检索结果-内蒙古大学图书馆

作者：廖思燕中山大学

学位级别：博士

黄酮与异黄酮衍生物、CombretastatinA-4类似物、ARC-111同类物、和钌配合物等，这些化合物都能很好地抑制肿瘤细胞的生长，因此研发这几种类型的化合物作为新的抗肿瘤药物是很有应用前景的。虽然在实验方面取得了一定的进展，然而这些... 详细信息

黄酮与异黄酮衍生物、CombretastatinA-4类似物、ARC-111同类物、和钌配合物等，这些化合物都能很好地抑制肿瘤细胞的生长，因此研发这几种类型的化合物作为新的抗肿瘤药物是很有应用前景的。虽然在实验方面取得了一定的进展，然而这些化合物的结构与活性的关系以及它们与受体的作用机理并不是很清楚，至今这方面的理论研究报导尚少。因此，对这些化合物进行定量构效关系(QSAR)、对接分析、作用机理及分子设计的理论研究是一项非常有意义的工作。　　本论文采用密度泛函(DFT)、比较分子力场分析法(CoMFA)、比较分子相似性指数分析法(CoMSIA)和对接等方法对若干系列具有抗肿瘤活性的化合物进行二维、三维定量构效关系(2D，3D-QSAR)和作用机理的理论研究。基于计算，建立了具有良好统计质量和预测能力的QSAR模型，获得了化合物与受体可能的作用模式，设计了一些具有较高活性的新化合物，为实验工作者提供理论参考。　　本文内容包括以下六部分：　　第一章，前言。概述抗肿瘤化合物的研究现状，扼要而系统地介绍计算机辅助药物设计的进展，以及有关的量子化学和分子力学的基本原理和方法，最后，阐明本文的选题意义。　　第二章，黄酮和异黄酮衍生物的2D-QSAR、作用机理和分子设计研究。采用量子化学DFT、分子力学MM2和统计学的方法，对一系列具有抑制HeLa细胞生长活性的黄酮和异黄酮衍生物进行2D-QSAR研究。建立了具有良好预测能力的2D-QSAR方程，同时从理论上设计了5个具有较高抗肿瘤活性的新化合物。　　第三章，CA-4类似物苯并吡喃衍生物的3D-QSAR研究。采用CoMFA和CoMSIA方法对一系列具有诱导细胞凋亡活性的苯并吡喃衍生物进行3D-QSAR研究。建立了合理、可靠、有良好预测能力的3D-QSAR模型，并根据三维等势图，详细讨论了影响化合物活性的主要因素。　　第四章，ARC-111同类物的2D/3D-QSAR研究。采用量子化学DFT、分子力学MM2、统计学和CoMFA相结合的方法对一系列具有抑制P388细胞活性的ARC-111同类化合物进行2D/3D-QSAR研究，建立了更可靠的QSAR模型，得到该类型化合物的二维和三维定量构效关系相一致的研究结果。　　第五章，CA-4类似物的3D-QSAR、对接分析和分子设计研究。采用对接(Docking)和CoMFA方法对两个系列的微管蛋白抑制剂CombretastatinA-4类似物进行结合方式、构象及3D-QSAR研究。获得了该类化合物与微管蛋白可能的结合方式和构象，建立了合理可信的3D-QSAR模型，并设计了三个具有较高预测活性的新化合物。　　第六章，钌(Ⅱ)配合物对DNA构型选择性转换的对接研究。由于许多钌(Ⅱ)多吡啶类配合物具有潜在的抗肿瘤活性，且在实验上已对其与DNA作用机理做了很多研究，因此，本章基于实验提出的相关问题，采用对接和分子力学(MM+)相结合的方法对两个钌(Ⅱ)配合物[Ru(phen)2(mphtiH)]2+和[Ru(phen)2(nphti)]2+进行DNA构型选择性转换机理的理论研究。自动对接找到了钌(Ⅱ)配合物与DNA可能的结合方式和构象，并计算了对接后整体复合物在常温下的总能量，从理论上初步解释了DNA构型选择性转换这一实验现象，为进一步探索具有抗肿瘤活性的化合物与DNA的作用机理提供了一些理论研究模型与方法。　　最后，对本论文的工作作了扼要的总结与展望。

关键词：抗肿瘤化合物定量构效关系对接分析分子设计异黄酮衍生物钌配合物 QSAR模型

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抗癌性钌配合物[HL][trans-Ru^ⅢCl4L2]（L=2-NH2-5-Me-STz）的水解机理

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物理化学学报 2009年第12期25卷 2543-2550页

作者：陈锦灿陈兰美廖思燕郑康成广东医学院分析中心广东湛江524023 中山大学化学与化学工程学院广州510275 广东医学院药学院广东湛江524023

用量子化学密度泛函理论(DFT),并结合导体极化连续模型(CPCM)研究了具有潜在抗肿瘤活性的"Kep-pler型"钌配合物trans-[RuⅢCl4(2-NH2-5-Me-STz)2](1)的水解反应过程.首先,在UB3LYP/(LanL2DZ+6-31G(d))理论水平上对水解反应中... 详细信息

用量子化学密度泛函理论(DFT),并结合导体极化连续模型(CPCM)研究了具有潜在抗肿瘤活性的"Kep-pler型"钌配合物trans-[RuⅢCl4(2-NH2-5-Me-STz)2](1)的水解反应过程.首先,在UB3LYP/(LanL2DZ+6-31G(d))理论水平上对水解反应中各平衡构型在气相条件下的有关结构进行全几何优化及振动频率分析;然后,在更高的基组水平LanL2DZ(f)+6-311++G(3df,2dp)上对优化的结构进行单点能计算,并考虑溶剂效应.计算得到水解反应过程中相应的结构特征和详细的反应势能面.对于第一步水解,液相中配合物1的活化能垒为92.9kJ·mol-1,与已经报道的配合物trans-[RuⅢCl4(2-NH2-Tz)2](2)的活化能垒(96.3kJ·mol-1)相接近,并与实验结果相符.对于第二步水解,反应在热力学上优先生成顺式双水解产物,恰如顺铂的水解反应机理一样,存在着所谓"顺式效应",即生成的顺式水解产物有利于其与生物分子靶标的键合,因此,顺式双水解产物在生物反应中有望成为重要的前体药物.本文研究结果有助于深入理解抗癌性Ru(Ⅲ)配合物与相关生物靶标的作用机理.

关键词：密度泛函理论 Ru(Ⅲ)配合物抗癌活性水解导体极化连续模型

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密度泛函法研究抗癌性钌配合物NAMI-A酸性条件下水解机理

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中山大学学报（自然科学版） 2010年第3期49卷 55-60页

作者：陈锦灿廖思燕郑康成广东医学院分析中心广东湛江524023 中山大学化学与化学工程学院广东广州510275

用量子化学密度泛函(DFT)方法,研究了第一个进入临床的抗癌性钌配合物[ImH][trans-RuCl4(DMSO)(Im)](NAMI-A)在酸性条件下的第一步水解反应。气相中,在UB3LYP/(LanL2DZ+6-31G(d))水平上对水解反应中各中间体、过渡态进行几何结构和振动... 详细信息

用量子化学密度泛函(DFT)方法,研究了第一个进入临床的抗癌性钌配合物[ImH][trans-RuCl4(DMSO)(Im)](NAMI-A)在酸性条件下的第一步水解反应。气相中,在UB3LYP/(LanL2DZ+6-31G(d))水平上对水解反应中各中间体、过渡态进行几何结构和振动频率的计算与分析。随后,用更高级基组,即在UB3LYP/(LanL2DZ(f)+6-311++G(3df,2pd)水平上进行单点能计算,并采用CPCM模型考虑溶剂化效应。通过计算不仅获得了反应中相关的几何和电子结构特征及详细的反应势能面,还得出酸性条件下,NAMI-A中的DMSO基团易于水解,同时伴随着Cl缓慢水解的结论,这与实验结果相吻合。该研究工作可为深入理解抗癌性钌配合物NAMI-A的水解机理提供有意义的理论参考。

关键词： NAMI-A 抗癌剂酸性条件水解机理密度泛函理论(DFT)

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含咪唑与TEMPO单元的离子液体的密度泛函方法研究

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计算机与应用化学 2014年第3期31卷 293-297页

作者：毛淑才廖思燕郑康成仲恺农业工程学院化学化工学院广东广州510225 广州医科大学化学系广东广州510182 中山大学化学与化学工程学院广东广州510275

采用密度泛函方法在(U)B3LYP/6-3 1+G(d,p)水平上对含咪唑与TEMPO单元的离子液体(TEMPO-IL)及其得失电子后的情况进行理论研究。通过设计氧化还原反应、利用吉布斯自由能变,计算了不同型体组成电对的电势数值,用以阐明型体结构与其属性... 详细信息

采用密度泛函方法在(U)B3LYP/6-3 1+G(d,p)水平上对含咪唑与TEMPO单元的离子液体(TEMPO-IL)及其得失电子后的情况进行理论研究。通过设计氧化还原反应、利用吉布斯自由能变,计算了不同型体组成电对的电势数值,用以阐明型体结构与其属性的关系。结果表明:(1)TEMPO-IL得一个电子后的三线态Triplet-Ⅱ比单线态Singlet-Ⅱ稳定;(2)TEMPO-IL得一个电子的过程明显影响了咪唑端的键长与自然电荷布居:继续得一个电子后,受到明显影响的是自由基端。另一方面,当TEMPO-IL失去一个电子时,仍然是自由基端发生明显变化:(3)TEMPO-IL的正电荷布居在C2上,而非人们通常认为的N3上:(4)计算得到的TEMPO-IL不同型体的氧化还原电对的电势数值分别为-5.51V、-0.32V、4.19V,利用电势数值可对实验中存储装置测得的写电压(-6V)、读电压(-1V)、擦电压(5V)进行合理解释,这些计算结果表明存储装置的读、擦、写电压与TEMPO-IL得失电子的型体结构变化有直接关系。这些计算结果可为开发新型存储材料提供有用的理论参考。

关键词：密度泛函 TEMPO 离子液体存储器电压

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NAMI-A乙基取代衍生物水解机理的DFT研究

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分子科学学报 2013年第1期29卷 23-30页

作者：陈兰美陈锦灿廖思燕郑康成广东医学院药学院广东湛江524023 广州医学院化学教研室广东广州510182 中山大学化学与化学工程学院广东广州510275

采用密度泛函理论(DFT)方法,并结合导体极化连续模型(CPCM)研究了[(N-EtIm)H][trans-RuⅢCl4(DMSO)(N-EtIm)](N-EtIm=N-乙基咪唑)分别在中性及酸性条件下的水解反应过程.同时,为提高溶剂化能的精确度,在中性条件下水解反应的计算中采用... 详细信息

采用密度泛函理论(DFT)方法,并结合导体极化连续模型(CPCM)研究了[(N-EtIm)H][trans-RuⅢCl4(DMSO)(N-EtIm)](N-EtIm=N-乙基咪唑)分别在中性及酸性条件下的水解反应过程.同时,为提高溶剂化能的精确度,在中性条件下水解反应的计算中采用3个水分子的溶剂化模型.计算得到水解反应过程中相应的结构特征和详细的热力学能量及速率常数.首先,在中性条件下,对于第一步水解,液相中配合物的活化能垒为109.9kJ/mol,速率常数为3.3×10-7 s-1,与实验中测得的第一步水解反应的速率常数(4.4×10-7 s-1)一致.对于第二步水解,反应的活化能垒为117.9kJ/mol,这符合实验中观察到的第二步水解比第一步水解反应慢的现象.其次,计算结果表明,酸性条件下,DMSO基团易于水解,Cl-水解困难,这也与实验结果相吻合.

关键词： Ru(Ⅲ)配合物抗癌活性水解机理密度泛函理论酸性条件

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抗癌性钌配合物[HL][trans-Ru~ⅢCl_4L_2]（L=4H-1,2,4-triazole）水解机理的理论研究

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无机化学学报 2012年第9期28卷 1843-1850页

作者：陈兰美陈锦灿廖思燕郑康成广东医学院药学院湛江524023 广州医学院化学教研室广州510182 中山大学化学与化学工程学院广州510275

采用密度泛函理论(DFT)方法,并结合导体极化连续模型(CPCM)研究了具有抗肿瘤活性的"Keppler型"钌配合物[Htrz][trans-RuⅢCl4(4H-1,2,4-triazole)2](1)的水解反应过程。首先,在B1B95/(LanL2DZ+6-31G(d))理论水平上对水解反应... 详细信息

采用密度泛函理论(DFT)方法,并结合导体极化连续模型(CPCM)研究了具有抗肿瘤活性的"Keppler型"钌配合物[Htrz][trans-RuⅢCl4(4H-1,2,4-triazole)2](1)的水解反应过程。首先,在B1B95/(LanL2DZ+6-31G(d))理论水平上对水解反应中各平衡构型在气相条件下的有关结构进行全几何优化及振动频率分析。然后,在更高的基组水平LanL2DZ(f)+6-311++G(3df,2dp)上对优化的结构进行单点能计算,并考虑溶剂效应。计算得到水解反应过程中相应的结构特征和详细的反应势能面。对于第一步水解,水溶液中配合物1的活化能垒为116.6 ***-1,比已经报道的配合物[ImH][trans-RuⅢCl4(Im)2](ICR)的活化能垒高得多,进一步证实了降低含氮杂环中N原子碱性,可增强配合物在水溶液中的稳定性的水解规律。对于第二步水解,如同已经研究的多数"Keppler型"抗肿瘤钌配合物一样,反应在热力学上优先生成顺式双水解产物。

关键词： Ru(Ⅲ)配合物抗癌活性水解密度泛函理论

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G-四链体DNA的有序自组装：芳烃钌(Ⅱ)配合物指导形成纳米网结构

G-四链体DNA的有序自组装：芳烃钌(Ⅱ)配合物指导形成纳米网结构

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中国化学会第十四届全国生物无机化学学术会议

作者：梅文杰吴琼廖思燕余耿楠广东药科大学药学院广州医科大学药学院

可控的DNA自组装已受到研究者的广泛关注,由于其在纳米基因器件,基因治疗和靶向药物的传递等领域具有潜在的应用价值。本文主要研究了c-myc和c-kit1原癌基因的富G序列在芳烃钌(Ⅱ)化合物RAP-11([Ru(η6-cymene)(p-ClPIP)Cl]Cl, p-ClPIP:... 详细信息

可控的DNA自组装已受到研究者的广泛关注,由于其在纳米基因器件,基因治疗和靶向药物的传递等领域具有潜在的应用价值。本文主要研究了c-myc和c-kit1原癌基因的富G序列在芳烃钌(Ⅱ)化合物RAP-11([Ru(η6-cymene)(p-ClPIP)Cl]Cl, p-ClPIP:2-(4-Chlorophenyl)imidazole[4,5f][1,10]-phenanthroline)的指导下发生了有序自组装并形成了高度有序的纳米网结构。自组装形成的纳米网结构用AFM,AUC和CD光谱的表征下,发现G-四链体DNA在自组装过程中受RAP-11的结构影响。进一步的研究发现,RAP-11的尾部结构可以插入到c-myc和c-kit1 G-四链体DNA的小沟中,而其头部的苯环平面会暴露在DNA分子外面并与另一个结合了G-四链体DNA分子的RAP-11通过π-π堆积的方式发生头对头的堆积作用,从而有效指导G-四链体DNA分子发生高度有序的自组装并形成结构致密的纳米网结构。

关键词：自组装纳米网 G-四链体DNA 芳烃钌(Ⅱ)化合物

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基于遗传算法的自适应人工神经网络模型结合留—法交叉验证在QSAR分子描述子选择中的应用

基于遗传算法的自适应人工神经网络模型结合留—法交叉验证在QSAR...

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第十届全国计算(机)化学学术会议

作者：吴景恒梅娟廖思燕陈锦灿沈勇中山大学化学与化学工程学院

利用遗传算法（GA）实现前向人工神经网络（BP-ANN）网络初始权重的优化及药物定量构效关系（QSAR）的分子描述子的选择。通过引入留一法交叉验证（LOO-CV）作为遗传算法衡量建立ANN模型有效性的方法实现选择较优的描述子组合,通过引入... 详细信息

利用遗传算法（GA）实现前向人工神经网络（BP-ANN）网络初始权重的优化及药物定量构效关系（QSAR）的分子描述子的选择。通过引入留一法交叉验证（LOO-CV）作为遗传算法衡量建立ANN模型有效性的方法实现选择较优的描述子组合,通过引入新的评价函数避免ANN训练过度,建立了基于遗传算法的自适应人工神经网络模型。把该方法应用到两组近来基于逐步多元线性回归（MLR）模型的QSAR研究当中,通过自适应GA-ANN模型选择描述子建立的非线性人工神经网络QSAR模型在LOO-CV中表现较高的交叉验证系数及较低的均方根偏差（RMSD）。而进一步引入留多法交叉验证（LMO-CV）,Y-随机性检验及外部验证的检验表明,建立的GA-ANN模型在稳健性和预测能力中明显优于MLR模型。研究表明自适应GA-ANN模型为改进QSAR模型提供了新的有效的方法。

关键词： QSAR 遗传算法人工神经网络自适应留一法交叉验证参数选择

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Hydrolysis Mechanism of the NAMI-A-type Antitumor Complex （HL）[trans-RuCl4L（dmso-S）] （L=1-methyl-l,2,4-triazole）

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Chinese Journal of Chemical Physics 2011年第4期24卷 383-390,I0003页

作者：陈兰美陈锦灿廖思燕刘江琴罗辉郑康成广东医学院药学院湛江524023 广州医学院化学教研室广州510182 中山大学化学与化学工程学院广州510275

The hydrolysis process of Ru（III） complex （HL）[trans-RuC14L（dmso-S）] （L=l-methyl-l,2,4- triazole and dmso-S=S-dimethyl sulfoxide）（1）, a potential antitumor complex similar to the well-known antitumor agent （Him）[trans-RuC14 （dmso-S）（im）] （NAMI-A, im=imidazole）, was investigated using density functional theory combined with the conductor-like polarizable continuum model approach. Tile structural characteristics and the detailed energy profiles for the hydrolysis processes of this complex were obtained. For the first hydrolysis step, complex 1 has slightly higher barrier energies than the reported anticancer drug NAMI-A, and the result is in accordance with the experimental evidence indicating larger half-life for complex 1. For the second hydrolysis step, the formation of cis-diaqua species is thermodynamic preferred to that of trans isomers. In addition, on the basis of the analysis of electronic characteristics of species in the hydrolysis process, the trend in nucleophilic attack abilities of hydrolysis products by pertinent biomolecules is revealed and predicted.

关键词： NAMI-A-type complex Anticancer activity Hydrolysis Density functional theory Conductor-like polarizable continuum model

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藤黄酸氰基衍生物的合成及抗肿瘤活性

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应用化学 2016年第8期33卷 905-912页

作者：陈美君黎金海张志佳廖思燕黄雁谭茵广州医科大学药学院广州511436

以藤黄酸为原料，经过酯化反应或酰胺化反应，在C-30位的羧基上引入不同的烷氰基或芳香氰基，设计合成了7个藤黄酸氰基衍生物，其中6个为新化合物，其结构经MS和1HNMR确证。采用四氮唑蓝（MTT）法测试了合成化合物对肝癌细胞（HepG2）... 详细信息

以藤黄酸为原料，经过酯化反应或酰胺化反应，在C-30位的羧基上引入不同的烷氰基或芳香氰基，设计合成了7个藤黄酸氰基衍生物，其中6个为新化合物，其结构经MS和1HNMR确证。采用四氮唑蓝（MTT）法测试了合成化合物对肝癌细胞（HepG2）、结肠腺癌细胞（RKO）和卵巢腺癌细胞（OVCAR-3）的体外抗肿瘤活性，结果表明，所合成的化合物均具有一定的抗肿瘤活性，其中化合物4和6的抗肿瘤活性明显优于阳性对照物藤黄酸。

关键词：藤黄酸氰基合成抗肿瘤衍生物

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