目的基于癌症基因图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库分析腺瘤性结肠息肉病基因(adenomatous polyposis coli 2,APC2)的表达水平,评估其在结肠癌患者中的诊断及预后价值。方法从TCGA数据库中下载所有结肠腺癌(colon adenocarcino...
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目的基于癌症基因图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库分析腺瘤性结肠息肉病基因(adenomatous polyposis coli 2,APC2)的表达水平,评估其在结肠癌患者中的诊断及预后价值。方法从TCGA数据库中下载所有结肠腺癌(colon adenocarcinoma,COAD)患者APC2基因的RNA-Seq转录组数据以及对应的每例患者的临床参数,分析APC2基因的表达水平与COAD患者临床病理参数以及预后的关系,并利用String在线分析工具寻找与APC2蛋白相互作用的蛋白质网络。结果APC2基因在COAD患者癌组织中的表达量低于癌旁组织(0.87±0.42 vs 1.11±0.22,t=3.58,P<0.05);ROC曲线显示,APC2基因对COAD具有良好的诊断价值(AUC^(ROC)=0.7391,95%CI:0.6855~0.7926,P<0.0001);APC2基因的表达与COAD患者的淋巴结转移、TNM分期以及最终生存结局密切相关(P<0.05);APC2基因低表达COAD患者的总体生存时间显著长于APC2基因高表达者(P<0.05);蛋白质网络风险结果显示,CDC16、CDC23、CDC27、ANAPC15可与APC2蛋白相互作用,主要参与生物学过程中的有丝分裂调节,蛋白质连接的泛素化,蛋白质复合物依赖的分解代谢等过程。结论APC2基因在COAD癌组织中表达下调,并与疾病的进展以及预后密切相关,有潜力成为结肠癌诊断、预后评估以及靶向治疗的新型生物学标志物。
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