目的:建立SYBR实时荧光定量PCR检测AA鸡β-actin基因mRNA表达的方法, 为了解AA鸡胰腺组织中功能基因的表达奠定基础。方法:以TRIzol裂解抽提法提取AA鸡胰腺组织总RNA,设计并合成鸡的β-actin基因引物,以RT-PCR法制备β-actin基因的目的片段并进行扩增和纯化回收,梯度稀释后作为标准品模板来进行实时荧光定量PCR扩增得到标准曲线,并在提取的AA鸡的胰腺组织中对β-actin基因进行了实时荧光定量扩增曲线分析。结果:实时荧光定量PCR条件优化后得到的标准曲线的斜率为-0．30,相关系数r2=1．000, Ct值在12．9和29．3之间,熔解曲线为特异的单个峰,其Tm为81．53±0．16℃;在提取的胰腺组织中对拾-actin基因进行实时荧光定量扩增曲线分析时发现Ct值较集中。结论:本实验建立的SYBR Green Ⅰ实时定量PCR方法检测β-actin基因时具有很好的准确性和特异性,曲线的重复效果、稳定性很好,可在宽广的范围内进行定量检测,且操作简便、安全、快速;试验组AA鸡胰腺组织中β-actin基因的表达强度较一致,可以很好的作为内参基因来检测不同营养条件下胰腺组织中功能基因的表达水平。
利用生物信息学方法分析了34个来自猪(20)、牛(9)、山羊(3)、绵羊(1)和马(1)的具有完整编码区序列的MSHR基因,以期为家畜毛色变异研究提供基础资料。结果表明,MSHR基因编码区长度为954bp,但猪和牛变异较大。猪有一段特殊的插入序列AACCAGACC,编码多肽Asn-Gln-Thr,其中AACCAGAC为一重复单位。通过比对分析,在猪中发现16个新突变,分别为T12C,A20G,C56G,A88G, C243T,G354A,G373A,C375T,C438A,C577A,A640G,C657G,A845G,T869C,A901C和C906T。在牛中发现9个突变,其中包括编码Gly-Ile-Ala-Arg的GGCATTGCCCGG(12bp)重复单位。物种间非同义位点和同义位点平均核苷酸替代数分别为0．067 and 0．2748,显示MSHR基因同义位点核苷酸替换速率高于非同义位点。所研究的物种间MSHR基因分化时间在200-5494万年,基本上与考古及形态学、蛋白进化以及线粒体DNA研究结果相一致。
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