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中国输血协会第十届输血大会

作者：聂向民朱传福乔文本刘艳邵静茹山东省血液中心

目的鉴定分析HLA新等位基因A24:191序列,并对其编码氨基酸残基改变在其编码蛋白分子空间结构中的影响进行模拟分析。方法使用SBT等位基因组特异性测序进行序列鉴定。应用SWISS-MODEL同源建模及PDB软件,对其编码蛋白分子空间结构及其氨... 详细信息

目的鉴定分析HLA新等位基因A24:191序列,并对其编码氨基酸残基改变在其编码蛋白分子空间结构中的影响进行模拟分析。方法使用SBT等位基因组特异性测序进行序列鉴定。应用SWISS-MODEL同源建模及PDB软件,对其编码蛋白分子空间结构及其氨基酸残基改变在MHC分子三维空间结构中可能影响进行模拟分析。

关键词：编码蛋白等位基因 HLA 三维结构模拟

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罕见等位基因HLA-C*08:84序列及蛋白分子三维结构模拟分析

罕见等位基因HLA-C*08:84序列及蛋白分子三维结构模拟分析

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中国输血协会第十届输血大会

作者：王天菊齐珺李恒新郝剑王小芳王满妮房婕武君华尚利侠陈乐陕西省血液中心

目的鉴定分析1例人类白细胞抗原（HLA）罕见等位基因C08:84,分析其核苷酸和氨基酸序列,预测分析其氨基酸残基改变在编码蛋白分子三维空间结构影响,对其在造血干细胞移植错配中可能的影响进行初步探讨和分析。方法应用直接测序（PCR-SBT... 详细信息

目的鉴定分析1例人类白细胞抗原（HLA）罕见等位基因C08:84,分析其核苷酸和氨基酸序列,预测分析其氨基酸残基改变在编码蛋白分子三维空间结构影响,对其在造血干细胞移植错配中可能的影响进行初步探讨和分析。方法应用直接测序（PCR-SBT）和序列特异性寡核苷酸探针（PCR-SSOP）对1例急性髓细胞白血病患者进行异基因造血干细胞移植前HLA-A/B/C/DQB1/DRB1高分辨确认分型时发现C位点为罕见等位基因,应用单等位基因组特异性测序确定HLA-C分型

关键词：等位基因 HLA-C 三维结构模拟

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新等位基因HLA-A*01:130的序列分析及HLA分子三维结构模拟

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中国免疫学杂志 2015年第4期31卷 514-516页

作者：李鑫丁镌侯玲王鑫颜廷宇李继红张春燕赵素珍刘颖刘杰哈尔滨市血液中心哈尔滨150056

目的:确认HLA新等位基因HLA-A*01:130并分析其有异常反应格局的核苷酸序列。方法:应用DNA测序分型技术(PCR-SBT)进行HLA分型,对可疑新等位基因采用单链测序基因分型技术直接测定基因序列,分析其与同源性最高的HLA等位基因序列的差异。最... 详细信息

目的:确认HLA新等位基因HLA-A*01:130并分析其有异常反应格局的核苷酸序列。方法:应用DNA测序分型技术(PCR-SBT)进行HLA分型,对可疑新等位基因采用单链测序基因分型技术直接测定基因序列,分析其与同源性最高的HLA等位基因序列的差异。最后,经Swiss-Model对HLA分子进行三维结构模拟。结果:新基因与所有已知的HLA-A等位基因序列均不相同,与HLA-A*01:66基因序列相比在第3外显子368位碱基由A→G,导致第99位密码子改变,酪氨酸→半胱氨酸。替代氨基酸位于抗原肽结合区β片层上。结论:发现一个新的HLA-A等位基因,现已被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-A*01:130。

关键词：分型新等位基因 SBT 三维结构模拟

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新等位基因HLA-A*01:130的序列分析及HLA分子三维结构模拟

新等位基因HLA-A*01:130的序列分析及HLA分子三维结构模拟

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中国输血协会第七届输血大会

作者：李鑫丁镌侯玲王鑫颜廷宇李继红张春燕赵素珍刘颖刘杰哈尔滨市血液中心

目的确认HLA新等位基因HLA—A*01∶130并分析其有异常反应格局的核苷酸序列。方法应用DNA测序分型技术(PCR-SBT)进行HLA分型,对可疑新等位基因采用单链测序基因分型技术直接测定基因序列,分析其与同源性最高的HLA等位基因序列的差异。最... 详细信息

目的确认HLA新等位基因HLA—A*01∶130并分析其有异常反应格局的核苷酸序列。方法应用DNA测序分型技术(PCR-SBT)进行HLA分型,对可疑新等位基因采用单链测序基因分型技术直接测定基因序列,分析其与同源性最高的HLA等位基因序列的差异。最后,经Swiss—Model对HLA分子进行三维结构模拟。结果新基因与所有已知的HLA-A等位基因序列均不相同,与HLA—A*01∶66基因序列

关键词： HLA-A*01:130 新等位基因三维结构模拟序列分析

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基于二阶梯度磁场与双通带脉冲的空间饱和方法

基于二阶梯度磁场与双通带脉冲的空间饱和方法

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作者：张华彬方永祥周建太胡娇娇林凯文罗鹏辉王长亮袁克诚 230093 安徽省合肥市中国(安徽)自由贸易试验区合肥片区高新区望江西路900号中安创谷科技园A3A4栋6楼670室

本发明公开了基于二阶梯度磁场与双通带脉冲的空间饱和方法，涉及磁共振成像技术领域；该方法包括如下步骤：步骤一、在成像模块之前加入信号饱和模块并预设其时序结构；步骤二、读取加载预设好的双通带饱和脉冲；步骤三、定义不规则的... 详细信息

标准号: CN118131098A

本发明公开了基于二阶梯度磁场与双通带脉冲的空间饱和方法，涉及磁共振成像技术领域；该方法包括如下步骤：步骤一、在成像模块之前加入信号饱和模块并预设其时序结构；步骤二、读取加载预设好的双通带饱和脉冲；步骤三、定义不规则的信号抑制区域；步骤四、设置信号饱和模块的时序参数；步骤五、进行正式扫描作业；结合二阶梯度磁场与双通带饱和脉冲，大幅降低该模块的扫描时间，从而降低整体的扫描时间；还能通过定义不规则信号抑制区域并将其三维结构模拟出来，通过改变二阶梯度磁场的幅值参数，改变信号抑制区域的范围大小，使用户可以快速直观地观察信号抑制区域的状态，获得理想的空间信号饱和状态。

关键词：二阶梯度通带磁场饱和饱和脉冲预设扫描磁共振成像技术读取三维结构模拟不规则信号饱和状态成像模块幅值参数改变信号观察信号加入信号空间信号扫描作业设置信号时序参数时序结构信号抑制不规则脉冲加载直观

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ECB脱酰基酶突变体及其在制备阿尼芬净中间体中的应用

ECB脱酰基酶突变体及其在制备阿尼芬净中间体中的应用

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作者：邹树平朱寒悦柳志强汤恒牛坤郑裕国 310000 浙江省杭州市拱墅区潮王路18号

本发明涉及一种催化性能明显改善的棘白菌素B脱酰基酶突变体、编码基因，含有编码基因的载体、基因工程菌，以及其，以及所述突变体在催化合成阿尼芬净医药中间体——棘白菌素B母核中的应用。所述棘白菌素B脱酰基酶突变体由SEQ ID NO.1... 详细信息

标准号: CN115725553A

本发明涉及一种催化性能明显改善的棘白菌素B脱酰基酶突变体、编码基因，含有编码基因的载体、基因工程菌，以及其，以及所述突变体在催化合成阿尼芬净医药中间体——棘白菌素B母核中的应用。所述棘白菌素B脱酰基酶突变体由SEQ ID NO.1所示氨基酸经单点突变或多点联合突变获得。本发明以扩大催化底物口袋为基础进行理性设计，利用三维结构模拟结合酶学性质分析，提供了一种催化性能更好的ECB脱酰基酶突变体，可用于阿尼芬净中间体的制备，为阿尼芬净的合成提供了新的途径。

关键词：突变体棘白菌素B 脱酰基酶编码基因催化性能三维结构模拟基因工程菌医药中间体催化底物催化合成单点突变理性设计酶学性质氨基酸可用母核制备突变合成应用分析联合

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新型冠状病毒棘突蛋白免疫原性分析及其多肽疫苗设计研究

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赣南医学院学报 2020年第3期40卷 217-224页

作者：许志强鲁陈胡晓军郭有胡巧丽朱颖南京医科大学第一附属医院江苏南京210000 赣南医学院第一附属医院赣州市疾病预防控制中心江西赣州341000 南昌大学生命科学学院江西南昌330031

目的:分析新型冠状病毒(SARS-CoV-2)表面棘突蛋白的结构和B细胞表位。方法:首先利用Protparam对SARS-CoV-2棘突蛋白的物理化学性质特征进行分析。随后通过Clustal软件,对SARS-CoV-2和SARS-CoV棘突蛋白中的功能区域进行分析,并结合同源模... 详细信息

目的:分析新型冠状病毒(SARS-CoV-2)表面棘突蛋白的结构和B细胞表位。方法:首先利用Protparam对SARS-CoV-2棘突蛋白的物理化学性质特征进行分析。随后通过Clustal软件,对SARS-CoV-2和SARS-CoV棘突蛋白中的功能区域进行分析,并结合同源模拟,明确棘突蛋白的空间结构和折叠特征。综合DNAStar、ABCpred和BepiPred结果,筛选SARS-CoV-2棘突蛋白的线性B细胞表位,同时利用ElliPro、DiscoTope、SEPPA对棘突蛋白的构象B细胞表位进行综合预测。结果:通过同源模拟,SARS-CoV-2的棘突蛋白是同源三聚体结构,并且与SARS-CoV的棘突蛋白相似,也具有两种受体结合区域构象。通过综合多种免疫信息学工具及进一步筛选,11条线性表位(B9-B14和B27-B31)及5条构象表位(CB4-CB8)被筛出。结论:本研究筛选出的SARS-CoV-2棘突蛋白的16条B细胞表位,包括11条线性表位(B9-B14和B27-B31)及5条构象表位(CB4-CB8),可作为潜在的新型冠状病毒肺炎免疫原疫苗研发的候选表位。

关键词：新型冠状病毒新型冠状病毒肺炎三维结构模拟 B细胞表位

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基于深度学习的蛋白质结构预测方法及系统

基于深度学习的蛋白质结构预测方法及系统

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作者：苗洪江 201100 上海市闵行区剑川路951号5幢1层(集中登记地)

本发明提供了一种基于深度学习的蛋白质结构预测方法及系统，尤其是一种基于深度学习和生物信息理论的蛋白质三维结构模拟方法，该方法包括：蛋白质同源矩阵的搜索步骤、相关特征数据的计算步骤、蛋白质残基间距离与角度预测的网络构建... 详细信息

标准号: CN112233723B

本发明提供了一种基于深度学习的蛋白质结构预测方法及系统，尤其是一种基于深度学习和生物信息理论的蛋白质三维结构模拟方法，该方法包括：蛋白质同源矩阵的搜索步骤、相关特征数据的计算步骤、蛋白质残基间距离与角度预测的网络构建步骤、距离与角度的预测准确度评估步骤、基于距离及角度的三维模型快速生成及优化步骤、三维结构模型的筛选步骤、及预测结果的评估步骤。该流程与传统方法相比，具有预测准确、快速的优势，可进行高通量的宏蛋白质组模拟。

关键词：评估步骤蛋白质预测蛋白质结构预测矩阵三维结构模拟三维结构模型蛋白质残基准确度蛋白质组计算步骤快速生成三维模型生物信息特征数据网络构建预测结果高通量同源搜索筛选学习优化

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一种嵌合蛋白AQP4-CH2、制备及其应用

一种嵌合蛋白AQP4-CH2、制备及其应用

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作者：祖向阳胡志刚杜喆张晓兰黄磊付东辽薛云高伟娜马晓孟宋春辉 471000 河南省洛阳市涧西区西苑路48号

本发明涉及一种嵌合蛋白AQP4‑CH2、制备及其应用，属于生物医药工程技术领域。本发明首先利用蛋白质三维结构模拟，将AQP4的三段抗原表位(A环、C环和E环)取代人抗体恒定区CH2中不规则卷曲，使其展示在CH2蛋白表面；然后人工合成密码子... 详细信息

标准号: CN109053902B

本发明涉及一种嵌合蛋白AQP4‑CH2、制备及其应用，属于生物医药工程技术领域。本发明首先利用蛋白质三维结构模拟，将AQP4的三段抗原表位(A环、C环和E环)取代人抗体恒定区CH2中不规则卷曲，使其展示在CH2蛋白表面；然后人工合成密码子优化的嵌合蛋白基因，利用分子克隆技术，构建原核表达载体；转化大肠杆菌筛选高效表达嵌合蛋白菌株，Ni‑亲和层析纯化嵌合蛋白AQP4‑CH2；以嵌合蛋白为抗原包被酶标版，采用酶联免疫分析(ELISA)法测定视神经脊髓炎患者的血清及脑脊液中的AQP4抗体，用于早期鉴别诊断视神经脊髓炎与多发性硬化。

关键词：嵌合蛋白视神经脊髓炎分子克隆技术工程技术领域酶联免疫分析亲和层析纯化人抗体恒定区三维结构模拟原核表达载体大肠杆菌多发性硬化密码子优化蛋白表面高效表达鉴别诊断抗原包被抗原表位生物医药不规则脑脊液卷曲血清构建菌株抗体酶标三段制备蛋白质筛选基因转化应用展示

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基于深度学习的蛋白质结构预测方法及系统

基于深度学习的蛋白质结构预测方法及系统

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作者：苗洪江 201100 上海市闵行区剑川路951号5幢1层(集中登记地)

标准号: CN112233723A

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