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古菌RecJ核酸酶到真核Cdc45进化之路的结构解释

古菌RecJ核酸酶到真核Cdc45进化之路的结构解释

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第二十次全国环境微生物学学术研讨会

作者：刘喜朋上海交大微生物代谢国家重点实验室

细胞分裂周期蛋白Cdc45作为复制型解螺旋酶复合物CMG(Cdc45-MCM helicase-GINS)的核心亚基之一,对基因组DNA解链成单链DNA至关重要.在原核生物中并没有发现Cdc45的高度序列同源蛋白.关于Cdc45的进化来源一直是一个谜.最近人Cdc45蛋白结... 详细信息

细胞分裂周期蛋白Cdc45作为复制型解螺旋酶复合物CMG(Cdc45-MCM helicase-GINS)的核心亚基之一,对基因组DNA解链成单链DNA至关重要.在原核生物中并没有发现Cdc45的高度序列同源蛋白.关于Cdc45的进化来源一直是一个谜.最近人Cdc45蛋白结构的解析为进一步认识其功能、寻找其进化祖先提供了基础.通过序列比对与蛋白结构解析,发现古菌RecJ核酸酶在三维结构与保守motif层面都与人Cdc45高度相似,很可能是真核Cdc45蛋白的进化祖先.古菌RecJ核酸酶与真核细胞Cdc45蛋白都具有典型的DHH与DHHA1结构域,这一点与细菌RecJ核酸酶也非常相似.与细菌RecJ不同之处是二者都编码一个额外的结构域CID(CMG-Interaction-Domain).与Cdc45蛋白不同,RecJ具有典型的核酸酶活性,对单链DNA与单链RNA均有活性.因与GINS有相互作用,其活性还受GINS促进.

关键词：古细菌 RecJ核酸酶细胞分裂周期蛋白复制型解螺旋酶复合物基因组学

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水稻愈伤组织对活性细菌和硝化微生物群落的影响

水稻愈伤组织对活性细菌和硝化微生物群落的影响

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第二十次全国环境微生物学学术研讨会

作者：李勇刘亥扬徐建明邸洪杰浙江大学环境与资源学院杭州310058

水稻是世界上食用人口最多、历史最悠久的农作物。全球25亿以上的人口主食大米。亚洲是最主要的水稻生产与消费区，全世界90％以上的水稻产自亚洲。水稻根系会在其生长期不断的向土壤中释放的各种分泌物，主要包括低分子量的有机物质、... 详细信息

水稻是世界上食用人口最多、历史最悠久的农作物。全球25亿以上的人口主食大米。亚洲是最主要的水稻生产与消费区，全世界90％以上的水稻产自亚洲。水稻根系会在其生长期不断的向土壤中释放的各种分泌物，主要包括低分子量的有机物质、根细胞脱落物及其分解产物、高分子量的黏胶物质、气体、质子和养分离子，使得根际区域内微生物群落结构和活性显得非常独特。为了了解这种简单有机物降解过程中的活性细菌群落，我们用13C标记的N6D培养基诱发水稻种子培育愈伤组织(callus)，进行室内微宇宙实验。在56天的培养过程中进行阶段性的样品采集，结合稳定性同位素核酸探针技术(DNA-SIP)、变性梯度凝胶电泳(DGGE)和克隆测序分析callus降解过程中活性细菌群落动态变化。结果表明：callus的添加显著改变了细菌丰度和群落结构;DGGE条带聚类分析表明callus降解前期(3-7天)的细菌明显不同于后期(14-56天);多于70％同化callus碳源的细菌为革兰氏阴性菌，主要是α-，β-，γ-变形菌、鞘脂杆菌和放线菌。

关键词：水稻愈伤组织细菌氨氧化微生物自养

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基于高通量测序技术评估细菌可培养性

基于高通量测序技术评估细菌可培养性

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第二十次全国环境微生物学学术研讨会

作者：廖丽花郑伟郭峰厦门大学生命科学学院微生物生理生态实验室厦门361102

环境中绝大多数细菌尚未被经典的微生物分离实验所分离培养,一般认为主要原因是实验室条件无法完全构建特定细菌所存在的环境中生长所需的某些关键因素.此外,由于某些微生物生长速度慢导致在分离过程中易被忽略.本研究采取刮取平板上所... 详细信息

环境中绝大多数细菌尚未被经典的微生物分离实验所分离培养,一般认为主要原因是实验室条件无法完全构建特定细菌所存在的环境中生长所需的某些关键因素.此外,由于某些微生物生长速度慢导致在分离过程中易被忽略.本研究采取刮取平板上所有微生物进行菌种检测的思路,对一个EBPR(Enhanced Biological Phosphorus Removal)样品进行平板分离实验,然后提取总DNA,对细菌16S rRNA基因V4区进行高通量测序,基于文献界定不同分类阶元的16SrRNA基因相似度对平板存在的新种微生物进行评估.结果表明,在48个平板上共检测出889个分类操作单元(operational taxonomic units,OTUs),其中共有177个新种(与所有可培养菌株97％相似度以下),包括1个新纲、9个新目、17个新科、59个新属和91个新种.在至少3个平板上出现的高频度新种95种,为1个新纲、5个新目、3个新科、30个新属和56个新种.另外,对平板上生长的部分细菌进行挑菌分离,根据16S rRNA基因序列相似度并通过构建系统发育树,分别得到新属,新科,新目水平的各1株纯培养菌株.本研究暗示,常规平板分离过程可能存在大量被人为忽略的新种菌落,可能是由于其生长缓慢和菌落较小等原因所导致.

关键词：细菌可培养性高通量测序基因相似度系统发育树

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海洋假交替单胞菌Rf-1群体感应及饥饿蛋白基因sspB对其的调控

海洋假交替单胞菌Rf-1群体感应及饥饿蛋白基因sspB对其的调控

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第二十次全国环境微生物学学术研讨会

作者：余志良刘静赵敏燕丁雅娟音建华裘娟萍浙江工业大学生物工程学院微生物研究所

群体感应是微生物调控群体生理代谢活动的一种重要机制.研究已表明海洋典型细菌假交替单胞菌生物活性物质的产生受群体感应调控,但对调控假交替单胞菌群体感应行为的机制不清.本研究以假交替单胞菌Rf-1为研究对象,利用全基因组测序和注... 详细信息

群体感应是微生物调控群体生理代谢活动的一种重要机制.研究已表明海洋典型细菌假交替单胞菌生物活性物质的产生受群体感应调控,但对调控假交替单胞菌群体感应行为的机制不清.本研究以假交替单胞菌Rf-1为研究对象,利用全基因组测序和注释,分析了群体感应系统组成和特点,发现菌株Rf-1有一套LuxI-R种内群体感应系统和一套完整的种间群体感应系统.通过平行划线、平板打孔、薄层层析和气相-质谱联用等方法确认Rf-1能产生酰基高丝氨酸内酯类AHL的信号分子.通过检测静置培养过程中,细胞密度、群体感应信号分子和L-氨基酸氧化酶的变化和实时荧光PCR对信号分子合成酶基因和L-氨基酸氧化酶基因转录水平的分析,发现Rf-1能利用群体感应系统调节体内ROS酶促脱毒系统,从而提高对L-氨基酸氧化酶所产生的H2O2的抵抗能力,由此提高L-氨基酸氧化酶的累积.

关键词：海洋假交替单胞菌群体感应饥饿蛋白全基因组测序

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Alkalitalea saponilacus产木聚糖酶的碳源优化及酶学特性

Alkalitalea saponilacus产木聚糖酶的碳源优化及酶学特性

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第二十次全国环境微生物学学术研讨会

作者：廖子亚郭晓萌闫艳春李俊赵百锁中国农业科学院研究生院北京 100081 农业部微生物产品质量安全风险评估实验室北京100081 中国农业科学院研究生院北京 100081 农业部微生物产品质量安全风险评估实验室北京100081

目的：确定厌氧细菌Alkalitalea saponilacus产木聚糖酶所需碳源,优化粗酶提取条件并分析酶学特性.[方法]应用GC技术分析***以木聚糖为底物发酵的终产物,利用二硝基水杨酸法(DNS)测定木聚糖酶活以获得最佳碳源组合、优化粗酶提取最佳条... 详细信息

目的：确定厌氧细菌Alkalitalea saponilacus产木聚糖酶所需碳源,优化粗酶提取条件并分析酶学特性.[方法]应用GC技术分析***以木聚糖为底物发酵的终产物,利用二硝基水杨酸法(DNS)测定木聚糖酶活以获得最佳碳源组合、优化粗酶提取最佳条件和酶学性质.结果：***以源自燕麦、桦木和榉木的木聚糖为底物发酵时,其终产物主要为丙酸(90％以上).该菌以0.4％(w/v)蔗糖+0.1％(w/v)木聚糖为底物时,其酶活力是以木聚糖或者蔗糖为底物的3.2倍.该木聚糖酶的酶活性在盐度2-6％, pH7.0和55℃条件下可达到最佳.此外,0.2％ Tween 20能提高木聚糖酶的活力,但Cu2+、Fe3+和Ni2+等金属离子则显著抑制,而5 mmol/L Mg2+和0.2％ Triton X-100对酶活无显著影响.结论：***发酵产物丙酸及合成的木聚糖酶在现代工业中都具有广泛的应用前景.

关键词： Alkalitalea saponilacus 丙酸木聚糖酶

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南美白对虾育苗全程幼体微生物群落的演替轨迹

南美白对虾育苗全程幼体微生物群落的演替轨迹

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第二十次全国环境微生物学学术研讨会

作者：王艳婷王凯黄雷张德民宁波大学海洋学院浙江宁波315211

近年来，病害频发已成为对虾养殖业发展的主要瓶颈。虾苗质量与后续养殖中对虾的生长和抗逆抗病能力关系密切。因此，育苗对后续养殖成功与否至关重要。微生物群落在环境/调控因子和养殖动物健康间的枢纽作用决定了其在养殖系统中的核... 详细信息

近年来，病害频发已成为对虾养殖业发展的主要瓶颈。虾苗质量与后续养殖中对虾的生长和抗逆抗病能力关系密切。因此，育苗对后续养殖成功与否至关重要。微生物群落在环境/调控因子和养殖动物健康间的枢纽作用决定了其在养殖系统中的核心地位，而揭示育苗全程幼虾微生物群落的发展演替规律是调控微生物群落的科学基础。本研究应用16S rRNA基因高通量测序技术，追踪调查了南美白对虾育苗全程幼体和水体的微生物群落。研究发现，在幼虾的不同发育阶段，幼虾及水体细菌群落结构均呈现不同的特征，且呈现出不同的演替轨迹。不同发育阶段幼体微生物群落组成有明显区别，微生物群落组成的重大转变是对虾幼体发育的标志。育苗全程，各阶段幼虾细菌群落个体相似性，幼虾与水体的群落相似性及共享OTU数均在蚤状幼体时期较高。与同阶段相比，蚤Ⅰ、蚤Ⅱ时期的幼虾与其前一阶段水体群落相似性更高，蚤Ⅱ时期与其前一阶段水体的共享OTU数更多，因此水体微生物群落在幼体中的定植可能存在延迟现象。此外，核心微生物类群可代表整体类群的演替特征。本研究结果对调控育苗体系微生物群落具有重要意义，为提高对虾育苗质量提供了扎实的微生物生态学理论基础。

关键词：南美白对虾幼体育苗全程高通量测序群落演替

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舟山寡营养潮间带氨氧化细菌和古菌时空分异研究

舟山寡营养潮间带氨氧化细菌和古菌时空分异研究

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第二十次全国环境微生物学学术研讨会

作者：胡佳杰刘帅杨韦玲何崭飞王家骐郑平胡宝兰浙江大学环境与资源学院杭州310058

氨氧化过程是氮循环重要的一部分.一百多年以来,人们一直认为只有氨氧化细菌(AOB)参与了氨氧化过程.直到2005年,氨氧化古菌(AOA)的发现改变了这一认识,开启了对氨氧化细菌和古菌生态位分异的研究.过去的研究表明,氨氧化细菌和氨氧化古... 详细信息

氨氧化过程是氮循环重要的一部分.一百多年以来,人们一直认为只有氨氧化细菌(AOB)参与了氨氧化过程.直到2005年,氨氧化古菌(AOA)的发现改变了这一认识,开启了对氨氧化细菌和古菌生态位分异的研究.过去的研究表明,氨氧化细菌和氨氧化古菌都可能成为海洋生境中的主导氨氧化微生物.一些环境因子可能会对海洋生境中氨氧化细菌和古菌的生态位有显著的影响,如盐度、水深、温度、PO43-、NO3-、NO2-、总氮、SiO32-和溶解氧浓度等.潮间带是一类好氧/缺氧交替的海洋生境,环境因子在潮间带周期性地发生剧烈的变化.以往的研究在几千米的尺度上研究潮间带氨氧化细菌和古菌的时空分异,从河流到近海的布点位置并不周期性地暴露在空气中.而在周期性暴露于空气中的潮间带生境中氨氧化细菌和古菌的时空分异特征尚不清楚.本研究选择舟山小干岛寡营养条件的潮间带(～0.04 mM氨氮浓度)[29°57′ 39″N,122°13′(01-03)″E]作为研究对象.该潮间带周期性地暴露在空气中,沿着潮间带-潮下带方向仅有100米左右.

关键词：氨氧化细菌氨氧化古菌潮间带生态位分异环境因子

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复合菌系生物预处理强化农业废弃物猪粪和稻秆的混合厌氧消化研究

复合菌系生物预处理强化农业废弃物猪粪和稻秆的混合厌氧消化研究

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第二十次全国环境微生物学学术研讨会

作者：沈飞史晶亮张庆华江西农业大学生物科学与工程学院江西省农业微生物资源开发与利用工程实验室江西南昌330045

本研究利用前期构建的纤维素降解复合菌系对农业废弃物猪粪和稻秆进行生物预处理,考察了不同预处理时间对猪粪和稻秆混合物厌氧发酵的影响.结果表明,稻秆和猪粪经纤维素降解复合菌系预处理30 h后的失重率高达39.4％,此时,降解液中羧甲... 详细信息

本研究利用前期构建的纤维素降解复合菌系对农业废弃物猪粪和稻秆进行生物预处理,考察了不同预处理时间对猪粪和稻秆混合物厌氧发酵的影响.结果表明,稻秆和猪粪经纤维素降解复合菌系预处理30 h后的失重率高达39.4％,此时,降解液中羧甲基纤维素酶酶活和滤纸酶酶活分别可达到2.38和2.25 IU.进一步将预处理后的猪粪和稻秆混合物进行厌氧发酵后发现,经生物预处理30 h后的猪粪和稻秆混合物产气效果最佳,其甲烷产率可达263.69 mL/g-VS,其结果相对于未进行复合菌系预处理的空白对照组和0h组分别提升了47.6％和43.3％,与此同时,在此预处理条件下的厌氧产气高峰期可维持3-5d,相对于空白对照组的产气高峰期持续时间更长.上述研究结果展现出了巨大的应用潜质,同时亦为其它种类的禽畜粪便和秸秆类废弃物的沼气资源化高效处置提供一定的技术支撑.

关键词：预处理时间猪粪稻秆纤维素降解复合菌系厌氧发酵

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基于转录组的生物絮凝剂合成相关基因的定位与功能解析

基于转录组的生物絮凝剂合成相关基因的定位与功能解析

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第二十次全国环境微生物学学术研讨会

作者：崔迪吴丹李昂杨基先谢雨彤马放季宇彬哈尔滨商业大学理学院哈尔滨150076 哈尔滨工业大学城市水资源与水环境国家重点实验室哈尔滨150090 哈尔滨工业大学城市水资源与水环境国家重点实验室哈尔滨150090 哈尔滨商业大学理学院哈尔滨150076

生物絮凝剂产生菌Agrobacterium tumefaciens F2在基本培养基(FP24)和絮凝培养基(FX9,EX24),不同时间条件下存在着表型差异,以此为基础分析生物絮凝剂产生菌F2在不同培养条件下多糖合成相关基因的转录水平的差异,以完成*** F2生物絮凝... 详细信息

生物絮凝剂产生菌Agrobacterium tumefaciens F2在基本培养基(FP24)和絮凝培养基(FX9,EX24),不同时间条件下存在着表型差异,以此为基础分析生物絮凝剂产生菌F2在不同培养条件下多糖合成相关基因的转录水平的差异,以完成*** F2生物絮凝剂合成的关键基因的定位.分别对FP24/FX24、FX9/FX24进行了差异表达基因的分析,发现与FP24相比,FX24样本有1226个转录本表达量呈现上调,926个转录本表达量下调.而与FX9相比,FX24则有1021个转录本表达量呈现上调,364个转录本表达量下调,其中包括多个琥珀酰聚糖合成相关exo基因和多种调控基因.同时,对筛选得到的显著差异基因进行注释和功能解析,初步完构建了生物絮凝剂合成基因簇和合成途径.

关键词：生物絮凝剂合成基因功能解析

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恶臭假单胞菌KT2440中c-di-GMP通过促进fpr-1和katE的表达增强菌株抵抗氧化胁迫的能力

恶臭假单胞菌KT2440中c-di-GMP通过促进fpr-1和katE的表达增强菌...

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第二十次全国环境微生物学学术研讨会

作者：肖玉杰黄巧云陈雯莉华中农业大学农业微生物学国家重点实验室武汉430070

环二鸟苷酸(c-di-GMP)是广泛存在于细菌中的一种核酸类第二信使,参与调节原核生物中多种生理活动,例如在调节菌体生物被膜状态和运动状态的转变中起着重要作用.氧化胁迫是指高浓度的活性氧(ROS)对细胞中的生物分子造成的氧化损伤,有效... 详细信息

环二鸟苷酸(c-di-GMP)是广泛存在于细菌中的一种核酸类第二信使,参与调节原核生物中多种生理活动,例如在调节菌体生物被膜状态和运动状态的转变中起着重要作用.氧化胁迫是指高浓度的活性氧(ROS)对细胞中的生物分子造成的氧化损伤,有效应对氧化胁迫是细菌适应和生存于各种环境的重要能力.通常认为,c-di-GMP是通过影响生物被膜形成和运动能力而间接影响菌株的抗氧化胁迫能力,但c-di-GMP能否通过调控胞内氧化还原酶的表达或活性而直接影响菌株抗氧化胁迫尚不清楚.前期工作发现c-di-GMP对恶臭假单胞菌KT2440应对氧化胁迫有重要作用,高c-di-GMP水平的菌株对氧化胁迫的抵抗能力更强.通过比较不同c-di-GMP水平的KT2440菌株中常见抗氧化胁迫相关基因的表达水平,发现高水平c-di-GMP促进fpr-1和katE的表达.fpr-1编码的铁氧化还原蛋白还原酶可为参与各种代谢的蛋白质提供电子,katE编码的过氧化物酶参与胞内过氧化物的处理,两者在细菌应对氧化胁迫过程中起重要作用.

关键词：恶臭假单胞菌氧化胁迫环二鸟苷酸 fpr-1基因 katE基因

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