根据GenBank已发表的多株RHDV全基因组序列,设计3对扩增RHDV CD株的特异性引物,扩增了RHDVCD株包含全序列的3个片段,并分别克隆到pMD18-T载体上。根据引物上唯一的交叉酶切位点。把三个克隆片段同时克隆到pUC18载体上,获得了RHDVCD株全基因组克隆,测定了全基因组序列(GenBank accession number AY523410)。进行了CD株全序列与GeeBank上已发布的其他6株全序列比较及基因进化树分析。发现,除CD株外,其余6株(西班牙AST-89株、法国SD株、意大利BS89株、德国分离1株、德国分离2株、澳大利亚CzechV351株)之间的同源性均很高,在93.9％～100％之间,而CD株与其他6株之间的同源性均较低,在89.0％～89.6％之间。各毒株ORF1编码氨基酸之间同源性比较结果也与此类似,CD株与其它毒株之间的同源性在95.3％～96.4％之间,其它毒株之间的同源性在97.2％～100％之间。德国的2个分离株序列完全相同,应为同一毒株.进化树分析表明,此7株病毒可形成2个明显的分支,中国CD株形成一个分支,其余欧洲、澳大利亚分离株开成一个分支,具有明显地域差异特征.
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