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鸡PPARγ基因的转录后调控分析

鸡PPARγ基因的转录后调控分析

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2018中国遗传学会第十次全国会员代表大会暨学术讨论会

作者：褚衍凯黄佳新李辉王宁农业农村部鸡遗传育种重点实验室黑龙江省普通高等学校动物遗传育种与繁殖重点实验室东北农业大学动物科学技术学院

引言:真核生物5′UTR区包含许多顺式调控元件,如5′帽结构、内部核糖体进入位点(IRES)、5′-末端寡嘧啶区(5′TOP)、上游AUG密码子(u AUG)和上游开放阅读框(uORF)等。其中,u ORF是一个重要的顺式调控元件,对哺乳动物研究发现,u ORFs可... 详细信息

引言:真核生物5′UTR区包含许多顺式调控元件,如5′帽结构、内部核糖体进入位点(IRES)、5′-末端寡嘧啶区(5′TOP)、上游AUG密码子(u AUG)和上游开放阅读框(uORF)等。其中,u ORF是一个重要的顺式调控元件,对哺乳动物研究发现,u ORFs可以通过影响m RNA稳定性、运输及翻译起始等多种方式来调控基因表达。目前u ORFs对鸟类基因的转录后调控作用和机制都还不清楚。过氧化物酶体增殖物激活受体γ(peroxisome proliferator-activated receptor gamma, PPARγ)是脂肪生成的关键调控因子,它参与调控细胞增殖、分化、凋亡、糖脂代谢以及胰岛素敏感性等多种生物学过程。本实验室前期研究发现,鸡PPARγ基因能产生5个不同的转录本,且多个转录本的5′UTR都存在u ORF。为了揭示uORF在鸡PPARγ基因转录后调控的作用,本研究以鸡PPARγ转录本1(c PPARγ1)为研究对象,分析了u ORF对c PPARγ1的转录后调控作用,研究结果为揭示鸡PPARγ基因的转录后调控机制奠定了基础。材料与方法:本研究以永生化鸡前脂肪细胞(ICPA)和DF1细胞为实验材料,采用基因定点突变技术,将c PPARγ1 uORF中的uATG突变为TGA。分别构建u ORF野生型和突变型的5′UTR报告基因载体以及c PPARγ1的真核表达载体(包含PPARγ基因的5′UTR和完整CDS区)。采用报告基因技术分析u ORF对海肾荧光素酶报告基因(h Rluc)活性的影响;采用q RT-PCR检测u ORF对海肾荧光素酶报告基因和c PPARγ1的m RNA表达水平的影响;采用western blot检测u ORF对c PPARγ1蛋白表达的影响。利用放线菌素D阻断m RNA转录,分析u ORF对m RNA稳定性的影响;利用T7RNA聚合酶和兔网织红细胞裂解物系统进行体外转录和翻译,分析uORF对cPPARγ1的转录后调控作用。最后,为探究uORF的作用机制,构建了u ORF-GFP表达载体,检验了该uORF是否能翻译为蛋白。结果:报告基因分析结果显示,u ORF突变型的5′UTR报告基因活性极显著高于野生型5′UTR的报告基因活性(P<0.01)。q RT-PCR结果显示,u ORF突变后,hRluc的m RNA表达和c PPARγ1的m RNA表达都极显著下降(P<0.01)。m RNA稳定性分析发现,u ORF对c PPARγ1 mRNA稳定性没有显著影响(P>0.05)。Western blot结果显示,u ORF突变导致PPARγ蛋白表达极显著升高(P<0.01)。体外转录结果显示,使用T7启动子进行体外转录时,u ORF对cPPARγ1的m RNA表达没有显著影响(P>0.05),但体外翻译结果显示,u ORF突变会导致PPARγ蛋白表达水平极显著升高(P<0.01)。uORF-GFP表达载体转染细胞可以检测到GFP蛋白的表达。这些结果显示,u ORF可能通过翻译出小分子蛋白从而抑制鸡c PPARγ1的翻译。讨论与结论:本研究是首次探究鸡PPARγ基因u ORF的转录后调控作用,并分析了u ORF的可能作用机制。研究发现,u ORF抑制报告基因和c PPARγ1的翻译,推测该u ORF可能通过其翻译出的小分子蛋白抑制了鸡c PPARγ1的翻译。未来有必要研究u ORF对鸡PPARγ基因调控作用的分子机制及其生物学意义。

关键词：鸡 PPARγ基因上游开放阅读框翻译抑制

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藏绵羊HMOX1基因遗传特征及其低氧适应性分析

藏绵羊HMOX1基因遗传特征及其低氧适应性分析

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2018中国遗传学会第十次全国会员代表大会暨学术讨论会

作者：刘秀何建文张伟李少斌王继卿胡江郝志云李涛赵梦丽罗玉柱甘肃农业大学动物科学技术学院/甘肃省草食动物生物技术重点实验室/甘肃省牛羊基因改良工程实验室甘肃农业职业技术学院

血红素加氧酶1(Heme Oxygenase 1,HMOX1)是血红素加氧酶家族的应激诱导型酶,在机体低氧胁迫代谢调控过程中扮演着重要角色。血红素加氧酶存在3种异构酶形式:应激诱导型的HMOX1、组成型的HMOX2及功能尚不明确的HMOX3。当细胞和组织处于... 详细信息

血红素加氧酶1(Heme Oxygenase 1,HMOX1)是血红素加氧酶家族的应激诱导型酶,在机体低氧胁迫代谢调控过程中扮演着重要角色。血红素加氧酶存在3种异构酶形式:应激诱导型的HMOX1、组成型的HMOX2及功能尚不明确的HMOX3。当细胞和组织处于应激状态时,HMOX1可作为保护性蛋白被诱导,以防御体内由细胞因子介导的细胞损伤。在缺氧条件下,不同种属、不同类型细胞中HMOX1的表达不同,在人上,HMOX1启动子多态性可能会影响HMOX1基因的表达水平,如HMOX1-413A/T位点的突变使HMOX1的表达增强。选择健康,体况良好,年龄在1-3岁的成年藏绵羊280只(甘肃省玛曲县,海拔约4000m)和湖羊204只(浙江省临安区,海拔约100m),颈静脉采集血样5ml于含有抗凝剂的真空采血管中用于提取基因组DNA和测定血液指标,并测定相应血液血气指标。本研究采用PCR-SSCP方法检测了绵羊第3外显子区的遗传特征,并分析不同基因型及等位基因与其血气指标的相关性。结果表明:在HMOX1基因第3外显子上检测到3个等位基因和4个SNPs(c.3650+30C>T、c.3650+41T>C、c.3750-14 G>A和c.3650+30 G>A),通过比较发现,湖羊AB型个体的PO2、PCO2和SO2显著高于藏绵羊的AA、AB、AC和BB型个体相应血气指标(P<0.01);湖羊AB型个体的HGB和HCG显著低于藏绵羊的AA、AB、AC和BB型个体(P<0.01);藏绵羊AA和BB型个体的HGB和HCG显著高于AB型(P<0.01)个体,且AB型个体HGB和HCG值最小;AC型SO2显著高于AA和BB型个体,且AC型个体值最高。因此,AB基因型不利于低氧环境的适应,而AA、BB和AC基因型更有利于适应高原低氧环境,而AC基因型中c.3650+30 G>A位点的突变能使SO2值明显升高,可以更好的适应低氧环境。在HMOX1基因Exon3区检测到c.3650+30C>T、c.3650+41T>C、c.3750-14 G>A和c.3650+30G>A四个SNPs,该区域多态性将影响藏绵羊HGB、HCT、SO2和PCO2等血液指标的变化,AB基因型可能不利于低氧环境的适应,而AA、BB和AC基因型更有利于低氧环境的适应,而c.3650+30G>A位点有增加HGB、HCT和SO2值的趋势,可以使藏绵羊更好的适应低氧环境。

关键词：藏绵羊 HMOX1基因遗传特征血气指标

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CD44基因多态性与宫颈癌及非小细胞肺癌的相关性

CD44基因多态性与宫颈癌及非小细胞肺癌的相关性

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2018中国遗传学会第十次全国会员代表大会暨学术讨论会

作者：赵雨笛刘楠楠严志凌张新文刘舒媛周紫云陈珺李传印姚宇峰史荔中国医学科学院医学生物学研究所昆明医科大学第三附属医院

全球恶性肿瘤发病率及死亡率持续增长,已成为人类死亡的首要原因。其中宿主因素尤其是宿主基因中的遗传多态性在肿瘤的发生发展过程中发挥着重要作用。CD44是已知分布较广泛的一种细胞粘附分子,与透明质酸等配体结合,在细胞粘附、信号... 详细信息

全球恶性肿瘤发病率及死亡率持续增长,已成为人类死亡的首要原因。其中宿主因素尤其是宿主基因中的遗传多态性在肿瘤的发生发展过程中发挥着重要作用。CD44是已知分布较广泛的一种细胞粘附分子,与透明质酸等配体结合,在细胞粘附、信号转导、造血以及肿瘤的生长、转移等多种生理病理过程发挥重要作用。大量研究显示,CD44作为众多肿瘤干细胞标志分子之一,其基因中的单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphisms,SNPs)与人类多种癌症的易感性相关,包括宫颈癌、肺癌等。因此,本研究选取位于CD44基因3'UTR区域的两个SNP位点(rs13347(C>T)、rs8193(C>T)),分别研究其与云南汉族人群宫颈癌(Cervical cancer,CC)和非小细胞肺癌(Non-small cell lung cancer,NSCLC)易感性的相关性。这两种多态性均可导致不同等位基因间特定mi RNA的结合能力发生改变,从而可能影响CD44基因的表达。其中rs13347(C>T)多态性可影响hsa-miR-509-3P介导的CD44基因表达活性;而rs8193(C>T)与转录因子结合会使得CD44基因的转录活性受影响。我们采用Taqman基因分型的方法,检测该两个多态性位点在497例CC患者和500例CC健康对照个体以及456例NSCLC患者和616例NSCLC健康对照个体中的分布特征。从而分析CD44基因中的多态性位点与云南汉族人群CC和NSCLC的相关性。结果表面rs13347和rs8193的等位基因和基因型在CC病例组和CC对照组中的分布频率的差异无统计学意义(P> 0.05)。在NSCLC病例组和对照组的比较中:rs13347基因型C/C、C/T和T/T分布频率的差异具有统计学意义(P=0.032);而rs8193位点等位基因C在NSCLC对照组中的分布频率显著高于NSCLC病例组,可能是NSCLC发生的保护性因素(P=0.007,OR=0.776,95%CI:0.646～0.932),基因型C/C、C/T和T/T在NSCLC病例组和NSCLC对照组中分布频率的差异具有统计学意义(P=0.019)。单倍型rs13347C-rs8193C的分布频率差异具有统计学意义(P=0.003),可能是云南汉族人群非小细胞肺癌发生的风险性因素(OR=1.370, 95%CI:1.114～1.686)。综上,CD44基因的两个SNP位点rs13347,rs8193可能与云南汉族人群宫颈癌发病风险无关,而与云南汉族人群非小细胞肺癌发病风险具有相关性,这提示CD44在不同类型癌症中可能发挥的作用有所不同,具体机制需进一步研究。本研究结果可为疾病的临床初筛、诊断及治疗提供新的靶点和思路。

关键词：宫颈癌非小细胞肺癌恶性肿瘤 CD44 SNPs 遗传易感性云南汉族人群

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间作栽培对宁夏南部山区马铃薯根际土壤真菌菌群结构影响

间作栽培对宁夏南部山区马铃薯根际土壤真菌菌群结构影响

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2018中国遗传学会第十次全国会员代表大会暨学术讨论会

作者：张晓岗刘萍马琨王娜宁夏优势特色作物现代分子育种重点实验室宁夏大学农学院宁夏大学西北土地退化与生态系统恢复国家重点实验室培育基地

马铃薯是宁夏南部山区特色优势作物之一,随着种植结构的调整,宁夏南部山区马铃薯栽培面积和连作年限不断上升,导致马铃薯病虫害发生严重、产量减少、品质下降,如何减轻马铃薯连作障碍的发生已成为亟待解决的问题。本研究根据宁夏南部山... 详细信息

马铃薯是宁夏南部山区特色优势作物之一,随着种植结构的调整,宁夏南部山区马铃薯栽培面积和连作年限不断上升,导致马铃薯病虫害发生严重、产量减少、品质下降,如何减轻马铃薯连作障碍的发生已成为亟待解决的问题。本研究根据宁夏南部山区气候和作物的生长特点,设计马铃薯与玉米(马‖玉,行比分别为4:1,3:2,2:3)、马铃薯与蚕豆(马‖蚕,行比同前)以及马铃薯3个品种(行比1:1:1)间作栽培模式,以马铃薯单作(连作)为对照,对马铃薯根际土壤真菌的ITS片段进行T-RFLP分析,结果显示马铃薯间作栽培后真菌Shannon-Wiener指数有不同程度的降低,其中开花期各间作栽培模式的Shannon-Wiener指数显著低于单作(p≤0.05),成熟期除马‖蚕2:3行比及马铃薯不同品种间作外,该指数也低于单作,可见马铃薯间作栽培可以降低其根际土壤真菌的多样性。利用GenBank数据库对各间作和单作栽培中马铃薯根际土壤真菌的ITS序列测序结果进行比对并作菌群结构分析,单作的马铃薯在开花期根际土壤中检测到的真菌门、纲和目依次为6、14和19个,在成熟期的根际土壤中依次检测到5、14和20个;马铃薯与玉米、蚕豆间作后根际土壤真菌的物种丰富度在门、纲和目的分类学水平上与单作相比都有明显下降,尤以纲和目的比列下降幅度大,开花期平均下降了33.94%,成熟期平均下降了42.81%,但马铃薯品种间间作在开花期和成熟期纲和目的比例下降较少,表明马铃薯与玉米或蚕豆间作比马铃薯品种间间作栽培更有利于改善其根际土壤真菌菌群结构。对马铃薯不同栽培模式下根际土壤真菌目水平的主成分分析表明,在开花期马‖玉4:1、马‖玉3:2、马‖玉2:3、马‖蚕4:1、马‖蚕3:2和马铃薯单作的菌群结构空间距离较远;在成熟期马‖玉4:1、马‖玉3:2以及马‖蚕4:1与马铃薯单作的空间距离较大,纵观两个生育时期,以马‖玉间作模式与单作的真菌群落结构差异最大。在马铃薯成熟期,单作的根际土壤中共检测到31个真菌属,和单作相比马‖玉间作后3种行比检测到属的比例分别下降了45.16%、67.74%和19.35%,以马‖玉3:2行比下降的比例最大。间作栽培后,黑孢属、地丝霉属、枝顶孢属、四枝孢属、鬼伞属等共9个属的真菌消失,同时又新增了24个属的真菌,除去NCBI中未能比对到的属外,分析发现新增菌属多数都有利于作物的生长,其中马‖玉3:2行比间作后新出现的巨孢囊霉属比例竟高达60.35%,可见,马‖玉间作栽培能有效改善根际土壤的真菌菌群结构,使其微环境得以改善,可以缓解宁夏南部山区马铃薯连作障碍,此研究结果与王娜等对马铃薯间作后根际土壤细菌多样性研究的结果相吻合。

关键词：马铃薯间作栽培根际土壤真菌群落 T-RFLP ITS基因文库

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云南汉族人群中CD133基因多态性与宫颈癌和非小细胞肺癌的相关性研究

云南汉族人群中CD133基因多态性与宫颈癌和非小细胞肺癌的相关性...

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2018中国遗传学会第十次全国会员代表大会暨学术讨论会

作者：周紫云严志凌刘舒媛张新文陈珺刘楠楠赵雨笛李传印史荔姚宇峰中国医学科学院&北京协和医学院医学生物学研究所昆明医科大学第三附属医院

恶性肿瘤已成为严重危害人类生命健康的一种疾病,其发病率和死亡率呈上升趋势。研究发现,肿瘤干细胞在肿瘤的形成、生长以及侵袭中发挥重要作用,同时也是肿瘤治疗不理想的一个重要因素。CD133是跨膜糖蛋白家族的成员之一,最早被发现表... 详细信息

恶性肿瘤已成为严重危害人类生命健康的一种疾病,其发病率和死亡率呈上升趋势。研究发现,肿瘤干细胞在肿瘤的形成、生长以及侵袭中发挥重要作用,同时也是肿瘤治疗不理想的一个重要因素。CD133是跨膜糖蛋白家族的成员之一,最早被发现表达于造血干细胞表面,近年来研究发现,CD133在参与调控细胞生长、增殖、分化、迁移、凋亡和代谢的多条信号通路中发挥作用,例如PI3K、FAK及Wnt/β-catenin等。有研究发现CD133可作为多种肿瘤干细胞的标志分子,例如肺癌、结肠癌、肝癌、乳腺癌、胃癌、前列腺癌、胰腺癌、头颈癌以及宫颈癌等,同时,CD133基因的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点rs2240688(T>G)和rs3130(T>C)与胃癌,结肠癌均存在相关性,rs2240688(T>G)也与肺癌具有相关性,并且还有研究表明在宫颈癌和肺癌中均出现CD133的高表达。本研究选取了CD133基因中的rs2240688(T>G)和rs3130(T>C)位点,在云南汉族人群中研究其与宫颈癌和非小细胞肺癌是否存在相关性,以期为宫颈癌和非小细胞肺癌诊断治疗新靶标的寻找提供必要的数据。本研究选取了497例宫颈癌患者作为宫颈癌病例组,500个健康女性作为宫颈癌对照组;选取了456例非小细胞肺癌患者作为非小细胞肺癌病例组,667个健康人作为非小细胞肺癌对照组。采用TaqMan探针基因分型的方法对CD133基因中的2个SNP位点rs2240688(T>G)和rs3130(T>C)进行基因分型,并分析其等位基因、基因型以及构建的单倍型在各组中的分布特征。结果表明:在宫颈癌的相关性研究中,rs2240688(T>G)和rs3130(T>C)的等位基因和基因型在病例和对照组之间的分布差异无统计学意义(P>0.05);在非小细胞肺癌的相关性研究,rs2240688(T>G)的等位基因和基因型在病例和对照组之间的分布差异无统计学意义(P>0.05),但rs3130(T>C)的等位基因T和C在病例组和对照组中分布频率的差异具有统计学意义(P=0.027),其等位基因C可能是云南汉族人群非小细胞肺癌发生的保护性因素(P=0.027;OR=0.821;95%Cl:0.689-0.978)。本研究结果提示,rs2240688(T>G)和rs3130(T>C)在云南汉族人群中宫颈癌和非小细胞肺癌的相关性不同,其原因可能是不同疾病发病机制不同所致。此外,rs3130(T>C)与非小细胞肺癌具有相关性,可能是由于rs3130(T>C)位于CD133基因的3-UTR区,并且该位点所在区域存在多个mi RNA结合位点,当3130(T>C)的等位基因不同时可改变mi RNA的结合,从而调控CD133的表达,我们下一步将进行功能实验来验证。

关键词： CD133 单核苷酸多态性宫颈癌肺癌相关性云南汉族

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