检索结果-内蒙古大学图书馆

作者：林献威南方医科大学

学位级别：硕士

非酒精性脂肪肝病(Non-alcohol Fatty Liver Disease,NAFLD)是指除酒精和其他明确的损肝因素所致的肝细胞内脂肪过度蓄积为主要特征的临床病理综合征。“二次打击”假说中胰岛素抵抗(Insulin resistance,IR)、氧化应激和脂质过氧化是当... 详细信息

非酒精性脂肪肝病(Non-alcohol Fatty Liver Disease,NAFLD)是指除酒精和其他明确的损肝因素所致的肝细胞内脂肪过度蓄积为主要特征的临床病理综合征。“二次打击”假说中胰岛素抵抗(Insulin resistance,IR)、氧化应激和脂质过氧化是当前公认的NAFLD发病的关键因素。近年来,对NAFLD发病机制的研究很多,但是NAFLD具体的发病机制尚未明确。因此,对NAFLD发病机制的深入研究有利于更先进的诊断及治疗方法的发展。最近有研究发现石榴皮具有抗氧化、抑菌、抑制脂肪酸合成酶、调控肝细胞胆固醇的平衡和降血脂等效果。这些研究提示,石榴皮对NAFLD可能存在一定的治疗效果。深入探讨其对NAFLD影响的分子机制,可能帮助阐明其作用机制,为进一步研究提供参考。本文首先从NCBI中的GEO数据库中下载基因芯片数据集GSE66316。利用QlucoreOmics Explorer3.0(QOE3.0)软件分析筛选“高脂饮食和石榴皮饲养8周”和“高脂饮食饲养8周”基因芯片数据中的差异表达基因。然后,应用Database for Annotation,Visualization and Integrated Discovery(DAVID)对 QOE 3.0筛选出来的差异表达基因进行基因功能富集分析。最后,利用Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins(STRING)在线分析软件,建立基因编码蛋白关系网络图。通过分析,最终确定石榴皮对NAFLD的基因表达调控主要集中在一系列差异表达基因;再进行文献挖掘分析,发现石榴皮可能通过对几个关键差异表达基因影响调节NAFLD的发生发展。QOE 3.0软件分析筛选出172个差异表达基因。其中高表达基因118个,包括 AAGAB、CAD、EXOC1、RPL10、TFB2M、RPS7、NHP2、TRUB1 等;低表达基因 54 个,包括ISG15、OASL、NR3C1、AZGP1、BIRC5、RGMA等。DAVID分析发现这172个差异表达基因主要涉及RNA结合、修饰与加工,核糖体及其复合物的生物合成,蛋白质的转运和定位,翻译,一碳单位代谢,甲基化,GTPase的结合与活性结合,钙离子结合,多糖结合,核苷三磷酸酶活性调节,转录辅激活因子的活性,转录因子结合,核糖核蛋白复合体,线粒体,脂蛋白生物功能等生物过程、分子功能和细胞组分。将172个差异基因导入STRING中,最终筛选出13个差异表达基因。对这13个基因进行文献挖掘和分析显示:石榴皮对NAFLD的治疗作用可能是通过上调LPL、CARM1、C1QBP、TFB2M等基因的表达,促进甘油三酯水解,减少其在肝脏中的蓄积;增强肝细胞的抗氧化应激能力以及维持线粒体功能的稳定,进而维持肝细胞的正常生物代谢;同时,还可能下调NR3C1基因的表达,降低血液中游离脂肪酸的浓度,缓解胰岛素抵抗,从而达到治疗NAFLD的功效。而 NHP2、RPL10、RPS7、CAD、PCK2、ISG15、OASL、TRUB1 基因与NAFLD的关系尚未明确。但是,这些基因参与石榴皮成分对NAFLD的作用的初步发现,将为后续的研究提供一定的指导帮助。

关键词：石榴皮 NAFLD LPL 生物信息学分析分子机制

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

石榴皮对非酒精性脂肪肝病的基因表达调控数据分析

引用

中药材 2017年第1期40卷 171-176页

作者：林献威林贯川马文丽潘星华南方医科大学基础医学院生物化学与分子生物学教研室广东广州510515

目的:应用生物信息学分析方法,阐述石榴皮对非酒精性脂肪肝病(NAFLD)的基因表达调控机制。方法:运用生物信息学分析工具QOE、DAVID和STRING,对NCBI的GEO数据库中石榴皮对NAFLD可能治疗作用的相关数据进行挖掘分析。结果:分析喂养与未喂... 详细信息

目的:应用生物信息学分析方法,阐述石榴皮对非酒精性脂肪肝病(NAFLD)的基因表达调控机制。方法:运用生物信息学分析工具QOE、DAVID和STRING,对NCBI的GEO数据库中石榴皮对NAFLD可能治疗作用的相关数据进行挖掘分析。结果:分析喂养与未喂养石榴皮的高脂饮食大鼠基因芯片数据,筛选出8个差异表达基因。其中包括7个高表达基因:CAD、C1QBP、RPL10、RPS7、NHP2、CARM1、LPL;1个低表达基因:NR3C1。这些基因主要涉及的功能包括:嘧啶核酸的生物合成、RNA的修复与加工、核糖体的生物合成、核糖核蛋白复合体、细胞质和细胞器重要物质、脂蛋白生物功能相关基因等。结论:石榴皮可能通过上调LPL、CARM1、C1QBP、NHP2、RPL10、RPS7、CAD和下调NR3C1基因表达的分子机制,促进甘油三酯(TG)的水解,降低血液中游离脂肪酸的含量,缓解胰岛素抵抗,增强肝细胞的抗氧化应激能力及维持线粒体功能的稳定,进而维持肝细胞的正常生物代谢,从而对NAFLD具有一定的疗效。

关键词：石榴皮 NAFLD 生物信息学分析分子机制

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

一种基于单细胞转录组聚类结果注释细胞身份的方法

一种基于单细胞转录组聚类结果注释细胞身份的方法

引用

作者：黄仲曦章建平汪佳宏林献威潘星华 510000 广东省广州市广州高新技术产业开发区科学城开源大道11号B3栋905室

本发明公开了一种基于单细胞转录组聚类结果注释细胞身份的方法，包括步骤：S1、提供存活细胞，利用10X genomics建库并测序，获得转录组测序数据；S2、对步骤S1所得测序数据进行过滤，然后用软件cellranger进行初始分析，输出原始数据... 详细信息

标准号: CN110060729B

本发明公开了一种基于单细胞转录组聚类结果注释细胞身份的方法，包括步骤：S1、提供存活细胞，利用10X genomics建库并测序，获得转录组测序数据；S2、对步骤S1所得测序数据进行过滤，然后用软件cellranger进行初始分析，输出原始数据；S3、分析步骤S2输出的原始数据；S4、细胞身份注释，包括步骤：S41，将Cell Marker数据库的标签基因按细胞类型进行分类；S42，将FindAllMarkers函数筛选出来的标签基因按P值排序；S43，将Cell Marker数据库中每类细胞的标签基因与FindAllMarkers函数筛选出来的细胞亚群标签基因取交集，根据交集基因，进行打分；S44，根据基因交集打分大小排序，将分值最大者对应的细胞类型注释为当前亚群的细胞身份。采用本发明的方法能准确快速地对细胞分类和身份注释。

关键词：标签基因交集细胞测序数据细胞类型原始数据身份转录组排序数据库筛选存活细胞分析步骤聚类结果细胞分类细胞亚群输出基因测序建库亚群过滤分类分析

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

基于样品基因型的数据拆分的无标记多样品混合单细胞测序方法

基于样品基因型的数据拆分的无标记多样品混合单细胞测序方法

引用

作者：潘星华徐斯文张裕龙张君孝林献威汪佳宏 510000 广东省广州市南沙区珠江街南江二路6号自编9栋(7#楼)13层

本发明涉及一种基于样品基因型的数据拆分的无标记多样品混合单细胞测序方法，所述拆分技术包括以下步骤：S1、识别候选SNV；S2、统计每个细胞在候选SNV处的基因型；S3、根据基因型对细胞进行非监督聚类，并确定聚类后各细胞簇的基因型... 详细信息

标准号: CN116230082B

本发明涉及一种基于样品基因型的数据拆分的无标记多样品混合单细胞测序方法，所述拆分技术包括以下步骤：S1、识别候选SNV；S2、统计每个细胞在候选SNV处的基因型；S3、根据基因型对细胞进行非监督聚类，并确定聚类后各细胞簇的基因型；S4、提取各样品全外显子组测序在各候选SNV处的基因型；S5、根据基因型将各细胞簇与样品全外显子组测序的基因型进行匹配，最终完成对单细胞多样品混合测序的拆分，得到各样品的细胞。采用本发明技术可以有效利用样品自身特异的基因型信息，对单细胞多样品混合测序进行数据拆分，适用正常样品，肿瘤样品以及细胞系等样品的单细胞测序。

关键词：基因型测序多样品混合测序外显子细胞簇细胞聚类基因型信息识别候选样品基因正常样品肿瘤样品无标记匹配统计监督

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

基于样品基因型的数据拆分的无标记多样品混合单细胞测序技术

基于样品基因型的数据拆分的无标记多样品混合单细胞测序技术

引用

作者：潘星华徐斯文张裕龙张君孝林献威汪佳宏 510000 广东省广州市南沙区珠江街南江二路6号自编9栋(7#楼)13层

本发明涉及一种基于样品基因型的数据拆分的无标记多样品混合单细胞测序技术，所述拆分技术包括以下步骤：S1、识别候选SNV；S2、统计每个细胞在候选SNV处的基因型；S3、根据基因型对细胞进行非监督聚类，并确定聚类后各细胞簇的基因型... 详细信息

标准号: CN116230082A

本发明涉及一种基于样品基因型的数据拆分的无标记多样品混合单细胞测序技术，所述拆分技术包括以下步骤：S1、识别候选SNV；S2、统计每个细胞在候选SNV处的基因型；S3、根据基因型对细胞进行非监督聚类，并确定聚类后各细胞簇的基因型；S4、提取各样品全外显子组测序在各候选SNV处的基因型；S5、根据基因型将各细胞簇与样品全外显子组测序的基因型进行匹配，最终完成对单细胞多样品混合测序的拆分，得到各样品的细胞。采用本发明技术可以有效利用样品自身特异的基因型信息，对单细胞多样品混合测序进行数据拆分，适用正常样品，肿瘤样品以及细胞系等样品的单细胞测序。

关键词：基因型多样品测序混合测序外显子细胞簇细胞聚类基因型信息测序技术识别候选样品基因正常样品肿瘤样品无标记匹配统计监督

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

一种基于单细胞转录组聚类结果注释细胞身份的方法

一种基于单细胞转录组聚类结果注释细胞身份的方法

引用

作者：黄仲曦章建平汪佳宏林献威潘星华 510000 广东省广州市广州高新技术产业开发区科学城开源大道11号B3栋905室

标准号: CN110060729A

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

一组条码接头以及中通量多重单细胞代表性DNA甲基化建库和测序方法

一组条码接头以及中通量多重单细胞代表性DNA甲基化建库和测序方法

引用

作者：潘星华麦丽瑶练志伟张裕龙林献威李爽杨香彭佳佳 510515 广东省广州市白云区沙太南路1023号南方医科大学

本发明提供了一组含样品条码的粘性接头，用于特异标记不同样品；每个接头由短寡核苷酸和长寡核苷酸形成，不同接头设置独特的条码序列；该接头直接连接限制性酶切的基因组DNA片段末端，用于标记多个单细胞或群体细胞或纯化的DNA样品并... 详细信息

标准号: CN115125624A

本发明提供了一组含样品条码的粘性接头，用于特异标记不同样品；每个接头由短寡核苷酸和长寡核苷酸形成，不同接头设置独特的条码序列；该接头直接连接限制性酶切的基因组DNA片段末端，用于标记多个单细胞或群体细胞或纯化的DNA样品并可进行其扩增。本发明还提供了同时检测多个样品CpG甲基化的方法，简称M‑scRRBS，及其替代性方法M‑scRRAS，采用上述接头特异标记多个样品，包括每个样品的所有DNA片段，再把多个样品合并，实现多样品的单管反应，进行后续的转化、测序文库构建和测序、各样品读数分流解码及下游分析。本发明的建库技术与scWGBS和scRRBS方法相比，具有高效率、低成本、操作稳定方便等优势。