检索结果-内蒙古大学图书馆

计算机应用与软件 2011年第11期28卷 222-227页

作者：王英复旦大学计算机科学与技术学院上海200433 上海市智能信息处理重点实验室上海200433

转录调控、转录翻译和信号传导网络等生化网络分别刻画不同的生物过程,描述细胞的不同生命活动。对这些生化网络进行计算机建模与分析,不仅可以获得细胞生长各阶段更加全面的认识,同时对药物靶点的确定和代谢工程的发展也有着深远的影... 详细信息

转录调控、转录翻译和信号传导网络等生化网络分别刻画不同的生物过程,描述细胞的不同生命活动。对这些生化网络进行计算机建模与分析,不仅可以获得细胞生长各阶段更加全面的认识,同时对药物靶点的确定和代谢工程的发展也有着深远的影响。基于约束的重构和分析方法COBRA是一套完整的对生化网络进行建模和分析的框架。它已被广泛应用于全基因组规模代谢网络的研究中,同时在应用过程中也发展出了许多极具价值的分析方法。近年来,COBRA框架也被陆续应用到其它生化网络中。主要介绍COBRA框架在转录调控、转录翻译和信号传导网络中的建模和分析方面的应用,并且简要评述COBRA框架的研究现状及可能的发展方向。

关键词： COBRA 转录调控网络转录翻译网络信号传导网络生物信息学

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用随机参数采样研究生物信号网络作用机制

用随机参数采样研究生物信号网络作用机制

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作者：麦中兴中国科学技术大学

学位级别：博士

计算机建模是生物信号网络研究中的一个重要手段。在建模过程中,如何选择计算机模型的参数是最重要也最难解决的一步。通常情况下,不管是要利用计算机模型进行实验结果预测还是网络机制研究,习惯上都是先根据模拟结果与标准实验结果的... 详细信息

计算机建模是生物信号网络研究中的一个重要手段。在建模过程中,如何选择计算机模型的参数是最重要也最难解决的一步。通常情况下,不管是要利用计算机模型进行实验结果预测还是网络机制研究,习惯上都是先根据模拟结果与标准实验结果的误差进行初期的参数拟合(top-down),或者直接用实验数据反向推出网络中的参数雏形(bottom-up),再用另一组或几组标准数据对候选参数进行测试调整,最终得到一组或少量几组对目标实验拟合度最高的模型参数(最优参数)。后续的实验将都在这些最优参数的基础上进行。然而我们认为这种传统的先寻找最优参数的建模方法虽然很适合用来进行结果预测,但却未必适合用来进行网络机制的研究。寻找最优参数的现实意义是寻找最接近真实细胞中的网络状态,亦即最适合细胞生命活动的网络状态。然而我们认为在研究网络作用机制的时候,最差状态所包含的信息量往往不比最优状态少。传统的建立在最优参数基础上的研究方法恰好忽略了在劣质参数中所可能蕴含的机制信息。为了弥补传统方法在机制研究上的这个缺点,我们尝试通过改变模型类型和压缩参数数量的方法对生物信号网络进行随机参数分析,从参数变化对网络行为的影响中推出网络的设计原理和作用机制。在本文中我们将分别对两个重要生物信号网络——凋亡网络和MAPK通路——分别以不同类型的计算机模型为基础进行随机参数分析。最终我们不仅成功重现了这两个网络的重要动力学行为,还对这些行为的可能机制有新的了解。

关键词：信号传导网络不可逆性稳定性超敏性双稳态

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线粒体是细胞代谢网络和信号网络中的一个调控中心

线粒体是细胞代谢网络和信号网络中的一个调控中心

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中国生物化学与分子生物学会第八届会员代表大会暨全国学术会议

作者：刘树森中科院动物所生物膜与膜生物工程国家重点实验室

线粒体是细胞能量代谢的中心,同时又可通过呼吸链单电子漏产生超氧自由基等活性氧(ROS),构成有机体内源ROS来源的95%,对调节细胞氧化还原电势和信号转导,调控基因表达和氧化应激有重要作用.近年来证明细胞色素C的释放是控制细胞凋亡信... 详细信息

线粒体是细胞能量代谢的中心,同时又可通过呼吸链单电子漏产生超氧自由基等活性氧(ROS),构成有机体内源ROS来源的95%,对调节细胞氧化还原电势和信号转导,调控基因表达和氧化应激有重要作用.近年来证明细胞色素C的释放是控制细胞凋亡信号传导中的决定性事件,因而线粒体又成为细胞凋亡的执行中心.线粒体与生物的生长,发育,衰老,疾病,死亡以及生物进化等都有多方面的密切关系,成为当

关键词：线粒体细胞代谢信号传导网络细胞凋亡信号 ROS 信号网络

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蛋白激酶C在视皮层的发育性变化及其与神经元分化的关系

蛋白激酶C在视皮层的发育性变化及其与神经元分化的关系

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作者：张明焱中山医科大学中山大学

学位级别：硕士

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生物信息学在蛋白质翻译后修饰研究中的应用

生物信息学在蛋白质翻译后修饰研究中的应用

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作者：李虹中国科学院上海生命科学研究院

学位级别：硕士

蛋白质翻译后修饰是蛋白质组学研究中的热点和难点。近几年质谱技术的发展,产生了大量高质量、高通量的翻译后修饰数据,生物信息方法在分析数据时展现了充分的优势。本文从三个角度:数据基础、预测算法、磷酸化网络,探讨生物信息学方法... 详细信息

蛋白质翻译后修饰是蛋白质组学研究中的热点和难点。近几年质谱技术的发展,产生了大量高质量、高通量的翻译后修饰数据,生物信息方法在分析数据时展现了充分的优势。本文从三个角度:数据基础、预测算法、磷酸化网络,探讨生物信息学方法在蛋白质翻译后修饰研究中的应用。\n 针对翻译后修饰组学的需求,首先建立了一个系统的翻译后修饰研究平台(SysPTM),包括手工整理的多类型的修饰数据库,和四个在线的数据挖掘工具。与其它数据库不同的是,SysPTM更关注质谱实验中的修饰蛋白质和位点,并有强大的计算分析工具与数据库整合在一起帮助用户用提取知识。我们还用一套串联质谱鉴定的磷酸化数据集来测试SysPTM的数据分析流程,表明SysPTM能结合生物学上下文系统地研究修饰数据。另一方面,计算预测翻译后修饰位点是实验鉴定的重要辅助手段。我们将机器学习方法用于两种修饰位点的预测:针对赖氨酸乙酰化位点,用氨基酸耦合模式作为特征,用支持向量机算法建立模型,提高了预测准确率；针对亚硝基化位点,用四种编码方法将序列转换成数值特征,前向搜索法选取特征,最近邻算法的预测准确率接近80％。最后,试图构建磷酸化介导的人信号传导网络,在网络水平了解磷酸化的功能。基于已有知识已完成了背景信号网络的构建,并分析了网络的拓扑学特征,开发了相关搜索算法。但结合特定生物学过程的磷酸化数据重构动态信号网络,仍然是个挑战性的课题。\n 以上三部分的工作是相互联系的,递进地加深对翻译后修饰的理解。第一部分的工作(SysPTM)促进了质谱实验数据的整合共享,也是生物信息分析的数据基础；第二部分的修饰位点预测模型来源于实验数据,预测结果又与实验鉴定结果互相补充；第三部分(构建磷酸化介导的信号网络)试图从研究最广泛的磷酸化入手,更深入的探索修饰蛋白质的生物学功能。这样系统的生物信息学研究,有助于在整体水平了解翻译后修饰的广谱性、发生机制和调控方式,推动翻译后修饰的研究进程。

关键词：翻译后修饰质谱磷酸化数据库机器学习信号传导网络

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microRNA调控的生物网络

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生命科学 2008年第4期20卷 661-666页

作者：杨鹏程陈明杰茹松伟赵屹刘伟郑州大学生物工程系郑州450003 中国科学院计算技术研究所北京100190

生物网络是生物体内各种分子通过相互作用来完成各种复杂的生物功能的一个体系。网络水平的研究,有助于我们从整体上理解生物体内各种复杂事件发生的内在机制。microRNA(miRNA)是一类在转录后水平调控基因表达的小RNA分子。研究结果表明... 详细信息

生物网络是生物体内各种分子通过相互作用来完成各种复杂的生物功能的一个体系。网络水平的研究,有助于我们从整体上理解生物体内各种复杂事件发生的内在机制。microRNA(miRNA)是一类在转录后水平调控基因表达的小RNA分子。研究结果表明,miRNA调控的靶基因分布范围很广,因此必然与目前所研究的生物网络有着各种各样的联系。对这种关系的揭示,将对阐明miRNA的调控规律起到重要的作用。本文重点讨论了miRNA调控的基因调控网络、蛋白质相互作用网络以及细胞信号传导网络的特征。此外,还总结了miRNA调控的网络模体(motif)和miRNA协同作用网络的特征。

关键词： microRNA 蛋白质相互作用网络基因调控网络信号传导网络 microRNA协同作用网络

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宫颈癌相关危险因素及人工神经网络风险评估模型

宫颈癌相关危险因素及人工神经网络风险评估模型

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作者：伍欣星武汉大学

研究背景及内容：中国是宫颈癌的高发国家。湖北省五峰县地处偏远山区，是宫颈癌的高发区，其发病率为北京地区的423倍，是一个极具价值的宫颈癌研究现场。宫颈癌的发病与多种危险因素有关，环境因素、遗传因素共同成为致病因子，这就... 详细信息

标准号: 0900930082

研究背景及内容：中国是宫颈癌的高发国家。湖北省五峰县地处偏远山区，是宫颈癌的高发区，其发病率为北京地区的423倍，是一个极具价值的宫颈癌研究现场。宫颈癌的发病与多种危险因素有关，环境因素、遗传因素共同成为致病因子，这就需要从分子、细胞、群体水平以及与环境相互作用的不同层次；从信号传导网络及调控整体进行综合研究。该研究深入湖北省宫颈癌高发区现场，采用分子和细胞生物学、分子流行病学、肿瘤学及生物信息学等技术进行了环境因素、遗传因素的综合研究。探讨各种危险因素在宫颈癌发生中的作用及宫颈癌信号传导网络；评估环境因素与遗传因素在宫颈癌发生中的危险性大小，构建出对于临床具有广泛实用价值的人工神经网络(ANN)宫颈癌风险评估模型。为筛选宫颈癌高危人群，制定宫颈癌一级预防策略提供理论依据。发明点、创新点、主要贡献：1.首次将人工神经网络分析技术应用于宫颈癌风险判别模型的构建，筛选出对宫颈癌具有显著影响的六个因素，并进行排序。所构建的模型显示出较好的回代拟合和预测效果。2.首次将人白细胞抗原(HLA-Ⅰ类分子)等位基因型作为易感遗传因素纳入宫颈癌危险因素综合模型构建，并实现了环境因素与遗传因素的危险性大小比较。3.首次采用SBT(sequence-based typing)法对五峰宫颈癌高发区妇女进行HLA-A、B等位基因进行分型，可作为该人群等位基因、单倍体频率的群体资料，对进一步开展群体遗传学、疾病关联等研究具有重要意义。4．首次提出将HLA-A*0202、HLA-A*0206、HLA-B*6701、HLA-B*4002作为宫颈癌遗传标志的重要候选指标；发现HLA-A2超型、HLA-A3超型在宫颈癌发生中的作用(其中HLA-A2为保护型，HLA-A3为易感性)。5．首次提出人膀胱癌相关蛋白(BLCAP)基因与宫颈癌的发生、发展存在密切关系，可能是一条潜在的宫颈癌抑癌基因。该结论被美国国立生物信息中心(NCBI)作为BLCAP基因功能的唯一注释。应用推厂情况：1．发表科研论文50篇，SCI、EI论文16篇；其中单篇SCI论文他引20次：引用中的4篇是国外该领域顶级研究小组的论文综述。2．国内外同行索取克隆株、论文以及求教，他们认同、借鉴和采纳研究成果中的一些观点、思路和构想。3．出版专著《生物信息学》、《实用妇科肿瘤手术》、《子宫颈癌》已成为不少高校、科研院所的教材和科研、临床参考书。社会及经济效益：宫颈癌是发展中国家妇女发病率和死亡率最高的恶性肿瘤。课题组通过对宫颈癌高发区现场-临床-实验室三结合对宫颈癌相关环境危险因素、遗传因素持续研究了6年，从众多的危险因素中筛检关键的六大环境危险因素和遗传分子标志物；探讨了宫颈癌信号传导网络失调机制，这为宫颈癌高发区成因的解释及病因防治提供了理论依据；对指导当地居民改善生活习惯起积极作用，产生良好的社会效益。

关键词：宫颈癌危险因素信号传导网络病因防治

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