核受体(Nuclear Receptor,NR)超家族是一类配体依赖激活的转录因子(如er,ar pr等),参与调控生物体多个生理过程,包括性别决定、分化以及性腺发育.本研究从尼罗罗非鱼的基因组和转录组序列中分离到了75个NR基因,隶属于7个亚家族,即NR0-NR6.为了阐明NR家族的演化过程,本研究还从象鲨、腔棘鱼以及斑点雀鳝基因组分别分离到53、53和52个NR基因.通过与已报道的真骨鱼以及其他物种中分离到的NR超家族成员比较发现,与四足类相比,真骨鱼类有21个NR基因发生复制,除shp,fxrr和gcnf外,其余复制均由FSGD (Fish Specific Genome Duplication)产生.本研究还从转录组学角度研究了NR家族成员在尼罗罗非鱼雌、雄性腺发育四个关键时期,即5、30、90、以及180dah(days after hatching)的表达模式,结果表明74个NR基因在性腺中表达,其中47个为高表达(总RPKM值>100),且大多呈性别二态性.这表明NR家族成员对鱼类的性别决定、分化及性腺维持可能起重要作用.在5、30、90、以及180dah分别有21、31、11和29个NR基因呈性别二态性.这四个时期表达差异最明显的基因分别是ff1c,reva-a,erβ-2以及vdra.其中ff1c被认为在黑鲈早期的精子发生中有重要作用,erβ-2也被证明在小鼠精巢的发育过程中有重要的作用.在四个关键时期中均为雄性高表达的NR基因有3个(trβ,ear-2a和coup-tfiia),而无NR基因同时在这四个时期中呈雌性高表达.通过real-time PCR和原位杂交对3个er和ff1c进行验证,结果与转录组数据相一致,这表明我们筛选NR家族中雌、雄高表达基因的结果是切实可靠的.本研究为探究NR基因在硬骨鱼的性别决定与性腺发育方面的作用提供了新的线索.
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