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机构

23 篇 生物电子学国家重...
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4 篇 北京大学
4 篇 生命科学学院
3 篇 天津大学
3 篇 计算机科学系

作者

13 篇 孙啸
10 篇 李霞
9 篇 王吉华
9 篇 蔡禄
7 篇 于家峰
6 篇 曹赞霞
6 篇 孙之荣
5 篇 张岩
5 篇 赵秀娟
5 篇 刘宏德
5 篇 王举
5 篇 陆祖宏
4 篇 刘洪波
4 篇 刘孟
4 篇 黄健
4 篇 刘国庆
4 篇 胡言石
4 篇 扈国栋
4 篇 林昊
4 篇 胡莹

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Applying two-sample covariance test to identifying network biomarker in Saccharomyces cerevisiae

Applying two-sample covariance test to identifying network b...

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第六届全国生物信息学与系统生物学学术大会暨国际生物信息学前沿研讨会

作者：袁慧莉邓明华北京大学数学科学学院北京100871 北京大学数学科学学院北京100871 北京大学定量生物学中心北京100871

Background: Expression quantitative trait locus (eQTL) analysis has been widely used to understand how genetic variations in the genome perturb biological *** association between unique gene and a loci has been widely discussed, it is important to explore the effect of genetic variations to a group of *** methods have been proposed such as LA and GFlasso, which focus on the effect on their mean expression ***, the effect on the structure is also need to be discussed.

关键词： two-sample covariance test network biomarker eQTL hotspot

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A General Cost-Sensitive Semi-Supervised Learning Frame for Predicting Functional Sites in Proteins

A General Cost-Sensitive Semi-Supervised Learning Frame for ...

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第六届全国生物信息学与系统生物学学术大会暨国际生物信息学前沿研讨会

作者： Li-Hua Tang Jian-Sheng Wu 地理与生物信息学院南京邮电大学南京210046

Background: The recognition of protein functional sites would further enhance our understanding of protein function and some relevant biological ***, due to the problems of insufficient labeled examples and class-imbalance, it can't be well solved just by supervised machine learning methods for many tasks on the recognition of some kinds of functional sites in proteins, such as metal ion-binding sites, non-coding RNA-binding sites, *** this paper, we have stated that the cost-sensitive semi-supervised learning methods is easily extended to many similar tasks and then proposed a general learning framework for predicting multiple types of functional sites in proteins.

关键词： Semi-Supervised Learning Cost-Sensitive Learning functional sites in proteins piRNA-binding residues

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Molecular dynamics simulations of wild type and mutants of botulinum neurotoxin A complexed with synaptic vesicle protein 2C

Molecular dynamics simulations of wild type and mutants of b...

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第六届全国生物信息学与系统生物学学术大会暨国际生物信息学前沿研讨会

作者：常珊万华胡建平信息学院华南农业大学广州510642 化学与生命科学学院乐山师范学院乐山614000

Background: Botulinum neurotoxins (BoNTs) are proteins produced by the bacteria Clostridium botulinum and they have been classified into seven serotypes (A-G).Despite their lethal toxicity, BoNTs have emerged as the valuable therapeutic tools for the treatment of a variety of medical conditions, including migraines, spastic muscle disorders and pain *** the previous studies, the synaptic vesicle protein 2 (SV2) has been proposed to be a protein receptor for BoNT/A, but theoretical studies of the interaction between BoNT/A and SV2 are relatively sparse.

关键词： Botulinum neurotoxin A molecular dynamics cation-π interaction

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Selection on Nucleotide Sequences and Synonymous Codons for mRNA Secondary Structure Characteristics near Translation Termination Sites

Selection on Nucleotide Sequences and Synonymous Codons for ...

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第六届全国生物信息学与系统生物学学术大会暨国际生物信息学前沿研讨会

作者：许育铭顾万君生物电子学国家重点实验室生物科学与医学工程学院东南大学南京210096 儿童发展与学习科学教育部重点实验室东南大学南京210096

Background: Both experimental and computational studies recently suggest that secondary structure of mRNA sequences in specific regions may largely involve in regulating translation and post-translation *** studies demonstrated that reduced secondary structures near translation initiation sites generally affect synonymous codon choices in prokaryotes and eukaryotes.

关键词： mRNA secondary structure translation termination synonymous codon selection

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Identification of novel microRNAs in primates by using the synteny information and small RNA deep sequencing data

Identification of novel microRNAs in primates by using the s...

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第六届全国生物信息学与系统生物学学术大会暨国际生物信息学前沿研讨会

作者：袁志栋刘宏德聂玉敏丁素萍严明理谭树华金元昌生命科学学院湖南科技大学湘潭253023 生物电子学国家重点实验室生物科学与医学工程学院东南大学南京210096

Background: Current in-silico methods that are used for genome-wide microRNA (miRNA) prediction are mainly based on BLAST *** often produce a large number of false positives.

关键词： genome-wide miRNA mammalian genome synteny deep sequencing

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Integrative Network Analyses Reveal Shared and Distinct Organization of Regulatory Networks in Plant Immune Response

Integrative Network Analyses Reveal Shared and Distinct Orga...

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第六届全国生物信息学与系统生物学学术大会暨国际生物信息学前沿研讨会

作者：董小宝江珍红张子丁农业生物技术国家重点实验室生物学院中国农业大学北京100193

Background: Similar to animals, plants highly rely on the immune system as a defense against *** is well established that plants can perceive pathogenic invasions by detecting extracellular pathogen-specific molecules using transmembrane receptors, which results in pattern-triggered immunity (PTI), or by recognizing intracellular virulence proteins using resistant (R) proteins, which leads to effector-triggered immunity (ETI).However, the downstream immune responses that distinguish PTI and ETI are largely unknown.

关键词： pattern-triggered immunity effector-triggered immunity regulatory network subnetwork network module

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Identifying selection signatures of Yorkshire and Landrace pigs based on sequencing data in genome-wide

Identifying selection signatures of Yorkshire and Landrace p...

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第六届全国生物信息学与系统生物学学术大会暨国际生物信息学前沿研讨会

作者：王振陈强杨玉梅杨红杰潘玉春农业与生物学院动物科学系上海交通大学上海200240 上海市兽医技术重点实验室上海200240 畜牧总站北京100125

Background: Pigs have processed a dramatic artificial selection leading to a different phenotype of domestic pigs compared to wild counterpart, especially in last several ***, a genome-wide scanning the footprints of recent positive selection have been well studied in cattle and ***, few studies focused on porcine selecting footprints, particularly in *** identification of selection footprints across porcine genomes is quite valuable to reveal the genetic mechanisms of phenotypic diversity.

关键词： selection signature REHH test pigs genome GGRS

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A novel reannotation strategy for dissecting DNA methylation patterns of human long intergenic non-coding RNAs in cancers

A novel reannotation strategy for dissecting DNA methylation...

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第六届全国生物信息学与系统生物学学术大会暨国际生物信息学前沿研讨会

作者：智慧宁尚伟李想李玉芸吴维李霞生物信息科学与技术学院哈尔滨医科大学哈尔滨150081

Background: Deep sequencing with new computational approaches for assembling transcriptome has identified tens of thousands of large intergenic transcripts across different tissues and cell *** intergenic transcripts do not code for proteins and are named long intergenic non-coding RNAs (lincRNAs).Although several lincRNAs have been depicted with relatively explicit molecular mechanisms in several cancers, little is known about the regulatory mechanisms of lincRNAs in tumors or normal tissues, especially on regulation by DNA methylation.

关键词： long intergenic non-coding RNAs DNA methylation cancer pattern

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A regulatory network of divergently expressed genes induced by phorbol myristate acetate (PMA) and hemin in erythro-megakaryocytic differentiation of K562 cells

A regulatory network of divergently expressed genes induced ...

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第六届全国生物信息学与系统生物学学术大会暨国际生物信息学前沿研讨会

作者：王磊周德权许育铭涂景陆祖宏生物电子学国家重点实验室生物科学与医学工程学院东南大学南京210096 生命科学学院兰州大学兰州730000

Background: It is critical to study the mechanisms of erythroid and megakaryocytic differentiation for developing therapeutic strategies for blood *** previous studies provided numerous evidences of erythroid or megak... 详细信息

关键词： divergently expressed genes erythroid differentiation megakaryocytic differentiation K562 cells

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Mining cancer-associated genes based on human proteomics data

Mining cancer-associated genes based on human proteomics dat...

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第六届全国生物信息学与系统生物学学术大会暨国际生物信息学前沿研讨会

作者：康娟娟邱留洋黄健生物信息中心神经信息教育部重点实验室电子科技大学成都610054

Background: Finding candidates for cancer-associated genes are of great value for the prevention, diagnosis and treatment of *** classic assays of molecular biology high-throughput technology such as DNA microarray and next-generation sequencing have been widely used in this *** evidence at DNA or RNA level, mass spectrometry-based proteomic profiling has also become a promising approach, which can provide proofs at protein *** the accomplishment of the draft map of the human proteome and NCI-60 proteome, now it becomes possible to systematically identify candidates for cancer-associated genes.

关键词： proteome cancer gene mass spectrometry

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