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- 2 篇 教育学
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机构

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4 篇 北京大学
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作者

13 篇 孙啸
10 篇 李霞
9 篇 王吉华
9 篇 蔡禄
7 篇 于家峰
6 篇 曹赞霞
6 篇 孙之荣
5 篇 张岩
5 篇 赵秀娟
5 篇 刘宏德
5 篇 王举
5 篇 陆祖宏
4 篇 刘洪波
4 篇 刘孟
4 篇 黄健
4 篇 刘国庆
4 篇 胡言石
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4 篇 林昊
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Classfication of disordered/ordered regions of the intrinsically disordered proteins based on multi-site sequence features

Classfication of disordered/ordered regions of the intrinsic...

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第六届全国生物信息学与系统生物学学术大会暨国际生物信息学前沿研讨会

作者：武恩斯于家峰王吉华山东省功能大分子生物物理重点实验室德州学院生物物理研究所德州253023 德州学院物理与电子信息学院德州253023 山东师范大学生命科学学院济南250014 山东省功能大分子生物物理重点实验室德州学院生物物理研究所德州253023 德州学院物理与电子信息学院德州253023

Background: Intrinsically disordered proteins (IDPs) are a kind of widespread protein that lack of stable three-dimensional structure, although they carry important biological *** of the flexible structure, it is difficult to experimentally study *** computational prediction of IDPs have been one of the most important topics of bioinformatics.

关键词： Intrinsically disordered proteins sequence complexity sequence analysis

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Networks Analyze Uncover Key Transcriptional Factors and Phytohormones Related to Citrus Fruits Senescence, as Revealed by Transcriptomic and Metabolomic Profiling

Networks Analyze Uncover Key Transcriptional Factors and Phy...

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第六届全国生物信息学与系统生物学学术大会暨国际生物信息学前沿研讨会

作者：常继伟丁毓端马巧丽刘淑贞金帅韩静雯邓秀新陈玲玲程运江生物信息中心生命科学与技术学院华中农业大学武汉430070 园艺植物生物学教育部重点实验室华中农业大学武汉430070

Background: Citrus is typical non-climacteric fruits and demonstrate world-wide economic ***, molecular mechanisms underlying citrus fruit ripening and senescence have been poorly *** increase our knowledge in this area, the main cultivars in Citrus family, including tangerine, mandarin, orange and pummelo were adopted and investigated by microarray and metabolic analysis.

关键词： citrus fruit post-harvest co-expression nutrient transportation ethylene

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Sequences analysis of multi-copied protein coding genes in Prokaryotic genomes

Sequences analysis of multi-copied protein coding genes in P...

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第六届全国生物信息学与系统生物学学术大会暨国际生物信息学前沿研讨会

作者：陈清利毕胜男于家峰山东省功能大分子生物物理重点实验室德州学院生物物理研究所德州253023 物理与电子信息学院德州学院德州253023 山东师范大学生命科学学院济南250014 山东省功能大分子生物物理重点实验室德州学院生物物理研究所德州253023

Background: Gene duplication is a general phenomenon in organism, which is related to the genome evolution as an important driving force of genome and genetic differentiation *** present, much fewer researches have been performed on the duplicated genes in prokaryotic *** this paper, sequences analysis is conducted on the multi-copied protein coding genes in prokaryotic genomes for the first time, which can provide the helpful data support for the later research.

关键词： prokaryotic genome duplicated gene multi-copied protein coding genes

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AnimalTFDB: a comprehensive animal transcription factor database

AnimalTFDB: a comprehensive animal transcription factor data...

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第六届全国生物信息学与系统生物学学术大会暨国际生物信息学前沿研讨会

作者：张红梅陈虎刘伟龚静王慧丽郭安源湖北省生物信息学和分子成像重点实验室生命科学与技术学院华中科技大学武汉430074 环境工程学院华中科技大学武汉430074

Background: Transcription factors (TFs) play key roles in gene expression regulation, so do the transcription cofactors and chromatin remodeling *** them are primary and crucial steps for illustrating their functions and understanding the transcriptional ***, until now, there is no a comprehensive animal TF family list and a database characterizing all the TFs based on families for the sequenced animal *** existing databases only focus on single or a few genomes, and the TF family classification and annotation for animals also could be improved to better serve the community.

关键词： Transcription factors TF family transcription cofactors chromatin remodeling factors

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Allosteric sites can be identified based on the residue-residue interaction energy difference

Allosteric sites can be identified based on the residue-resi...

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第六届全国生物信息学与系统生物学学术大会暨国际生物信息学前沿研讨会

作者：马晓旻戚逸飞来鲁华定量生物学中心北京大学北京100871 定量生物学中心北京大学北京100871 北京分子动态与稳态国家重点实验室化学与分子工程学院北京大学北京100871

Background: Allosteric drugs, taking an action-at-a-distance mechanism to achieve regulations on the protein functions, have several advantages over conventional orthosteric drugs, including diverse regulation types and fewer side *** rational design of allosteric ligands, however, remains challenging, especially for the step of allosteric site *** allosteric ligand binding may work by inducing changes in the pattern of residue-residue interactions, we calculated the residue-residue interaction energies within the allosteric site based on the molecular mechanics generalized Born surface area (MM/GBSA) energy decomposition scheme.

关键词： allosteric site identification MM/GBSA energy decomposition residue-residue interaction energy CAVITY

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Study on the relationship between global genome DNA methylation and gene expression in breast cancer

Study on the relationship between global genome DNA methylat...

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第六届全国生物信息学与系统生物学学术大会暨国际生物信息学前沿研讨会

作者：靳文李前忠曹燕妮苏文霞左永春理论生物物理实验室物理科学与技术学院内蒙古大学呼和浩特010021 理论生物物理实验室物理科学与技术学院内蒙古大学呼和浩特010021 哺乳动物生殖生物学及生物技术教育部重点实验室生命科学学院内蒙古大学呼和浩特010021

Background: The abnormally methylated DNA can lead to carcinogenesis and some *** methylation, which mostly occurs at CpG sites, is one of epigenetic changes and plays a key role in regulatory gene expression.

关键词： DNA methylation gene expression breast cancer CpG islands

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Topological Features Reflect the Potential Extracellular Electron Transfer Pathways in Protein Interaction Network of C-type Cytochromes

Topological Features Reflect the Potential Extracellular Ele...

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第六届全国生物信息学与系统生物学学术大会暨国际生物信息学前沿研讨会

作者：丁德武徐军李玲谢建明孙啸数学与计算机科学系池州学院池州247000 生物电子学国家重点实验室生物科学与医学工程学院东南大学南京210096 生物电子学国家重点实验室生物科学与医学工程学院东南大学南京210096

Background: Extracellular electron transfer (EET) is the key feature of some bacteria, such as Geobacter sulfurreducens and Shewanella *** EET processes, these bacteria can grow on electrode surfaces and make current output of microbial fuel cells.C-type cytochromes can be used as carriers to transfer electrons, which play an important role in EET ***, from inner membrane through periplasm to outer membrane, they could form EET pathways.

关键词： extracellular electron transfer network modeling protein interaction network

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Irregular transcriptome reprogramming probably caused embryo developmental failure of interspecies nuclear transfer between the Przewalski's gazelle and the bovine

Irregular transcriptome reprogramming probably caused embryo...

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第六届全国生物信息学与系统生物学学术大会暨国际生物信息学前沿研讨会

作者：左永春郜宇苏广华李前忠李光鹏哺乳动物生殖生物学及生物技术教育部重点实验室内蒙古大学呼和浩特010070 理论生物物理实验室物理科学与技术学院内蒙古大学呼和浩特010021

Methods: Interspecies somatic cell nuclear transfer (iSCNT) has been regarded as a potential alternative in rescuing highly endangered species and can be used as a model for studying nuclear-cytoplasmic ***, iSCNT embryos often fail to produce viable *** alterations of normal molecular mechanisms contributing to extremely poor development is for the most part unknown.

关键词： SCNT transcriptome reprogramming embryonic genome activation transcriptional regulation mitochondrial DNA

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Quantitative epigenetic co-variation in CpG islands and co-regulation of developmental genes

Quantitative epigenetic co-variation in CpG islands and co-r...

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第六届全国生物信息学与系统生物学学术大会暨国际生物信息学前沿研讨会

作者：刘洪波吕杰刘晓娟刘晖张岩吴琼生命科学与技术学院城市水资源与水环境国家重点实验室哈尔滨工业大学哈尔滨150001 康复医学科哈尔滨医科大学附属第一医院哈尔滨150001 生物信息科学与技术学院哈尔滨医科大学哈尔滨150081

Background: DNA methylation and various types of histone modifications are widely studied epigenetic modifications that play important roles in regulation of cell development and differentiation *** fulfillment of these functions depends on designated genome *** islands (CGIs) are specific regions in mammalian genomes with a high frequency of CpG dinucleotides and GC *** genome-wide variation of multiple epigenetic modifications in CpG islands (CGIs) and the interactions between them are of great interest.

关键词： CpG island DNA methylation histone modification epigenetic co-variation co-regulation

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The comprehensive transcriptional analysis in Caenorhabditiselegans by integrating ChIP-seq and gene expression data

The comprehensive transcriptional analysis in Caenorhabditis...

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第六届全国生物信息学与系统生物学学术大会暨国际生物信息学前沿研讨会

作者：何侃吕文文程飞张东明郑东妮邵娇芳赵中应刘大海干细胞及转化医学研究中心生命科学学院安徽大学合肥安徽中国230601 生物系香港浸会大学中国香港

Background: The fundamental step of leaming transcriptional regulation mechanism is to identify the target genes regulated by transcription factors (TFs).Despite numerous target genes identified by Chromatin immunoprecipitation followed by high-throughput sequencing technology (ChIP-seq) assays, it is not possible to infer function from binding alone in *** is equally true in one of the best model systems, the nematode Caenorhabditiselegans (***), where regulation often occurs through diverse TFs binding features of transcriptional networks identified in modENCODE.

关键词： transcription factors Caenorhabditis elegans ChIP-seq expression patterns

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