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笼具形状对合浦珠母贝幼贝的生长影响

笼具形状对合浦珠母贝幼贝的生长影响

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中国动物学会·中国海洋湖沼学会贝类学分会第九次会员代表...第十五次学术讨论会

作者：郝博飞黄桂菊吴开畅李有宁陈明强喻达辉农业部南海渔业资源开发利用重点实验室中国水产科学研究院南海水产研究所上海海洋大学

2011年8月,用海南三亚地区的贝(母本)同广东徐闻地区的贝(父本)构建的第一代合浦珠母贝群体(Pinctada fucata)为材料,研究不同形状的笼具对合浦珠母贝早期生长的影响。所用笼具形状为长方形、圆柱形和半球形,在深度对比实验中3种笼具的... 详细信息

2011年8月,用海南三亚地区的贝(母本)同广东徐闻地区的贝(父本)构建的第一代合浦珠母贝群体(Pinctada fucata)为材料,研究不同形状的笼具对合浦珠母贝早期生长的影响。所用笼具形状为长方形、圆柱形和半球形,在深度对比实验中3种笼具的框架线总长度(190cm)和高度(15cm)相同,笼具自身高度的实验分设5、10、15、20cm等4组。吊养深度为2～7m(间隔1m),每笼吊养贝个体数量分别为长方形笼具74个,圆柱形120个,半球形150个,试验地点为海南陵水新村港。在单位面积密度相同的条件下,吊养在长方形笼具中4米水深的合浦珠母贝体重的日增长速度最大(0.223 mm/d),壳长生长速度与2米、3米、5米、6米和7米深的贝差异极显著(P<0.01)。半球形笼具在3米水深时,生长速率最大(0.204 mm/d),同时与其他深度的生长速率差异极显著(P<0.01)。圆柱形笼具吊养在5米和6米水深时生长最快(0.178 mm/d和0.184 mm/d),但两水层的壳长差异不显著,而和其他深度组差异极显著(P<0.01)。长方形笼具的自身高度对合浦贝的生长也有影响,10cm和20cm的生长速率相似,分别为0.192 mm/d和0.190 mm/d,二者之间差异不显著,20cm(0.178 mm/d)和15cm(0.159 mm/d)差异显著(P<0.05)。用长方形、圆柱形、半球形3种笼具吊养的合浦珠母贝在3米的深度下半球形笼具的壳长生长速度(0.204 mm/d)大于其他两种笼具(长方形笼具0.159 mm/d和圆柱形笼具0.130 mm/d)差异极显著(P<0.01),在4米的水深中长方形笼具的壳长生长速率(0.223 mm/d)高于其他形状的笼具(0.169 mm/d和0.140 mm/d)差异极显著(P<0.01),而在其他深度中3种笼具的合浦珠母贝生长速度差异不显著(P>0.05)。

关键词：笼具形状养殖深度合浦珠母贝密度

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Development and characterization of microsatellite loci in three cephalopods

Development and characterization of microsatellite loci in t...

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中国动物学会·中国海洋湖沼学会贝类学分会第九次会员代表...第十五次学术讨论会

作者： Zirong Zuo Xiaodong Zheng Qi Li Fisheries College Ocean University of China Qingdao 266003

@@ Octopus minor, Octopus vulgaris and Sepioteuthis lessoniana, have become commercially important cephalopods in the world. In recent years, environmental destruction and overfishing have led to a sharp decline of natural resources. It is necessary for species conservation to detect genetic variation and population structure of these species. Microsatellite DNA markers, with the advantage of codominant, multiallelic and highly polymorphic nature, is an available tool in genetics and evolution researches. Now, only 411 polymorphic microsatellite loci from 23 cephalopods have been released in GenBank, including 12 microsatellite loci in O. minor and 17 microsatellite loci in O. vulgaris developed by us.

关键词： Microsatellite Octopus minor Octopus vulgaris Sepioteuthis lessoniana Enriched

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基于转录组数据的长牡蛎基因组功能基因SNP分析与标记开发

基于转录组数据的长牡蛎基因组功能基因SNP分析与标记开发

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中国动物学会·中国海洋湖沼学会贝类学分会第九次会员代表...第十五次学术讨论会

作者：亓海刚王家丰李莉张国范中国科学院海洋研究所

长牡蛎基因组序列图谱的完成为大规模鉴定和开发SNP标记提供了参考序列。编码序列区域通常受到较强的选择导致SNP等突变位点较少,有利于SNP位点的基凶型分析;同时,编码区域SNP,特别是非同义的SNP位点由于具备潜在的表型效应,也可作为基... 详细信息

长牡蛎基因组序列图谱的完成为大规模鉴定和开发SNP标记提供了参考序列。编码序列区域通常受到较强的选择导致SNP等突变位点较少,有利于SNP位点的基凶型分析;同时,编码区域SNP,特别是非同义的SNP位点由于具备潜在的表型效应,也可作为基因功能与表型性状分析研究的工具。本研究利用群体转录组高通量Solexa测序,鉴定并分析基因编码区域SNP,以期为长牡蛎分子标记相关研究提供序列和位点资源,主要步骤和结果如下:从青岛海岸收集野生长牡蛎20个,每5个个体为一组,提取鳃、外套膜和闭壳肌肉中总RNA,等量混合后按照常规的Solexa转录组流程进行测序,共计获得序列5.9×10条,借助Tophat程序将这些reads向牡蛎基因组参考序列进行比对,发现79%(4.7×10)的reads可以map到基因组上;其中,8.7%(2434个)的预测基因的覆盖度达到100%,～1.7万(61%)个预测基因的CDS序列的覆盖度大于50%,总长度2.3×10bp(87%)的CDS测序深度大于4;之后利用samtools程序,参数设置为SNP质量值>=20,比对质量值>=20,最小突变碱基深度>=4(单碱基质量值>=20),在这些区域中鉴定SNP位点4.1×10个,包括同义位点3.0×10个,非同义位点1.1×10个;呈现杂合状态的位点达到3.7×10个,纯合位点只有4.4×10个:转换位点2.8×10个,颠换位点1.3×10个。在这个群体中,SNP分布频率达到1.8%,即编码区平均每55bp存在一个SNP位点,进一步推算,在一个长牡蛎个体中,编码区域的平均杂合率为0.43%。对SNP率为0的560个基因进行功能分析发现,参与ATP合成、氧化磷酸化、呼吸链电子传递等生物学过程的基因富集,推测这些基因受到较强的纯化选择。之后针对每个基因的SNP位点,设计引物,使PCR产物长度在50～100bp,进行HRM分析,开发并验证基因CDS多态性标记300个,SNP标记设计效率达到～40%。数据表明,转录组测序和HRM分型策略适合多位点和多个体高通量SNP标记开发及基因型分析,获得的位点将极大丰富长牡蛎现有标记序列资源。

关键词：长牡蛎转录组 SNP

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长牡蛎生理防御反应的组学研究

长牡蛎生理防御反应的组学研究

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中国动物学会·中国海洋湖沼学会贝类学分会第九次会员代表...第十五次学术讨论会

作者：张琳琳孟杰朱亚兵杜以帅熊志强竺奇慧方晓东李莉张国范中国科学院海洋研究所深圳华大基因研究院

随着基因组学的发展,用基因组的方法研究海洋生态的生物学问题已经形成一个新兴活跃的领域。生态基因组学研究的一个重要方面是解码生物对环境的响应机制。牡蛎是近海潮间带固着滤食生活的双壳贝类,其生活环境复杂多变,但由于固着生活习... 详细信息

随着基因组学的发展,用基因组的方法研究海洋生态的生物学问题已经形成一个新兴活跃的领域。生态基因组学研究的一个重要方面是解码生物对环境的响应机制。牡蛎是近海潮间带固着滤食生活的双壳贝类,其生活环境复杂多变,但由于固着生活习性,无法趋利避害,所以其更加依赖机体的可塑性进行生理上的调节以适应复杂环境的影响。本研究基于长牡蛎基因组和9种环境因子下的68个RNA-seq表达谱序列信息,研究了长牡蛎防御基因对常见环境因子的响应机制,以期找到牡蛎能在潮间带多变环境成功生存的组学基础。本研究的主要结果包括:1)对在冠轮动物超门的四个物种中牡蛎,小头虫,水蛭和帽贝筛选出得牡蛎特异基因的GO富集结果表明牡蛎中的特异基因倾向于行使免疫防御的作用;2)对典型的抗性相关基因家族在己测序物种中的比较基因组学研究表明,多数基因家族在牡蛎中存在扩张现象,暗示了牡蛎基因组启用了更多的基因来调节不同环境条件下的细胞和机体的稳态平衡;3)描述了牡蛎在9种因子应激下的基因动态表达变化曲线,发现牡蛎在应激状态下的调控主要分为两个方面,代谢速率的调控和胞内应激系统的调节;在此基础上针对影响牡蛎养殖的两个主要因子(高温和低盐)影响下的表达谱数据进行了模块化聚类分析,找到了影响高温调节的三个主要模块;4)筛选了5,844个应激相关基因并分根据应激因子类型分成四类。研究发现不同类型因子下应激调控基因聚类的模块之间是紧密联系在一起的,暗示了抗性基因在不同因子应激下的可塑性;5)对牡蛎基因组的基因复制和功能分化的系统研究表明基因复制后的短时间内就发生了功能的分化。基于长牡蛎基因组和表达谱序列信息的研究是基因组学在海洋生物生理生态学研究的应用的典型范例,本研究提供了长牡蛎防御系统的基因组静态和表达谱动态数据,为解码长牡蛎对潮间带环境的响应机制提供了基础。

关键词：长牡蛎生理反应基因组 RNA-seq

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Two classes of glutathione S-transferase genes with different response profiles to bacterial challenge in Venerupis philippinarum

Two classes of glutathione S-transferase genes with differen...

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中国动物学会·中国海洋湖沼学会贝类学分会第九次会员代表...第十五次学术讨论会

作者： Chenghua Li~(a*) Xiurong Su~(a*) Ye Li~(ab),Taiwu Li~(ab) Chongjie Sun~a Tingting Zhou~a a Faculty of Life Science and Biotechnology,Ningbo University,Ningbo b Ningbo City College of Vocational Technology,Ningbo

Glutathione S-transferase(GST) is major cytosolic detoxification enzymes involved in many pathological and physiological *** the present study,two classes of GSTs(VpGST-1 and VpGST-2) were cloned from Venerupis philippinarum haemocytes by cDNA library and RACE *** alignments and phylogenetic analysis together supported that they belonged to a new member of sigma and pi classes GSTs protein family,*** expression profiles of these two genes under Vibrio anguillarum challenge were investigated by quantitative *** bacterial challenge could significantly up-regulate the mRNA expression of both VpGST-1 and VpGST-2 with larger amplitude in VpGST-2,and the feedback speed for VpGST-2 was more rapid than that of *** differences in the response to bacterial challenge indicated that they were functional diversity and probably played cooperative roles in mediating the Vibrio challenge in clam.

关键词： Venerupis philippinarum Glutathione S-transferase Expression profile Vibrio anguillarum

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高温、低盐环境胁迫对不同基因型牡蛎蛋白质、脂肪含量的影响

高温、低盐环境胁迫对不同基因型牡蛎蛋白质、脂肪含量的影响

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中国动物学会·中国海洋湖沼学会贝类学分会第九次会员代表...第十五次学术讨论会

作者：王迪文郑怀平林清刘合露孙泽伟张涛汕头大学广东省海洋生物技术重点实验室广东高校亚热带海水贝藻养殖工程技术研究中心

本文研究了高温、低盐环境胁迫对不同基因型牡蛎蛋白质、脂肪等营养成分的影响。实验材料为太平洋牡蛎(N)和葡萄牙牡蛎(S)的杂交组(NS和SN)和各自的近交组(NN和SS)等四种基因型组合。2010年7月15日通过杂交和自交产生了四种基因型幼虫,... 详细信息

本文研究了高温、低盐环境胁迫对不同基因型牡蛎蛋白质、脂肪等营养成分的影响。实验材料为太平洋牡蛎(N)和葡萄牙牡蛎(S)的杂交组(NS和SN)和各自的近交组(NN和SS)等四种基因型组合。2010年7月15日通过杂交和自交产生了四种基因型幼虫,室内培育15天后幼虫变态为稚贝,稚贝室内培育15天后海上挂养。2011年3月,从四个组合里每组挑选出180个牡蛎来进行胁迫实验。实验共3个组:29℃高温胁迫组、24低盐胁迫组、对照组(水温25℃、盐度31)。每组设置3个重复,每个重复各放入不同基因型牡蛎20个,为避免大小出现显著性差异,牡蛎经过了人工初步挑选。胁迫实验共进行了为40天,前10天缓慢升温至29℃和缓慢降盐至24,然后在高温和低盐环境下再养殖30天。实验过程中,出现的死亡个体及时捡出并记录。共进行了2次的蛋白质、脂肪等营养成分测定取样,首次取样为实验第一天,第二次取样为胁迫实验结束时。然后,对样品进行蛋白质、脂肪测定分析。结果如下,蛋白质方面:首次取样NS、SN、SS三组均显著地高于NN组,杂种优势为5.59%;二次取样,低盐组NS增加6.03%,其余降低,杂种优势为7.15%,高温组均降低,SS组降低最快,杂种优势为6.38%,对照组均增加,NS最快为6.66%,且对SS表现显著性,杂种优势为6.47%。脂肪方面:首次取样四个实验组问无显著性差异,杂种优势为1.1%;二次取样,低盐组均增加,其中SN组最高、为10.47%,杂种优势为1.37%,高温组中NN组降低,增加最快的是SN组为15.02%,且对其余组表现显著性,杂种优势为22.2%,对照组均增加,最快的是NS组为24.46%,对NN组表现显著性,杂种优势为12.9%。

关键词：牡蛎基因型环境胁迫营养成分

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长牡蛎(Crassostrea gigas)在重金属应激下的组学分析

长牡蛎(Crassostrea gigas)在重金属应激下的组学分析

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中国动物学会·中国海洋湖沼学会贝类学分会第九次会员代表...第十五次学术讨论会

作者：孟杰张琳琳李莉张国范中国科学院海洋研究所

牡蛎作为一类分布广泛、主要营固着、附着生活的滤食性生物,对重金属有很强的富集作用。本研究主要从转录水平对牡蛎富集重金属的机制进行了深入的探讨。五种常见的重金属污染元素Zn,Cd,Zn+Cd,Cu,Hg,Pb分别处理牡蛎,在12h(应激条件)和9d... 详细信息

牡蛎作为一类分布广泛、主要营固着、附着生活的滤食性生物,对重金属有很强的富集作用。本研究主要从转录水平对牡蛎富集重金属的机制进行了深入的探讨。五种常见的重金属污染元素Zn,Cd,Zn+Cd,Cu,Hg,Pb分别处理牡蛎,在12h(应激条件)和9d(累积条件)取鳃和内脏团做表达谱分析,结果表明:(1)总体调控模式上:与其它生物因素应激因素(病原菌,帕金虫,温度,盐度,干露)相比,牡蛎在重金属离子应激条件下,2110个基因被显著影响表达,其中1040个基因在此逆境下独特表达。统计每种离子下的显著表达的基因数目,发现在每种重金属离子的应激下,下调的基因数目>上调的基因数目,更倾向于抑制基因表达;(2)主成分分析结果表明,在重金属的应激条件下,鳃和内脏团在12h和9d应激基因分类上存在显著差异:在应激基因数目上12h鳃(1677个基因应激)>9d鳃(1154个基因应激)>9d内脏团(1126个基因应激)>12h内脏团(955个基因应激),说明鳃在12h应激条件下起主要的防御功能,内脏团在9d累积条件下行使主要功能:(3)分析不同金属离子应激基因的GO结果,表明:各种重金属离子均会引起牡蛎免疫抑制和氧化逆境胁迫,但不同离子间也存在差异,Cd,Pb,Zn+Cd对蛋白代谢过程影响更大;(4)分析表达谱的RPKM值,鉴定出一系列的与重金属转运、累积密切相关的基因:包括关键的重金属螯合基因,如金属硫蛋白,谷胱甘肽代谢关键基因,以及植物螯合肽等;关键的转运蛋白,包括ABC转运蛋白家族关键基因,水通道蛋白等,明晰了重金属体内转运关键通路上的关键基因;(5)基因组层面上分析牡蛎金属硫蛋白基因家族成员:牡蛎体内的金属硫蛋白主要包括MTⅡ和MTⅢ两个亚家族,其中MTⅡ包含3个拷贝,在重金属应激条件下显著表达,分析其上游序列表明,3个基因均存在多个MRE位点,推测其受MTF-1的转录调控;而MTⅣ在重金属应激下表达量变化幅度较小;(6)从转运,螯合等方面比较分析牡蛎,海胆,海葵,人的防御基因,结果表明牡蛎存在显著扩张的趋势(牡蛎502,海胆420,海葵296,人237),在一定程度上解释牡蛎防御重金属能力较强。

关键词：牡蛎重金属表达谱基因组

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Divergent selection and realized heritability for shell length in the Manila clam Ruditapes philippinarum

Divergent selection and realized heritability for shell leng...

引用

中国动物学会·中国海洋湖沼学会贝类学分会第九次会员代表...第十五次学术讨论会

作者： Xiwu Yan~1 Liqiang Zhao~1 Zhongming Huo~1 & Guofan Zhang~2 1 Institute of Life Science and Technology,Dalian Ocean University,Dalian,China 2 Key Laboratory of Experimental Marine Biology,Institute of Oceanology, Chinese Academy of Science,Qingdao,China

A base population of the Manila clam Ruditapes philippinarum was produced by mass spawning from a wild *** rearing for one year,selection for shell length growth was undertaken to determine the possibility of genetic *** the same selection intensity of±1.755 in upward and downward directions,three gene lines,including two selected lines and one non-selected control line,were created,which were reared under the same environmental conditions for each *** of SR and hR were evident between the upward-selected and downward-selected *** average,the standardized responses to selection （SR） and realized heritability（hR） were as follows:0.639 and 0.364,respectively,for the upward-selected line and 0.564 and 0.322,respectively,for the downward-selected *** significant differences（P > 0.05） in SR and hR were however detected between the upward- and downward-selected *** in terms of shell length improved by 5.41%in the upward-selected line after one generation,suggesting that mass selection for growth in a cultured population of the Manila clam Ruditapes philippinarum is effective.

关键词： Ruditapes philippinarum divergent selection response to selection realized heritability genetic gain

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长牡蛎对干露的适应机研究

长牡蛎对干露的适应机研究

引用

中国动物学会·中国海洋湖沼学会贝类学分会第九次会员代表...第十五次学术讨论会

作者：杜以帅王晓通张琳琳李莉张国范中国科学院海洋研究所

牡蛎表现出极强的耐干露能力,牡蛎在干露调节下下的生理调控是生理生态学研究的重要方面。目前国内外对牡蛎耐干露的研究主要集中在对干露代谢产物的分析和代谢酶活性的测定上,对耐干露相关基因表达水平的研究极少。本研究在牡蛎基因组... 详细信息

牡蛎表现出极强的耐干露能力,牡蛎在干露调节下下的生理调控是生理生态学研究的重要方面。目前国内外对牡蛎耐干露的研究主要集中在对干露代谢产物的分析和代谢酶活性的测定上,对耐干露相关基因表达水平的研究极少。本研究在牡蛎基因组的基础上,对长牡蛎进行在室温20度下长期耐受干露实验,分别在干露的不同时间点取样并进行RNA-seq测序,通过对表达谱数据的分析从基因表达水平来探讨牡蛎对干露的耐受机制,分析结果如下:1)牡蛎的氧气感受机制。初步验证了在脊椎动物中对缺氧适应起关键作用的HIF-1通路在牡蛎干露状况下发挥调节作用。HIF-1通路中,作为"氧气感受器"的脯氨酸羟化酶(HPH)和天冬氨酰羟化酶(FIH)起到抑制转录因子HIF-1过量表达的作用,在干露条件下这两种酶的基因表达量呈下降趋势,表明通过转录后修饰发挥调节作用的转录因子HIF-1在干露状况下是过量表达的,从而发挥调节缺氧适应的作用。HIF-1通过与下游基因启动子附近的的缺氧反应原件(HRE)结合发挥转录激活作用,通过寻找牡蛎基因组基因集编码区上游2K以内的HRE序列,预测HIF-1诱导激活的基因,得到HIF诱导缺氧应激相关基因集。2)干露条件下代谢速率的降低。糖原是牡蛎的主要储能物质,是牡蛎干露条件下厌氧代谢的主要能量来源,糖原代谢的限速酶主要是糖原磷酸化酶和糖原合酶。表达谱数据糖原磷酸化酶和糖原合酶的基因表达在整个干露实验期间都比对照组显著下降,说明牡蛎干露期间糖原合成和分解的速率都是下降的,此外一些牡蛎体内参与物质代谢的关键酶比如磷酸葡萄糖异构酶、磷酸果糖激酶和烯醇化酶其基因表达量都是下降的,推测牡蛎是通过抑制代谢速率来减少物质消耗以维持生存。3)代谢途径的改变。牡蛎体内存在糖酵解(EMP)和三羧酸(TCA)循环。牡蛎体内有氧代谢和无氧代谢的分支点是催化磷酸烯醇式丙酮酸(PEP)生成丙酮酸(倾向于有氧代谢,此反应的酶是丙酮酸激酶)还是草酰乙酸(倾向于无氧代谢,此反应的酶是PEP羧激酶)。干露表达谱数据中丙酮酸激酶基因表达的下降和PEP羧激酶基因表达的显著上升说明牡蛎在干露条件下更倾向于无氧代谢。该分析为研究牡蛎乃至潮间带生物的耐干露的机制提供了大量的数据资源。

关键词：长牡蛎干露无氧代谢缺氧诱导因子

来源：评论

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基于454GSFLX高通量测序平台的蛤仔(Ruditapes Philippinarum)转录组学研究

基于454GSFLX高通量测序平台的蛤仔(Ruditapes Philippinarum)转...

引用

中国动物学会·中国海洋湖沼学会贝类学分会第九次会员代表...第十五次学术讨论会

作者：秦艳杰闫喜武杨霏大连海洋大学水产与生命学院

2011年3月,选取白斑马、红斑马、黑斑马、斑马蛤及野生蛤仔个体,分别取鳃、外套膜、闭壳肌、性腺、斧足等组织,提取总RNA,SMART方法构建cDNA文库,酶切后连接454特有的A&B接头,油包水PCR之后进行454 GS FLX高通量测序,并对序列进行Bl... 详细信息

2011年3月,选取白斑马、红斑马、黑斑马、斑马蛤及野生蛤仔个体,分别取鳃、外套膜、闭壳肌、性腺、斧足等组织,提取总RNA,SMART方法构建cDNA文库,酶切后连接454特有的A&B接头,油包水PCR之后进行454 GS FLX高通量测序,并对序列进行Blast比对和功能注释、KEGG注释,利用测序数据分析SSR、SNP位点等。实验分2次,共有5/4run测序数据。合并2次测序数据进行reads长度频数统计,共得到1021732个reads,其中最短长度为40bp,最长为832bp,平均长度为301±163.27bp。各片段长度的reads分布见图1。由图可知,其中100-550bp的reads比例较高,占所有reads的94.75%。将所得的reads用SeqClean(Lastest864版本)和Lucy(1.20p版本)去掉cDNA文库制备及测序过程中所用的接头序列和引物序列。所得≥50bp reads数781104,碱基数为220354654bp。得到的序列用454 Newbler2.5.3进行低质量分数区域去除,最终保留长度≥50bp的reads 739584个。得到的reads用Newbler(2.5.3版本)进行拼接,设置"Use duplicate reads","Extend low depthoverlaps","Minimus read length"为45bp,"Reads limited to one contig","Single ACE file"。得到Isotig42499个,总长21349570bp,N50(bp)为560bp,最长的Isotig为3794bp,Singlets数目为76570个。Isotig和Singlets的长度分布见图2。将得到的Isotig和singlets进行blastx注释,与Uniprot(swissprot+trembl)数据库进行比对,合并比对结果,取e值小于1e-3,蛋白相似性大于30%的最好结果。其中5060个Isotig和19509个Singlets在Uniprot数据库中获得注释。blastx中比上的物种数量分布较多的六种依次为菲律宾蛤仔(RuditapesPhilippinarum),印度跳蚊(Harpegnathos saltator),大西洋鲑(Salmo salar),斑衣鱼(Thermobiadomestica),文昌鱼(Branchiostoma floddae)和佛罗里达弓背蚁(Camponotus flofidanus)。根据注释结果,将Isotig和singlets进行GO分类,得到所有序列在Gene Ontology的三大类:molecular function,cellular component,biological process的各个层次所占数目分别为1626,3458和7400。得到的Isotig和singlets进行KEGG注释,将其映射到KEGG Pathway通路中去,共得到276张通路图。将得到的序列用MISA软件进行SSR分析,发现1409个序列含SSR序列,145个序列含2个以上SSR。1-6碱基型SSR共有1601个。其中三碱基型最多,为903个,双碱基型数量次之,为492个,四碱基型为160个。另外,共得到59122个ShIP位点,其中插入/缺失位点25852个。454高通量测序技术作为经济贝类功能基因组研究的重要手段可在贝类功能基因的发现中发挥重要作用。功能基因的发现以及分子标记的开发等研究将为贝类遗传学、生理学、活性物质合成等研究奠定基础,同时也为贝类的转录组研究提供了基础数据。

关键词： 454GSFLX高通量测序蛤仔转录组

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