔(RuditapesPhilippinarum),印度跳蚊(Harpegnathos saltator),大西洋鲑(Salmo salar),斑衣鱼(Thermobiadomestica),文昌鱼(Branchiostoma floddae)和佛罗里达弓背蚁(Camponotus flofidanus)。根据注释结果,将Isotig和singlets进行GO分类,得到所有序列在Gene Ontology的三大类:molecular function,cellular component,biological process的各个层次所占数目分别为1626,3458和7400。得到的Isotig和singlets进行KEGG注释,将其映射到KEGG Pathway通路中去,共得到276张通路图。将得到的序列用MISA软件进行SSR分析,发现1409个序列含SSR序列,145个序列含2个以上SSR。1-6碱基型SSR共有1601个。其中三碱基型最多,为903个,双碱基型数量次之,为492个,四碱基型为160个。另外,共得到59122个ShIP位点,其中插入/缺失位点25852个。454高通量测序技术作为经济贝类功能基因组研究的重要手段可在贝类功能基因的发现中发挥重要作用。功能基因的发现以及分子标记的开发等研究将为贝类遗传学、生理学、活性物质合成等研究奠定基础,同时也为贝类的转录组研究提供了基础数据。

关键词： 454GSFLX高通量测序蛤仔转录组

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Effects of shell morphological traits on weight traits in Mactra chinensis

Effects of shell morphological traits on weight traits in Ma...

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中国动物学会·中国海洋湖沼学会贝类学分会第九次会员代表大会暨第十五次学术讨论会

作者：郭文学闫喜武 College of Fisheries and Life science Dalian Ocean University

115 clams were randomly sampled in July *** shell length(X),height(X),width (X),live body weight(Y) and body-tissue weight(Z) were *** shell morphological traits were used as independent variables,and live body weight or body-tissue weight used as a dependent variable for calculating the path coefficients,correlation index and determination *** direct and indirect effects on all shell morphological traits against weight traits

关键词： Mactra chinensis morphological traits Weight traits path analysis regression analysis

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Formation of organic frameworks induced by crystals growth during the prismatic layer formation in the freshwater bivalve Hyriopsis cumingii

Formation of organic frameworks induced by crystals growth d...

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中国动物学会·中国海洋湖沼学会贝类学分会第九次会员代表大会暨第十五次学术讨论会

作者：刘晓军李家乐上海海洋大学水产博士后流动站上海海洋大学水产与生命学院

In biomineralization,biomacromolecules are always believed to self-assemble into the regular organic frameworks,and in which crystals *** this study,a new biomineralization manner were found:crystal growth was found to be dominant in the initiation of the organic frameworks *** the formation of the aragonitic prismatic layer,the initial stage of the shell biomineralization,biomacromolecules firstly formed a gel-like matrix on the *** new formed crystals embedded in the matrix and the organic frameworks of the prismatic layer were produced by the squeezing between neighbouring *** organic matrix secreted by the mantle continuously sel-assembly on the organic frameworks as the crystals *** the end,the organic frameworks were shaped by the crystal competition.

关键词： oyster biomineralization shell organic frameworks crystal growth the prismatic layer

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