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"任意字段=第十六次全国畜禽遗传标记学术研讨会"
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普氏原羚四碱基重复微卫星
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筛选及个体识别
普氏原羚四碱基重复微卫星标记筛选及个体识别
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第十六
届
全国
野生动物生态与资源保护
学术研讨会
作者:
蔡振媛
胡天石
常宁
宋鹏飞
张婧捷
刘道鑫
张同作
中国科学院西北高原生物研究所高原生物适应与进化重点实验室
青海省动物生态基因组学重点实验室
中国科学院大学
青海大学
微卫星是保护
遗传
学重要的分子
标记
之一,具有共显性
遗传
、数量大、多态信息含量高、对DNA质量要求不高等特点,广泛用于个体识别、亲子鉴定和
遗传
多样性分析等方面。普氏原羚(Procapra przewalskii)是国家一级重点保护野生动物,目前普氏...
详细信息
微卫星是保护
遗传
学重要的分子
标记
之一,具有共显性
遗传
、数量大、多态信息含量高、对DNA质量要求不高等特点,广泛用于个体识别、亲子鉴定和
遗传
多样性分析等方面。普氏原羚(Procapra przewalskii)是国家一级重点保护野生动物,目前普氏原羚微卫星
标记
以二碱基为主,且多数是从近缘种中筛选获得。本研究基于普氏原羚全基因组数据通过生信分析和粪便分子生物学技术,开发四碱基微卫星
标记
,并用于普氏原羚个体识别。通过MISA软件从基因组中分离到1632个重复次数大于8,核心序列为4-6碱基的微卫星位点,随机选取100个四碱基位点并根据侧翼序列设计引物。选取不同地理区域的40个普氏原羚样本进行多态性检测,有60个位点具有较好的扩增特异性,毛细管电泳检测26个位点具有多态性,PCR产物直接测序或克隆测序结果表明26对引物扩增结果均是目标微卫星位点。多态性分析结果显示40个普氏原羚26个位点等位基因数(Na)在4~14之间,有效等位基因数(Ne)平均值4.0044±0.2992,观测杂合度(Ho)范围为0.2750~0.9000,期望杂合度(He)范围为0.4703~0.8888,多态信息含量(PIC)在0.4703~0.8888之间,平均值为0.7198±0.0916。根据PIC值由高到低的顺序,进行一致性概率检测,结果显示
标记
位点数为9个时,个体识别累积排除概率可达99.99%的识别率。应用9个微卫星位点对江西沟普氏原羚救护中心33份普氏原羚亚成体粪便样品进行个体识别,结果表明其来自24个不同个体,与实际情况一致。本研究开发的微卫星分子
标记
可用于普氏原羚
遗传
多样性检测、
遗传
结构分析、种群内亲缘关系鉴别等研究,为应用粪便分子生物学技术支撑普氏原羚科学保护管理奠定了基础。
关键词:
微卫星
普氏原羚
个体识别
分子
遗传标记
粪便分子生物学
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哺乳动物粪便中高效富集宿主DNA的新方法研究
哺乳动物粪便中高效富集宿主DNA的新方法研究
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第十六
届
全国
野生动物生态与资源保护
学术研讨会
作者:
崔靓玉
东北林业大学野生动物与自然保护地学院
长期以来,粪便被认为是野生动物
遗传
学和生态学研究中获取宿主DNA最具潜力的非损伤性样本。然而,由于粪便中数量巨大的细菌DNA的干扰,导致宿主DNA被捕获的几率大大减少,从而使以粪便DNA为模板的分析结果普遍存在着PCR扩增失败、等位基...
详细信息
长期以来,粪便被认为是野生动物
遗传
学和生态学研究中获取宿主DNA最具潜力的非损伤性样本。然而,由于粪便中数量巨大的细菌DNA的干扰,导致宿主DNA被捕获的几率大大减少,从而使以粪便DNA为模板的分析结果普遍存在着PCR扩增失败、等位基因缺失、等位基因信号峰不平衡、以及基因组重测序中与参考基因组比对率过低等诸多问题,极大降低了实验的成功率和数据的可靠性。在这里,我们发明了一种简单且廉价的方法,命名为十二烷基硫酸钠(SDS)预处理法,该方法通过控制SDS作用于粪便的时间,浓度和温度,最大限度上裂解宿主肠道细胞而保持细菌结构的完整性,实现DNA的差异化提取。提取时,只需高速离心,用常规的DNA提取技术即可从上清液中富集到在纯度和数量上都较为可观的宿主DNA,减少细菌DNA的残留量。评估表明,SDS法适用于来源于不同物种、不同食性、不同储存时间的哺乳动物粪便,尤其对于陈旧粪便而言,对宿主DNA的富集效果更为显著。同时,SDS法极大提高了粪便DNA应用于微卫星STR分型、单核苷酸多态性分析和全基因组重测序的成功率。在此,我们建立了宿主DNA(包括线粒体DNA和核DNA)富集效率这一定量指标,并将其与上述各种实验下的成功率进行了数学模型拟合,以此提前预估粪便DNA应用于后续研究的可行性,这填补了当前粪便DNA应用于不同
遗传
分析场景下的质控方法以及可行性标准的空白。
关键词:
哺乳动物粪便
宿主DNA富集
SDS预处理法
遗传标记
基因组重测序
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草原红牛GHR基因
遗传
多态性分析
草原红牛GHR基因遗传多态性分析
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第十六次全国畜禽遗传标记学术研讨会
作者:
肖成
赵玉民
魏天
曹阳
吉林省农科业学院畜牧科学分院
吉林公主岭136100
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藏马高海拔适应性的分子
遗传
机制挖掘
藏马高海拔适应性的分子遗传机制挖掘
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第十六次全国畜禽遗传标记学术研讨会
作者:
刘雪雪
蒋琳
马月辉
中国农业科学院北京畜牧兽医研究所
北京100193
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黄牛Y染色体单倍型组新
标记
的开发
黄牛Y染色体单倍型组新标记的开发
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第十六次全国畜禽遗传标记学术研讨会
作者:
侯佳雯
赵晓诚
陈宁博
党瑞华
黄永震
蓝贤勇
陈宏
雷初朝
西北农林科技大学动物科技学院
陕西省动物遗传育种与繁殖重点实验室陕西杨凌712100
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鸡冠发育相关候选基因研究
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第十六次全国畜禽遗传标记学术研讨会
作者:
屠云洁
束婧婷
刘一帆
章明
单艳菊
姬改革
巨晓军
邹剑敏
江苏省家禽科学研究所
江苏省家禽遗传育种重点实验室江苏扬州225125
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朝鲜鹌鹑胚胎期羽色OCA2基因表达变化研究
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第十六次全国畜禽遗传标记学术研讨会
作者:
刘佩
庞有志
张小辉
赵淑娟
祁艳霞
刘坤举
河南科技大学动物科技学院河南洛阳471003
洛阳市动物遗传育种重点实验室
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miR-362靶向抑制RMI1基因调控猪未成熟支持细胞增殖和凋亡
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第十六次全国畜禽遗传标记学术研讨会
作者:
罗荟
冉茂良
翁波
高虎
唐湘薇
谌瑶
陈斌
湖南农业大学动物科学技术学院
畜禽遗传改良湖南省重点实验室湖南长沙410128
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朝鲜鹌鹑OCA2基因多态性与羽色的相关性分析
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第十六次全国畜禽遗传标记学术研讨会
作者:
刘佩
庞有志
张小辉
赵淑娟
祁艳霞
刘坤举
河南科技大学动物科技学院河南洛阳471003
洛阳市动物遗传育种重点实验室
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水牛ACAA1基因多态性及其与产奶性状关联分析
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第十六次全国畜禽遗传标记学术研讨会
作者:
孙晖
魏鹏飞
邵宝顺
张燊
杜超
滑国华
杨利国
华中农业大学农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室
湖北武汉430070
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