检索结果-内蒙古大学图书馆

The hydrolysis process of Ru（III） complex （HL）[trans-RuC14L（dmso-S）] （L=l-methyl-l,2,4- triazole and dmso-S=S-dimethyl sulfoxide）（1）, a potential antitumor complex similar to the well-known antitumor agent （Him）[trans-RuC14 （dmso-S）（im）] （NAMI-A, im=imidazole）, was investigated using density functional theory combined with the conductor-like polarizable continuum model approach. Tile structural characteristics and the detailed energy profiles for the hydrolysis processes of this complex were obtained. For the first hydrolysis step, complex 1 has slightly higher barrier energies than the reported anticancer drug NAMI-A, and the result is in accordance with the experimental evidence indicating larger half-life for complex 1. For the second hydrolysis step, the formation of cis-diaqua species is thermodynamic preferred to that of trans isomers. In addition, on the basis of the analysis of electronic characteristics of species in the hydrolysis process, the trend in nucleophilic attack abilities of hydrolysis products by pertinent biomolecules is revealed and predicted.

关键词： NAMI-A-type complex Anticancer activity Hydrolysis Density functional theory Conductor-like polarizable continuum model

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抗肿瘤化合物定量构效关系、对接及分子设计的理论研究

抗肿瘤化合物定量构效关系、对接及分子设计的理论研究

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作者：廖思燕中山大学

学位级别：博士

黄酮与异黄酮衍生物、CombretastatinA-4类似物、ARC-111同类物、和钌配合物等，这些化合物都能很好地抑制肿瘤细胞的生长，因此研发这几种类型的化合物作为新的抗肿瘤药物是很有应用前景的。虽然在实验方面取得了一定的进展，然而这些... 详细信息

黄酮与异黄酮衍生物、CombretastatinA-4类似物、ARC-111同类物、和钌配合物等，这些化合物都能很好地抑制肿瘤细胞的生长，因此研发这几种类型的化合物作为新的抗肿瘤药物是很有应用前景的。虽然在实验方面取得了一定的进展，然而这些化合物的结构与活性的关系以及它们与受体的作用机理并不是很清楚，至今这方面的理论研究报导尚少。因此，对这些化合物进行定量构效关系(QSAR)、对接分析、作用机理及分子设计的理论研究是一项非常有意义的工作。　　本论文采用密度泛函(DFT)、比较分子力场分析法(CoMFA)、比较分子相似性指数分析法(CoMSIA)和对接等方法对若干系列具有抗肿瘤活性的化合物进行二维、三维定量构效关系(2D，3D-QSAR)和作用机理的理论研究。基于计算，建立了具有良好统计质量和预测能力的QSAR模型，获得了化合物与受体可能的作用模式，设计了一些具有较高活性的新化合物，为实验工作者提供理论参考。　　本文内容包括以下六部分：　　第一章，前言。概述抗肿瘤化合物的研究现状，扼要而系统地介绍计算机辅助药物设计的进展，以及有关的量子化学和分子力学的基本原理和方法，最后，阐明本文的选题意义。　　第二章，黄酮和异黄酮衍生物的2D-QSAR、作用机理和分子设计研究。采用量子化学DFT、分子力学MM2和统计学的方法，对一系列具有抑制HeLa细胞生长活性的黄酮和异黄酮衍生物进行2D-QSAR研究。建立了具有良好预测能力的2D-QSAR方程，同时从理论上设计了5个具有较高抗肿瘤活性的新化合物。　　第三章，CA-4类似物苯并吡喃衍生物的3D-QSAR研究。采用CoMFA和CoMSIA方法对一系列具有诱导细胞凋亡活性的苯并吡喃衍生物进行3D-QSAR研究。建立了合理、可靠、有良好预测能力的3D-QSAR模型，并根据三维等势图，详细讨论了影响化合物活性的主要因素。　　第四章，ARC-111同类物的2D/3D-QSAR研究。采用量子化学DFT、分子力学MM2、统计学和CoMFA相结合的方法对一系列具有抑制P388细胞活性的ARC-111同类化合物进行2D/3D-QSAR研究，建立了更可靠的QSAR模型，得到该类型化合物的二维和三维定量构效关系相一致的研究结果。　　第五章，CA-4类似物的3D-QSAR、对接分析和分子设计研究。采用对接(Docking)和CoMFA方法对两个系列的微管蛋白抑制剂CombretastatinA-4类似物进行结合方式、构象及3D-QSAR研究。获得了该类化合物与微管蛋白可能的结合方式和构象，建立了合理可信的3D-QSAR模型，并设计了三个具有较高预测活性的新化合物。　　第六章，钌(Ⅱ)配合物对DNA构型选择性转换的对接研究。由于许多钌(Ⅱ)多吡啶类配合物具有潜在的抗肿瘤活性，且在实验上已对其与DNA作用机理做了很多研究，因此，本章基于实验提出的相关问题，采用对接和分子力学(MM+)相结合的方法对两个钌(Ⅱ)配合物[Ru(phen)2(mphtiH)]2+和[Ru(phen)2(nphti)]2+进行DNA构型选择性转换机理的理论研究。自动对接找到了钌(Ⅱ)配合物与DNA可能的结合方式和构象，并计算了对接后整体复合物在常温下的总能量，从理论上初步解释了DNA构型选择性转换这一实验现象，为进一步探索具有抗肿瘤活性的化合物与DNA的作用机理提供了一些理论研究模型与方法。　　最后，对本论文的工作作了扼要的总结与展望。

关键词：抗肿瘤化合物定量构效关系对接分析分子设计异黄酮衍生物钌配合物 QSAR模型

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密度泛函法研究抗癌性钌配合物NAMI-A酸性条件下水解机理

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中山大学学报（自然科学版） 2010年第3期49卷 55-60页

作者：陈锦灿廖思燕郑康成广东医学院分析中心广东湛江524023 中山大学化学与化学工程学院广东广州510275

用量子化学密度泛函(DFT)方法,研究了第一个进入临床的抗癌性钌配合物[ImH][trans-RuCl4(DMSO)(Im)](NAMI-A)在酸性条件下的第一步水解反应。气相中,在UB3LYP/(LanL2DZ+6-31G(d))水平上对水解反应中各中间体、过渡态进行几何结构和振动... 详细信息

用量子化学密度泛函(DFT)方法,研究了第一个进入临床的抗癌性钌配合物[ImH][trans-RuCl4(DMSO)(Im)](NAMI-A)在酸性条件下的第一步水解反应。气相中,在UB3LYP/(LanL2DZ+6-31G(d))水平上对水解反应中各中间体、过渡态进行几何结构和振动频率的计算与分析。随后,用更高级基组,即在UB3LYP/(LanL2DZ(f)+6-311++G(3df,2pd)水平上进行单点能计算,并采用CPCM模型考虑溶剂化效应。通过计算不仅获得了反应中相关的几何和电子结构特征及详细的反应势能面,还得出酸性条件下,NAMI-A中的DMSO基团易于水解,同时伴随着Cl缓慢水解的结论,这与实验结果相吻合。该研究工作可为深入理解抗癌性钌配合物NAMI-A的水解机理提供有意义的理论参考。

关键词： NAMI-A 抗癌剂酸性条件水解机理密度泛函理论(DFT)

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抗癌性钌配合物[HL][trans-Ru^ⅢCl4L2]（L=2-NH2-5-Me-STz）的水解机理

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物理化学学报 2009年第12期25卷 2543-2550页

作者：陈锦灿陈兰美廖思燕郑康成广东医学院分析中心广东湛江524023 中山大学化学与化学工程学院广州510275 广东医学院药学院广东湛江524023

用量子化学密度泛函理论(DFT),并结合导体极化连续模型(CPCM)研究了具有潜在抗肿瘤活性的"Kep-pler型"钌配合物trans-[RuⅢCl4(2-NH2-5-Me-STz)2](1)的水解反应过程.首先,在UB3LYP/(LanL2DZ+6-31G(d))理论水平上对水解反应中... 详细信息

用量子化学密度泛函理论(DFT),并结合导体极化连续模型(CPCM)研究了具有潜在抗肿瘤活性的"Kep-pler型"钌配合物trans-[RuⅢCl4(2-NH2-5-Me-STz)2](1)的水解反应过程.首先,在UB3LYP/(LanL2DZ+6-31G(d))理论水平上对水解反应中各平衡构型在气相条件下的有关结构进行全几何优化及振动频率分析;然后,在更高的基组水平LanL2DZ(f)+6-311++G(3df,2dp)上对优化的结构进行单点能计算,并考虑溶剂效应.计算得到水解反应过程中相应的结构特征和详细的反应势能面.对于第一步水解,液相中配合物1的活化能垒为92.9kJ·mol-1,与已经报道的配合物trans-[RuⅢCl4(2-NH2-Tz)2](2)的活化能垒(96.3kJ·mol-1)相接近,并与实验结果相符.对于第二步水解,反应在热力学上优先生成顺式双水解产物,恰如顺铂的水解反应机理一样,存在着所谓"顺式效应",即生成的顺式水解产物有利于其与生物分子靶标的键合,因此,顺式双水解产物在生物反应中有望成为重要的前体药物.本文研究结果有助于深入理解抗癌性Ru(Ⅲ)配合物与相关生物靶标的作用机理.

关键词：密度泛函理论 Ru(Ⅲ)配合物抗癌活性水解导体极化连续模型

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3D-QSAR Study of 7,8-Dialkyl-l,3-diaminopyrrolo-[3,2-f] Quinazolines with Anticancer Activity as DHFR Inhibitors

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Chinese Journal of Chemical Physics 2009年第3期22卷 285-289,340页

作者：陈锦灿陈兰美廖思燕钱力郑康成广东医学院分析中心湛江524023 生物无机与合成化学教育部重点实验室中山大学化学与化学工程学院广州510275 广东医学院药学院湛江524023

A three-dimensional quantitative structure-activity relationship （3D-QSAR） study of a series of 7,8-dialkyl-l,3-diaminopyrrolo-[3,2-f] quinazolines with anticancer activity as dihydrofo- late reductase （DHFR） inhibitors was carried out by using the comparative molecular field analysis （CoMFA）, on the basis of our reported 2D-QSAR of these compounds. The es- tablished 3D-QSAR model has good quality of statistics and good prediction ability; the non cross-validation correlation coefficient and the cross-validation value of this model are 0.993 and 0.619, respectively, the F value is 193.4, and the standard deviation SD is 0.208. This model indicates that the steric field factor plays a much more important role than the electrostatic one, in satisfying agreement with the published 2D-QSAR model. However, the 3D-QSAR model offers visual images of the steric field and the electrostatic field. The 3D-QSAR study further suggests the following： to improve the activity, the substituent R^1 should be selected to be a group with an adaptive bulk like Et or i-Pr, and the substituent R should be selected to be a larger alkyl. In particular, based on our present 3D-QSAR as well as the published 2D-QSAR, the experimentMly-proposed hydrophobic binding mechanism on the receptor-binding site of the DHFR can be further explained in theory. Therefore, the QSAR studies help to further understand the ＂hydrophobic binding＂ action mechanism of this kind of compounds, and to direct the molecular design of new drugs with higher activity.

关键词： Dihydrofolate reductase Quinazoline 3D-QSAR Comparative molecular field analysis

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基于遗传算法的自适应人工神经网络模型结合留—法交叉验证在QSAR分子描述子选择中的应用

基于遗传算法的自适应人工神经网络模型结合留—法交叉验证在QSAR...

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第十届全国计算(机)化学学术会议

作者：吴景恒梅娟廖思燕陈锦灿沈勇中山大学化学与化学工程学院

利用遗传算法（GA）实现前向人工神经网络（BP-ANN）网络初始权重的优化及药物定量构效关系（QSAR）的分子描述子的选择。通过引入留一法交叉验证（LOO-CV）作为遗传算法衡量建立ANN模型有效性的方法实现选择较优的描述子组合,通过引入... 详细信息

利用遗传算法（GA）实现前向人工神经网络（BP-ANN）网络初始权重的优化及药物定量构效关系（QSAR）的分子描述子的选择。通过引入留一法交叉验证（LOO-CV）作为遗传算法衡量建立ANN模型有效性的方法实现选择较优的描述子组合,通过引入新的评价函数避免ANN训练过度,建立了基于遗传算法的自适应人工神经网络模型。把该方法应用到两组近来基于逐步多元线性回归（MLR）模型的QSAR研究当中,通过自适应GA-ANN模型选择描述子建立的非线性人工神经网络QSAR模型在LOO-CV中表现较高的交叉验证系数及较低的均方根偏差（RMSD）。而进一步引入留多法交叉验证（LMO-CV）,Y-随机性检验及外部验证的检验表明,建立的GA-ANN模型在稳健性和预测能力中明显优于MLR模型。研究表明自适应GA-ANN模型为改进QSAR模型提供了新的有效的方法。

关键词： QSAR 遗传算法人工神经网络自适应留一法交叉验证参数选择

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抗癌性喹唑啉类二氢叶酸还原酶抑制剂三维定量构效关系

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化学物理学报 2009年第3期

作者：陈锦灿陈兰美廖思燕钱力郑康成广东医学院分析中心湛江52402 生物无机与合成化学教育部重点实验室中山大学化学与化学工程学院广州51027 广东医学院药学院湛江524023

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抗宫颈癌黄酮和异黄酮衍生物的QSAR及作用机理研究

抗宫颈癌黄酮和异黄酮衍生物的QSAR及作用机理研究

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第九届全国计算（机）化学学术会议

作者：廖思燕陈锦灿钱力沈勇郑康成中山大学化学与化学工程学院

本文采用 DFT、MM2和统计方法对一系列具有抗癌性的黄酮和异黄酮的衍生物(见 Scheme 1)进行 QSAR 研究,建立了合理、可信并具有良好的预测能力的 QSAR 模型。非常有趣地发现该系列化合物的抗癌性(抗 HeLa)只与两个量子化学描述子有密切... 详细信息

本文采用 DFT、MM2和统计方法对一系列具有抗癌性的黄酮和异黄酮的衍生物(见 Scheme 1)进行 QSAR 研究,建立了合理、可信并具有良好的预测能力的 QSAR 模型。非常有趣地发现该系列化合物的抗癌性(抗 HeLa)只与两个量子化学描述子有密切关系,这两个描

关键词：黄酮异黄酮 QSAR 分子设计 DFT

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