检索结果-内蒙古大学图书馆

胃肠病学和肝病学杂志 2018年第2期27卷 167-172页

作者：姜华高建鹏王辉张志波昆明医科大学附属医院延安医院消化内科云南昆明650051

目的探寻大鼠骨髓间充质干细胞(mesenchymal stem cells,MSCs)分化成肝细胞过程中的核心调控机制。方法利用芯片检测结果,筛选大鼠骨髓MSCs诱导分化成肝细胞样细胞(hepatocytelike cells,HLCs)、正常肝细胞(normal liver cells,NLCs)动... 详细信息

目的探寻大鼠骨髓间充质干细胞(mesenchymal stem cells,MSCs)分化成肝细胞过程中的核心调控机制。方法利用芯片检测结果,筛选大鼠骨髓MSCs诱导分化成肝细胞样细胞(hepatocytelike cells,HLCs)、正常肝细胞(normal liver cells,NLCs)动态发展过程中差异表达的基因,利用基因的表达变化进行表达趋势聚类,筛选出显著性的表达趋势。集中分析具有相同趋势的共表达基因,构建基因的共表达调控网络,从中筛选在动态变化过程中的核心基因。结果从MSCs分化成NLCs的动态过程中,通过筛选得到4 938个差异表达基因,Fas、G6pc、IL1b、S100a1、Ndufa7等基因为关键基因。结论 MSCs最终分化成NLCs的过程中,与细胞周期调控、增殖、分化相关基因及糖、脂肪酸、胆固醇的代谢、解毒相关基因表达密切相关。

关键词：全基因组表达芯片间充质干细胞肝样细胞肝细胞 GO分析

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间充质干细胞与肝样转化细胞的基因谱差异分析

引用

基础医学与临床 2015年第8期35卷 1078-1082页

作者：姜华高建鹏王辉张志波王丽昆昆明医科大学附属延安医院消化内科云南昆明650051

目的用全基因表达谱芯片筛选大鼠骨髓间充质干细胞(MSCs)与定向分化为肝细胞样细胞(HLCs)的表达基因差异并对其进行分析研究。方法将大鼠MSCs诱导定向分化的肝样细胞做3次生物学重复,分别取MSCs和诱导分化的肝样细胞提取总RNA进行扩增,... 详细信息

目的用全基因表达谱芯片筛选大鼠骨髓间充质干细胞(MSCs)与定向分化为肝细胞样细胞(HLCs)的表达基因差异并对其进行分析研究。方法将大鼠MSCs诱导定向分化的肝样细胞做3次生物学重复,分别取MSCs和诱导分化的肝样细胞提取总RNA进行扩增,Cy3标记。与大鼠全基因表达谱芯片杂交,荧光扫描,筛选出差异表达基因,并进行GO分析和pathway分析。用实时定量PCR对结果进行验证。结果芯片筛选结果显示,分化后的MSCs与HLCs间的差异表达的基因多达839个,其中上调表达448个,下调表达391个。在差异基因当中有生物学过程注释的基因有363个,具有细胞组分注释的差异基因有377个,具有分子功能注释的差异基因364个。Pathwav分析结果中显示在差异基因参与的273个Pathway中有显著性变化的Pathway有45个,其中参与到显著性Pathway共有275个差异表达基因,其中上调基因122个,下调基因153个。通过差异基因构建基因调控网络,按照基因在网络的度(Degree)筛选出网络当中的5个关键基因:Pkm2、Nt5e、Fos、Adcy3、Itga7。结论 MSCs体外诱导定向分化为HLCs过程中,其调节的基因与肝细胞中细胞增殖、分化、凋亡、代谢和调控等密切相关。

关键词：全基因组表达芯片间充质干细胞肝样细胞 GO分析 Pathway分析

来源：评论

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大鼠BMSCs分化为肝细胞的基因表达谱差异的研究

大鼠BMSCs分化为肝细胞的基因表达谱差异的研究

引用

作者：姜华昆明医科大学

学位级别：硕士

基因芯片具有高效率,高通量、高精度和能平行对照研究等特点,被迅速应用于生物基因的研究领域。基因表达谱分析对某一物种或特定细胞在某一功能状态下产生的mRNA进行高通量测序。通过分析基因的表达变化揭示基因之间表达变化的相互关系... 详细信息

基因芯片具有高效率,高通量、高精度和能平行对照研究等特点,被迅速应用于生物基因的研究领域。基因表达谱分析对某一物种或特定细胞在某一功能状态下产生的mRNA进行高通量测序。通过分析基因的表达变化揭示基因之间表达变化的相互关系,研究基因的表达差异情况获得生物信息。[目的]通过对大鼠B MSC s、分化后HLCs、NLCs三者之间基因表达水平差异的组间分析,构建基因表达调控网络,研究BMSCs分化成肝细胞过程中差异基因的表达趋势聚类和功能分析,并应用PCR技术验证显著差异基因,寻找BMSCs分化成肝细胞过程中可能的核心调控机制,为临床提供参考。[方法]1、取大鼠BMSCs、分化后HLCs进行比较,筛选两者之间差异表达的基因。对BMSCs、HLCs的差异基因进行基因功能和Pathway的显著性分析,得到差异基因的显著性功能和差异基因参与的Pathway。构建差异基因的表达调控网络,获得诱导分化HLCs的最核心的基因和通路。2、取由大鼠BMSCs诱导分化形成的HLCs与正常的大鼠肝细胞进行比较,筛选两者之间的差异基因,得到诱导分化形成的HLCs与NLCs的差异,进行基因功能和pathway的显著性分析,得到差异基因在功能上的体现和差异基因参与的显著性Pathway。利用差异基因的在诱导分化获得HLCs、NLCs的表达丰度(表达信号值),构建差异基因在这两种细胞状态下基因间的表达调控网络,对两者的网络进行比较,获得诱导分化HLCs与NLCs差异的最核心的基因和通路。3、以大鼠BMSCs、诱导分化的HLCs、正常的肝细胞这个发展过程为研究对象,将这个过程作为一个动态变化的过程,筛选在这个动态过程当中差异表达的基因,也就是这三组的差异表达基因。利用差异基因在3个细胞状态的表达情况,按照动态变化过程进行表达趋势的聚类,筛选出显著性的表达趋势,从而将目标的表达趋势基因作为控制BMSCs分化成肝细胞的目标基因。分析具有相同趋势的共表达基因,预测共表达基因是否受相关转录因子的调控,从而出现在表达上呈现一致性。构建动态过程基因的表达调控网络,从中筛选在动态变化过程当中的核心基因,以及基因间的相互作用关系,从而得到在动态变化过程的调控机制。4.荧光定量PCR实验对相关的基因做进一步的芯片验证实验.以证实芯片的结果的可靠性。[结果]1.通过筛选我们可以得到BMSCs与分化后HLCs样本间差异表达的基因共有839个基因,其中上调表达448个,下调表达391个。在差异基因参与的273个Pathway中有显著性变化的Pathway有45个,其中参与到显著性Pathway共有275个差异表达基因,其中上调基因122个,下调基因153个。筛选出网络当中的5个关键基因：Pkm2、Nt5e、Fos、Adcy3和Itga7。***和诱导分化的HLCs中,差异表达的基因多达4171个,其中上调表达1804个,下调表达2367个。在Pathwav分析结果中显示共有699个信号通路发生了显著性变化,其中上调表达344个,下调表达355个。3.从BMSCs分化成NLCs的动态过程中,通过筛选得到在分化过程当中共有4938个差异表达基因。Fas、G6pc、Illb、S100al、Ndufa7等基因为关键基因。4.荧光定量PCR实验对结果进行验证分析结合全基因表达的GO分析及Pathwav分析挑选出可信值高,并可能在大鼠MSCs诱导HLCs相关的基因做进一步的芯片验证实验.以证实芯片的结果的可靠性。[结论]BMSCs最终分化成NLCs的过程中,与细胞周期调控、增殖、分化相关基因以及与肝细胞功能有关的糖、脂肪酸、胆固醇的代谢、解毒相关基因表达密切相关。

关键词：全基因组表达芯片 BMSCs HLCs NLCs GO分析 Pathway分析

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转录因子BACH1在胰腺癌发生发展中的分子机制研究

转录因子BACH1在胰腺癌发生发展中的分子机制研究

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全国肿瘤流行病学和肿瘤病因学学术会议

作者：黄旭东郑健黄莹谭文乐邵明明卫丽绚程欣欣谭文吴晨林东昕中国医学科学院北京协和医学院肿瘤医院肿瘤研究所病因及癌变研究室

目的:根据前期全基因组关联研究结果,研究转录因子BACH1 3'非翻译区（3'UTR）单核苷酸多态（SNP）及基因本身在胰腺癌发生发展中的作用。方法:以1000 Genome数据库中中国人群的数据为参照,对先前在胰腺癌全基因组关联研究结果... 详细信息

目的:根据前期全基因组关联研究结果,研究转录因子BACH1 3'非翻译区（3'UTR）单核苷酸多态（SNP）及基因本身在胰腺癌发生发展中的作用。方法:以1000 Genome数据库中中国人群的数据为参照,对先前在胰腺癌全基因组关联研究结果中发现的BACH1基因座区域进行精细定位和填补分析。采用报告基因实验和qPCR等方法考察易感SNPs调控BACH1基因表达的分子机制。利用慢病毒构建BACH1稳高过表达和敲降的胰腺癌细胞系,在体外和体内考察BACH1的差异表达对胰腺癌细胞系恶性表型的影响。通过染色质免疫共沉淀（ChIP）、western blot等实验探究BACH1在胰腺癌发生发展中介导的下游信号通路。结果:经过填补分析,BACH1基因座共有7个SNP,其中3个位于5'UTR,4个位于3'UTR。但只有包括rs372883在内的3个3'UTR变异与胰腺癌相关性达到全基因组关联所需的统计学意义即P≤10,而这3个SNP也处于高度连锁不平衡。根据全基因组这三个位点的基因分型数据,分析了它们与胰腺癌风险的关联,结果显示只有含rs372883C等位基因的单体型才与胰腺癌风险降低相关(OR=0.69,95%CI,0.62-0.70;P=2.10×10)。生物信息学预测及报告基因实验证明含BACH1 3'UTRrs372883C的报告基因表达高于含rs372883T的报告基因,并且这种现象是由于rs372883T基因型能够特异性结合miR-1257所引起的。在75对胰腺癌及其配对的癌旁组织中,BACH1基因在癌组织的表达显著低于癌旁正常胰腺组织（P<0.0001）,提示BACH1基因在胰腺癌发生发展中可能具有抑癌作用。分子及细胞生物学实验结果显示BACH1高表达显著抑制胰腺癌细胞增殖和集落形成能力,而敲降BACH1后肿瘤细胞增殖和集落形成能力显著增强。动物实验结果也显示BACH1高表达显著抑制肿瘤生长,而BACH1敲降的移植瘤生长迅速。结论:BACH1基因3'UTR遗传变异rs372883T>C与胰腺癌易感性相关,并通过选择性结合miR-1257来调节BACH1基因的表达。BACH1基因的差异表达能够影响胰腺癌细胞的恶性表型,但是其具体的功能机制需进一步研究。

关键词：直肠癌全基因组表达芯片同步放化疗敏感性预测模型

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肢体缺血预处理对心肌MAPK相关基因表达谱变化的影响

肢体缺血预处理对心肌MAPK相关基因表达谱变化的影响

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作者：刘琴治福建医科大学

学位级别：硕士

【目的】应用全基因表达谱芯片技术分析肢体缺血预处理过程中心肌基因差异性表达，了解肢体缺血预处理对心肌MAPK相关基因表达谱变化的影响。【方法】采用随机数字法，随机分为两组每组5只，肢体缺血预处理（limb ischemiapreconditioni... 详细信息

【目的】应用全基因表达谱芯片技术分析肢体缺血预处理过程中心肌基因差异性表达，了解肢体缺血预处理对心肌MAPK相关基因表达谱变化的影响。【方法】采用随机数字法，随机分为两组每组5只，肢体缺血预处理（limb ischemiapreconditioning, LIP）组（LIP组）和空白组（C组）。LIP组用橡皮筋套住大鼠右后肢根部，缺血5min，再灌注5min，共3个循环。C组大鼠麻醉后仅进行假处理。观察24h肢体缺血预处理后24小时即LIP延迟相，分别取LIP组和C组的左心室的心尖部厚度在0.5㎝以下，重50-100㎎的组织，放于RNA保存液-80℃保存。提取总RNA进行扩增、3H-吲哚菁类染料（cyanine-3,Cy3）标记，与Agilent4x44K大鼠全基因组表达芯片杂交，荧光扫描，经基因本体（GeneOntology，GO）分析、Pathway分析数据处理，筛选出MAPK信号通路的差异表达基因,用实时定量PCR分析验证部分与MAPK信号通路相关的差异表达基因，并结合通路分析来探索MAPK信号通路与肢体缺血预处理的内在联系。【结果】芯片筛选结果显示差异基因为倍数变化大于2倍（fold change cut-off≥2.0）有1364个。GO分析结果显示，生物学过程（Biological Process, BP）中外界刺激在其差异表达基因中所占比例最大；分子功能(Molecular Function, MF)相关的差异基因中最多的是结合受体基因；细胞组分（Cellular Component，CC）中细胞通道相关基因变化比较显著。Pathway分析结果中显示上调通路有10条；下调通路有10条，其在MAPK信号通路中，上调的基因有19个，下调的基因有15个。MAPK通路中Map3k6、Il1r2、Grb2、AKT和HSP变化倍数超过2倍，其Map3k6变化最显著。RT-PCR验证结果与芯片检测的变化趋势一致。【结论】以京都大学基因组和基因百科全书数据库（Kyoto Encyclopedia of Genesand Genomes，KEGG）为依据，对大鼠LIP延迟相心肌基因表达通路分析，LIP组与C组心肌基因表达存在多个上调和下调基因的差异；P38MAPK信号通路中基因AKT、HSP在LIP延迟相对心肌作用起正向调控作用；ERK1/2信号通路中基因Grb2在LIP延迟相对心肌作用起正向调控作用；经典的MAPK信号通路中基因Il1r2在LIP延迟相对心肌作用起负向调控作用。即LIP延迟相对心肌作用过程中MAPK信号通路对起双重调控作用。

关键词：全基因组表达芯片肢体缺血预处理 GO分析 Pathway分析 MAPK信号通路

来源：评论

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胚胎干细胞分化为表皮样细胞的基因表达谱差异

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中山大学学报（医学科学版） 2012年第2期33卷 149-155页

作者：张仁礼刘彩霞孟锦绣闻安民张丽丽韩冬广东省医学科学院∥广东省人民医院生殖医学中心广东广州510080 广东省医学科学院∥广东省人民医院医学研究中心广东广州510080

【目的】用全基因表达谱芯片技术筛选小鼠胚胎干细胞(ESC)定向分化为表皮样细胞(ELC)的差异表达的基因并对其进行分析,以进一步阐明ESC分化为ELC的分子机制。【方法】利用人羊膜建立体外诱导体系,将小鼠ESC诱导定向分化为ELC,做3次生物... 详细信息

【目的】用全基因表达谱芯片技术筛选小鼠胚胎干细胞(ESC)定向分化为表皮样细胞(ELC)的差异表达的基因并对其进行分析,以进一步阐明ESC分化为ELC的分子机制。【方法】利用人羊膜建立体外诱导体系,将小鼠ESC诱导定向分化为ELC,做3次生物学重复,分别取未分化的ESC和诱导分化的ELC提取总RNA进行扩增、Cy3标记,与NimbleGen135k小鼠全基因表达谱芯片(含44170个基因)杂交,荧光扫描,筛选出差异表达基因,并进行GO分析和pathway分析,用实时定量PCR对结果进行验证。【结果】芯片筛选结果显示,分化后的ELC与ESC间的差异表达的基因多达4856个(Cut off:2)。基因本体(GO)分析显示与生物学过程相关的差异表达基因最多的是细胞过程,1931个;与亚细胞组分(CC)相关的差基因中最多的是细胞和细胞组分相关基因,2391个;与分子功能相关的差异基因中最多是的结合功能(binding)基因,1869个。Pathway分析显示,与DNA复制通路相关的差异基因有23个;与蛋白酶体通路相关的24个;剪接体通路相关有47个;细胞周期相关的有44个。【结论】ESC体外诱导定向分化为ELC过程中,基因表达谱发生了巨大的变化,提示细胞分化是一个众多基因参与的复杂的生物学过程,这些基因在分化过程所起的作用和作用机制尚需大量的实验研究阐明。

关键词：全基因组表达芯片胚胎干细胞表皮样细胞 GO分析 Pathway分析

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