检索结果-内蒙古大学图书馆

作者：魏志强李臻王爽乔木张树刚 266100 山东省青岛市崂山区松岭路238号

本发明提出了一种新的基于图结构注意力的分子相似性搜索算法，包括如下步骤：步骤1、使用相似分子作为预训练数据，通过图卷积神经网络将相似分子表达为分子图的格式，在图卷积神经网络中引入了注意力机制，将分子图转换为特征向量；步... 详细信息

标准号: CN111429977B

本发明提出了一种新的基于图结构注意力的分子相似性搜索算法，包括如下步骤：步骤1、使用相似分子作为预训练数据，通过图卷积神经网络将相似分子表达为分子图的格式，在图卷积神经网络中引入了注意力机制，将分子图转换为特征向量；步骤2、通过训练得到公式中的参数，得到相似性计算公式；步骤3、采用步骤1的方法，将新的分子表达为新分子图的格式，并将新的分子图转换为新的特征向量，通过相似性计算公式进行相似性计算，得到相似性得分，借此，本发明具有在保证了搜索广泛性的同时，提高了分子相似性计算的准确度的优点。

关键词：相似性计算分子图分子相似性分子表达神经网络特征向量注意力机制准确度搜索算法训练数据图结构新分子转换注意力搜索引入保证

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基于光量子计算机的分子相似性计算方法和装置

基于光量子计算机的分子相似性计算方法和装置

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作者：文凯马寅曹崇育 100015 北京市朝阳区将台路5号院1号楼1层1019室

本发明属于药物设计技术领域，涉及一种基于光量子计算机的分子相似性计算方法和装置，包括：基于分子结构将需要计算分子相似性的两个分子分别转换为分子图，分子图的顶点表示该分子中的各个原子，分子图的边表示该分子中各个原子间的... 详细信息

标准号: CN117828374A

本发明属于药物设计技术领域，涉及一种基于光量子计算机的分子相似性计算方法和装置，包括：基于分子结构将需要计算分子相似性的两个分子分别转换为分子图，分子图的顶点表示该分子中的各个原子，分子图的边表示该分子中各个原子间的化学键连接；利用两个分子图构建冲突图，冲突图的顶点来源于两个分子图中的两两顶点间的匹配映射，冲突图的边来源于冲突图中各顶点间的判别结果；通过光量子计算机求解冲突图的最大加权独立子集并获得最大加权独立子集中冲突图的各个顶点的信息；通过最大加权独立子集中冲突图的各个顶点的信息计算两个分子的相似性。其解决了传统求解方式的求解速度慢，假阳性率高的缺点，有效提升了计算速度和准确率。

关键词：冲突图分子图求解加权分子相似性光量子药物设计技术方法和装置化学键连接顶点表示独立子集分子结构假阳性率判别结果信息计算计算机准确率映射构建匹配转换

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基于光量子计算机的分子相似性计算方法和装置

基于光量子计算机的分子相似性计算方法和装置

引用

作者：文凯马寅曹崇育 100015 北京市朝阳区将台路5号院1号楼1层1019室

标准号: CN117828374B

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一种基于分子相似性和半监督学习的药物虚拟筛选方法和装置

一种基于分子相似性和半监督学习的药物虚拟筛选方法和装置

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作者：吴建盛徐华健胡海峰朱燕翔 210046 江苏省南京市栖霞区文苑路9号

本发明揭示了一种基于分子相似性和半监督学习的药物虚拟筛选方法和装置，该方法包括以下步骤：S1：收集数据集，得到有生物活性值的配体分子样本和无生物活性值的配体分子样本；S2：使用S1步骤中得到的有生物活性值的配体分子样本构建... 详细信息

标准号: CN113192572B

本发明揭示了一种基于分子相似性和半监督学习的药物虚拟筛选方法和装置，该方法包括以下步骤：S1：收集数据集，得到有生物活性值的配体分子样本和无生物活性值的配体分子样本；S2：使用S1步骤中得到的有生物活性值的配体分子样本构建回归模型；S3：计算数据集中分子间的相似度；S4：利用S3步骤中得到的分子相似度和S2步骤中得到的回归模型，计算三元组损失；S5：根据S2步骤和S4步骤得到的损失函数训练模型。基于半监督学习方法，在模型训练中引入大量的无实验生物活性值样本，使用分子相似度和三元组损失对无实验生物活性值样本的模型预测值进行约束，解决实际应用场景中大量无生物活性值的样本无法有效参与模型训练的难题。

关键词：样本配体分子生物活性相似度半监督学习回归模型模型训练实验生物三元组方法和装置分子相似性计算数据模型预测收集数据损失函数训练模型应用场景有效参与构建虚拟筛选引入

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基于多特征融合的分子相似性算法研究

基于多特征融合的分子相似性算法研究

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作者：乔木中国海洋大学

学位级别：硕士

药物是人类健康的重要保障，在药物研发领域，新药的发掘与研发是一个消耗十分巨大的过程，不仅需要大量的研发时间，还需要有大量的资金支持。不仅如此，药物研发还伴随着巨大的风险。一款新药从研发到上市通常需要14年左右的研发周期... 详细信息

药物是人类健康的重要保障，在药物研发领域，新药的发掘与研发是一个消耗十分巨大的过程，不仅需要大量的研发时间，还需要有大量的资金支持。不仅如此，药物研发还伴随着巨大的风险。一款新药从研发到上市通常需要14年左右的研发周期，并花费8亿到10亿美元不等。在过去的几十年内，各大药企、机构在新药研发上不断加码，耗费了巨大的人力物力，但是由于新药研发的特殊性，带来了研发过程的低效与高失败率的后果，使得新药研发的成本始终居高不下。得益于计算机性能突飞猛进的发展，尤其是近年来机器学习、智能计算技术的再一次兴起，为计算化学研究开辟了新的道路，在分子相似性搜索领域，计算机不仅能够通过形状、性质来计算分子间的相似性，还可以将二者有机结合，更智能的计算分子间的相似性。本文工作有如下几个方面：　　（1）在分子图结构数据的利用上，提出使用改进图卷积结构的深度学习网络，从分子图中提取分子的化学特征。为了解决卷积神经网络的输入通常是固定大小，而分子的大小并不确定的问题，本文提出一种新的结构处理分子图长度大小不一致的问题，灵活的处理分子图结构数据。　　（2）在图卷积特征提取阶段，为了尽可能多的提取到分子图的特征，包括图的局部特征与图的全局特征，本文在图卷积神经网络中引入虚拟超级节点概念，在每一层的操作中提取本层全局的特征并传递到下一层操作中。这样可以保证最终通过图卷积网络提取的特征包含更完整的分子信息。　　（3）研究变分自编码器，根据分子表达形式的特点改进该方法，提出一种新的分子指纹特征的表达方法，输入同样的SMILES信息，提取到更多的分子信息，作为图卷积提取信息的补充。　　（4）基于以上研究，将计算结果结合在一起，设计了一个计算公式，更好的拟合真实情况，使计算结果更加准确。

关键词：分子相似性图卷积融合算法

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一种基于分子相似性和半监督学习的药物虚拟筛选方法和装置

一种基于分子相似性和半监督学习的药物虚拟筛选方法和装置

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作者：吴建盛徐华健胡海峰朱燕翔 210046 江苏省南京市栖霞区文苑路9号

标准号: CN113192572A

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一种新的基于图结构注意力的分子相似性搜索算法

一种新的基于图结构注意力的分子相似性搜索算法

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作者：魏志强李臻王爽乔木张树刚 266100 山东省青岛市崂山区松岭路238号

标准号: CN111429977A

关键词：相似性计算分子图分子相似性分子表达神经网络特征向量注意力机制准确度搜索算法训练数据图结构新分子转换注意力搜索引入保证

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一种基于计数型布隆过滤器的分子相似性算法研究

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计算机科学 2017年第B11期44卷 552-556页

作者：王山孙莉吴杰冯锋王洪伟宁夏大学信息工程学院银川750001 中国人民武装警察部队工程大学西安710086

分子相似性是虚拟筛选技术的重要环节,在计算机辅助药物设计中有着关键作用。在2D Fingerprint相似性判别过程中,一些典型的分子相似性评估过程使用了Hash函数进行分子指纹映射,然而Hash函数固有的冲突问题极易降低分子指纹的映射精度... 详细信息

分子相似性是虚拟筛选技术的重要环节,在计算机辅助药物设计中有着关键作用。在2D Fingerprint相似性判别过程中,一些典型的分子相似性评估过程使用了Hash函数进行分子指纹映射,然而Hash函数固有的冲突问题极易降低分子指纹的映射精度。提出了一种基于计数型布隆过滤器的指纹映射方法,对相似性判别过程进行了有效改进,并采用DUD LIB VS 1.0数据集对改进方法进行了比较验证,将ROCE,AUC,awROCE,awAUC值作为评价标准。与其他原始分子相似性方法相比,所提方法有效地提高了相似性判断的准确性和骨架跃迁能力。

关键词：分子相似性 2D Fingerprint 计数型布隆过滤器虚拟筛选计算机辅助药物设计

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结合分子相似性、药效团和分子对接筛选新的HIV-1蛋白酶抑制剂

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生物信息学 2015年第4期13卷 244-250页

作者：汪滢唐国荣刘澍楠中国人民解放军第476医院福州350002

结合分子相似性、药效团和分子对接建立兼顾计算效率和预测准确度的HIV-1蛋白酶抑制剂筛选方法。首先通过对现有HIV-1蛋白酶抑制剂分子进行相似性分析,选取代表性的HIV-1蛋白酶抑制剂作为模板分子,构建和优化药效团模型,并从1万个化合... 详细信息

结合分子相似性、药效团和分子对接建立兼顾计算效率和预测准确度的HIV-1蛋白酶抑制剂筛选方法。首先通过对现有HIV-1蛋白酶抑制剂分子进行相似性分析,选取代表性的HIV-1蛋白酶抑制剂作为模板分子,构建和优化药效团模型,并从1万个化合物中优先筛选出500个化合物。而后采用分子对接方法进一步考察化合物与HIV-1蛋白酶结合情况,得到4个新的活性候选化合物,并进行其结合自由能计算和抗突变性分析。结果表明新候选化合物ST025723和HIV-1蛋白酶表现出较好的相互作用和抗突变性,具有深入研究的价值,同时也证明分子相似性、药效团和分子对接相结合能够快速有效地发现新颖活性候选化合物。

关键词： HIV-1蛋白酶抑制剂分子相似性药效团分子对接

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计算机虚拟筛选技术在中药毒性研究中的探索与思考

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中草药 2023年第12期54卷 4036-4043页

作者：钱文秀阎星旭张文青贾国香赵珊宋丽丽李遇伯天津中医药大学中药学院天津301617

近年来,中药安全性问题逐渐成为社会关注的热点,尤其是中药毒性研究更是中药研究的重点。因此,寻找高效的技术辅助中药毒性研究尤为关键。计算机虚拟筛选技术具有高效、便捷等优点,经过多年的发展,其技术理论已经趋于成熟,且在多个领域... 详细信息

近年来,中药安全性问题逐渐成为社会关注的热点,尤其是中药毒性研究更是中药研究的重点。因此,寻找高效的技术辅助中药毒性研究尤为关键。计算机虚拟筛选技术具有高效、便捷等优点,经过多年的发展,其技术理论已经趋于成熟,且在多个领域已被成功应用。通过对分子对接、机器学习、毒效团和分子相似性方法4种主要的计算机虚拟筛选技术进行综述,并分析它们在中药毒性研究领域的应用和前景,为从事中药毒性研究的科研人员提供参考。

关键词：虚拟筛选分子对接机器学习毒效团分子相似性中药毒性研究

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