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152 篇 会议

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92 篇 工学
- 76 篇 化学工程与技术
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主题

15 篇 虚拟筛选
14 篇 分子动力学模拟
8 篇 化学计量学
7 篇 二阶校正
5 篇 分子动力学
5 篇 分子对接
5 篇 药物设计
4 篇 抑制剂
4 篇 定量分析
4 篇 二阶优势
4 篇 近红外光谱
4 篇 密度泛函理论
4 篇 机器学习
3 篇 交替三线性分解
3 篇 定量构效关系
3 篇 支持向量机
3 篇 环糊精
3 篇 构象变化
3 篇 密度泛函
2 篇 太赫兹光谱

机构

14 篇 湖南大学
11 篇 上海大学
11 篇 华东理工大学
9 篇 南开大学
8 篇 华中师范大学
8 篇 吉林大学
6 篇 中国科学院大学
6 篇 中国科学院上海药...
6 篇 浙江大学
5 篇 兰州大学
5 篇 上海交通大学
5 篇 北京大学
4 篇 首都师范大学
4 篇 西安石油大学
4 篇 西北大学
3 篇 第二军医大学
3 篇 重庆大学
3 篇 上海科技大学
3 篇 苏州大学
3 篇 南昌大学

作者

12 篇 俞汝勤
12 篇 吴海龙
10 篇 陆文聪
10 篇 胡勇
8 篇 邵学广
8 篇 蔡文生
7 篇 谢丽霞
7 篇 刘志
7 篇 尹小丽
6 篇 唐赟
6 篇 蒋华良
6 篇 侯廷军
6 篇 谷惠文
5 篇 王童
5 篇 郑清川
5 篇 张庆
5 篇 郑明月
4 篇 王任小
4 篇 张卓勇
4 篇 罗成

语言

146 篇 中文
6 篇 英文

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admetSAR网站更新:以药物代谢酶转运体及肝毒性为例

admetSAR网站更新:以药物代谢酶转运体及肝毒性为例

引用

中国化学会第30届学术年会-第二十五分会：化学信息学与化学计量学

作者：李杰杨弘宾吴曾睿蔡迎春唐赟华东理工大学药学院上海市新药设计重点实验室

计算预测化合物吸收、分布、代谢、排泄和毒性(ADMET)对于早期发现不良性质,避免安全性问题带来的研发成本损耗具有重要意义。admetSAR是我们实验室前期开发的用于综合评估化合物安全性的网站服务,已被超过60多所国内外科研院所使用,访... 详细信息

计算预测化合物吸收、分布、代谢、排泄和毒性(ADMET)对于早期发现不良性质,避免安全性问题带来的研发成本损耗具有重要意义。admetSAR是我们实验室前期开发的用于综合评估化合物安全性的网站服务,已被超过60多所国内外科研院所使用,访问逾3万人次(截至2016年3月末)。近年来,包括计算系统毒理学在内的相关领域快速发展,我们实验室也构建了一系列新模型,因此对网站进行了升级更新。目前,admetSARV2.0已收录报道数据25万多条,预测模型增至56个,同时我们对相关数据进行分析,得到5242个重要子结构。为了更方便整合多分类模型、应用域及预测结果可视化等新特征,网站采用PHP框架构建。admetSAR V2.0将在后期公布于http://***/admetsarv2/。为了更好诠释admetSAR V2.0的新特征,我们以化合物代谢酶转运体(DMETs)和肝毒性为例。我们对ChEMBL、BindingDB和文献收集的DMETs蛋白亚型数据,采用机器学习算法构建了多靶标QSAR预测模型(AUC 0.817.908),发现化合物对DMETs具有抑制杂泛性。进一步,我们对3709个肝毒性数据进行子结构分析,得到217个致肝毒性警示子,DMETs统计和对接分析解释了部分警示子的作用机制,提高了模型的可解释性。

关键词： ADMET 化合物安全性评估子结构分析网站更新

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多尺度模拟方法的发展及其在功能材料模拟中的应用

多尺度模拟方法的发展及其在功能材料模拟中的应用

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中国化学会第30届学术年会-第二十五分会：化学信息学与化学计量学

作者：李有勇林海平王璐董慧龙纪玉金苏州大学功能纳米与软物质研究院

这里我将报告我们最近的一些研究进展,包括将多尺度模拟方法进行结合并应用于不同的材料体系。通过将原子尺度模拟和介观尺度模拟相结合,我们成功的模拟了聚合物太阳能电池、钙钛矿太阳能电池。通过密度泛函理论方法、分子动力学模拟我... 详细信息

这里我将报告我们最近的一些研究进展,包括将多尺度模拟方法进行结合并应用于不同的材料体系。通过将原子尺度模拟和介观尺度模拟相结合,我们成功的模拟了聚合物太阳能电池、钙钛矿太阳能电池。通过密度泛函理论方法、分子动力学模拟我们对不同纳米材料和生物材料进行了模拟,并阐述了它们结构与功能之间的内在联系以及相应的机制。通过扫描隧道显微镜(STM)表征和第一性原理计算、STM模拟我们得到了CH3NH3PbBr3单晶在低温下的最稳定表面的高分辨图像和原子结构。CH3NH3PbBr3单晶的最稳定表面被确定为CH3NH3分子和Br原子曝露的(010)重构表面。CH3NH3PbBr3单晶的最稳定表面的确定将对未来新一代太阳能电池材料的研发产生重要的指导作用。我们通过结合原子尺度模拟、介观尺度模拟、Graph Theory发展了预测体异质结聚合物太阳能电池的形貌和效率的新方法。我们利用我们的方法研究了影响形貌的重要参数,包括组成比、温度,并给出了实验中不能得到的参数的合理值,对设计BHJ聚合物太阳能电池提供了很好的参数调节方法,包括溶剂效应、添加剂、分子拓扑结构、多元组分的混合等不同参数,从而可以提供设计高效稳定的有机光伏电池的理论基础。

关键词：聚合物太阳能电池多尺度模拟原子尺度材料模拟

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高分子体系系统粗粒化模型的构建:粗粒化力场温度可迁移性

高分子体系系统粗粒化模型的构建:粗粒化力场温度可迁移性

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中国化学会第30届学术年会-第二十五分会：化学信息学与化学计量学

作者：郭洪霞中国科学院化学研究所

系统粗粒化模型的构建在高分子体系模拟中具有重要意义,是建立高分子材料结构与性能间的关联、实现从单分子设计到材料加工这一"终极目标"的必经之路。近年发展的粗粒化方法不能同时重现真实体系的结构性质和热力学性质,所得... 详细信息

系统粗粒化模型的构建在高分子体系模拟中具有重要意义,是建立高分子材料结构与性能间的关联、实现从单分子设计到材料加工这一"终极目标"的必经之路。近年发展的粗粒化方法不能同时重现真实体系的结构性质和热力学性质,所得的粗粒化力场不具备温度可迁移性,不能用来研究高分子领域内重要的科学问题—相行为（结晶、玻璃化等）及相变温度与分子结构的关系。因此,提高粗粒化模型的温度可迁移性是粗粒化方法发展中的热点和难点之一。近年来我们发展了一种新型的结构基与热力学基混合系统粗粒化分子动力学模拟方法。此方法首先被应用于液晶体系,我们发现使用此方法建立的4'-正戊基-4-氰基联苯（5CB）粗粒化模型不仅能够重现出建模条件下的实验密度和体系相结构,还能准确重复出该体系及其同系物在其他温度条件下的相态和相转变温度。此外,我们还将此方法应用于高分子体系如聚丁二烯和聚苯乙烯等,发现所建立的相应粗粒化模型还可以重复出聚丁二烯体系的结晶结构和聚苯乙烯的玻璃化转变行为以及多重性质（力学和线性区流变学性质等）。以上结果证明我们的新型混合系统粗粒化方法所建立的系统粗粒化模型具有良好的温度可迁移性,在多尺度模拟研究高分子真实体系的相变机制以及高分子加工过程中的物性预测和结构-性质关系研究等方面将具有广阔的应用前景。

关键词：系统粗粒化高分子模拟力场温度迁移性

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HCV NS5B RNA依赖性RNA聚合酶突变对BMS-791325耐药机制的分子模拟研究

HCV NS5B RNA依赖性RNA聚合酶突变对BMS-791325耐药机制的分子模...

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中国化学会第30届学术年会-第二十五分会：化学信息学与化学计量学

作者：潘大波姚小军兰州大学化学化工学院

HCV NS5B RNA依赖性RNA聚合酶是抗HCV药物的一个重要的靶标。BMS-791325（Beclabuvir）是NS5B拇指区Ⅰ变构位点的抑制剂,目前已经进入临床Ⅲ期研究。NS5B发生P495L、L392I和A421V突变之后会导致对BMS-791325抑制剂产生不同程度的耐药性... 详细信息

HCV NS5B RNA依赖性RNA聚合酶是抗HCV药物的一个重要的靶标。BMS-791325（Beclabuvir）是NS5B拇指区Ⅰ变构位点的抑制剂,目前已经进入临床Ⅲ期研究。NS5B发生P495L、L392I和A421V突变之后会导致对BMS-791325抑制剂产生不同程度的耐药性。为了从分子水平弄清楚其耐药性发生的机制,我们运用分子动力学、结合自由能、残基能量分解和自适偏置力等方法模拟了野生型（WT）NS5B及其三种突变体A421V、L392I和P495L与BMS-791325的作用机制。分子模拟的结果表明,疏水作用对NS5B与BMS-791325的结合起关键作用,NS5B中的氨基酸残基L392、A393、A396、T399、H428、V494、P495和W500的能量贡献值超过1 kcal/mol。进一步的分析表明,BMS-791325从NS5B解离过程中,R503与BMS-791325之间的亲水作用会降低,拇指区Ⅰ变构位点与BMS-791325之间疏水作用的消失促使BMS-791325从NS5B的活性口袋解离。A421V、L392I和P495L突变导致BMS-791325与NS5B结合亲和力降低。P495L突变之后,氨基酸残基495周围的蛋白柔性增大,蛋白不能很好地和抑制剂进行结合。在A421V和L392I中,突变后氨基酸的疏水相互作用改变是其产生耐药的主要原因。这些结果将会为设计高效的、抗耐药病毒株的新型抑制剂提供理论支持。

关键词： HCV NS5B RNA依赖性RNA聚合酶 BMS-791325 分子动力学模拟自适偏置力模拟耐药机制

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HIV-1蛋白酶构象变化机制及抗药性突变的影响

HIV-1蛋白酶构象变化机制及抗药性突变的影响

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中国化学会第30届学术年会-第二十五分会：化学信息学与化学计量学

作者：于玉琪王进安陈照强王桂敏邵强施继晔朱维良中国科学院上海药物研究所新药研究国家重点实验室药物发现与设计中心

HIV-1蛋白酶是一个重要的药物靶标。蛋白酶从闭合到张开的构象变化主要集中于flap区域,其动态变化对底物结合至关重要。采用显/隐性混合溶剂模型副本交换方法(hREMD)[1],我们成功捕捉到已解析晶体结构中的闭合和半张开状态,还发现了一... 详细信息

HIV-1蛋白酶是一个重要的药物靶标。蛋白酶从闭合到张开的构象变化主要集中于flap区域,其动态变化对底物结合至关重要。采用显/隐性混合溶剂模型副本交换方法(hREMD)[1],我们成功捕捉到已解析晶体结构中的闭合和半张开状态,还发现了一个介于闭合和半张开状态的中间态:curled状态。通过绘制蛋白酶构象变化的自由能图景,我们描绘了蛋白酶完整的构象变化过程:闭合→curled→半张开→全张开。与此同时,为了研究抗药性突变对蛋白酶及蛋白酶-抑制剂复合物结构柔性的影响,我们用常规的动力学模拟研究了野生型蛋白酶及Flap(L10I/G48V/I54V/V82A)、Act(V82T/I84V)两个突变体及他们分别与Amprenavi r和Darunavir两种抑制剂的复合物。对比发现蛋白酶的80s(80’s)loop与flap区域存在强疏水作用稳定flap的闭合状态,Act突变减弱了疏水作用,从而导致蛋白酶的flap区域更容易过渡到半张开构象。对应的,Act突变的蛋白酶-抑制剂复合物内,抑制剂疏水团与flap区域的I50(I50’)和80s(80’s)loop区域的I84(I84’)、V82(V82’)疏水簇作用减弱,使flap区域柔性增大,从而赋予其更强抗药性[3]。

关键词： HIV-1蛋白酶显/隐性混合溶剂模型副本交换抗药性

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蛋白突变引起的雄激素受体拮抗剂耐药机制及耐药突变位点预测研究

蛋白突变引起的雄激素受体拮抗剂耐药机制及耐药突变位点预测研究

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中国化学会第30届学术年会-第二十五分会：化学信息学与化学计量学

作者：李加忠刘宏丽王育伟兰州大学药学院

前列腺癌发病率在男性所有恶性肿瘤中位居第二[1]。雄激素受体（Androgen receptor,AR）是治疗前列腺癌的重要靶标[2],使用雄激素受体拮抗剂阻断雄激素与AR的结合能够达到治疗目的。常用的雄激素受体拮抗剂有比卡鲁胺（R-bicalutamide... 详细信息

前列腺癌发病率在男性所有恶性肿瘤中位居第二[1]。雄激素受体（Androgen receptor,AR）是治疗前列腺癌的重要靶标[2],使用雄激素受体拮抗剂阻断雄激素与AR的结合能够达到治疗目的。常用的雄激素受体拮抗剂有比卡鲁胺（R-bicalutamide）和恩杂鲁胺（Enzalutamide）等,但在使用数月后它们常产生耐药性[3,4]。AR突变是产生耐药性的主要原因[5]。从去势抵抗性前列腺患者的组织样本中发现了一系列氨基酸突变的AR,如:L701H,W741C,W741L,H874Y,F876L,T877A和M895T,这些突变都位于AR的配体结合域（Ligand-Binding Domain,LBD）。我们通过分子模拟和自由能计算,从分子水平上阐明耐药机制。结果表明,AR中的螺旋12（H12,像一个盖子位于LBD顶部）在耐药机制中起着关键作用。当R-bicalutamide的B环或enzalutamide的C环靠近H12时,可阻止H12闭合并扭曲了共激活剂结合位点,从而导致无效的转录。相反,当B或C环靠近H11或Loop11-12,有利于H12闭合形成共激活剂结合位点。模拟结果显示,对于R-bicalutamide,W741C/L,W741C877A,H874Y突变能使R-bicalutamide产生耐药性,而T877A,F876L,F876L877A,L701H,M895T突变不能。对于Enzalutamdie,F876L,F876L877A,H874Y,L701H突变能使enzalutamide产生耐药性,而T877A,W741C/L,W741C877A,M895T突变不能。

关键词：前列腺癌雄激素受体拮抗剂耐药突变分子动力学模拟

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Exploring the Inhibitory Mechanism of Approved Selective Norepinephrine Reuptake Inhibitors from Molecular Dynamics Study

Exploring the Inhibitory Mechanism of Approved Selective Nor...

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中国化学会第30届学术年会-第二十五分会：化学信息学与化学计量学

作者： Zheng Guoxun Xue Weiwei Wang Panpan Yang Fengyuan Bo Li Li Xiaofeng Li Yinghong Zhu Feng Innovative Drug Research and Bioinformatics Group Innovative Drug Research Centre and School of Pharmaceutical SciencesChongqing University

Selective norepinephrine reuptake inhibitors(sNRIs)represent a highly-effective class of antidepressant *** inhibitory mechanism of approved sNRIs could facilitate the design and discovery of privileged scaffolds with improved ***,the structure of human norepinephrine transporter(hNET)has not yet been determined and the inhibitory mechanism underlying sNRIs still remain *** our study,multiple computational methods were integrated to explore the inhibitory mechanism of approved sNRIs(atomoxetine,maprotiline,reboxetine and viloxazine),and the calculation results obtained were in good correlation with the experimental data,indicating that the model in the study was ***,a binding mode defined by collective interactions between 3 chemical groups in sNRIs and 11 hot spot residues in hNET was identified as a common feature shared by all approved *** identified binding mode could provide important insights into the inhibitory mechanism of approved sNRIs,which could be utilized as a framework to design novel lead scaffolds with improved drug efficacy.

关键词： Selective norepinephrine reuptake inhibitors inhibitory mechanism multiple computational methods binding mode

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A novel strategy applied to simultaneous quantitative-determination on 2,4,6-trinitrotoluene and dinitrotoluene isomers in natural water:a combination of UV-Vis spectroscopy and multivariate calibration methods

A novel strategy applied to simultaneous quantitative-determ...

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中国化学会第30届学术年会-第二十五分会：化学信息学与化学计量学

作者： Lu Wang Yuxiang Zhang Tao Lu Yihuan Zhao Menglong Li Zhining Wen Xuemei Pu College of Chemistry Sichuan University

2,4,6-trinitrotoluene（TNT）and its byproducts drinitrotoluene（DNT）pose a significant risk to human health and other living ***,the conventionally analytical methods involved in bulky and expensive instruments are complicated and time-consuming,impeding the quick and on-line *** the work,a facile yet effective strategy of utilizing UV-Vis spectroscopy coupled with partial least squares（PLS）was proposed,through which TNT and two isomers of DNT in nature water could be rapidly and simultaneously determined without any *** combination population analysis（VCPA）was utilized to select important feather variables and significantly improves the predictive performance of the PLS *** calibration set contains 25 samples constructed by orthogonal array design（OAD）.The predictive ability of the models was validated by an independent prediction set including 15 samples,achieving up to 0.99 of the determination coefficients（R）for each of the ***,the optimized PLS-VCPA models were successfully applied to test the three ingredients in six real water samples involving in tap,lake and river *** recovery values were close to 100%,exhibiting good promise in ***,the combination of the UV-Vis spectroscopy and PLS method coupled with the efficient variable-selection method has high potential to be a simple,quick and accurate method for the determination of TNT,2,4-DNT and 2,6-DNT in water *** strategy could advance analytical methods in environmental monitoring and the other complicated systems with multiple components.

关键词： UV-Vis spectroscopy 2,4,6-trinitrotoluene dinitrotoluenes multivariate calibration methods natural water

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BioTriangle:a web service for computing various descriptors of small molecules,proteins,DNAs/RNAs and their interactions

BioTriangle:a web service for computing various descriptors ...

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中国化学会第30届学术年会-第二十五分会：化学信息学与化学计量学

作者： Jie dong Zhi-Jiang Yao Ming Wen Min-Feng Zhu Ning-Ning Wang Hong-Yu Miao Dong-Sheng Cao School of Pharmaceutical Sciences Central South University College of Chemistry and Chemical Engineering Central South University School of Mathematics and Statistics Central South University Department of Biostatistics School of Public HealthUniversity of Texas Health Science Center at Houston

Rapid advances in network biology indicate that most cellular components exert their functions through interactions with other cellular components,such as proteins,DNA,RNA and small *** rapidly increasing amount of publicly available data in biology and chemistry enables researchers to revisit interaction problems by systematic integration and analysis of heterogeneous ***,we developed a comprehensive molecular representation tool,called BioTriangle,to emphasize the integration of chemoinformatics and bioinformatics into a molecular informatics platform for computational biology *** is a feature-rich toolkit used for the characterization of various complex biological molecules and interaction samples,such as chemicals,proteins,DNA/RNA,and their *** calculates nine types of features including chemical descriptors or molecular fingerprints,structural and physicochemical features of proteins and peptides from amino acid sequence,composition and physicochemical features of DNA/RNA from their primary sequences,chemical-chemical interaction features,chemical-protein interaction features,chemical-DNA/RNA interaction features,protein-protein interaction features,protein-DNA/RNA interaction features,and DNA/RNA-DNA/RNA interaction *** recommend BioTriangle to analyze and represent various complex molecular data under *** hope that the web service will be helpful when exploring questions concerning structures,functions and interactions of various molecular data in the context of computational biology.

关键词： Molecular descriptors molecular representation interaction features QSAR/QSPR chemoinformatics

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Prion关键突变对其结构及聚集过程影响的分子模拟研究

Prion关键突变对其结构及聚集过程影响的分子模拟研究

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中国化学会第30届学术年会-第二十五分会：化学信息学与化学计量学

作者：周双艳宁璐璐郭晶晶刘焕香兰州大学药学院

朊病毒病又称传染性海绵状脑病,是一类严重的神经退行性疾病,目前没有有效的治疗措施。导致这类疾病的根本原因是朊蛋白的错误折叠和聚集。在朊蛋白中,大约有40种与疾病相关的单点突变。研究也发现一些保护性突变可以完全阻止朊病毒病... 详细信息

朊病毒病又称传染性海绵状脑病,是一类严重的神经退行性疾病,目前没有有效的治疗措施。导致这类疾病的根本原因是朊蛋白的错误折叠和聚集。在朊蛋白中,大约有40种与疾病相关的单点突变。研究也发现一些保护性突变可以完全阻止朊病毒病的发生。这些突变如何影响朊蛋白的结构和功能,进而促进或阻止朊病毒病的发生?理解关键突变导致和阻止朊病毒病发生的分子机制,对于阐明朊病毒病的发病机理,发展有效的抗朊病毒策略具有重要的理论和实际应用价值。围绕这一主题,本课题组首先通过探讨几个关键致病性突变T188K/R/A及D202N、E211Q、Q217R对朊蛋白球状域结构和功能的影响,揭示这些突变导致家族性朊病毒病发生的分子机理[6-7]。研究结果表明188位置的三个突变对PrP的结构产生了多样性的影响,而H3上的三个突变(D202N,E211Q和Q217R)对结构仅产生了轻微的影响,而突变使得蛋白表面的静电势发生很大的改变,这表明不同位置的突变具有不同的致病机制[6-7]。为研究致病性突变和保护性突变对朊蛋白错误折叠和聚集过程的影响,我们基于REMD模拟研究了和格斯特曼综合症密切相关的A117V突变和保护性突变H111S对两个prion关键片段PrP106-126和PrP113-120折叠过程和聚集过程的影响[8-9]。得到的结果表明两个突变改变了PrP106-126的构象分布,引起了具有聚集倾向的中间体含量的不同,导致了聚集速率不同;其次,突变可能会改变聚集过程中的链间相互作用。由于疏水性溶剂可及化表面积的增加,A117V突变体有可能通过增强链间疏水性相互作用加快纤维形成[7-8]。而H111S则通过降低疏水性溶剂可及化表面积减缓PrP106-126的聚集。此外,我们还通过研究最近发现的一个保护性突变G127V对朊蛋白二聚和聚集过程的影响,揭示G127V突变通过破坏β1之间的主链氢键阻止二聚体和聚集体的形成[10]。

关键词：朊病毒病错误折叠和聚集突变分子动力学模拟

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