检索结果-内蒙古大学图书馆

海军军医大学学报 2024年第12期45卷 1529-1539页

作者：姚瑞倩喻东薛赓上海理工大学健康科学与工程学院上海200093 海军军医大学(第二军医大学)基础医学院医学遗传学教研室上海200433 海军军医大学(第二军医大学)转化医学研究中心精准医学教研室上海200433 上海市细胞工程重点实验室上海200433

目的通过生物信息学分析和机器学习模型挖掘公共数据库中的有效信息,识别子痫前期相关的候选基因,以提高子痫前期早期诊断的准确性并为发病机制和诊疗研究提供靶点。方法从基因表达综合数据库中检索子痫前期患者和正常孕妇胎盘组织样本... 详细信息

目的通过生物信息学分析和机器学习模型挖掘公共数据库中的有效信息,识别子痫前期相关的候选基因,以提高子痫前期早期诊断的准确性并为发病机制和诊疗研究提供靶点。方法从基因表达综合数据库中检索子痫前期患者和正常孕妇胎盘组织样本的RNA-seq数据集,利用生物信息分析工具完成数据下载、质量控制、比对及定量后获得基因表达矩阵。采用DESeq21.38.3工具筛选差异表达基因,通过基因本体和京都基因与基因组百科全书数据库确定富集通路,利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)构建共表达网络,利用随机森林算法建立机器学习预测模型。结果4个数据集156例孕妇(70例子痫前期患者、86例正常孕妇)胎盘组织样本共筛选出49个共有差异表达基因,这些基因显著富集在细胞外区域、卵泡刺激素分泌的正向调节通路、激素活性通路及细胞因子-细胞因子受体相互作用等信号通路。通过WGCNA将49个差异表达基因分为7个共表达模块,鉴定出与子痫前期高度相关的关键模块,并筛选出6个候选关键基因,分别为fms相关受体酪氨酸激酶1(FLT1)、冠毛素2(PAPPA2)、蛋白磷酸酶1调节抑制因子亚基1C(PPP1R1C)、肌球蛋白ⅦB(MYO7B)、长基因间非蛋白编码RNA 2009(LINC02009)和抑制素亚基α(INHA)。基于这6个关键基因构建的随机森林模型对子痫前期有较好的预测价值(AUC=0.978)。结论子痫前期可能与激素分泌、免疫反应、血管生成因子、妊娠相关血浆蛋白、抑制素等有关,相关基因或可成为子痫前期诊断的候选标志物。

关键词：子痫前期生物标志物加权基因共表达网络分析随机森林模型

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加权基因共表达网络分析联合机器学习法筛选缺血性心肌病生物标记及免疫浸润分析

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中西医结合心脑血管病杂志 2023年第23期21卷 4289-4300页

作者：尤红俊苟棋玲赵倩倩董梦雅陕西省人民医院西安710068 西安国际医学中心医院-康复医院西安710100

目的:利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)联合机器学习法筛选缺血性心肌病(ICM)的生物标记,并进行免疫浸润分析。方法:对来自基因表达综合数据库(GEO)的ICM转录谱进行差异分析。对差异表达基因(DEGs)进行基因本体(GO)富集分析和京都基... 详细信息

目的:利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)联合机器学习法筛选缺血性心肌病(ICM)的生物标记,并进行免疫浸润分析。方法:对来自基因表达综合数据库(GEO)的ICM转录谱进行差异分析。对差异表达基因(DEGs)进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。整合WGCNA和套索回归(LASSO)分析,筛选出ICM的生物标记。绘制受试者工作特征曲线(ROC)评估其诊断效能,并进行免疫浸润分析。结果:ICM左心室组织中有517个DEGs,主要参与细胞外基质构成、含胶原蛋白的细胞外基质等;同时,DEGs参与磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B(PI3K/AKT)信号通路、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、内质网中的蛋白质加工、酪氨酸激酶/信号传导子及转录激活因子(JAK/STAT)信号通路、糖尿病并发症中的晚期糖基化终产物/晚期糖基化终产物受体(AGE/RAGE)信号通路、细胞凋亡、缺氧诱导因子1(HIF-1)信号通路等。鉴定出的生物标记无孢蛋白(ASPN)和高温需求丝氨酸肽酶1(HTRA1)具备良好的诊断效能。T淋巴细胞介导的免疫反应在ICM的发生发展中发挥重要作用,并与ASPN和HTRA1显著相关。结论:ASPN和HTRA1可作为ICM的生物标记,并与T淋巴细胞显著相关,在ICM的发病机制中发挥重要作用。

关键词：缺血性心肌病加权基因共表达网络分析机器学习生物标记免疫浸润

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加权基因共表达网络分析方法挖掘TCGA数据库中与肝癌分期相关的关键基因

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中国医师进修杂志 2019年第11期42卷 974-977页

作者：李树强赵文嫣刘宝林中国医科大学附属盛京医院普通外科沈阳110004

目的原发性肝癌是一类高发病率、高病死率的消化道恶性肿瘤.早期诊断困难,且术后高复发率和高转移率,预后差,因此从基因水平更好地了解肝癌的发生、发展,为以后基因治疗或靶向药物治疗提供理论基础显得尤为重要.方法使用TCGA数据库获取... 详细信息

目的原发性肝癌是一类高发病率、高病死率的消化道恶性肿瘤.早期诊断困难,且术后高复发率和高转移率,预后差,因此从基因水平更好地了解肝癌的发生、发展,为以后基因治疗或靶向药物治疗提供理论基础显得尤为重要.方法使用TCGA数据库获取肝癌基因转录组数据信息及临床表型信息,利用R语言里edgeR软件包将该转录组数据进行标准化,设定log FC绝对值>1,FDR<0.01的基因为表达差异基因,然后使用加权基因共表达网络分析(WGCNA)方法分析肝癌分期与差异表达基因的关系,寻找关键基因.结果得到与肿瘤分期相关的关键基因4个(TPX2、HJURP、KIAA1524、SGO2).通过绘制Kaplan-Meier生存曲线发现,它们的表达水平与患者生存时间显著相关,高水平表达为独立预后不良因素.结论应用WGCNA的方法,对TCGA数据库信息进行挖掘,发现与肿瘤分期相关的关键基因.其中TPX2、HJURP、KIAA1524与肝癌的关系已有文献报道,但SGO2尚未报道,本研究将为肝癌的后续研究提供重要的理论依据.

关键词：肝肿瘤数据库加权基因共表达网络分析数据挖掘

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基于加权基因共表达网络分析挖掘ECMO治疗后心源性休克结局的核心枢纽基因

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临床心血管病杂志 2021年第5期37卷 433-440页

作者：王建茹李彬彭广操于瑞王新陆赵齐飞王永霞朱明军河南中医药大学第一附属医院心内科郑州450000

目的:利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)法挖掘影响体外膜肺氧合(ECMO)治疗后心源性休克结局(outcome)的潜在核心枢纽基因。方法:首先,从GEO数据库下载GSE93101数据,并对数据进行预处理。其次,运用R中的WGCNA软件包来构建共表达网络,... 详细信息

目的:利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)法挖掘影响体外膜肺氧合(ECMO)治疗后心源性休克结局(outcome)的潜在核心枢纽基因。方法:首先,从GEO数据库下载GSE93101数据,并对数据进行预处理。其次,运用R中的WGCNA软件包来构建共表达网络,识别基因共表达模块并与临床性状进行关联,计算基因显著性(GS)和模块身份(MM),确定与outcome这一临床性状相关性最强的关键模块。然后,对关键模块内所有基因进行基因集富集分析(GSEA),同时依据|MM|、|GS|和Cytoscape软件分析出的网络拓扑分析结果筛选关键模块内的枢纽基因。最后,利用limma包对GSE93101数据集中outcome成功和失败两组进行差异基因表达分析,并将筛选出的差异表达基因(DEGs)与枢纽基因取交集,获取核心枢纽基因,并在GSE93101数据集中分别对核心枢纽基因开展单基因GSEA信号通路的富集分析。结果:本研究在GSE93101数据集中发现有26个共表达模块,其中关键模块darkseagreen 4与outcome显著相关。关键模块内所有基因的GSEA显示,这些基因主要与细胞运动、有机酸分解代谢过程等5个生物学功能相关,参与了花生四烯酸代谢等9条信号通路。本研究从关键模块中筛选出4个枢纽基因,从GSE93101数据集中筛选出与失败outcome相关的DEGs128个,其中97个上调,31个下调,进一步将DEGs与枢纽基因取交集后共确定3个核心枢纽基因即表达上调的脂肪酸结合蛋白1(FABP1)、丙氨酸-乙醛酸盐和丝氨酸-丙酮酸转氨酶(AGXT)、间α-胰蛋白酶抑制剂重链H2(ITIH2)。单基因GSEA显示,3个核心枢纽基因高表达组可共同富集到花生四烯酸代谢、PPAR信号通路等29条信号通路。结论:本研究发现核心枢纽基因FABP1、AGXT、ITIH2的高表达可能是预测ECMO治疗CS失败的潜在生物标记物,为临床决策提供一定的参考。

关键词：心源性休克体外膜肺氧合加权基因共表达网络分析生物信息学

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基于单细胞转录物组测序和加权基因共表达网络分析鉴定食蟹猴原始生殖细胞分化过程中的基因功能模块和分子网络

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中国生物化学与分子生物学报 2021年第12期37卷 1621-1637页

作者：慈百全肖瑶谭韬王峰昆明理工大学生命科学与技术学院生物工程技术研究中心昆明650500 非人灵长类生物医学国家重点实验室昆明理工大学灵长类转化医学研究院昆明650500

在哺乳动物中,作为能发育成精子或卵子的始祖细胞,原始生殖细胞(primordial germ cells,PGCs)在生命繁衍、遗传信息传递中发挥着关键作用。然而,目前人们对于灵长类PGCs分化过程中的基因功能模块和分子网络知之甚少。在本研究中,首先诱... 详细信息

在哺乳动物中,作为能发育成精子或卵子的始祖细胞,原始生殖细胞(primordial germ cells,PGCs)在生命繁衍、遗传信息传递中发挥着关键作用。然而,目前人们对于灵长类PGCs分化过程中的基因功能模块和分子网络知之甚少。在本研究中,首先诱导食蟹猴胚胎干细胞向PGCs分化,在该过程的不同阶段(第0 d、第2 d与第4 d)分别进行单细胞转录物组测序(scRNA-seq),并基于加权基因共表达网络分析(WGCNA),鉴定其中的功能模块。结果共获得食蟹猴PGCs分化day 0、day 2、day 4三个时间点各91、55、66个单细胞样本。基于上述共计212个scRNA-seq数据,鉴定获得17个不同的基因功能模块。其中,与PGCs分化day 0显著正相关的模块为MEsalmon,对应的相关系数和显著性水平分别为0.89、2E-72。与day 2和day 4正相关性最高的模块均为MEblue,且随着分化时间的进行其相关系数从0.24(P-value=5E-04)增大到0.66(P-value=4E-28),并显著富集于BMP、Wnt信号通路以及上皮细胞分化、性腺发育等过程,推测该模块参与食蟹猴PGCs分化过程的起始和驱动。同时,对各个时间点的差异基因也进行了分析。最后,结合STRING数据库、Cytoscape和MCODE等工具,构建了食蟹猴PGCs分化过程中的PPI分子网络,鉴定到8个核心子网络及BMP4、WNT3、TFAP2C、SOX17等关键调控因子,并进行了人、食蟹猴和小鼠之间的比较分析。上述结果为深入理解非人灵长类胚胎干细胞早期发育规律,以及PGCs分化过程中的基因表达调控特征,提供了新的研究线索和理论参考。

关键词：食蟹猴灵长类动物模型原始生殖细胞加权基因共表达网络分析基因功能模块

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基于转录组学与加权基因共表达网络分析探讨降脂轻身胶囊介导NF-κB/NLRP3/Caspase-1信号轴改善高脂血症小鼠的作用及机制

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中药新药与临床药理 2024年第12期35卷 1816-1826页

作者：徐学功刘燕苏东东赵梦黑炫鼎翟晨光陈晓阳郑州市中医院河南郑州450046 河南中医药大学河南郑州450007 河南省中医药心血管病重点实验室河南郑州450046 河南省慢性病中医药转化工程技术研究中心河南郑州450046 广州中医药大学-郑州市中医院方证研究联合实验室河南郑州450046 广州中医药大学基础医学院广东广州510006

目的基于转录组学与加权基因共表达网络分析(WGCNA)探讨降脂轻身胶囊介导NF-κB/NLRP3/Caspase-1信号轴改善高脂血症的作用机制。方法将40只C57BL/6小鼠随机分为对照组、模型组、瑞舒伐他汀组(1.3 mg·kg^(-1))及降脂轻身胶囊低、... 详细信息

目的基于转录组学与加权基因共表达网络分析(WGCNA)探讨降脂轻身胶囊介导NF-κB/NLRP3/Caspase-1信号轴改善高脂血症的作用机制。方法将40只C57BL/6小鼠随机分为对照组、模型组、瑞舒伐他汀组(1.3 mg·kg^(-1))及降脂轻身胶囊低、高剂量组(0.6、2.4 g·kg^(-1)),每组8只。除对照组给予普通饲料外,其余各组给予高脂饲料维喂养,以复制高脂血症模型。各给药组小鼠每日按上述剂量灌胃给药,每日1次,连续干预10周。称取小鼠肝脏质量并计算肝脏指数、Lee’s指数、肝脏胫骨比值;采用HE染色、油红O染色法观察肝脏组织病理学变化;ELISA法检测血清生化指标:总胆固醇(TC)、甘油三酯(TG)、低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)、高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)、谷丙转氨酶(ALT)、谷草转氨酶(AST)、白细胞介素(IL)-18、IL-1β;采用博奥晶典小鼠真核转录组芯片V4对肝脏组织进行转录组测序,并进行芯片表达信息与血脂水平性状信息的加权基因共表达网络分析;分析得到降脂轻身胶囊干预高脂血症的核心基因群(潜在作用靶点),并进行蛋白质互作(PPI)网络分析及GO功能、KEGG通路富集分析;采用RT-qPCR法检测肝脏组织NF-κB、NLRP3、Caspase-1、IL-18、IL-1βmRNA表达水平;免疫荧光法检测肝组织中NF-κB、NLRP3、Caspase-1蛋白表达。结果与模型组比较,降脂轻身胶囊能明显降低高脂血症小鼠的体质量、肝湿质量、肝指数、Lee’s指数、肝脏胫骨比值(P<0.05);有效减轻高脂血症小鼠肝组织炎性浸润及脂肪变性,明显减少脂质沉积面积(P<0.05);明显降低血清TG、TC、LDL-C、ALT、AST、IL-18、IL-1β水平(P<0.05);明显下调肝组织中NF-κB、NLRP3、Caspase-1蛋白及mRNA表达(P<0.05),降低肝组织中IL-18、IL-1βmRNA表达水平(P<0.05)。转录组学与加权基因共表达网络分析显示,降脂轻身胶囊对血脂的调控作用与炎症通路密切相关。结论降脂轻身胶囊能够调节NF-κB/NLRP3/Caspase-1信号轴抑制高脂血症小鼠肝组织炎症反应,进而改善高脂血症小鼠的血脂水平。

关键词：降脂轻身胶囊高脂血症转录组学加权基因共表达网络分析 NF-κB/NLRP3/Caspase-1信号轴炎症反应小鼠

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加权基因共表达网络分析筛胃癌相关分子

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中国医药导报 2021年第17期18卷 8-12,24,F0003页

作者：肖又德郑永法戈伟泰康同济(武汉)医院肿瘤科湖北武汉430000 武汉大学人民医院肿瘤科湖北武汉430000

目的运用加权基因共表达网络分析(WGCNA)筛选出与胃癌发生、预后相关的分子,为胃癌的治疗和预后判断提供参考依据。方法从TCGA数据库中下载胃癌患者基因表达谱和临床数据,检索时间为建库至2020年11月14日。采用WGCNA方法对胃癌患者进行... 详细信息

目的运用加权基因共表达网络分析(WGCNA)筛选出与胃癌发生、预后相关的分子,为胃癌的治疗和预后判断提供参考依据。方法从TCGA数据库中下载胃癌患者基因表达谱和临床数据,检索时间为建库至2020年11月14日。采用WGCNA方法对胃癌患者进行基因表达分析;筛选出核心靶基因并分析其功能,利用ONCOMINE和GEO数据库进行验证。结果共纳入359例胃癌患者。BLUE模块与胃癌发生、预后相关,CDC5L为核心靶基因,CDC5L与胃癌发生、预后相关。ONCOMINE数据库验证结果显示,癌组织中CDC5L表达量高于癌旁组织(P<0.01);GEO数据库验证结果显示,低表达CDC5L患者预后更好。结论CDC5L基因与胃癌发生和患者生存相关,可为胃癌发生、转移和治疗的研究提供参考依据。

关键词：胃癌癌症基因组图谱数据库 CDC5L 加权基因共表达网络分析

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加权基因共表达网络分析联合差异表达基因分析法鉴定重度抑郁症关键基因

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内科 2024年第3期19卷 302-307页

作者：佘细虹曾智何月婷广州医科大学附属第四医院广东省广州市511300

目的应用加权基因共表达网络分析(WGCNA)联合差异表达基因(DEG)分析法鉴定重度抑郁症(MDD)的关键基因。方法从基因表达数据库中获取MDD患者和健康志愿者死后脑组织mRNA微阵列数据。应用WGCNA和DEG分析法筛选与MDD最显著相关的模块和D... 详细信息

目的应用加权基因共表达网络分析(WGCNA)联合差异表达基因(DEG)分析法鉴定重度抑郁症(MDD)的关键基因。方法从基因表达数据库中获取MDD患者和健康志愿者死后脑组织mRNA微阵列数据。应用WGCNA和DEG分析法筛选与MDD最显著相关的模块和DEG,对WGCNA模块基因和DEG进行基因本体论富集分析和京都基因与基因组百科全书通路富集分析,取WGCNA模块基因与DEG的交集,绘制受试者工作特征曲线评估交集基因诊断MDD的能力。结果最终获得10个基因(FLJ20021、FLJ30058、NNAT、MRPS12、KCNK4、TROVE2、MESP1、MIF、TMEM93、SYNGR1),均具有良好诊断MDD的潜力。结论 FLJ20021、FLJ30058、NNAT、MRPS12、KCNK4、TROVE2、MESP1、MIF、TMEM93、SYNGR1可作为辅助诊断MDD的生物标志物。

关键词：重度抑郁症加权基因共表达网络分析生物标志物差异表达基因受试者工作特征曲线

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基于非依赖数据采集的呼出气冷凝液蛋白质组加权基因共表达网络分析

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华东理工大学学报（自然科学版） 2022年第5期48卷 649-656页

作者：马琳孙东晓镇华君修光利华东理工大学国家环境保护化工过程环境风险评价与控制重点实验室上海200237 宾夕法尼亚州立大学医学院质谱中心美国PA 17033

呼出气冷凝液(Exhaled Breath Condensate,EBC)是一种呼吸道衬液,其收集过程无创、便捷,常常被作为肺部疾病研究的载体。建立了基于DIA(Data-Independent Acquisition)的EBC蛋白组学方法,共鉴定到2052个蛋白。通过加权基因共表达网络分... 详细信息

呼出气冷凝液(Exhaled Breath Condensate,EBC)是一种呼吸道衬液,其收集过程无创、便捷,常常被作为肺部疾病研究的载体。建立了基于DIA(Data-Independent Acquisition)的EBC蛋白组学方法,共鉴定到2052个蛋白。通过加权基因共表达网络分析(Weighted Gene Co-expression Network Analysis,WGCNA)筛选出61个关键蛋白,分析发现这些关键蛋白活跃参与多个与人类疾病相关的代谢通路。结果表明,基于DIA的EBC蛋白组学方法,结合WGCNA分析,可以有效地挖掘出EBC中与疾病相关的生物标志物,未来可应用于大规模的临床研究。

关键词：呼出气冷凝液非依赖数据采集加权基因共表达网络分析蛋白质组学生物信息学

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雨生红球藻虾青素调控下珍珠龙胆石斑鱼抗氧化能力及相关基因的加权基因共表达网络分析

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海洋渔业 2024年第5期46卷 586-598页

作者：高金伟姜智飞张文慧周文礼卢文玉天津大学化工学院天津300072 天津市水产生态及养殖重点实验室天津农学院水产学院天津300392 天津市农业生态环境监测与农产品质量监测中心天津300193

为研究雨生红球藻(Haematococcus pluvialis)虾青素对珍珠龙胆石斑鱼(Epinephelus lanceolatus♂×***♀)生长及抗氧化能力的影响,制备了虾青素分别为0 mg·kg^(-1)(对照组)、48.56 mg·kg^(-1)(低剂量组)和189.56 mg·... 详细信息

为研究雨生红球藻(Haematococcus pluvialis)虾青素对珍珠龙胆石斑鱼(Epinephelus lanceolatus♂×***♀)生长及抗氧化能力的影响,制备了虾青素分别为0 mg·kg^(-1)(对照组)、48.56 mg·kg^(-1)(低剂量组)和189.56 mg·kg^(-1)(高剂量组)的3种饲料,开展了为期60 d的饲养实验。分析了石斑鱼生长性能和血清抗氧化能力指标,并联合差异表达基因(DEGs)和加权基因共表达网络(WGCNA)分析,鉴定了抗氧化相关的共表达基因模块,根据模块内基因的连接度筛选核心基因。结果显示,低剂量组和高剂量组相比对照组,石斑鱼末体质量(FBW)、增重率(WGR)和特定生长率(SGR)均显著增加(P<0.05),超氧化物歧化酶(SOD)、过氧化氢酶(CAT)和谷胱甘肽过氧化物酶(GSH-PX)活力显著升高(P<0.05),丙二醛(MDA)含量显著降低(P<0.05);低剂量组和高剂量组分别筛选出DEGs 3089个和3012个,DEGs主要富集到Jak-STAT信号通路、趋化因子信号通路和AMPK信号通路。WGCNA分析共构建了17个共表达模块,筛选得到black、turquoise、magenta和lightgreen共4个具有生物学意义且与抗氧化显著相关(相关系数的绝对值>0.60)的特异性共表达模块,GO和KEGG功能富集分析均表明,特异性模块富集到的Jak-STAT信号通路和Autophagy信号通路在珍珠龙胆石斑鱼抗氧化过程中具有重要的作用。选取连通性最高的前20个基因进行核心基因筛选,通过基因功能注释最终筛选到14个核心基因。以核心基因为节点构建的共表达网络中包括zf-C2H2、zf-BED和zf-MIZ等转录因子。结果表明,雨生红球藻虾青素可以提高珍珠龙胆石斑鱼的生长性能和抗氧化能力,筛选得到的核心基因可能在珍珠龙胆石斑鱼的抗氧化调控中发挥重要作用,研究结果可为石斑鱼优质饲料的开发提供参考。

关键词：转录组分析珍珠龙胆石斑鱼抗氧化加权基因共表达网络分析

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