检索结果-内蒙古大学图书馆

作者：刘嘉霖南昌大学

学位级别：硕士

大豆[Glycine max（L.）Merr.]是一类重要的油料作物,也是植物蛋白的主要原料,在人们日常生活中占据重要地位。黄淮海是我国重要的大豆产区,黄淮海大豆育成品种在大豆生产中发挥了重要作用。即墨油豆（A133）是山东即墨的地方品种,以即... 详细信息

大豆[Glycine max（L.）Merr.]是一类重要的油料作物,也是植物蛋白的主要原料,在人们日常生活中占据重要地位。黄淮海是我国重要的大豆产区,黄淮海大豆育成品种在大豆生产中发挥了重要作用。即墨油豆（A133）是山东即墨的地方品种,以即墨油豆为祖先亲本育成了大量的育成品种,是重要的大豆种质资源。研究黄淮海产区A133家族大豆育成品种的遗传构成对大豆育种、亲本选配以及亲本评估具有重要的指导意义。本实验对A133家族的祖先亲本以及部分选育的育成品种,共83份大豆材料采用全基因组重测序技术分析了群体结构、遗传多样性以及变异基因检测等遗传特征。主要结果如下:1.83份大豆育成品种的测序平均深度为10.27×,匹配到大豆参考基因组上（Williams 82.a2.V1）的Reads平均覆盖率为95.4%。全基因组测序共得到10,940,802个SNPs和1,646,155个In Dels。平均每个品种检测到2,738,025个SNPs和443,762个In Dels,所有大豆材料共找到7,868个SVs。SNPs、In Dels、SVs等这些变异共导致了54,911个变异基因,平均每个品种的变异基因数为17,882个。SNPs和In Dels注释表明大豆基因组中每个区域SNPs和In Dels的百分比类似,占比最多的为基因间区的40%,占比最少的则是外显子区的0.04%。2006-2015时期比祖先亲本得到的注释信息丰富。2.祖先亲本遗传贡献值与育成年代之间的相关系数r=-0.817,表现为强烈的负相关。品种得到的遗传贡献值随年代的增加而降低,且绝大部分的大豆遗传贡献值都低于0.125。三个群体的遗传多样性高低顺序为:2005-2015>1970-2005>祖先亲本,Nei’s基因多样性（H）0.024～0.660,平均0.320。多态性信息含量（PIC）0.024～0.585,平均0.274。A133家族内遗传多样性在增加,与各时期大豆遗传贡献值的分布趋势正好相反。邻接聚类和群体结构的分析均将大豆材料分为8类,群体结构聚类的cluster3、cluster 4、cluster 5、cluster 6、cluster 7在邻接聚类中也同样聚为相同类,大豆品种的聚类与品种血缘关系具有一定程度的相关性,大部分的大豆育成品种与祖先亲本亲缘关系并不相近,且无特定按时期的聚类模式。PCA分析的前3个主成成分分别解释了22.7%、13.2%、11.5%的总变异,也表明各时期大豆群体间并未有明显的亚群分化。3.3个分时期群体之间的分化系数分别为0.047、0.069、0.028,2006-2015时期大豆群体与祖先亲本间存在中等程度的分化,核酸多样性为0.0019,整个家族的核苷酸多样性偏低。以100Kb为窗口,1Kb为步长在群体20个染色体上检测基因序列,7、15、16以及18号染色体上共检测到202个FST≥0.7而π水平低的窗口。这些窗口组成的区域共筛选出63个变异基因。GO注释结果表明变异基因多存在DNA结合、RNA绑定、信号转导等分子功能。一些与农艺性状相关的基因例如Glyma.15g029200、Glyma.15g029000、Glyma.18g066400等都发生了SNP变异,这些基因的变异扩大了大豆群体的适应性。通过全基因组测序得到黄淮海A133主要家族育成品种的遗传信息丰富,适合种质间的交流与培育,可用于指导今后亲本的选择。

关键词：大豆育成品种全基因组重测序遗传多样性群体结构变异基因

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全基因组重测序筛选织金白鹅经济性状候选基因

全基因组重测序筛选织金白鹅经济性状候选基因

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作者：王智伟贵州大学

学位级别：硕士

家鹅是人类重要的家禽之一,为人们提供肉类、蛋类和羽毛等丰富产品。经过漫长驯化,各种品种的家鹅都展现出独特特征和价值。检测这些品种的遗传变异、评估这些品种的遗传多样性,及检测这些品种的选择信号,能加快育种速度,提高育种效率... 详细信息

家鹅是人类重要的家禽之一,为人们提供肉类、蛋类和羽毛等丰富产品。经过漫长驯化,各种品种的家鹅都展现出独特特征和价值。检测这些品种的遗传变异、评估这些品种的遗传多样性,及检测这些品种的选择信号,能加快育种速度,提高育种效率。织金白鹅具有肉质好、抗病性强等特点。本研究对织金白鹅进行了体尺与屠宰性状间的相关性分析,并进行了全基因组重测序,结合其他4个地方鹅品种群体的全基因组重测序数据集,与参考基因组进行比对,获得这些群体基因组的遗传变异信息。通过分析织金白鹅体尺与屠宰性状间的相关性、检测织金白鹅的遗传变异信息、分析织金白鹅等5个鹅品种群体的遗传结构、挖掘与织金白鹅性状相关的基因,为后期织金白鹅的分子育种提供理论依据。本研究主要结果如下: 1.织金白鹅体尺与屠宰性状间的相关性参照中国家禽体尺和屠宰性状测定标准对10周龄织金白鹅的体尺和屠宰性状进行测定和分析,其中公鹅80羽,母鹅80羽。结果发现:织金白鹅公鹅的胸深和半潜水长极显著高于母鹅(P<0.01);公鹅胸宽显著高于母鹅(P<0.05);公鹅与母鹅的屠宰性能之间无显著差异(P>0.05);公母鹅宰前活重与屠体重、半净膛重、全净膛重、腿肌重、胸宽和半潜水长之间极显著相关(P<0.01),且相关系数在0.6以上,呈高等或中等强度相关。织金白鹅体尺和屠宰指标之间存在一定的相关性,对今后开展织金白鹅的选育尤其是早期选育具有一定的参考价值。 2.织金白鹅群体遗传变异的检测对10只织金白鹅进行全基因组重测序,平均测序深度为22.61×,平均测序覆盖度为99.56%。经过质量控制与过滤,平均每个基因组核苷酸含量为243489242bp,获得243489242个有效数据(clean reads)。将有效数据比对到参考基因组,比对率为94.00%。获得5064796个单核苷酸多态性(SNP)和5626669个插入/缺失(In Del)。此外,还检测到81192个结构变异(SV)和180657拷贝数变异(CNV)。本研究绘制了织金白鹅的全基因组图谱,获得大量的遗传变异信息。这些变异数据能为进一步研究织金白鹅品种特性提供数据支持。 3.织金白鹅等5个地方鹅品种群体的遗传结构及多样性评估采集了10只织金白鹅的翅下静脉血样,并结合以测序的其他4个地方鹅品种群体(狮头鹅、浙东白鹅、太湖鹅、籽鹅)的全基因组重测序数据集,进行了群体遗传结构分析(主成分分析、遗传结构分析、系统进化树分析)和遗传多样性分析。群体遗传结构分析结果发现各个群体可以很好地分群。遗传多样性分析显示,织金白鹅的遗传多样性较高。 4.织金白鹅的选择信号检测利用织金白鹅及其他4个地方鹅品种群体(狮头鹅、浙东白鹅、太湖鹅、籽鹅)的SNP数据集,以织金白鹅为选择群体,其他四个品种鹅群体为背景群体,采用Fst和log2θπradio两种统计方法鉴定与织金白鹅性状相关的基因。筛选到TRIB1、PRKD1、IPMK、PLCL1、SLTM、PLCB4、CDS1、AQR、AGAP1、PDIA2、CDS1、ARL6、LPIN1等基因。这些基因与免疫和疾病相关。经过富集分析,发现这些基因主要富集在自噬调节(Regulation of autophagy)、肌醇磷酸代谢(Inositol phosphate metabolism)、磷脂酰肌醇信号系统(Phosphatidylinositol signaling system)、甘油磷脂代谢(Glycerophospholipid metabolism)、剪切体(Spliceosome)、内吞作用(Endocytosis)、甘油酯代谢(Glycerolipid metabolism)、内质网中的蛋白质加工(Protein processing in endoplasmic reticulum)。这些通路大多与抗病相关。此外还检测到与繁殖相关的基因(CDS1)、神经系统相关的基因(IPMK)、视力相关的基因(ARL6)、体重相关的基因(LPIN1)。这些发现加深了对织金白鹅的理解,为将来对其进行品种改良提供基础。

关键词：织金白鹅全基因组重测序遗传结构遗传多样性

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基于极端混合池全基因组重测序的茄子萼下果色基因预测

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园艺学报 2022年第3期49卷 613-621页

作者：乔军刘婧李素文王利英天津科润蔬菜研究所蔬菜种质创新国家重点实验室天津市蔬菜遗传育种企业重点实验室天津300381

以茄子萼下紫色稳定遗传的圆茄自交系Y5与萼下绿色圆茄自交系Y73杂交,结果发现F2代的萼下果色分离呈正态分布。在F2群体中选取30个萼下紫色和30个萼下绿色单株构建极端混合池,对混合池和双亲开展30×和10×覆盖度的全基因组重测... 详细信息

以茄子萼下紫色稳定遗传的圆茄自交系Y5与萼下绿色圆茄自交系Y73杂交,结果发现F2代的萼下果色分离呈正态分布。在F2群体中选取30个萼下紫色和30个萼下绿色单株构建极端混合池,对混合池和双亲开展30×和10×覆盖度的全基因组重测序,定位萼下果色性状关联区间,并根据其对应的参考基因组共线性区段和基因注释信息预测候选基因。重测序得到7747547个单核苷酸多态性(SNP)标记和569796个插入缺失标记(InDel)标记,用于萼下果色性状的全基因组定位。定位结果获得7个显著关联区间,分布于茄子第4、10和11号染色体,根据通路富集和基因功能注释,筛选到候选基因EGP21397、EGP21400、EGP21491、EGP22288和EGP22289,这5个候选基因与光合作用密切相关,分别编码钙调素结合家族蛋白、C2H2型锌指蛋白、类胡萝卜素异构酶、2Fe-2S铁氧还蛋白样超家族蛋白和脂质转运蛋白。同时预测到与细胞色素P450和光敏色素合成有关的候选基因共6个,位于10号染色体关联区间,这些蛋白和光敏色素均与光合作用和逆境发育有关,从一定程度上揭示了茄子萼下果色发育的分子机理。

关键词：茄子萼下果色基因定位极端混合池全基因组重测序

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芸薹属植物全基因组重测序研究进展

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生物多样性 2023年第10期31卷 147-159页

作者：罗瑞陈娅张汉马重庆师范大学生命科学学院重庆401331

芸薹属(Brassica)包含多种重要经济作物。近年来,随着DNA测序技术的快速发展和测序成本的不断降低,全基因组重测序已成为芸薹属植物研究的重要手段。本文简要介绍了芸薹属植物全基因组测序近况以及在利用重测序技术研究该属植物的驯化... 详细信息

芸薹属(Brassica)包含多种重要经济作物。近年来,随着DNA测序技术的快速发展和测序成本的不断降低,全基因组重测序已成为芸薹属植物研究的重要手段。本文简要介绍了芸薹属植物全基因组测序近况以及在利用重测序技术研究该属植物的驯化起源、环境适应性和重要性状形成的分子基础等方面所取得的一些重要进展,包括目前已经全测序的8个芸苔属植物基因组,利用全基因组重测序技术研究甘蓝、白菜、芥菜等物种的驯化起源及关系,鉴定芸苔属植物中与病害、节律、矿质养分响应以及与色素合成、雄性不育、重要生产性状相关基因等方面取得的重要进展。这些进展不仅展示了全基因组重测序技术与前期基于线粒体DNA和叶绿体DNA标记技术相比在研究芸苔属植物的优势,也为培育具有优良环境适应性和优良生产性状的芸苔属作物品种提供了重要理论和技术支撑。未来,全基因组重测序技术在芸薹属植物研究中将会进一步普及,其对芸苔属植物的基础生物学研究和新品种培育的影响将会得到彰显。

关键词：芸薹属全基因组重测序研究进展适应性性状

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全基因组重测序及其在动物育种的研究进展

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畜牧与兽医 2017年第11期49卷 145-148页

作者：宋志芳芦春莲曹洪战河北农业大学动物科技学院河北保定071000 河北农业大学猪业科学研究所河北保定071000

随着生物科学技术的发展以及基因研究的深入,越来越多地使用全基因组测序和高通量测序技术,以期在全基因组水平上找到与疾病或动植物复杂性状有关的遗传变异,分析个体或群体之间的基因序列差异或结构差异,检测范围广、效率高、准确度高... 详细信息

随着生物科学技术的发展以及基因研究的深入,越来越多地使用全基因组测序和高通量测序技术,以期在全基因组水平上找到与疾病或动植物复杂性状有关的遗传变异,分析个体或群体之间的基因序列差异或结构差异,检测范围广、效率高、准确度高。本文就全基因组重测序的主要内容和研究进展加以综述。

关键词：全基因组重测序变异高通量测序群体遗传进化

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全基因组重测序策略鉴别安义瓦灰鸡“灰羽”形成相关基因

全基因组重测序策略鉴别安义瓦灰鸡“灰羽”形成相关基因

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作者：席苏望江西农业大学

学位级别：硕士

羽色是鸡的重要品种特征之一,其分子遗传研究对于探讨家鸡起源及演化遗传、资源保护和产品质量控制等方面都具有重要意义。安义瓦灰鸡是一个历经长期自然选择和人工选择培育而形成的江西优质地方鸡种资源,是我国稀有的“灰羽”地方鸡种... 详细信息

羽色是鸡的重要品种特征之一,其分子遗传研究对于探讨家鸡起源及演化遗传、资源保护和产品质量控制等方面都具有重要意义。安义瓦灰鸡是一个历经长期自然选择和人工选择培育而形成的江西优质地方鸡种资源,是我国稀有的“灰羽”地方鸡种。迄今为止,关于安义瓦灰鸡“灰羽”形成的分子遗传机制尚未探明。为此,本研究对30羽安义瓦灰鸡和42羽源自3个江西黄羽地方鸡种(白耳黄鸡、宁都黄鸡和修水黄羽乌鸡),共计72个无亲缘关系个体进行了全基因组重测序,平均测序深度为～18 X,在构建全基因组SNP数据集的基础上,开展了关于安义瓦灰鸡“灰羽”表型的选择信号分析和全基因组关联分析,结合二者分析结果成功鉴别到显著与安义瓦灰鸡“灰羽”表型相关的位置候选功能基因,随后以MC1R基因为强候选基因开展了变异位点鉴别及其与安义瓦灰鸡“灰羽”表型的关联分析。具体研究结果如下:(1)全基因重测序共产生1496.04 Gb的Raw data,经质控后共获得1493.03 Gb的Clean data,其中每个样本的Clean data处于14.6 G～27 G范围,平均测序深度为16.93 X(12.26 X～21.09 X)。Clean Reads比对到鸡参考基因组(GRCg6a)后发现每个个体的比对率均在97.5%以上,1 X覆盖度均不低于97.86%,4 X覆盖度均不低于95.25%。经变异检测共鉴定到21,745,571个SNPs和1,158,820个INDELs,再通过质控参数过滤,最终获得高质量基因组变异数据(18,793,039个SNPs和1,012,978个INDELs)。(2)基于全基因组SNP数据,利用滑动窗口策略开展安义瓦灰鸡“灰羽”表型的选择信号分析。通过采用F和πratio两种统计量在Top 0.1%阈值水平各筛选出105个显著选择窗口区域,分别经基因注释获得了49个和34个显著选择基因。两者选择区域的交集为7个选择窗口区域,其中受选择最强的两个区域分别为GGA1:65.92 M-65.94 Mb和GGA11:18.82 M-18.86 Mb区域,经基因注释发现上述受强选择压区域共涉及7个功能基因,分别是MC1R、SOX5、TUBB3、DEF8、TCF25、DBNDD1和GAS8基因,其中MC1R基因和SOX5基因为已知与黑色素形成相关的功能基因。(3)通过基于单变量混合线性模型的安义瓦灰鸡“灰羽”表型全基因组关联分析,结果共筛选出94个显著SNPs位点,其中两个错义突变位点均位于MC1R基因内,分别为c.212T>C和c.274G>A突变位点,且上述显著位点共涉及功能基因14个。综合选择信号分析和GWAS二者结果,共鉴别到与安义瓦灰鸡“灰羽”相关的位置候选基因共7个,分别为MC1R、SOX5、TUBB3、DEF8、TCF25、DBNDD1和GAS8基因,其中MC1R基因和SOX5基因为已知与黑色素形成相关的功能基因,可将MC1R基因和SOX5基因作为影响安义瓦灰鸡“灰羽”形成的强位置候选基因。(4)以MC1R基因为强位置功能候选基因开展的变异位点鉴别和关联分析显示,所有瓦灰鸡个体均能检测到MC1R基因内的c.212T>C和c.274G>A两个错义突变,它们均是中国地方鸡黑羽形成的因果突变位点,表明安义瓦灰鸡“灰羽”是在具备了黑色素形成分子基础上而形成的;同时MC1R基因内c.637T>C错义突变虽与黑色素稀释相关但不与“灰羽”表型完全相关,表明此位点并不是安义瓦灰鸡“灰羽”形成的因果位点。由此可见,MC1R基因内不存在与安义瓦灰鸡“灰羽”形成完全相关的SNP结构突变,但不排除存在调控突变或更为复杂的变异结构的可能性,有待进一步探究。上述研究结果为进一步鉴别安义瓦灰鸡“灰羽”因果基因和因果突变位点,阐述“灰羽”表型形成分子遗传机制奠定基础。

关键词：安义瓦灰鸡灰羽全基因组重测序选择信号分析 GWAS MC1R SOX5

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基于全基因组重测序的大豆分子标记开发及籽粒蛋白质含量QTL定位

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中国农业科学 2019年第16期52卷 2743-2757页

作者：王嘉曾召琼梁建秋于晓波吴海英张明荣四川省南充市农业科学院大豆研究所/国家大豆产业技术体系南充综合试验站

【目的】基于全基因组重测序结果,开发与高蛋白、耐荫、抗倒伏等性状紧密相关的分子标记,同时利用开发的分子标记构建遗传连锁图谱,并对籽粒蛋白质含量进行QTL定位,为后续高蛋白、耐荫、抗倒育种研究提供参考和分子标记资源。【方法】... 详细信息

【目的】基于全基因组重测序结果,开发与高蛋白、耐荫、抗倒伏等性状紧密相关的分子标记,同时利用开发的分子标记构建遗传连锁图谱,并对籽粒蛋白质含量进行QTL定位,为后续高蛋白、耐荫、抗倒育种研究提供参考和分子标记资源。【方法】以大面积栽培品种南豆12和地方品种十月黄为亲本,构建F2分离群体。对亲本材料进行覆盖度约为40×的全基因组重测序,用BWA、GATK及Breakdancer等软件比对,检测亲本材料在全基因组范围内的突变类型,挖掘相关变异基因。结合种子不同发育时期和荫蔽处理获得的转录组数据,结合qRT-PCR对发生突变的储藏蛋白、环境适应相关基因进行表达规律分析。同时,基于重测序数据,挖掘亲本间存在于基因编码区的SNP位点,对其进行酶切位点分析,将SNP标记转化为CAPS或dCAPS标记。此外,搜索亲本间存在的插入/缺失变异位点,在插入/缺失位点两侧高度保守的区域设计引物开发InDel标记。对开发的CAPS标记和InDel标记进行多态性筛选,选取具有多态性的CAPS分子标记和InDel标记,对F2材料进行基因分型。根据分型结果,利用JoinMap 4.0软件进行遗传连锁图谱的构建。依据构建的遗传图谱,结合近红外分析获得F2材料的籽粒蛋白质含量数据,使用Windows QTL Cartographer V2.5软件对大豆籽粒蛋白质含量进行QTL分析。【结果】测序结果显示,南豆12大量储藏蛋白、环境适应相关的重要基因或同源基因发生突变。转录组数据分析结果显示部分变异基因呈现不同的表达模式且差异显著,qRT-PCR分析进一步验证了该结果。此外,经检测开发的540个CAPS分子标记中有332个具有酶切多态性,300对InDel引物中有201对引物能扩增出多态性。基于533个多态性分子标记构建了一张包含20个连锁群的遗传连锁图谱,覆盖长度2 973.87 cM,标记间平均遗传距离5.58 cM。利用此图谱对大豆籽粒蛋白质含量进行QTL定位,共检测到QTL位点6个,可解释4.68%—18.25%的表型变异。【结论】基于亲本间的变异位点,共开发了533个多态性分子标记(包含8个基因特异性分子标记),检测到6个大豆籽粒蛋白质含量QTL位点,其中,主效QTL位点1个(qSPC-6)。

关键词：大豆全基因组重测序套作高蛋白耐荫抗倒伏分子标记

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基于全基因组重测序技术的浙江近岸海域耐盐金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)耐药机制解析

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海洋与湖沼 2022年第2期53卷 394-404页

作者：张旨轩王子言王泽刘岩刘松怡钱鹏宇叶欢韩姣姣周君苏秀榕宁波大学海洋学院浙江宁波315211 浙江正合谷生物科技有限公司浙江宁波315048

金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)是近岸海域海水中的主要病原菌,严重威胁接触者的安全。抗生素处理是治疗金黄色葡萄球菌感染的重要手段,其耐药性的发生受到了高度重视。采用全基因组重测序与KEGG富集分析结合的方法,对红霉素(er... 详细信息

金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)是近岸海域海水中的主要病原菌,严重威胁接触者的安全。抗生素处理是治疗金黄色葡萄球菌感染的重要手段,其耐药性的发生受到了高度重视。采用全基因组重测序与KEGG富集分析结合的方法,对红霉素(erythromycin)、氯霉素(chloramphenicol)和万古霉素(vancomycin)处理后的耐盐金黄色葡萄球菌(*** ZS01)和不耐盐金黄色葡萄球菌(*** 502A)进行耐药机制研究。结果表明,*** 502A经抗生素处理后发生突变的程度大于*** ZS01,二者在经过氯霉素处理发生了更大程度的突变。红霉素、氯霉素和万古霉素处理主要影响了金黄色葡萄球菌的致病能力;红霉素和氯霉素可能通过影响金黄色葡萄球菌脂类的代谢引起其耐药性的变化。除此之外,三种抗生素处理均出现了较多TIGR01741家族蛋白和假设蛋白基因的突变,推测与菌株的耐药性和致病性相关。耐盐金黄色葡萄球菌可通过外排系统作用产生红霉素耐药性,不耐盐菌株因细胞壁成分相关基因的突变提高了对万古霉素的耐受性。研究结果可为耐盐和不耐盐金黄色葡萄球菌的耐药机制及抗生素对金黄色葡萄球菌致病性影响的研究提供基础数据。

关键词：金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus) 全基因组重测序 KEGG富集分析耐药机制致病性

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基于全基因组重测序的白化茶树mSNP标记开发及验证

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茶叶科学 2023年第1期43卷 27-39页

作者：刘浩然张晨禹龚洋叶圆圆陈杰丹陈亮刘丁丁马春雷中国农业科学院茶叶研究所/农业农村部特种经济动植物生物学与遗传育种重点实验室浙江杭州310008 中国农业科学院研究生院北京100081

为探究白化茶树遗传变异信息及mSNP液相芯片在茶树种质资源鉴定中的可行性,利用全基因组重测序对18份白化茶树资源进行遗传多样性分析和突变位点检测。结果表明,基于全基因组水平的SNP标记可将18份白化茶树资源分为3类,且基本呈现出具... 详细信息

为探究白化茶树遗传变异信息及mSNP液相芯片在茶树种质资源鉴定中的可行性,利用全基因组重测序对18份白化茶树资源进行遗传多样性分析和突变位点检测。结果表明,基于全基因组水平的SNP标记可将18份白化茶树资源分为3类,且基本呈现出具有亲缘关系或地理位置接近的资源聚在一起的趋势;对重测序数据进行功能注释后发现,在18份白化茶树资源中存在17 056个共有非同义突变基因,其中14个叶绿素合成相关基因中存在98个错义突变位点。随后,基于前期获得的基因组变异信息开发了一套包含59个mSNP、222个SNP位点的液相芯片,利用该液相芯片检测13份茶树资源的基因型信息。结果表明,同一品种两两之间的遗传相似度在92%~98%,不同品种间的遗传相似度则在84%以下,表明该芯片可对18份白化茶树资源进行准确鉴别,研究结果可为mSNP液相芯片在茶树种质资源鉴定、分子标记辅助育种等方面的应用奠定基础。

关键词：茶树 mSNP分子标记靶向测序基因型检测遗传多样性全基因组重测序

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基于全基因组重测序技术的‘红叶’杜仲SNP位点开发

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植物研究 2019年第6期39卷 947-954页

作者：杨赟陈梦娇杜庆鑫朱景乐杜红岩杨绍彬国家林业和草原局泡桐研究开发中心经济林种质创新与利用国家林业和草原局重点实验室郑州450003 南京林业大学林学院南京210000 河南农业大学林学院郑州450002

为了挖掘与‘红叶’杜仲(Eucommia ulmoides‘Hongye’)红叶性状紧密联系的SNP位点,进一步揭示红叶性状的遗传基础和分子机理。以‘红叶’杜仲和普通绿叶杜仲‘小叶’杜仲(Eucommia ulmoides‘Xiaoye’)为研究材料,进行覆盖深度约为10x... 详细信息

为了挖掘与‘红叶’杜仲(Eucommia ulmoides‘Hongye’)红叶性状紧密联系的SNP位点,进一步揭示红叶性状的遗传基础和分子机理。以‘红叶’杜仲和普通绿叶杜仲‘小叶’杜仲(Eucommia ulmoides‘Xiaoye’)为研究材料,进行覆盖深度约为10x的全基因组重测序。使用SnpEff软件预测变异位点对蛋白编码的影响,结合花色苷的代谢通路和关键酶基因,筛选与‘红叶’杜仲叶色形成相关的差异位点。利用Sanger测序二代测序筛选的SNP位点,分子标记验证群体是‘红叶’杜仲和‘小叶’杜仲。结果表明,‘红叶’杜仲测序产生Clean data为14.16 Gb,‘小叶’杜仲产生Clean data为14.29 Gb。在‘红叶’杜仲中注释到严重影响蛋白质功能的有1516个SNP,中度影响的41328个SNP,在‘小叶’杜仲中存在严重影响蛋白质功能的SNP为1640个,中度影响功能的SNP为47192个。测得26722条基因中有228条基因是与花色苷或类黄酮合成相关的酶基因。经过筛选,确定了12个特异性的SNP位点,均属于外显子区域的错义突变。利用一代测序验证,根据SNP位置设计了7对引物,SNP准确率达到100%。

关键词： '红叶’杜仲全基因组重测序花色苷 SNP

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