荔枝霜疫霉(Peronophythora litchii Chen ex Ko et al.)引起的霜疫病是荔枝上的重要病害之一,在广东、广西、福建、四川、云南和海南等省份的荔枝主产区为害较重。本研究目的在于构建荔枝霜疫霉泛基因组,通过采自不同病区的菌株进行基...
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荔枝霜疫霉(Peronophythora litchii Chen ex Ko et al.)引起的霜疫病是荔枝上的重要病害之一,在广东、广西、福建、四川、云南和海南等省份的荔枝主产区为害较重。本研究目的在于构建荔枝霜疫霉泛基因组,通过采自不同病区的菌株进行基因组学和比较基因组学分析,获得不同来源菌株的致病力差异和基因组变异之间的关系。为此我们以采自荔枝霜疫病发生严重的福建、四川和云南的4个菌株(编号FJ8、FJ11、SC1和YN1)为材料,表型分析显示菌株YN1的致病力较弱且产生游动孢子囊数量较少。我们采用Illumina二代测序平台对4个地理型菌株进行全基因组重测序,使用CLC workbench拼接至contigs水平,通过CEGMA和BUSCO对组装结果进行验证,采用从头预测结合转录组数据进行基因结构注释,并对5个菌株(FJ8、FJ11、SC1、YN1和SHS3)基因组构建基于基因识别的泛基因组,生物信息学分析表明核心基因有7 935个,附属基因有1 649个,效应分子更多集中于附属基因内。同时,我们还对这5个菌株基因组的SNP位点、InDels、SV和CNV进行比对统计,利用全基因组SNP位点构建了5个菌株的系统发育树,其中SNP位点对附属基因氨基酸突变的影响正在深入研究中。预期结果可以帮助我们了解荔枝霜疫霉的基因组变异特点和菌株YN1致病力下降的可能因素。
菜豆树(Radermachera spp.)是我国南方常见园林观赏植物,广泛种植于广东、海南、广西、贵州、云南、台湾等地,在印度、菲律宾、不丹等国也有分布。2018年在广东省广州市菜豆树上发现一种疑似炭疽病的病害,该病害主要为害菜豆树叶片,发病初期叶片上出现边缘深褐色、内部浅褐色、形状不规则的病斑,后期病斑内部变薄且转为灰白色,易穿孔,病斑上出现黑色小颗粒。从叶片病斑上分离获得病原菌单孢分离物,在25℃下,分离物菌株在PDA培养基上的菌丝生长速度为5.5～8.8mm/d;分生孢子短椭圆形或短棍棒形,部分菌株易产生子囊壳,内有子囊和子囊孢子,子囊孢子弯月形。使用MEGA5.2软件和最大似然法,对7个菜豆树炭疽病菌菌株的核糖体内转录间隔区(ITS)、肌动蛋白基因(ACT)、几丁质合成酶基因(CHS1)、3-磷酸甘油醛脱氢酶基因(GAPDH)、微管蛋白基因(TUB2)等5个基因进行多基因系统发育分析,结果表明:3个菌株与果生刺盘孢(***)菌株ICMP19581聚成一支,自展支持率为77%;2个菌株与卡斯特刺盘孢(***)菌株CBS127597聚成一支,自展支持率为98%;其余2个菌株独立成2个分支,属于胶孢炭疽菌复合种(*** species complex)。据作者所知,这是国内外首次发现菜豆树炭疽病。
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