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机构

23 篇 生物电子学国家重...
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4 篇 生命科学与技术学...
4 篇 北京大学
4 篇 生命科学学院
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3 篇 计算机科学系

作者

13 篇 孙啸
10 篇 李霞
9 篇 王吉华
9 篇 蔡禄
7 篇 于家峰
6 篇 曹赞霞
6 篇 孙之荣
5 篇 张岩
5 篇 赵秀娟
5 篇 刘宏德
5 篇 王举
5 篇 陆祖宏
4 篇 刘洪波
4 篇 刘孟
4 篇 黄健
4 篇 刘国庆
4 篇 胡言石
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4 篇 林昊
4 篇 胡莹

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Context-specific DNA Methylation Defines Dynamics of Transcription Regulatory Networks in Cancers

Context-specific DNA Methylation Defines Dynamics of Transcr...

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第六届全国生物信息学与系统生物学学术大会暨国际生物信息学前沿研讨会

作者：刘昱刘阳肖正涛杨雪瑞生物信息学教育部重点实验室生命科学学院清华大学北京100084 清华-北大生命科学联合中心生物信息学教育部重点实验室生命科学学院清华大学北京100084

Background: As an important epigenetic marker, context-specific DNA methylation plays a critical role in regulating gene transcription, thereby involved in many biological ***, previously in most of the efforts to reverse engineer cancer-specific transcription regulatory networks, DNA methylation has not been taken into account as a significant factor in controlling gene expression, partly due to lack of large-scale genome-wide data.

关键词： DNA methylation transcription regulatory network co-operative transcriptional regulation pan-cancer analysis

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An Multi-instance Multi-label Learning Method for Predicting Protein Function in the Yeast Genome

An Multi-instance Multi-label Learning Method for Predicting...

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第六届全国生物信息学与系统生物学学术大会暨国际生物信息学前沿研讨会

作者：吴建盛汤丽华韩微晏善成地理与生物信息学院南京邮电大学南京210046 地理与生物信息学院南京邮电大学南京210046 生物电子学国家重点实验室生物科学与医学工程学院东南大学南京210096

Background: Understanding biological functions of proteins is a key challenge in the post-genomic *** to its inherent difficulty and expense, experimental annotation of protein functions cannot scale up to accommodate the vast amount of sequence data already ***, computational methods that predict biological functions of a protein have emerged as an urgent problem at the forefront of computational and molecular biology, and machine learning techniques provide an effective approach for the construction of classifiers for this task.

关键词： Protein Function Prediction Yeast Genome Machine learning Multi-instance Multi-label Learning

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Improving Protein Fold Recognition Via Identifying Common Protein Structure Framework

Improving Protein Fold Recognition Via Identifying Common Pr...

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第六届全国生物信息学与系统生物学学术大会暨国际生物信息学前沿研讨会

作者：凌彬朱建伟王超张海仓郑伟谋卜东波生物信息课题组中国科学院计算技术研究所北京100190 中国科学院大学北京100049 中国科学院理论物理研究所北京100190 生物信息课题组中国科学院计算技术研究所北京100190

Background: Protein structure prediction remains a challenge in the field of computational *** protein structure prediction approaches include template-based modelling (say, homology modelling, and threading), and ab ... 详细信息

关键词： protein structure prediction motif fold recognition homology protein

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Prediction of trans-acting siRNAs in human brain

Prediction of trans-acting siRNAs in human brain

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第六届全国生物信息学与系统生物学学术大会暨国际生物信息学前沿研讨会

作者：刘小双张广鑫张长青王进医药生物学国家重点实验室生命科学学院南京大学南京210093 园艺学院金陵科技学院南京210038

Background: Endogenous small non-coding RNAs have been found to play pivotal roles in regulating gene expression in *** huge interests are put into the function and molecular mechanism of microRNAs in the development and disease of various organisms via the repression of mRNA of protein coding gene, new discoveries indicate that they may trigger the generation of another type of small RNAs, the trans-acting siRNAs (ta-siRNAs).This implies a new mode of RNA function, the regulation between small RNAs which gives rise to an even more complicate and elaborate pattern of RNA regulation mechanism for gene expression.

关键词： trans-acting siRNAs microRNAs prediction human brain degradome

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Bacterial GC content variations, genome expansion and terrestrial land colonization

Bacterial GC content variations, genome expansion and terres...

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第六届全国生物信息学与系统生物学学术大会暨国际生物信息学前沿研讨会

作者：吴浩方永军于军章张中科院基因组科学与信息重点实验室北京基因组研究所中国科学院北京农业部橡胶树生物学重点实验室中国热带农业科学院儋州

Background: Although it has already been well documented that, in contrast to translation and transcription systems, DNA replication systems are not universally conserved among the three domains of life (Bacteria, Archaea, and Eukaryotes), it comes as a great surprise that even within bacteria the functional DNA polymerase Ⅲ alpha subunits (DnaE) have four different homologs, i.e., DnaE1, DnaE2, DnaE3, and PolC.

关键词： GC content HGT genome expansion metagenomics bacterial land colonization

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LincSNP: a database of linking disease-associated SNPs to human large intergenic non-coding RNAs

LincSNP: a database of linking disease-associated SNPs to hu...

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第六届全国生物信息学与系统生物学学术大会暨国际生物信息学前沿研讨会

作者：宁尚伟赵祖相岚叶景润王鹏智慧李荣红王婷婷李霞生物信息科学与技术学院哈尔滨医科大学哈尔滨210096

Background: Genome-wide association studies (GWAS) have successfully identified a large number of single nucleotide polymorphisms (SNPs) that are associated with a wide range of human ***, many of these disease-associated SNPs are located in non-coding regions and have remained largely *** findings indicate that disease-associated SNPs in human large intergenic non-coding RNA (lincRNA) may lead to susceptibility to diseases through their effects on lincRNA *** is, therefore, a need to specifically record these SNPs and annotate them as potential candidates for disease.

关键词： LincRNA Disease-associated SNPs GWAS Non-coding RNA Database

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The regulated network of alternative splicing factors

The regulated network of alternative splicing factors

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第六届全国生物信息学与系统生物学学术大会暨国际生物信息学前沿研讨会

作者：蔡禄邢永强数理与生物工程学院内蒙古科技大学包头014010 生物工程与技术研究所内蒙古科技大学包头014010 内蒙古生物质能源化利用重点实验室内蒙古科技大学包头014010 数理与生物工程学院内蒙古科技大学包头014010 生物工程与技术研究所内蒙古科技大学包头014010

Background: Alternative splicing is pervasive in multi-exon genes of human and other organisms, and is a major contributor to the expansion of the transcriptome diversity and functional *** array data demonstrated tha... 详细信息

关键词： alternative splicing protein factor RNA element interaction

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Transcription factor and microRNA co-regulatory network analysis in complex diseases

Transcription factor and microRNA co-regulatory network anal...

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第六届全国生物信息学与系统生物学学术大会暨国际生物信息学前沿研讨会

作者：张红梅叶华山龚静刘伟郭安源湖北省生物信息与分子成像重点实验室生物医学工程系生命科学与技术学院华中科技大学武汉430074

Background: Transcription factors (TFs) and microRNAs (miRNAs) can jointly regulate target gene expression in the forms of feed-forward loops (FFLs) or feedback loops (FBLs).These regulatory loops serve as important motifs in gene regulatory networks and play critical roles in multiple biological processes and different *** of the TF-miRNA mediated regulatory modules have been ***, there are no TF-miRNA analysis in T-cell acute lymphoblastic leukemia (T-ALL) and no comprehensive review of the TF-miRNA network.

关键词： feed-forward loop microRNA regulatory network T-ALL transcription factor

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Study on the interactions between Euphorbia factor L713283 ligand and β-tubulin using molecular simulation methods

Study on the interactions between Euphorbia factor L713283 l...

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第六届全国生物信息学与系统生物学学术大会暨国际生物信息学前沿研讨会

作者：胡建平何红秋梁立刘嵬苟小军化学学院乐山师范学院乐山614004 生物产业学院成都大学成都610106 重庆生物医药和医疗设备中心重庆市科学技术研究院重庆401123 生物产业学院成都大学成都610106

Background: Euphorbia factor L713283 is a new lathyrane diterpene isolated from Euphorbia lathyris and shows strong anticancer activity.β-tubulin is identified as the possible drug target of L713283 through molecular... 详细信息

关键词： Euphorbia factor L713283 β-tubulin Molecular docking Molecular dynamics simulation Anti-cancer mechanism

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Modeling Type Ⅳ pilus structure of Geobacter sulfurreducens from sparse data

Modeling Type Ⅳ pilus structure of Geobacter sulfurreducens...

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第六届全国生物信息学与系统生物学学术大会暨国际生物信息学前沿研讨会

作者：肖可孙啸生物电子学国家重点实验室生物科学与医学工程学院东南大学南京210096

Background: Microbial nanowires are conductive protein appendages which facilitate long-range extracellular electron transfer (EET).Different species of Geobacter and Shewanella have been found transfer electrons along their nanowires, which might be used for bioremediation of toxic metals or generation of electricity in microbial fuel ***, studies have suggested that these different species have different mechanisms for EET along their conductive *** sulfurreducens nanowires, which are comprised of pili, have been reported for its metal-like conductivity attributed to overlapping pi-pi orbitals of aromatic amino *** of the subunit structure which is determined with solution state NMR spectroscopy and a stepping stone model proposed before, the pilus structure of *** and the details of mechanism of electron transfer along the pili still remain unknown.

关键词： Geobacter sulfurreducens Pilus assembly structure modeling

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