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- 2 篇 教育学
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主题

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机构

23 篇 生物电子学国家重...
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4 篇 北京大学
4 篇 生命科学学院
3 篇 天津大学
3 篇 计算机科学系

作者

13 篇 孙啸
10 篇 李霞
9 篇 王吉华
9 篇 蔡禄
7 篇 于家峰
6 篇 曹赞霞
6 篇 孙之荣
5 篇 张岩
5 篇 赵秀娟
5 篇 刘宏德
5 篇 王举
5 篇 陆祖宏
4 篇 刘洪波
4 篇 刘孟
4 篇 黄健
4 篇 刘国庆
4 篇 胡言石
4 篇 扈国栋
4 篇 林昊
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Accurate detection of genomic aberrations in impure and aneuploid tumor samples using whole-genome sequencing data

Accurate detection of genomic aberrations in impure and aneu...

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第六届全国生物信息学与系统生物学学术大会暨国际生物信息学前沿研讨会

作者：余振华刘元宁沈艺王明会李骜信息科学与技术学院中国科学技术大学合肥230027 信息科学与技术学院中国科学技术大学合肥230027 生物医学工程中心中国科学技术大学合肥230027

Background: Various aberrations such as amplification, deletion and translocation of segmental regions are common features of cancer genomes and play an important role in tumourigenesis and ***-genome sequencing of tumor samples has been demonstrated as an efficient approach for comprehensive analysis of genomic aberrations in cancer *** issues such as tumor impurity and aneuploidy, GC-content and mappability bias have been reported to complicate identification of copy number alteration and loss of heterozygosity in complex tumor *** efficient computational methods are required to address these issues.

关键词： whole-genome sequencing copy number alteration loss of heterozygosity hidden Markov model

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A hybrid pipeline for comprehensive annotation of the protein coding genes in prokaryotic genomes

A hybrid pipeline for comprehensive annotation of the protei...

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第六届全国生物信息学与系统生物学学术大会暨国际生物信息学前沿研讨会

作者：于家峰山东省功能大分子生物物理重点实验室德州学院生物物理研究所山东德州253023 生物电子学国家重点实验室生物科学与医学工程学院东南大学南京210096

Background: Protein coding gene annotation errors in prokaryotic genomes are accumulating continually, which decrease the quality of bioinformatics *** most cases, the update rate of genome annotation can not keep up with the explosive increasing number of completed genome *** it is essential to manually rectify the genome annotation ***, the diverse re-annotation results obtained by different methods indicate that many existing re-annotation strategies are not credible enough for providing anticipative genome annotation *** differences also indicate potential increases of predicting false positive or false negative instead, which further accelerating the accumulation of genome annotation ***, it is urgent to put forward more rigorous re-annotation strategy for genome annotations.

关键词： prokaryotic genome genome annotation protein coding genes

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The structural character of α-syn12 dimer in explicit water molecules by replica-exchange molecular dynamics simulation

The structural character of α-syn12 dimer in explicit water...

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第六届全国生物信息学与系统生物学学术大会暨国际生物信息学前沿研讨会

作者：曹赞霞刘磊王吉华山东省功能大分子生物物理重点实验室物理系德州学院德州253023 山东省功能大分子生物物理重点实验室物理系德州学院德州253023 信息管理学院德州学院德州253023

Background: The typical symptom of Parkinson's disease is the presence of α-synuclein aggregates in the form of β-structure that can be soluble or *** N-terminal region (residues 1-60) of α-synuclein plays a key role in the formation of α-synuclein ***, the dimerization is important for α-synuclein conformational transition and ***, it is difficult to simulate 120 residues in explicit water *** this study, we selected N-terminal 12 residues peptide of α-synuclein (α-syn12).

关键词： Parkinson's disease α-syn12 polypeptide dimer structural ensemble transformation

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Epistasis on Hemagglutinin Contributes Significantly to the Antigenic Evolution of Influenza A(H3N2) virus

Epistasis on Hemagglutinin Contributes Significantly to the ...

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第六届全国生物信息学与系统生物学学术大会暨国际生物信息学前沿研讨会

作者：彭友松邓立宗蒋太交信息科学与工程学院湖南大学长沙410082 系统医学研究所苏州信息科学与工程学院湖南大学长沙410082 蛋白质与多肽药物所重点实验室国家大分子实验室生物物理研究所中国科学院北京100101

Background: Influenza A(H3N2) virus causes continuing epidemics in the human society since its emergence in 1968, due to its ability to change its antigenicity frequently through rapid mutations and thus escape the host *** is reported to influence the antigenicity of the influenza *** is prevalent in the evolution of influenza A virus, especially for its surface proteins Hemagglutinin (HA) and Neuraminidase (NA).However, it is still unknown to what extent the epistasis contribute to the antigenic evolution of influenza A virus.

关键词： epistasis antigenic evolution influenza A(H3N2) virus

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Improvement of reconstruction of microbial community with multiple 16S rRNA regions

Improvement of reconstruction of microbial community with mu...

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第六届全国生物信息学与系统生物学学术大会暨国际生物信息学前沿研讨会

作者：王圣钦孙蓓丽陆祖宏生物电子学国家重点实验室生物科学与医学工程学院东南大学南京210096 生物电子学国家重点实验室生物科学与医学工程学院东南大学南京210096 生物医学工程系工学院北京大学北京100781

It has long been recognized that the "universal" 16S rRNA gene primers commonly used in microbial community surveys are inherently biased toward some *** our previous work, we found that genera have their own best genus-specific amplicons for genus assignment, which sometimes is not located in hyper variable regions (HVRs).

关键词： 16S rRNA High throughput sequencing Hyper-variable region

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Disease-causing alternative splicing influences protein structure stability

Disease-causing alternative splicing influences protein stru...

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第六届全国生物信息学与系统生物学学术大会暨国际生物信息学前沿研讨会

作者：李敏刘国庆蔡禄数理与生物工程学院内蒙古科技大学包头014010 生物工程与技术研究所内蒙古科技大学包头014010 数理与生物工程学院内蒙古科技大学包头014010 生物工程与技术研究所内蒙古科技大学包头014010 内蒙古生物质能源化利用重点实验室内蒙古科技大学包头014010

Background: Alternative splicing is a molecular mechanism that produces multiple proteins from a single gene, and is thought to produce in diversity of proteins translated from a limited number of ***, it is still unclear that what physicochemical factors in alternative splicing lead to difference of structure and to what extent alternative splicing influence protein stability.

关键词： alternative splicing protein structure structure stability

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The Study of Conformational Transition Characteristics of Intrinsically Disordered FlgM Protein of Hyperthermophile in Different Temperature

The Study of Conformational Transition Characteristics of In...

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第六届全国生物信息学与系统生物学学术大会暨国际生物信息学前沿研讨会

作者：朱玉风曹赞霞王吉华山东省功能大分子生物物理重点实验室物理系德州学院德州253023 物理与电子科学学院山东师范大学济南250014 山东省功能大分子生物物理重点实验室物理系德州学院德州253023

Background: The homologous FlgM proteins have varieties of disordered degree and temperature adaptability, and the disordered degree is related with high temperature *** is one of the strategies naturally for adaptation to high temperature that the disordered degree is converted from a fully disordered state to a semidisordered *** thermophile aquifex aeolicus FlgM protein (AAFlgM) is intrinsically disordered proteins, and also semidisordered *** remains unknown how the conformation transitions along with temperature at atomic-level.

关键词： the thermophile aquifex aeolicus FlgM protein molecular dynamics simulation temperature intrinsically disordered protein

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Translational Selection is More Pronounced in Human Housekeeping Genes

Translational Selection is More Pronounced in Human Housekee...

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第六届全国生物信息学与系统生物学学术大会暨国际生物信息学前沿研讨会

作者：马利娜崔鹏朱江张治华章张中科院基因组科学与信息重点实验室北京基因组研究所中科院北京100101中国化学与生命科技学院阿卜杜拉国王科技大学图沃23955-6900沙特阿拉伯病理学院马萨诸塞州总医院与哈佛医学院波士顿马萨诸塞州 02114美国

Background: Translational selection is a ubiquitous and significant mechanism to regulate protein expression in prokaryotes and unicellular *** evidence has shown that translational selection is weakly operative in highly expressed genes in human and other ***, it remains unclear whether translational selection acts differentially on human genes depending on their expression patterns.

关键词： translational selection codon usage bias expression regulation housekeeping gene tissue-specific gene

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Comparing the structural character of residues 1-12 from molecular dynamics simulation of two different length peptides

Comparing the structural character of residues 1-12 from mol...

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第六届全国生物信息学与系统生物学学术大会暨国际生物信息学前沿研讨会

作者：刘磊曹赞霞山东省功能大分子生物物理重点实验室物理系德州学院德州253023 信息管理学院德州学院德州253023 山东省功能大分子生物物理重点实验室物理系德州学院德州253023

Background: It is imperative to develop new simulation sampling method to characterize *** et al divided the long sequence IDPs into eight residues long fragments (for α-synuclein, the first two fragments are residues 1-8 and 6-13), then used temperature replica-exchange molecular dynamics (T-REMD) simulation (using implicit solvent model) to construct the structural library of short segments, and then used bayesian statistics to determine a probability distribution for each conformation in the ensemble based on both theoretical and experimental information.

关键词： Parkinson's disease α-syn31 polypeptide α-syn12 polypeptide structural ensemble

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Condon usage bias analysis of the protein coding genes in prokaryotic genomes with multiple chromosomes

Condon usage bias analysis of the protein coding genes in pr...

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第六届全国生物信息学与系统生物学学术大会暨国际生物信息学前沿研讨会

作者：毕胜男于家峰山东省功能大分子生物物理重点实验室德州学院生物物理研究所山东德州253023 德州学院物理与电子信息学院山东德州253023 山东师范大学生命科学学院济南250014 山东省功能大分子生物物理重点实验室德州学院生物物理研究所山东德州253023 德州学院物理与电子信息学院山东德州253023

Background: The rapid development of sequencing technologies have been accumulated amounts of genomic data, which provide a powerful opportunity for revealing the origin of *** the accomplishments of different genome projects, more than one chromosome is found in some prokaryotic genomes, while much fewer researches on the evolution of the diverse chromosomes haven been ***, the evolutionary relationships of chromosomes in prokaryotic genome are studied based on codon bias analysis, which provide theoretical support for the related research in the future.

关键词： Codon usage bias Chromosomes prokaryotic genome

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