肌内脂肪（Intramuscular fat,IMF）含量是影响肉品嫩度、风味和多汁性的重要指标,受到遗传、营养水平、肠道微生物组成等多种因素影响。本研究以纯种杜洛克猪为研究对象,选取某猪场普通原种杜洛克公猪（平均IMF含量约为1.5%～2.0%）和CG公司培育的EB5杜洛克公猪（平均IMF含量约为5.0%～6.0%）精液所配后代为实验群体,测定了两组杜洛克猪生长（EB5后代59头,普通杜洛克猪59头）、胴体和肉质（EB5后代30头,普通杜洛克猪30头）三类性状共计16种指标的表型信息。同时,提取了这些个体的DNA样品,进行80K液态芯片分型,并采集不同日龄和肠段的肠道微生物样品进行16S rRNA基因测序,开展了两组杜洛克纯种猪的表型差异比较分析、IMF含量高、低组之间遗传与肠道微生物组成差异比较分析,主要结果如下:（1）EB5杜洛克公猪精液所生后代猪的背最长肌IMF含量（2.38±0.73%）极显著高于普通杜洛克猪所生后代（1.70±0.45%,p=6.23×10-5）,其生长速度更快（ADG:0.96±0.11kg/day vs 0.89±0.12kg/day,p=9.00×10-4）、饲料转化率更高（FCR:2.41±0.17 vs 2.36±0.13,p=4.15×10-2）、胴体重更重（81.54±6.93kg vs 77.77±7.33kg,p=4.50×10-2）、胴体长更长（102.37±0.27cm vs 100.90±2.79cm,p=2.10×10-3）、背膘更厚（23.28±4.19mm vs 20.89±3.46mm,p=1.90×10-2）。（2）基于背最长肌IMF含量进行等差数列分组,利用选择信号梯度分析方法,共鉴定到563个受选择的SNPs,来自于66个基因。这些基因显著富集于小GTP酶介导的信号转导（p=2.30×10-5）、上皮细胞分化（p=2.57×10-5）和JAK-STAT介导的受体信号转导（p=1.30×10-4）等通路。（3）160日龄杜洛克猪肠道微生物多样性比60日龄杜洛克猪更高,且两个阶段厚壁菌门和拟杆菌门都为丰度最高的菌门,约占总体的90%。大肠肠段（盲肠、结肠）的微生物组成多样性整体高于小肠肠段（十二指肠、空肠和回肠）(p=1.32×10-5)。其中,厚壁菌门在小肠的平均丰度为37.8%,而在大肠的平均丰度为74.8%;变形菌门在小肠的平均丰度为32.4%,而在大肠的平均丰度为5.8%。（4）采用LEfSe分析比较IMF含量梯度分组之间的微生物组成差异（LDA>4.0）,结果显示160日龄粪便中颤螺菌目（Oscillospirales）在低IMF含量组中更富集;十二指肠中的微球菌科（Micrococcaceae）在高IMF含量中更富集,Denitrificimonascaeni在低IMF含量组中更加富集;160日龄和十二指肠粪便中同时鉴定到乳酸杆菌属（Lactobacillus）在高IMF含量组中更加富集。本研究发现,EB5杜洛克公猪后代在生长速度和肉质性状表现上存在明显优势,对于协同改良杜洛克种猪的生长和肉质性状提供了宝贵育种材料;筛选到66个可能影响IMF含量的潜在基因,并初步筛选出了高、低IMF含量组之间的差异菌,为深入解析IMF性状遗传基础及探究遗传与肠道微生物互作奠定了基础。
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