检索结果-内蒙古大学图书馆

昆虫学报 2024年第2期67卷 183-192页

作者：宋宇轩李坤泽臧贺荆欣范小雪邹培缘陈大福付中民郭睿福建农林大学蜂学与生物医药学院福州350002 天然生物毒素国家地方联合工程实验室福州350002 福建省蜂疗研究所福州350002

【目的】通过纳米孔(nanopore)测序技术组装和注释中华蜜蜂Apis cerana cerana工蜂幼虫肠道高质量全长转录组。【方法】采用Nanopore PromethION系统对蜜蜂球囊菌Ascosphaera apis接种的中华蜜蜂工蜂3日龄幼虫后的4, 5和6日龄幼虫肠道(... 详细信息

【目的】通过纳米孔(nanopore)测序技术组装和注释中华蜜蜂Apis cerana cerana工蜂幼虫肠道高质量全长转录组。【方法】采用Nanopore PromethION系统对蜜蜂球囊菌Ascosphaera apis接种的中华蜜蜂工蜂3日龄幼虫后的4, 5和6日龄幼虫肠道(分别为AcT4, AcT5和AcT6)进行转录组测序,鉴定全长转录本序列;将前期未接种蜜蜂球囊菌中华蜜蜂工蜂4, 5和6日龄幼虫肠道转录组纳米孔测序数据中鉴定到的全长转录本与上述鉴定到的全长转录本混合后滤除冗余全长转录本;将鉴定到的非冗余全长转录本比对Nr, KOG, eggNOG和GO数据库进行注释。采用CPC, CNCI, CPAT和Pfam 4种方法预测长链非编码RNA (long non-coding RNA, lncRNA)。【结果】AcT4, AcT5和AcT6分别测得14 474 634, 10 461 827和11 890 978条原始读段(raw reads),分别包含11 898 582, 8 630 186和9 091 035条全长转录本,去冗余后分别鉴定到27 815, 21 781和20 004条非冗余全长转录本,N50长度分别为1 900, 1 961和2 294 bp,平均长度分别为1 534, 1 584和1 792 bp,最长读段长度分别为10 855, 10 837和10 887 bp。鉴定到40 562条去非冗余全长转录本,分别有35 415, 24 646, 34 054和23 053条转录本可分别注释到Nr, KOG, eggNOG和GO数据库。在Nr数据库中注释全长转录本数目和占比最高的物种是东方蜜蜂***(20 310条,57.35%),其次为西方蜜蜂***(4 686条转录本,占13.23%)、大蜜蜂***(2 536条转录本,占7.16%)和小蜜蜂***(2 079条转录本,占5.87%)。非冗余全长转录本可注释到eggNOG数据库中的未知功能及翻译后修饰、蛋白质更新和分子伴侣等25个功能分类、KOG数据库中的仅一般功能预测和信号转导机制等25个功能分类、GO数据库中生物学进程、细胞组分和分子功能三大类中的50个功能条目以及KEGG数据库中核糖体和RNA转运等196条通路。共鉴定到2 301条高可信度lncRNA,涉及正义链lncRNA、反义链lncRNA、内含子lncRNA和基因间区lncRNA 4种类型。【结论】成功构建和注释了中华蜜蜂工蜂幼虫肠道的首个全长转录组,为中华蜜蜂和东方蜜蜂***其他亚种的分子生物学及组学研究提供了高质量参考背景和关键基础。

关键词：东方蜜蜂中华蜜蜂蜜蜂球囊菌肠道全长转录组长链非编码RNA 第三代测序技术纳米孔测序

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基于全长转录组分析探讨熊果酸抗癫痫和神经保护的机制

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中国药科大学学报 2024年第4期55卷 512-521页

作者：李娟娟黄越王雅禾张莲香强媛媛郭乐刘昆梅宁夏医科大学颅脑疾病重点实验室银川 750004 宁夏医科大学检验学院银川 750004

基于转录组分析探讨熊果酸(ursolic acid,UA)抗癫痫和改善癫痫诱导的GABAergic神经元损伤的可能机制.选取对照组(NC组)、癫痫组(SE组)及癫痫UA给药组(UA组)大鼠的海马组织进行全长转录组测序;测序数据利用GO(gene ontology,GO)、KEGG(ky... 详细信息

基于转录组分析探讨熊果酸(ursolic acid,UA)抗癫痫和改善癫痫诱导的GABAergic神经元损伤的可能机制.选取对照组(NC组)、癫痫组(SE组)及癫痫UA给药组(UA组)大鼠的海马组织进行全长转录组测序;测序数据利用GO(gene ontology,GO)、KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)及PPI(protein-protein interaction networks,PPI)对差异基因(differential genes,DEGs)进行分析;利用RT-qPCR验证海马组织中关键差异基因的表达量;最后在原代神经元上构建体外癫痫模型,采用RT-qPCR对差异基因的表达量进行验证,并利用免疫荧光、Western blot进一步检测神经元上GABAA受体γ2亚基(GABRG2)的表达量.两两样本表达量相关性热图及DEGs聚类分析结果显示:SE组距离NC组最远,UA治疗后,总体向正常组偏移.SE组与UA组对比,共筛选出 220个差异基因,其中 143个基因上调,77个基因下调.GO富集分析显示:在一级分类中涉及生物过程、细胞成分和分子功能 3个过程.KEGG通路富集分析表明,DEGs涉及cAMP信号通路、钙信号通路等 36条生物学通路.PPI分析表明DEGs与GABA及炎症关系密切.RT-qPCR结果表明UA处理增加了海马组织中GABA受体相关基因(Gng4)、GABA合成相关基因(Camk2a、Vgf和Npy)、炎症相关基因(Timp1和Spp1)的表达量,降低了GABA合成相关基因(Nptx2)、cAMP相关通路基因(Gnas)的表达量;并进一步证实UA处理增加了神经元上Gng4、Camk2a的表达量,降低了Gnas的表达量.免疫荧光与Western blot结果显示,与SE组相比,UA给药后原代神经元上GABRG2的表达量增加.本研究丰富了UA抗癫痫的转录组数据,也为深入研究UA抗癫痫和神经保护奠定理论基础.

关键词：熊果酸癫痫全长转录组测序分析 GABA

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基于PacBio平台的紫娟茶树全长转录组分析

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基因组学与应用生物学 2020年第6期39卷 2646-2658页

作者：夏丽飞孙云南宋维希朱兴正田易萍蒋会兵陈林波云南省农业科学院茶叶研究所云南省茶树种质资源创新与配套栽培技术工程研究中心云南省茶学重点实验室勐海666201

紫娟(Camellia sinensis var. Asssamica (Masters) kitamura)是珍稀茶树种质的典型代表,其叶片色泽呈现紫色,富含花青素、儿茶素以及黄酮等活性成分。为探讨紫娟茶树叶片呈色以及次级代谢过程的遗传基础,以紫娟茶树为材料,采用Pac Bio... 详细信息

紫娟(Camellia sinensis var. Asssamica (Masters) kitamura)是珍稀茶树种质的典型代表,其叶片色泽呈现紫色,富含花青素、儿茶素以及黄酮等活性成分。为探讨紫娟茶树叶片呈色以及次级代谢过程的遗传基础,以紫娟茶树为材料,采用Pac Bio平台进行全长转录组测序,最终获得Polished consensus序列205 911个。在NR数据库有163 519个同源序列比对到914个物种;有99 503个在KOG数据库得到注释,根据其功能分为26类;有76 829个得到GO注释,分为细胞组分、分子功能及生物学过程等3大类的54个功能组;根据KEGG数据库,109 748个被注释到216个代谢途径分支,其中氨基酸代谢的7 731个、类黄酮生物合成的有644个、单萜的合成的有57个、萜类化合物骨架生物合成487个、黄酮和黄酮醇的生物合成的有88个、花青素合成1个;同时预测到CDS有199 245个、转录因子有6 838个;此外,还检测到了180 293个SSR位点,其中以单碱基重复最丰富有103 535个,其次是双碱基43 240和三碱基30 883。本研究结果为开展紫娟茶树叶片呈色机理以及花青素、黄酮类等物质合成途径与调控机制和特异性状基因的标记性引物开发提供重要的数据支持。

关键词：紫娟茶树全长转录组测序分析功能注释

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基于第三代纳米孔测序技术的东方蜜蜂微孢子虫全长转录组构建及注释

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昆虫学报 2020年第12期63卷 1461-1472页

作者：陈华枝杜宇范小雪祝智威蒋海宾王杰范元婵熊翠玲郑燕珍付中民徐国钧陈大福郭睿福建农林大学动物科学学院(蜂学学院) 福州350002 福建农林大学蜂疗研究所福州350002

【目的】本研究旨在利用Oxford Nanopore测序技术组装和注释东方蜜蜂微孢子虫Nosema ceranae的高质量全长转录组。【方法】采用Nanopore PromethION系统对东方蜜蜂微孢子虫的纯净孢子进行转录组测序。通过识别每条clean read两端引物鉴... 详细信息

【目的】本研究旨在利用Oxford Nanopore测序技术组装和注释东方蜜蜂微孢子虫Nosema ceranae的高质量全长转录组。【方法】采用Nanopore PromethION系统对东方蜜蜂微孢子虫的纯净孢子进行转录组测序。通过识别每条clean read两端引物鉴定全长转录本序列。利用Blast工具将全长转录本比对Nr,Swiss-Prot,KOG,eggNOG,Pfam,GO和KEGG数据库,获得相应注释信息。分别利用蛋白结构域分析方法CPC,CNCI,CPAT和Pfam对长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)进行预测,获得高可信度lncRNA。利用CPM(counts per million)法计算每一条全长转录本的表达量。【结果】利用Nanopore PromethION系统对东方蜜蜂微孢子虫转录组测序共测得6988795条raw reads,经质控获得6953469条clean reads,其中包含5143999条全长转录本。共鉴定到10243条非冗余全长转录本,N50和平均读长分别为1042 bp和894 bp,最大读长为4855 bp。有9342,4038,4283,2569,4859和3450条全长转录本分别注释到Nr,KOG,eggNOG,Pfam,GO和KEGG数据库。注释到东方蜜蜂微孢子虫、蜜蜂微孢子虫Nosema apis和家蚕微孢子虫Nosema bombycis的全长转录本数量最多。共鉴定到87条高可信度lncRNA,包含49条正义链lncRNA(sense lncRNA)、25条反义链lncRNA(anti-sense lncRNA)和13条基因间区lncRNA。本研究的测序量足以检测到全部表达的全长转录本,全长转录本的表达量(CPM)范围在0.1到10000以上。【结论】本研究构建和注释了东方蜜蜂微孢子虫的高质量全长转录组数据,可为病原的比较转录组分析、转录本的可变剪接和可变腺苷酸化分析、简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)位点挖掘、基因结构优化以及基因全长序列克隆及功能研究提供关键基础。

关键词：东方蜜蜂微孢子虫全长转录组长链非编码RNA 第三代测序技术纳米孔测序

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基于单分子实时测序的油莎豆全长转录组分析

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中国油料作物学报 2021年第2期43卷 229-235页

作者：邹智赵永国张丽孔华郭运玲郭安平中国热带农业科学院热带生物技术研究所/海南省南繁生物安全与分子育种重点实验室海南海口571101 广东石油化工学院生物与食品工程学院广东茂名525000 中南民族大学生命科学学院/武陵山区特色资源植物种质保护与利用湖北省重点实验室湖北武汉430074

油莎豆以其适应性广、产量和含油量高而成为我国的新型油料作物。为解析油莎豆的遗传基础,服务于育种和分子生物学研究,采用单分子实时测序技术构建了油莎豆高质量的全长转录组,混合样本的组织来源包括块茎、匍匐茎、根、芽、叶片、叶... 详细信息

油莎豆以其适应性广、产量和含油量高而成为我国的新型油料作物。为解析油莎豆的遗传基础,服务于育种和分子生物学研究,采用单分子实时测序技术构建了油莎豆高质量的全长转录组,混合样本的组织来源包括块茎、匍匐茎、根、芽、叶片、叶鞘、花、花茎等。研究基于23.20 Gb高质量的原始数据提取获得环形一致序列319568条,其平均长度和测序深度分别为2101 bp和43×;通过聚类、校正和去冗余最终得到高质量的序列57849条,合计121.79 Mb;转录组的完整性约为79.58%,其中约有76.20%的为全长转录本;通过比对NR、Swissprot、GO、KOG、eggNOG、Pfam、KEGG等数据库,共获得52424条序列的注释信息,注释比例约为90.62%;此外,研究还预测获得3759条lncRNA、43060个SSR位点以及2300条转录因子序列。这些结果不仅增加了我们对油莎豆遗传特性的认知,同时还为下一步开展基因表达谱分析、功能基因的挖掘与利用等奠定了坚实的基础。

关键词：油莎豆油料作物全长转录组单分子实时测序

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黑桫椤多器官全长转录组分析及类黄酮生物合成结构基因的挖掘

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植物科学学报 2024年第1期42卷 56-65页

作者：林泓王桢王艇苏应娟中山大学生命科学学院广州510275 华南农业大学生命科学学院广州510642 中山大学深圳研究院广东深圳518057

黑桫椤(Gymnosphaera podophylla Dalla Torre&Sarnth.)为著名的孑遗蕨类,具有很强的环境适应能力,然而其适应性机制尚不清楚。本研究采用PacBio和Illumina技术对黑桫椤的根、羽轴和羽片进行转录组测序,分别生成12879、14185和1608... 详细信息

黑桫椤(Gymnosphaera podophylla Dalla Torre&Sarnth.)为著名的孑遗蕨类,具有很强的环境适应能力,然而其适应性机制尚不清楚。本研究采用PacBio和Illumina技术对黑桫椤的根、羽轴和羽片进行转录组测序,分别生成12879、14185和16084个全长unigenes。基因表达分析结果表明,与黑桫椤抗干旱、缺水胁迫和生物胁迫相关的基因表达水平较高。根、羽轴和羽片特异性上调基因均显著富集到KEGG代谢通路中的“苯丙烷生物合成途径”,根和羽轴的器官特异性上调基因还显著富集到“类黄酮生物合成途径”。共有192个全长unigenes被注释为类黄酮生物合成途径所涉及的13个酶结构基因,其中包括112个差异表达基因(DEGs),表明黑桫椤类黄酮生物合成途径较为保守,且存在器官特异性差异表达基因。本文对黑桫椤多器官全长转录组和类黄酮生物合成途径结构基因进行了综合分析,为进一步研究其对环境的适应性提供了丰富的遗传资源。

关键词：黑桫椤类黄酮生物合成全长转录组

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全州禾花鲤鳞片下层组织的结构及全长转录组分析

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渔业科学进展 2024年第1期45卷 70-84页

作者：杜雪松文露婷许艺兰覃俊奇黄姻林勇周康奇潘贤辉邓潜陈忠广西壮族自治区水产科学研究院、广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室广西南宁530021 广西壮族自治区兽医研究所、广西兽医生物技术重点实验室广西南宁530001

为研究全州禾花鲤(Cyprinus carpio ***)皮肤组织结构和转录组差异、丰富鲤鱼皮肤转录组信息,选用建鲤(Cyprinus carpio ***)和全州禾花鲤鳞片下层组织,利用透射电镜观察结构差异,发现禾花鲤与建鲤相比组织缺乏层叠排列的鸟嘌呤结晶且... 详细信息

为研究全州禾花鲤(Cyprinus carpio ***)皮肤组织结构和转录组差异、丰富鲤鱼皮肤转录组信息,选用建鲤(Cyprinus carpio ***)和全州禾花鲤鳞片下层组织,利用透射电镜观察结构差异,发现禾花鲤与建鲤相比组织缺乏层叠排列的鸟嘌呤结晶且黑色素颗粒增多;利用牛津纳米孔(ONT)测序技术分析了转录组特征,获得高质量数据18.49Gb,识别为全长序列17182183条,检测出可变剪接(AS)事件3075个、可变多聚腺苷酸化(APA)57624个,预测新基因编码区序列15615个、长链非编码RNA(lncRNA)771个。其中,可变剪接事件中外显子跳跃、内含子保留数量在种间差异极显著(P<0.01),具有5个多聚腺苷酸化位点的转录本数量在种间差异极显著(P<0.01),表明可变剪接和多聚腺苷酸化参与性状形成相关的调控过程;共筛选出差异表达转录本841个,KEGG通路分析表明其在细胞外基质–受体相互作用、粘着斑等通路富集,GO分析发现其在细胞外隙、转录因子复合体、整合素复合物等词条显著富集,且最显著富集的KEGG通路和GO词条均与细胞外基质紧密关联,推测这些转录调控的变化可能导致皮肤细胞外基质的组成、密度和构象变化。后续研究应更多关注鸟嘌呤结晶缺失造成的皮肤性状变化,有助于全州禾花鲤种质资源开发与利用。

关键词：全州禾花鲤皮肤性状全长转录组

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晚香玉鳞茎的全长转录组分析

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植物遗传资源学报 2024年第9期25卷 1589-1600页

作者：姜福星吴菁熙朱枭黄远祥周鹏高平李西四川农业大学风景园林学院成都611130 四川天艺生态园林股份有限公司成都611130

晚香玉为石蒜科的多年生鳞茎花卉,是著名的香花植物,具有较高的观赏、经济和药用价值,鳞茎是其主要的繁殖器官和药用器官,为深入探析其生长发育的机制和次生代谢途径,利用高通量测序PacBio Sequel平台,以其鳞茎为材料,使用单分子长读数... 详细信息

晚香玉为石蒜科的多年生鳞茎花卉,是著名的香花植物,具有较高的观赏、经济和药用价值,鳞茎是其主要的繁殖器官和药用器官,为深入探析其生长发育的机制和次生代谢途径,利用高通量测序PacBio Sequel平台,以其鳞茎为材料,使用单分子长读数测序技术(SMART,single molecule long reading sequencing technology)对晚香玉鳞茎进行三代全长转录组测序及分析。平台共获得508012条高质量环形一致序列(CCS,circular consensus)和402032条全长非嵌合序列(FLNC,full-lenth non-chimeric read),对全长非嵌合序列进行聚类得到高质量一致序列共137215个,经质控和去冗余后共获得81719个转录本(Unigene)和36215个完整CDS区。获得的所有转录本经过NR、SwissProt、KOG、KEGG、GO等数据库进行注释和功能分类,结果共有64362个单基因被注释,NR注释的基因数量最多,为63538个,占98.72%;KEGG注释的基因最少,58878个基因被注释到148条途径,代谢途径分布的基因最多(11112)。同时分析出41240个SSR、15835个lncRNA和4903个转录因子,RLK转录因子家族的基因最多;发现同源盒转录因子可能参与了晚香玉鳞茎的发育过程,并对其中的PtKNOX1L13基因进行了克隆,发现其在鳞茎的起始、膨大和成熟3个时期表达量均比较高,瞬时过量表达表明其能促进珠芽的发育,可能是参与鳞茎形成和发育的重要功能基因。本研究为深入研究晚香玉的重要功能基因及种质资源创新提供了参考和依据。

关键词：晚香玉鳞茎全长转录组种质创新

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畲药十二时辰基源植物重瓣铁线莲的全长转录组分析

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福建农业学报 2024年第10期39卷 1162-1170页

作者：何舒澜柯兰兰陈观水福建卫生职业技术学院药学院福建医科大学基础医学院福建农林大学生命科学学院

【目的】重瓣铁线莲是畲药十二时辰基源植物，以根入药，含有丰富的活性成分。本研究旨在了解重瓣铁线莲基因注释信息、次级代谢产物代谢通路及基因功能，丰富其转录组信息，为进一步筛选和鉴定其药用成分代谢通路相关基因奠定基础。【... 详细信息

【目的】重瓣铁线莲是畲药十二时辰基源植物，以根入药，含有丰富的活性成分。本研究旨在了解重瓣铁线莲基因注释信息、次级代谢产物代谢通路及基因功能，丰富其转录组信息，为进一步筛选和鉴定其药用成分代谢通路相关基因奠定基础。【方法】利用SMRT测序技术，对重瓣铁线莲根进行全长转录组测序，并借助生物信息学工具进行功能注释、结构分析以及萜类合成途径基因的挖掘。【结果】测序共获得高质量测序subreads数据量62.21 Gb，通过数据处理分析，获得20 540条高质量去冗余转录本。利用NR、 GO、 NT、 Pfam、 COG/KOG、SwissProt、KEGG等7个数据库对高质量去冗余序列进行基因功能注释，共有19 909条转录本至少在1个数据库得到注释，有8 888条转录本在NR、NT、COG/KOG、KEGG、GO等5个公共数据库中均有注释。GO注释结果显示，14 911条转录本共富集在包含生物学过程、细胞组成和分子功能三大类的53个条目中。KEGG分析显示，19 701条转录本序列被富集到6条主通路和44条子通路。COG/KOG注释发现，13 204条转录本被注释，其中注释最多的功能类别为一般功能预测。对转录本结构分析发现，共预测到978个转录因子、224条长非编码RNA、7 167个SSR。对萜类化合物生物合成途径进行挖掘，共鉴定到48个转录本（16个关键酶候选基因）参与萜类骨架生物合成。【结论】本研究成功对畲药十二时辰基源植物重瓣铁线莲的根进行了全长转录组测序，获得该物种的全长转录组相关基因功能信息，填补了重瓣铁线莲基因信息的空白，为深入研究重瓣铁线莲的调控网络、生物学特征、相关代谢途径、信号通路及分子机制等提供参考。

关键词：重瓣铁线莲全长转录组转录因子长非编码RNA

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基于PacBio平台的掌叶鱼黄草全长转录组分析

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分子植物育种 2022年第9期20卷 2939-2948页

作者：张守信陈英转郑奋薄文浩周韬龙文兴海南大学林学院海口570228 海南大学热带特色林木花卉遗传与种质创新教育部重点实验室海南省热带特色花木资源生物学重点实验室海南五指山森林生态系统定位观测生态站海口570228 文昌市林业科学研究所文昌571321 北京林业大学生物科学与技术学院北京100083

掌叶鱼黄草是一种药用植物,但其药用成分的合成途径和调控基因尚不明确。为了进一步了解掌叶鱼黄草的遗传信息,探寻次生代谢产物合成的分子基础,本研究通过PacBio平台对掌叶鱼黄草进行了全长转录组测序。组装测序结果获得17339个Unigene... 详细信息

掌叶鱼黄草是一种药用植物,但其药用成分的合成途径和调控基因尚不明确。为了进一步了解掌叶鱼黄草的遗传信息,探寻次生代谢产物合成的分子基础,本研究通过PacBio平台对掌叶鱼黄草进行了全长转录组测序。组装测序结果获得17339个Unigene,注释了17163个Unigene。有8606个Unigene参与了156条代谢通路。其中包含18条次生代谢产物合成通路,相关Unigene有395个。在这些通路中,苯丙素类、三萜类和叶酸等合成产物可能与掌叶鱼黄草的药用活性有关。本研究为掌叶鱼黄草后续次生代谢产物合成和药理机制研究工作提供基础,全长转录组序列信息可以为后续二代转录组测序结果拼接提供参考模板。

关键词：掌叶鱼黄草全长转录组基因功能注释次生代谢产物合成通路

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