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De novo Transcriptome Assembly and Marker Discovery for a Mangrove Species,Aegiceras corniculatum Using Illumina Platform

De novo Transcriptome Assembly and Marker Discovery for a Ma...

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后植物志时代的系统与进化植物学——2011年全国系统与进化植物学暨第十届青年学术研讨会

作者： Lu Fang,Renchao Zhou,Suhua Shi (Sun Yat-sen University,Guangzhou,510275,China)

Next generation sequencing technologies are increasingly applied to non-model organisms that are important for ecological and evolutionary *** corniculatum (L.) Blanco is one of the most salt tolerant mangrove species and can thrive in 3%salinity at the seaward edge of the mangrove *** we sequenced the transcriptome of A. corniculatum used Illumina GA platform to develop its genomic resources for ecological and

关键词： Illumina De novo Transcriptome Assembly and Marker Discovery for a Mangrove Species,Aegiceras corniculatum Using Illumina Platform

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Transcriptome sequencing in mangroves reveals weak selection on codon usage

Transcriptome sequencing in mangroves reveals weak selection...

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后植物志时代的系统与进化植物学——2011年全国系统与进化植物学暨第十届青年学术研讨会

作者： Sufang Chen,Renchao Zhou,Suhua Shi~* (School of Life Sciences,Sun Yat-sen University,Guangzhou 510275)

Codonusage analysis can be informative of selection *** kind of analysis is restricted to model organisms with sufficient genome *** sequencing by next generation sequencing technologies could provide a large number of sequences and allow codon usage analysis in non-model *** this study,we used Illumina platform to sequence the transcriptomes of seven mangrove species and de novo assemble them for codon usage analysis.15861,23788,22937,23975,

关键词： Transcriptome sequencing in mangroves reveals weak selection on codon usage

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What can we learn from evolutionary genomics in Arabidopsis relatives

What can we learn from evolutionary genomics in Arabidopsis ...

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后植物志时代的系统与进化植物学——2011年全国系统与进化植物学暨第十届青年学术研讨会

作者： Ya-Long Guo (State Key Laboratory of Systematic and Evolutionary Botany Institute of Botany,Chinese Academy of Sciences,Beijing 100093)

We sequenced the 207 Mb genome sequence of the outcrosser Arabidopsis lyrata,which diverged from the self-fertilizing species *** about 10 million years *** is generally assumed that the much smaller *** genome,which is only 125 Mb,constitutes the derived state for the family. Apparent genome reduction in this genus can be partially attributed to the loss of DNA from large-scale

关键词： What can we learn from evolutionary genomics in Arabidopsis relatives

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De novo Assembly and Characterization of Spartina alterniflora(Poaceae)Transcriptome by RNA-seq

De novo Assembly and Characterization of Spartina alterniflo...

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后植物志时代的系统与进化植物学——2011年全国系统与进化植物学暨第十届青年学术研讨会

作者： Wuxia Guo,Yelin Huang,Renchao Zhou,Suhua Shi. (Sun Yat-Sen University,Guangzhou 510275,China)

Background:Spartina alterniflora Loisel.(smooth cordgrass,2n=62) is a invasive perennial grass originated from Atlantic and Gulf Coast estuaries of North America,and has invaded estuaries around the world to *** genomic resources available for *** such as ESTs or genomie data sets are limited due to its large and complex genome(hexaploid,genome size=1,763.9 Mbp). Ultra-high-throughput RNA-seq technology provides a fast and efficient approach to generate large

关键词： Spartina alterniflora invasion hexaploid RNA-seq transcriptome characterization

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Identity of Microtoena Iongisepala(Lamiaceae)

Identity of Microtoena Iongisepala(Lamiaceae)

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后植物志时代的系统与进化植物学——2011年全国系统与进化植物学暨第十届青年学术研讨会

作者： Qiang Wang,De-Yuan Hong~1 (State Key Laboratory of Systematic and Evolutionary Botany,Institute of Botany,Chinese Academy of Sciences,Xiangshan,Beijing 100093,China.)

Microtoena longisepala *** & *** is recognized as an independent species by some *** has been considered closely related to Microtoena urticifolia *** results of our preliminary study show that the so-called diagnostic characters of Microtoena longisepala are actually not diagnostic,and this species might be a form of Microtoena movpinensis(Franch.) *** on the examination of a large number of herbarium specimens,extensive field observations,scanning electron microscope observations,and statistical analyses of all relevant characters,the name Microtoena longisepala is here reduced to a synonym of Microtoena movpinensis.

关键词： Lamioideae Pogostemoneae Microtoena longisepala Microtoena urticifolia Microtoena moupinensis statistical analysis

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Three Genome-based Phylogeny of Cupressaceae s.l.:Further Evidence for the Evolution of Gymnosperms and the Southern Hemisphere Biogeography

Three Genome-based Phylogeny of Cupressaceae s.l.:Further Ev...

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后植物志时代的系统与进化植物学——2011年全国系统与进化植物学暨第十届青年学术研讨会

作者： Zu-Yu Yang,Jin-Hua Ran,and Xiao-Quan Wang~* (State Key Laboratory of Systematic and Evolutionary Botany,Institute of Botany, Chinese Academy of Sciences,Beijing 100093,China)

Phylogenetic information is essential to interpret the evolution of *** DNA sequences from different genomes have been widely utilized in phylogenetie reconstruction,it is still difficult to use nuclear genes to reconstruct phylogenies of plant groups with a large genome and complex gene families,such as ***,we use two single-copy nuclear genes,together with chloroplast and mitochondrial genes,to reconstruct the

关键词： Southern Further Evidence for the Evolution of Gymnosperms and the Southern Hemisphere Biogeography Three Genome-based Phylogeny of Cupressaceae s.l

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How complicated and interesting taxonomy is?—Implications from the phylogenetic positions of Penkimia and Ascocentrum(Orchidaceae:Vandeae,Aeridinae)

How complicated and interesting taxonomy is?—Implications f...

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后植物志时代的系统与进化植物学——2011年全国系统与进化植物学暨第十届青年学术研讨会

作者： Xiaoguo Xiang,Xiaohua Jin~*,Hailang Zhou,Weitao Jin,Yangjun Lai (Herbarium & State Key Laboratory of Systematic and Evolutionary Botany,Chinese Academy of Sciences, Beijing 100093,China)

The orchid subtribe,Aeridinae,is notorious for its taxonomic confusion due to both convergence and divcrgence in floral and vegetative *** generic delimitation of Holcoglossum-Vanda alliance is one of taxonomic"black-boxes". Aim to understand the systematic positions of Penkimia and Ascocentrum,two little known genera of Holcoglossum-Vanda alliance,we employed nuclear ITS and extensive sampling including 55 species of

关键词： How complicated and interesting taxonomy is Implications from the phylogenetic positions of Penkimia and Ascocentrum Orchidaceae:Vandeae,Aeridinae

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Vascular epiphytes of a middle—elevation valley in Southwest China:a first report of the remarkable epiphyte diversity in the northernmost regions of tropical SE Asia

Vascular epiphytes of a middle—elevation valley in Southwes...

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后植物志时代的系统与进化植物学——2011年全国系统与进化植物学暨第十届青年学术研讨会

作者： Yumin Shui (Kunming Institute of Botany,Chinese Academy of Sciences,Kunming,650204,China)

The vascular epiphyte diversity of Asia has been very poorly *** study in a tropical cloud forest in Southwest China shows that the diversity at the genus and family levels of vascular epiphytes in Asia can be higher than those in the neotropics,and the species diversity may be as high as in the *** 5 ha study site is situated in a deep valley in southeastern Yunnan,China,at 102°17′02″E and 22°53′18″N,between 1720 m and 1850 m *** vascular epiphytes of the study

关键词： Vascular epiphytes of a middle elevation valley in Southwest China:a first report of the remarkable epiphyte diversity in the northernmost regions of tropical SE Asia

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Evolutionary breakdowns of floral conservatism in Malpighiaceae in tropical Asia:Evidence from mirror-image flowers in Hiptage

Evolutionary breakdowns of floral conservatism in Malpighiac...

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后植物志时代的系统与进化植物学——2011年全国系统与进化植物学暨第十届青年学术研讨会

作者： Ming-Xun Ren~1 and Xi-Qiang Song~2 1 Wuhan Botanical Garden,the Chinese Academy of Sciences.Wuhan 430074,China 2 Key Laboratory of Protection and Developmental Utilization of Tropical Crop Germplasm Resources (Hainan University),Ministry of Education.Danzhou 571737,China

Background and aims Malpighiaceae ar e predominantly neotropical plants and the floral morphology of most species is highly conserved,especially for floral symmetry and pollinator *** Asian genus Hiptage,however,the highly specialized pollination system,mirror-image flowers,and the associated unusual floral sttructures indicate an evolutionary shift ofthe floral *** study focuses on the floral biology and pollination adaptations ofmirror-image flowers in Hiptage to explore the floral evolution in Malpighiaceae.

关键词： Breeding system calyx gland enantiostyly floral evolution heteranthery Hiptage benghalensis Malpighiaceae pollination

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The Genus Bazzania in China and Adjacent *** Species

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后植物志时代的系统与进化植物学——2011年全国系统与进化植物学暨第十届青年学术研讨会

作者： LAN-PING ZHOU~(1,2,3),LI ZHANG~2,FU-WU XING~1 (1 South China Botanical Garden,Chinese Academy of Sciences,Guangzhou 510650,China,2 Fairylake Botanical Garden,Shenzhen and Chinese Academy of Sciences,Shenzhen 518004,China and 3 Graduate University of the Chinese Academy of Sciences,Beijing 100049,China)

In this paper,two new species of genus Bazzania,*** L.-*** & *** and B. hainanensis L.-*** & ***,are described from *** is characterised by its oblong leaves and irregularly denticulate apex of its underleaves;it differs from *** Meagher & Glenny in the shape of leaf cells and the apex of the *** is distinguished from its congeners by its almost entire leaf apex and the denticulate apex of its *** addition,*** (Lehm.& Lindenb.) Trevis.,*** ***.,***(Steph.) *** B. fleischeri(Steph.) *** included as new additions to *** descriptions of the new species and the illustrations of the six species are presented.

关键词： Bazzania Bazzania dulongensis Bazzania hainanensis China new records new species

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