检索结果-内蒙古大学图书馆

分子植物育种 2025年第6期 1978-1986页

作者：郑召王丛丛孙庆锋段钰何春梅郑奕雄杨彬李婵娟仲恺农业工程学院农业与生物学院广州市特色作物种质资源研究与利用重点实验室广东省林业科学研究院广东省森林培育与保护利用重点实验室河源市灯塔盆地仲恺现代农业研究院有限公司

赪桐作为药用和观赏价值兼备的林下植物具有较高的应用价值，但其基因的转录信息较少。本研究基于PacBio Sequel TM测序平台开展赪桐根、茎、叶、花等组织部位的全长转录组测序，共获得31 368条转录本序列，利用NR、KEGG、COG/KOG和Swis... 详细信息

赪桐作为药用和观赏价值兼备的林下植物具有较高的应用价值，但其基因的转录信息较少。本研究基于PacBio Sequel TM测序平台开展赪桐根、茎、叶、花等组织部位的全长转录组测序，共获得31 368条转录本序列，利用NR、KEGG、COG/KOG和SwissProt四大数据库共注释到30 473个基因。根据GO功能注释，分别有109 844条GO条目参与生物过程，75 764条参与细胞组分，28 724条参与分子功能。通过KEGG数据库分析，共有9 681条序列参与了138条代谢通路，其中有4 653条序列参与了43条次生代谢产物合成路径。全长转录组通过注释，预测到CDS序列31 368个，662个转录因子，5 405个跨膜蛋白，6 066个SSR,749个lncRNA。赪桐全长转录组的数据注释与分析，为研究赪桐基因功能、代谢通路调控及基因表达分析等提供了理论基础。

关键词：赪桐[Clerodendrum japonicum (Thunb.) Sweet] 全长转录组基因功能注释

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肉果草属物种比较转录组学分析

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基因组学与应用生物学 2025年第03期 252-267页

作者：陈荣连李世逢迟晓峰中国科学院西北高原生物研究所高原适应与进化重点实验室青海省作物分子育种重点实验室中国科学院大学

为了深入挖掘肉果草属(Lancea)物种全长转录组信息，筛选其物种间差异表达基因，本研究对肉果草属物种进行PacBio Sequel高通量测序，利用生物信息学方法进行基因注释、结构分析和物种间差异表达基因分析。共获得肉果草属全长转录组58 ... 详细信息

为了深入挖掘肉果草属(Lancea)物种全长转录组信息，筛选其物种间差异表达基因，本研究对肉果草属物种进行PacBio Sequel高通量测序，利用生物信息学方法进行基因注释、结构分析和物种间差异表达基因分析。共获得肉果草属全长转录组58 392条高质量转录本，其中57 690条被NR、 NT、 Pfam、 KOG/COG、 Swiss Prot、 KEGG、 GO数据库成功注释；GO数据库成功注释41 515条转录本，被分成生物学过程、细胞组分和分子功能3大类，其中结合物和催化活性功能占主导地位；KEGG数据库有48 354个转录本被注释到46条途径，12 263个被注释到代谢通路，占比15.89%;此外预测到4 408个转录因子、 63 069个SSR, 528条LncRNA。在粗毛肉果草(***)和肉果草(***)中筛选得到5 532个差异表达转录本，其中上调表达3 938个，下调表达1 549个，GO富集分析注释到分子功能最多；KEGG富集到118条代谢通路，单萜类生物合成富集程度最高，且粗毛肉果草中差异表达的18个关键基因，均参与萜类骨架的生物合成途径。本研究首次使用三代测序技术对肉果草属进行全长转录组分析，筛选出了物种间代表性的差异表达基因，研究结果为肉果草属生长发育机制、代谢调控、物种适应性进化及遗传多样性分析等研究提供基础。

关键词：肉果草属全长转录组三代测序差异表达基因

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美洲商陆PaCDPK基因家族鉴定及重金属胁迫应答分析

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分子植物育种 2025年第1期23卷 71-79页

作者：谢坤宏张大为刘营贺丹邹子湘严明理周定港湖南科技大学生命科学学院湘潭411201 湖南科技大学经济作物遗传改良与综合利用湖南省重点实验室湘潭411201 湖南科技大学重金属污染生态土壤修复与安全利用湖南省高校重点实验室湘潭411201

钙依赖性蛋白激酶(CDPKs)是植物细胞内Ca2+信号识别及转导的重要媒介,在生长发育和逆境应答时起重要作用。本研究基于美洲商陆(Phytolacca americana L.)的转录组数据,通过生物信息学对美洲商陆PaCDPK基因家族进行鉴定和分析,分析了该... 详细信息

钙依赖性蛋白激酶(CDPKs)是植物细胞内Ca2+信号识别及转导的重要媒介,在生长发育和逆境应答时起重要作用。本研究基于美洲商陆(Phytolacca americana L.)的转录组数据,通过生物信息学对美洲商陆PaCDPK基因家族进行鉴定和分析,分析了该家族基因成员及理化特性、系统进化关系、保守基序和保守功能结构域等,同时分析了其在重金属锰(Mn)和镉(Cd)胁迫下的表达模式。共鉴定到16个CDPK基因,依次命名为PaCDPK1~PaCDPK16,二级结构主要构成元件为α-螺旋和无规卷曲;系统发育分析将16个家族成员分为4个亚家族,且同一亚家族具有相似的保守基序;各成员均具有1个核心蛋白激酶结构域和2个EF-hand结构域;在重金属胁迫下的转录数据分析显示,不同家族成员对不同重金属的响应有不同的表达模式:PaCDPK2、PaCDPK4和PaCDPK5的表达量在两种胁迫下下调,而其他成员的表达量至少在一种胁迫下显著上调。该研究系统鉴定了Mn、Cd超累积植物美洲商陆的PaCDPK基因家族,为进一步了解美洲商陆CDPK基因提供了科学依据,也为深入解析美洲商陆的生长发育、逆境应答尤其是重金属胁迫响应时的功能提供参考。

关键词：商陆属(Phytolacca) 全长转录组钙依赖性蛋白激酶(CDPKs) 生物信息学分析逆境胁迫

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药食同源植物甘葛藤的全长转录组分析

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华北农学报 2021年第5期36卷 10-17页

作者：梅瑜李向荣蔡时可顾艳王继华广东省农业科学院作物研究所广东省农作物遗传改良重点实验室广东广州510640 汕尾市陆河县农业农村局广东汕尾516600

为了深入了解甘葛藤转录组的整体水平及黄酮类生物合成通路基因。利用高通量测序PacBio Sequel平台,以甘葛藤根、茎、叶的混合样品为材料,使用单分子长读数测序技术(SMRT)对甘葛藤进行全长转录组测序及分析。平台共获得10994967个高质量... 详细信息

为了深入了解甘葛藤转录组的整体水平及黄酮类生物合成通路基因。利用高通量测序PacBio Sequel平台,以甘葛藤根、茎、叶的混合样品为材料,使用单分子长读数测序技术(SMRT)对甘葛藤进行全长转录组测序及分析。平台共获得10994967个高质量reads和384072条全长非嵌合序列(FLNC),测序数据经质控后获得90856个转录本;获得的所有转录本经NR、SwissProt、KOG、KEGG、GO数据库进行注释和功能分类,结果有85239个单基因被注释,NR注释数量最多为84675个,占93.2%;KEGG注释的基因最少,22330个基因被注释到132条途径,代谢途径分布的基因较多(9368,41.95%)。预测到3507个转录因子,bHLH转录因子家族的基因最多。14127个基因被分配到17个R基因类别,主要为RLP类。检测到33660个SSR序列,多为AG/CT类型。分析黄酮类生物合成途径,发现与黄酮类合成相关的基因110个,其中,26个编码HCT,3个编码CHS,7个编码CHI。PacBio测序平台能获得更长的转录本,SMRT技术能够深入挖掘甘葛藤转录数据,比第二代测序技术能够获得更高的转录本注释率。在高通量全长转录组水平对甘葛藤进行了研究,为甘葛藤的分子生物学研究提供了较可靠、全面的转录组数据,为进一步开发甘葛藤的分子标记和挖掘优良基因提供了科学依据。

关键词：甘葛藤药食同源全长转录组育种

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基于马氏珠母贝(Pinctada fucata)血细胞全长转录组数据补体样组分的鉴定与分析

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海洋与湖沼 2022年第1期53卷 176-186页

作者：王菁李桂英林楷琪欧静张淑瓶王忠良广东海洋大学水产学院广东湛江524088

补体系统作为先天免疫的重要组成部分,是一种复杂的限制性蛋白水解系统,其在免疫系统中发挥着重要的防御作用。为分析马氏珠母贝补体系统的组成及作用机制,使用血细胞样品进行了全长转录组测序建库、基因比对、功能注释,共挖掘到212个... 详细信息

补体系统作为先天免疫的重要组成部分,是一种复杂的限制性蛋白水解系统,其在免疫系统中发挥着重要的防御作用。为分析马氏珠母贝补体系统的组成及作用机制,使用血细胞样品进行了全长转录组测序建库、基因比对、功能注释,共挖掘到212个潜在补体样组分相关基因。补体样组分基因经同源性比对和结构域检测分析表明,检索到的基因分别编码89个含C1q结构域蛋白、57个C型凝集素蛋白、33个纤维胶凝蛋白、11个纤维蛋白原相关蛋白、8个甘露糖结合型凝集素关联丝氨酸蛋白酶、2个含硫酯蛋白(1个C3分子,1个TEP分子)、1个补体受体、2个补体因子、9个丝氨酸蛋白酶。随机选择12个补体相关基因,使用溶藻弧菌刺激前后的血细胞样品进行实时定量PCR检测其表达水平,结果显示C1q(C1q domain containing protein)、C-lectin、MBL(mannose-binding lectin)、ficolin、MASP(mannan-binding lectin serine protease)等基因均呈现出显著差异表达,表明马氏珠母贝补体系统是一个复杂的多组分效应系统,且可能通过凝集素途径或类似于凝集素途径激活补体系统的免疫作用。研究结果为进一步验证马氏珠母贝中存在的原始补体系统提供了分子生物学证据,同时对深入了解马氏珠母贝免疫防御机制,丰富和发展海洋无脊椎动物免疫学内容也具有重要理论意义。

关键词：马氏珠母贝全长转录组补体组分生物信息学分析实时定量PCR

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地黄全长转录组分析及毛蕊花糖苷生物合成下游途径关键酶基因的挖掘与解析

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植物生理学报 2022年第1期58卷 197-206页

作者：周延清邵露营李慧敏朱佳琳河南师范大学生命科学学院河南新乡453007

为研究毛蕊花糖苷生物合成下游途径,本文采用基于单分子测序技术对地黄进行全长转录组测序。结果得到26.61 Gb数据, 96 548条高质量一致序列, 61 262条非冗余转录本序列,共鉴定出3 070个可变剪接, 34 013个SSR, 4 241个lncRNA, 46 412... 详细信息

为研究毛蕊花糖苷生物合成下游途径,本文采用基于单分子测序技术对地黄进行全长转录组测序。结果得到26.61 Gb数据, 96 548条高质量一致序列, 61 262条非冗余转录本序列,共鉴定出3 070个可变剪接, 34 013个SSR, 4 241个lncRNA, 46 412个完整CDS序列, 56 633个转录本注释NR、GO和KEGG等数据库,有326条转录本注释到毛蕊花糖苷合成途径中。实时荧光定量PCR结果揭示毛蕊花糖苷生物合成下游途径关键酶基因URT、CCCT和HCT在高毛蕊花糖苷含量的野生地黄中高表达,且均对MeJA诱导存在"V"型响应趋势。

关键词：地黄全长转录组毛蕊花糖苷代谢途径

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水分胁迫下枣裂果的全长转录组分析

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华北农学报 2020年第S01期35卷 63-71页

作者：魏薇贾彦丽吴硕智福军河北省农林科学院石家庄果树研究所河北石家庄050064

为了从转录本水平阐明水分胁迫下的枣裂果的分子机制,以5 a生金丝新4号品种为试验材料进行50 h的喷淋,模拟水分胁迫,处理结束后对喷淋前后的样品在ONT平台进行3代全长转录组测序。6个样品共获得13368条转录本序列,APA事件中鉴定到9178个... 详细信息

为了从转录本水平阐明水分胁迫下的枣裂果的分子机制,以5 a生金丝新4号品种为试验材料进行50 h的喷淋,模拟水分胁迫,处理结束后对喷淋前后的样品在ONT平台进行3代全长转录组测序。6个样品共获得13368条转录本序列,APA事件中鉴定到9178个PolyA位点,并找到78个显著富集的PolyA信号(PAS)motif,预测到7321个SSR和114个lncRNA;对照组和处理组分别鉴定到239,189个可变剪接事件;差异分析共得到248个差异转录本,参与的主要转录本包括钙网蛋白、钙联蛋白、热激蛋白、微管蛋白、果糖激酶等。GO富集显示,差异转录本主要参与了翻译、有丝分裂、冷适应等生物学过程,相应地细胞组分为细胞质和核糖体,富集的分子功能为核糖体成分、木葡糖基转移酶活性等;通过KEGG富集分析发现,上调表达的转录本主要参与了内质网蛋白加工、吞噬体、氨基糖与核糖代谢以及淀粉和蔗糖代谢通路;下调转录本主要参与了内质网蛋白加工、氮代谢和光合作用-天线蛋白通路等过程。差异转录本编码的蛋白之间存在复杂的互作网络。水分胁迫下的裂果机制可能包括可变剪接事件的减少、钙网蛋白和钙调蛋白对钙离子的调节、持续喷淋后冷应激造成热激蛋白上调及细胞壁组分合成相关基因的上调等。

关键词：枣裂果水分胁迫全长转录组钙网蛋白热激蛋白

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基于氮素响应转录组的青檀(Pteroceltis tatarinowii)WRKY基因鉴定

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分子植物育种 2025年第7期 2338-2344页

作者：郭伟李国华罗磊王迎杜辉高红燕语穆淑媛韩秀张林泰安市泰山林业科学研究院

青檀是中国特有的单属种植物，耐干旱瘠薄，是石灰岩山地造林的先锋树种，其韧皮纤维是用来制作“宣纸”的原材料。WRKY蛋白是一类在植物应对生物和非生物胁迫中发挥关键作用的超级转录因子家族。为了挖掘青檀在不同氮素水平响应过程中... 详细信息

青檀是中国特有的单属种植物，耐干旱瘠薄，是石灰岩山地造林的先锋树种，其韧皮纤维是用来制作“宣纸”的原材料。WRKY蛋白是一类在植物应对生物和非生物胁迫中发挥关键作用的超级转录因子家族。为了挖掘青檀在不同氮素水平响应过程中的WRKY转录因子基因，本研究利用青檀全长转录组数据，筛选到了10个包含完整蛋白编码区的WRKY基因，随后对这些WRKY蛋白的保守结构域进行了分析。生物信息学分析的结果表明：PtaWRKY1、PtaWRKY2、PtaWRKY3、PtaWRKY4、PtaWRKY7、PtaWRKY9、PtaWRKY10属于WRKY转录因子的第Ⅱ组；PtaWRKY5、PtaWRKY6、PtaWRKY8属于WRKY转录因子的第Ⅰ组。PtaWRKY2编码的蛋白序列最短，为289 aa，等电点为5.40;PtaWRKY8编码的蛋白序列最长，为519 aa，等电点为5.52。表达分析结果显示PtaWRKY1、PtaWRKY4、PtaWRKY5、PtaWRKY7、PtaWRKY8、PtaWRKY10的表达水平随着氮素浓度升高而降低，表明这6个基因在青檀的氮素响应过程中可能起到重要作用。

关键词：青檀全长转录组 WRKY转录因子

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基于不同氮素水平响应转录组的青檀(Pteroceltis tatarinowii)MYB基因鉴定

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分子植物育种 2025年第5期 1602-1609页

作者：郭伟罗磊王迎张利程甜甜孙天旭冯林穆淑媛张林李国华泰安市泰山林业科学研究院菏泽学院农业与生物工程学院山东省国土空间规划院泰安市水利局

MYB转录因子在植物形态发生、生物胁迫和非生物胁迫、次生代谢等生物学过程中起到重要作用。本研究利用青檀在不同氮素水平响应过程中的全长转录组数据，筛选到了25个包含完整蛋白编码区的MYB基因。生物信息学分析结果表明：PtaMYB16编... 详细信息

MYB转录因子在植物形态发生、生物胁迫和非生物胁迫、次生代谢等生物学过程中起到重要作用。本研究利用青檀在不同氮素水平响应过程中的全长转录组数据，筛选到了25个包含完整蛋白编码区的MYB基因。生物信息学分析结果表明：PtaMYB16编码的蛋白序列最长，为666 aa，等电点是5.75;PtaMYB9编码的蛋白序列最短，为221aa，等电点是4.95。15个MYB蛋白含有1个SANT保守结构域，10个MYB蛋白含有2个SANT保守结构域。表达分析结果显示，PtaMYB7、PtaMYB9、PtaMYB10、PtaMYB12、PtaMYB13、PtaMYB15、PtaMYB19、PtaMYB20、PtaMYB24的表达水平随着氮素浓度提高而下降；PtaMYB21的表达水平随着氮素浓度提高而提高; PtaMYB1、PtaMYB3、PtaMYB4、PtaMYB8、PtaMYB14、PtaMYB17、PtaMYB18、PtaMYB23在2 mmol/L NH4NO3处理中表达水平最高，暗示这18个青檀MYB基因可能在氮素响应过程中行使重要且不同的功能。

关键词：青檀全长转录组 MYB转录因子氮素处理

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菠萝蜜茎叶全长转录组分析

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热带作物学报 2020年第7期41卷 1288-1297页

作者：潘敏于旭东蔡泽坪李佳佳罗佳佳周丹楚文清瞿倩海南大学林学院/热带特色林木花卉遗传与种质创新教育部重点实验室海南海口570228 海南大学热带作物学院海南海口570228 中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所/农业农村部热带作物种质资源利用重点实验室海南儋州571737

菠萝蜜(Artocarpus heterophyllus)是热带地区重要的木本植物,具有较高的经济价值。试验以菠萝蜜正常及叶绿素合成缺失突变体幼苗为研究材料,在PacBio Sequel平台上进行茎叶全长转录组测序,最终得到95701个Isforms,在对转录本进行聚类... 详细信息

菠萝蜜(Artocarpus heterophyllus)是热带地区重要的木本植物,具有较高的经济价值。试验以菠萝蜜正常及叶绿素合成缺失突变体幼苗为研究材料,在PacBio Sequel平台上进行茎叶全长转录组测序,最终得到95701个Isforms,在对转录本进行聚类纠错后利用NR、NT、GO、KOG、KEGG、Swiss-Prot、InterPro 7个数据库进行功能注释,共有93367个转录本被注释。七大数据库中分别有92187(NR)、90326(NT)、74548(Swiss-Prot)、75396(KEGG)、77022(KOG)、81906(InterPro)和65500(GO)个转录本获得功能注释。共检测到85091个CDS和55608个SSR序列,并预测到了4753个转录因子(Transcription Factors,TFs),1667个转录调控子(Transcriptional Regulators,TRs)以及4710个受体激酶(Receptor-like Kinases,RLKs)。

关键词：菠萝蜜全长转录组功能注释

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