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作者

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8 篇 罗红梅
8 篇 林先贵
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6 篇 徐江
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5 篇 李清福
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基于454FLX高通量技术的菊花叶绿体全基因组测序研究

基于454FLX高通量技术的菊花叶绿体全基因组测序研究

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中药与天然药高峰论坛暨第十二届全国中药和天然药物学术研讨会

作者：胡志刚李西文高欢欢林小涵李卿吴和珍湖北中医药大学药学院中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所中国中医科学院中药研究所中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所

叶绿体基因组在植物物种鉴定、DNA条形码筛选、系统进化分析以及叶绿体基因工程等领域应用前景广阔。本文应用454FLX高通量测序技术对菊花进行了叶绿体全基因组测序,并解析了其基因组结构。生物信息学分析表明,参与菊花序列拼接的有效co... 详细信息

叶绿体基因组在植物物种鉴定、DNA条形码筛选、系统进化分析以及叶绿体基因工程等领域应用前景广阔。本文应用454FLX高通量测序技术对菊花进行了叶绿体全基因组测序,并解析了其基因组结构。生物信息学分析表明,参与菊花序列拼接的有效contig数为10个,测序覆盖度达到99.99%,平均覆盖倍数为58倍。菊花叶绿体基因组全长为151033bp,两个反向互补重复区(IRs)长度为24953bp,被分隔的大单拷贝区(LSC)和小单拷贝区(SSC)长度分别为82782bp和18345bp,总GC含量为37.48%。成功注释叶绿体基因129个,其中蛋白编码基因85个,tRNA36个,rRNA8个。分布在IR区的基因有17个。菊花叶绿体基因组序列的获得和结构解析,为菊花良种培育、菊属植物DNA条形码筛选、菊花药材道地性研究以及叶绿体基因工程等奠定了基础。

关键词：菊花叶绿体基因组注释焦磷酸测序

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人参HMGR基因克隆与表达分析

人参HMGR基因克隆与表达分析

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中药与天然药高峰论坛暨第十二届全国中药和天然药物学术研讨会

作者：罗红梅宋经元李雪莹孙超李春芳陈士林中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所濒危药材繁育国家工程实验室北京100193 山东中医药高等专科学校烟台 264199 中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所濒危药材繁育国家工程实验室北京100193 中国中医科学院中药研究所北京100700

3-羟基-3-甲基戊二酸单酰辅酶 A 还原酶(3-hydroxy-3-methylglutaryl Coenzyme-A reductase,HMGR)是甲羟戊酸途径中的第一个限速酶,直接催化人参皂苷的生物合成,是人参皂苷生物合成途径的限速酶之一.本研究克隆了人参(Panax ginseng)中... 详细信息

3-羟基-3-甲基戊二酸单酰辅酶 A 还原酶(3-hydroxy-3-methylglutaryl Coenzyme-A reductase,HMGR)是甲羟戊酸途径中的第一个限速酶,直接催化人参皂苷的生物合成,是人参皂苷生物合成途径的限速酶之一.本研究克隆了人参(Panax ginseng)中一个新HMGR(命名为PgHMGR2)的编码区序列,并对其编码的蛋白进行生物信息学预测及基因表达分析.PgHMGR2与GenBank中的另一条HMGR的序列同源性仅为71.6％,因此,PgHMGR2是人参中HMGR基因家族的一个新成员.PgHMGR2基因全长l,770 bp,编码589个氨基酸残基.生物信息学预测PgHMGR2蛋白不含信号肽,包含两个跨膜区,具有HMGR催化作用的活性中心结构域.PgHMGR2与西洋参(Panax quinquefolius)的HMGR (ACV65036)具有99％的序列相似性.本研究是国内外首次获得的人参PgHMGR2基因的全长序列,为进一步鉴定PgHMGR2的功能奠定基础.

关键词： 3-羟基-3-甲基戊二酸单酰辅酶A还原酶人参人参皂苷合成生物学

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荷花玉兰叶绿体全基因组高通量测序及结构解析

荷花玉兰叶绿体全基因组高通量测序及结构解析

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中药与天然药高峰论坛暨第十二届全国中药和天然药物学术研讨会

作者：李西文高欢欢宋经元吴和珍胡志刚姚辉罗红梅中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所澳门大学中华医药研究院湖北中医药大学药学院

荷花玉兰是重要的药用、观赏及园林绿化植物。本文应用454高通量测序技术对荷花玉兰叶绿体全基因组进行测序,解析了其基因组结构,并与近缘物种基因组进行了比较.荷花玉兰叶绿体基因组全长为159623 bp,两个反向互补重复区(IRs)长26563 bp... 详细信息

荷花玉兰是重要的药用、观赏及园林绿化植物。本文应用454高通量测序技术对荷花玉兰叶绿体全基因组进行测序,解析了其基因组结构,并与近缘物种基因组进行了比较.荷花玉兰叶绿体基因组全长为159623 bp,两个反向互补重复区(IRs)长26563 bp,被分隔的大单拷贝区(LSC)和小单拷贝区(SSC)长度分别为87757 bp、18740 bp。成功注释129个叶绿体基因,其中18个基因含有内含子.基因种类、数目以及GC含量等与其它木兰科物种相类似.生物信息学分析获得218个SSR位点,大多位点富含A-T,具有碱基偏好性.木兰科物种的重复基序类型和丰度相对保守,有利于开发叶绿体基因组载体。木兰科基因组的大小及IR区边界的变化与ycf1的长度密切相关.采用30个物种的66个共有蛋白编码基因构建系统发育树,首次在基因组水平上明确了木兰属在被子植物中的进化位置。荷花玉兰叶绿体全基因组序列的获得和结构解析对优良品种培育、叶绿体基因组工程、木兰科物种分子标记开发及系统发育关系的研究具有重要价值。

关键词：荷花玉兰叶绿体全基因组叶绿体基因工程木兰科

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基于血浆代谢组学的心可舒干预心肌缺血大鼠的机制研究

基于血浆代谢组学的心可舒干预心肌缺血大鼠的机制研究

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中药与天然药高峰论坛暨第十二届全国中药和天然药物学术研讨会

作者：刘月涛贾红梅张宏武邹忠梅中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所

目的:拟建立一种基于超高效液相色谱/串联四极杆-飞行时间质谱(UPLC/Q-TOF-MS)技术的代谢组学方法,研究中药复方心可舒干预异丙肾上腺素(ISO)诱导的心肌缺血(MI)大鼠作用机制。方法:运用UPLC/Q-TOF-MS方法,结合主成分分析(PCA)和正交偏... 详细信息

目的:拟建立一种基于超高效液相色谱/串联四极杆-飞行时间质谱(UPLC/Q-TOF-MS)技术的代谢组学方法,研究中药复方心可舒干预异丙肾上腺素(ISO)诱导的心肌缺血(MI)大鼠作用机制。方法:运用UPLC/Q-TOF-MS方法,结合主成分分析(PCA)和正交偏最小二乘法-判别分析(OPLS-DA)等多元统计分析手段,开展心可舒干预异丙肾上腺素(ISO)诱导的心肌缺血(MI)大鼠血浆代谢组学研究。结果:比较模型(MI)组和对照组,模型组代谢轮廓发生改变,1 1个显著改变的代谢物鉴定为潜在的与心肌缺血相关的生物标志物,主要参与甘油磷脂代谢、花生四烯酸的代谢、脂肪酸代谢和色氨酸代谢等代谢通路,心可舒干预后可有效调控上述标志物,逆转ISO导致的代谢轮廓异常,改善生化和病理变化,发挥心肌保护作用。结论:心可舒对心肌缺血有显著保护作用,其机制可能为调控与其相关的代谢通路。建立的基于UPLC/Q-TOF-MS的代谢组学方法可作为一种新的方法用于中药的药效学评价和机制研究中。

关键词：心肌缺血代谢组学 UPLC/Q-TOF-MS 生物标志物心可舒

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大叶钩藤叶挥发油成分气相色谱—质谱联用分析

大叶钩藤叶挥发油成分气相色谱—质谱联用分析

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中药与天然药高峰论坛暨第十二届全国中药和天然药物学术研讨会

作者：王冬梅黄林芳中国医学科学院药用植物研究所

目的:分析大叶钩藤叶挥发油成分。方法:采用水蒸气蒸馏法提取大叶钩藤叶的挥发油,经气相色谱-质谱联用(GC-MS)仪分析,归一化法测得各组分的相对含量。结果:检出127个色谱峰,鉴定了大叶钩藤叶挥发油化合物中的85个成份,约占相对总含量的9... 详细信息

目的:分析大叶钩藤叶挥发油成分。方法:采用水蒸气蒸馏法提取大叶钩藤叶的挥发油,经气相色谱-质谱联用(GC-MS)仪分析,归一化法测得各组分的相对含量。结果:检出127个色谱峰,鉴定了大叶钩藤叶挥发油化合物中的85个成份,约占相对总含量的96.47%。大叶钩藤叶挥发油主要成份及其相对含量为酯(23.57%)、烯酮类(15.11%)、烷烃类(14.62%)、烯醇类(7.66%)醛、醇、酮等物质,其中含量最高的是2-甲基-1-(1,1-二甲基乙基)-2-甲基-1,3-丙二基丙酸酯(10.17%)、三十一烷(10.17%);含量较高的有:4-(2,6,6-三甲基-1-环己烯-1-基)-3-丁烯-2-酮(7.9%)、叶绿醇(5.8%)、(E)-2-己烯酸丁酯(4.76%)、十六烷酸乙酯(3.76%)、4-(2,6,6-三甲基-2-环己烯-1-基)-3-丁烯-2-酮、3,5,11,15-四甲基-1-十六碳烯-3-醇等。结论:本实验建立的分析方法能够较全面反映出大叶钩藤叶挥发油中的化学成分,为其进一步开发利用提供了实验依据。

关键词：大叶钩藤叶气相色谱-质谱挥发油化学成分 2-甲基-1-(1,1-二甲基乙基)-2-甲基-1,3-丙二基丙酸酯三十一烷

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基于ITS条形码序列的唐古特大黄遗传多样性分析

基于ITS条形码序列的唐古特大黄遗传多样性分析

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中药与天然药高峰论坛暨第十二届全国中药和天然药物学术研讨会

作者：马晓冲宋经元辛天怡姚辉林余霖韩建萍中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所濒危药材繁育国家工程实验室

通过克隆ITS序列对四川若尔盖白河牧场栽培的唐古特大黄进行序列比对和基因组内、基因组间的变异分析,为大黄属植物分子鉴定和遗传多样性研究奠定基础。本研究收集29个唐古特大黄叶片样本,采用植物基因组DNA提取试剂盒进行DNA提取,扩增... 详细信息

通过克隆ITS序列对四川若尔盖白河牧场栽培的唐古特大黄进行序列比对和基因组内、基因组间的变异分析,为大黄属植物分子鉴定和遗传多样性研究奠定基础。本研究收集29个唐古特大黄叶片样本,采用植物基因组DNA提取试剂盒进行DNA提取,扩增并克隆ITS序列进行双向测序,获得102条ITS克隆序列。所得序列经CodonCodeAligner拼接后,去掉低质量序列及引物区,采用MEGA5.0软件进行序列比对,计算种内和种间K2P距离,并构建NJ树。结果表明,唐古特大黄ITS序列G+C含量为57.00%-67.51%。29个样品基因组内平均K2P距离范围从0.000-0.2245,有69.0%的样品基因组内序列变异较小,有4个样品基因组内序列变异极大,最高达0.2245±0.1119。基因组间平均KP遗传距离值为0.1198±0.0714,31%的样品基因组内的遗传距离大于或接近基因组间的遗传距离。NJ树显示,102条克隆序列聚成两个大支,基因组内变异丰富。因此,ITS序列作为条形码为唐古特大黄遗传多样性分析提供了新的技术手段,显示出唐古特大黄基因组内存在丰富的遗传变异。

关键词：唐古特大黄 ITS DNA条形码遗传多样性

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微生物转化获得新型6/8/6/5环系紫杉烷类化合物及其肿瘤多药耐药逆转活性评价

微生物转化获得新型6/8/6/5环系紫杉烷类化合物及其肿瘤多药耐药...

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中药与天然药高峰论坛暨第十二届全国中药和天然药物学术研讨会

作者：刘晓戴均贵中国医学科学院药物研究所天然药物活性物质与功能国家重点实验室卫生部天然药物生物合成重点实验室

分别利用两株丝状真菌刺孢小克银汉霉CGMCC 3.3400、黑曲霉CGMCC 3.1858以及两株放线菌灰色链霉菌CACC200300、绛红诺卡氏菌CGMCC 4.1182对来源于红豆杉培养细胞的紫杉烷类化合物sinenxan A衍生物进行微生物转化,通过各种色谱分离技术... 详细信息

分别利用两株丝状真菌刺孢小克银汉霉CGMCC 3.3400、黑曲霉CGMCC 3.1858以及两株放线菌灰色链霉菌CACC200300、绛红诺卡氏菌CGMCC 4.1182对来源于红豆杉培养细胞的紫杉烷类化合物sinenxan A衍生物进行微生物转化,通过各种色谱分离技术对产物进行分离纯化,依据理化性质和波谱数据结合X-ray单晶衍射技术对转化产物进行结构鉴定并进行多药耐药逆转活性评价。共得到25个转化产物,其中16个为新化合物,包括1个具有新型紫杉烷骨架的转化产物:10,18-环氧化-10-羟基-9-羰基-2,5,14-三乙酰基-4(20),11(12)-紫杉二烯。该化合物所具有的独特的6/8/6/5元紫杉烷环系为首次获得,且表现出良好的肿瘤多药耐药逆转活性,与阳性药verapamil相当,且毒性小。该研究为制备新型紫杉烷类化合物提供新思路,亦显示生物转化可完成化学方法难以完成的反应,是天然产物结构修饰的有力手段。

关键词：多药耐药逆转紫杉烷类化合物活性评价微生物转化

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新疆甘草野外地物反射光谱特征研究

新疆甘草野外地物反射光谱特征研究

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中药与天然药高峰论坛暨第十二届全国中药和天然药物学术研讨会

作者：温美佳贾光林谢彩香宋经元中国医学科学院药用植物研究所山西大学环境与资源学院青岛农业大学经济草本植物应用研究所

地物特征与其光谱特征的关系是解译遥感影像的关键,甘草植被光谱反射信息的测定是地面监测与遥感监测相互结合的重要连接点,对提高甘草资源监测具有重要意义。红边是描述植物色素状态和健康状况的重要的指示波段,是遥感调查植被状态的... 详细信息

地物特征与其光谱特征的关系是解译遥感影像的关键,甘草植被光谱反射信息的测定是地面监测与遥感监测相互结合的重要连接点,对提高甘草资源监测具有重要意义。红边是描述植物色素状态和健康状况的重要的指示波段,是遥感调查植被状态的理想工具。为探究不同生长期不同品种栽培甘草的地物反射光谱差异,本文利用FieldSpec便携式地物光谱仪对新疆和布克塞尔蒙古自治县的乌拉尔甘草和刺果甘草进行野外地物反射光谱测定,同时对甘草的红边参数特征进行分析。结果发现在可见光波段内冠层叶绿素含量则是决定不同生长期甘草反射率大小的主要因子;在近红外波段内叶面积指数和叶片含水量是决定不同品种甘草反射率大小的主要因子。一年生乌拉尔甘草在可见光波段反射率明显高于两年生乌拉尔甘草,在近红外波段反射率明显低于两年生乌拉尔甘草。在近红外波段两年生刺果甘草的反射率高于乌拉尔甘草。通过对红边参数分析得到一年生甘草的红边光谱比两年生甘草波峰波谷变化大,刺果甘草由于植被覆盖度和叶面积指数大,植被长势较乌拉尔甘草好。

关键词：甘草反射光谱红边参数新疆

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中药配方颗粒质量标准研究浅析

中药配方颗粒质量标准研究浅析

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中药与天然药高峰论坛暨第十二届全国中药和天然药物学术研讨会

作者：何翊粟华生温庆伟张丽情周永强培力(南宁)药业有限公司

中药配方颗粒质量标准研究应充分考虑与中药饮片内涵的一致性与特殊性,以及药材饮片来源、生产、流通及使用等环节影响,同时,研究中还应考虑与饮片水煎液的药用物质基础的一致性,建立专属性强的整体质量评价方法,并对产品安全性进行控... 详细信息

中药配方颗粒质量标准研究应充分考虑与中药饮片内涵的一致性与特殊性,以及药材饮片来源、生产、流通及使用等环节影响,同时,研究中还应考虑与饮片水煎液的药用物质基础的一致性,建立专属性强的整体质量评价方法,并对产品安全性进行控制。中药是多成分的整体作用,由于配方颗粒已失去饮片的形态,在质量控制上缺少饮片性状和显微鉴别的重要指标,因此,"农本方"浓缩型中药配方颗粒质量标准的研究中,运用了薄层色谱法(TLC)、高效液相色谱法(HPLC)、气相色谱法(GC)、电感耦合等离子体质谱法(ICP-MS)等先进分析技术。在质量标准制定中采用全面、系统、立体、多元、整体控制的方法和措施,并率先运用特征图谱技术进行中药材、提取物、产品的整体质量体系评价,建立了专属性强的整体质量控制方法,制定出适合中药特色、特点的整体控制质量的新体系和新模式,着力推进能真实有效的反映中药内在实质的特征图谱、一测多评和对照提取物的标准发展新思路、新途径。本文结合国内中药配方颗粒质量标准控制研究的新思路,从中药质量标准的研究内容、研究现状、常用分析技术、质量控制展望等方面,浅析中药配方颗粒质量标准研究进展。

关键词： "农本方"中药配方颗粒质量标准饮片现代化

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基于UPLC-MS导向分离技术快速发现新化合物的方法研究

基于UPLC-MS导向分离技术快速发现新化合物的方法研究

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中药与天然药高峰论坛暨第十二届全国中药和天然药物学术研讨会

作者：陈林刘月涛丁刚邹忠梅中国医学科学院&北京协和医学院药用植物研究所

目的:建立UPLC-MS导向分离技术,快速对植物内生真菌的已知化合物进行排重,锁定和发现新次生代谢产物。方法:首先对Aspergillus sp.粗提物进行UPLC-MS分析,得到各化合物的分子离子,同时得到其相对应的分子式,通过数据库Dictionary ofNatu... 详细信息

目的:建立UPLC-MS导向分离技术,快速对植物内生真菌的已知化合物进行排重,锁定和发现新次生代谢产物。方法:首先对Aspergillus sp.粗提物进行UPLC-MS分析,得到各化合物的分子离子,同时得到其相对应的分子式,通过数据库Dictionary ofNatural Products(DNP)检索出Aspergillus属中与其分子量相一致的化合物,并对各个分子离子峰进行MS/MS分析;运用Masslynx软件对分子量一致的化合物与已知化合物进行离子碎片模拟;对于模拟的离子碎片与实际相一致的化合物,推测为同一化合物。为证实其精确性,继续利用各种色谱手段,分离得到这些化合物,并通过分离得到的纯化合物的UPLC-MS及MS/MS与粗提物中的对应峰进行比较。对于与Aspergillus属中已报道分子量(分子式)不一致的化合物,特别是与已知化合物相差若干官能团且在数据库SciFinder中没有报道的化合物,推测为新化合物,并进行重点分离,对分离得到的化合物进行结构鉴定。结果:运用上述方法,快速从Aspergillus sp.中的UPLC-MS图谱中分析、推测出存在6个已知化合物pyranonigrin A(2),pyrophen(3),orlandin(4),asperpyrone A(5),asperpyrone B(6)和asperpyrone A(7),并锁定1个在DNP数据库中没有的分子离子峰,推测为1个新化合物。通过分离和结构鉴定证实为1新化合物,命名为pyranonigrin E(1)。结论:以UPLC-MS为导向,快速发现新化合物的方法是可行的,避免了分离纯化的盲目性,有效地提高了发现新化合物效率。

关键词： UPLC-MS Aspergillus sp. 植物内生真菌次生代谢产物

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