目的:分析问号钩端螺旋体(钩体)含GGDEF和EAL/HD-GYP结构域的蛋白生物信息学结果,为后续的功能研究奠定基础。方法:以PSI-BLAST方法分析编码钩体GGDEF和EAL/HD-GYP结构域蛋白的基因;采用SMART和NCBI中的CDD方法分析蛋白的结构;采用EMBNET方法分析蛋白的跨膜序列;采用Signal P 4.0软件分析蛋白信号肽序列;采用MEGA 5.0程序和Neighbor-joining方法构建蛋白的进化树,蛋白序列来自于Signal Census database。结果:生物信息学表明,在问号钩体中有2...白分别具有GGDEF或EAL/HD-GYP结构域,其中仅有GGDEF结构域的蛋白有13个,仅有EAL结构域的有4个,GGDEF/EAL杂合的蛋白有3个,HD-GYP结构域蛋白有2...有的GGDEF结构域蛋白中均有酶活化位点A-site和变构抑制位点I-site,一个GGDEF/EAL(LA3909)亦存在I-site。在GGDEF结构域蛋白中主要的感受器结构域为PAS(7个蛋白),2...AF结构域,一个有REC结构域;而在EAL结构域蛋白中只有REC结构域。结论:对问号钩体GGDEF和EAL/HD-GYP结构域蛋白的分析表明钩体具有多拷贝的合成和降解c-di-GMP所需DGC和PDE编码基因,相关蛋白的多样性和结构特点的多态性表明在钩体中c-diGMP网络具有高度复杂性,同时反映出钩体对环境条件的改变具有复杂的应对机制。
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