检索结果-内蒙古大学图书馆

中国农业大学学报 2024年第3期29卷 134-142页

作者：徐宇辉马志杰郭卫兴莫延新陈生梅青海大学畜牧兽医科学院/农业农村部青藏高原畜禽遗传育种重点实验室/青海省高原家畜遗传资源保护与创新利用重点实验室西宁810016 青海省畜禽遗传资源保护利用中心西宁810016

为探究牦牛全基因组中重复序列的组成特征,本研究以染色体水平的牦牛全基因组(BosGru3.1)为研究对象,利用生物信息学方法对牦牛基因组中的单纯型SSRs序列进行了检测,并对其分布特征进行综合分析。结果表明:1)在牦牛全基因组(2.83 Gb)中... 详细信息

为探究牦牛全基因组中重复序列的组成特征,本研究以染色体水平的牦牛全基因组(BosGru3.1)为研究对象,利用生物信息学方法对牦牛基因组中的单纯型SSRs序列进行了检测,并对其分布特征进行综合分析。结果表明:1)在牦牛全基因组(2.83 Gb)中,共筛选出778 413个单纯型SSRs,总长度为14.42 Mb,占全基因组序列总长的0.51%,相对频率和相对密度分别为274.92 loci/Mb和5 094.43 bp/Mb。2)牦牛31条染色体中,1号染色体所含的SSRs数量最多(48 592个,6.24%),29号染色体所含的SSRs数量最少(11 758个,1.51%),染色体DNA序列长度与其所含SSRs数量呈显著正相关(P<0.001)。3)6种重复类型的单纯型SSRs在牦牛基因组中分布不均匀,其中单碱基重复类型的SSRs数量最多(320 592个,41.19%),其次是两碱基(197 824个,25.41%)、三碱基(130441个,16.76%)、五碱基(75 056个,9.64%)、四碱基(52 523个,6.75%)和六碱基(1 977个,0.25%)。4)各重复类型分别以A、AC、AT、AGC、AAC、AAAT、AAAC、AACTG、AGATC和AACCCT类别的SSRs分布较多,表现出明显的A(T)碱基组成优势。5)各重复类型的SSRs其重复拷贝数分别集中在12~25次(单碱基)、7~26次(两碱基)、5~13次(三碱基)、4~8次(四碱基)、4~7次(五碱基)和4~6次(六碱基)。综上,本研究揭示了牦牛全基因组中单纯型SSRs的分布特征,表明各重复类型的SSRs其频率、密度、优势碱基类别及重复拷贝数均存在差异,呈现出一定的规律性。本研究为深入了解牦牛基因组中重复序列特别是单纯型SSRs的组成和分布特征提供参考,也为后续发掘牦牛特异性SSRs标记、构建遗传图谱及开展标记与性状间的关联分析等研究奠定基础。

关键词：牦牛基因组单纯型微卫星丰度

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牦牛Y染色体基因组单纯型微卫星丰度分析

引用

中国畜牧杂志 2023年第6期59卷 172-178页

作者：颜芳楠马志杰徐宇辉李瑞哲谢秀梅青海大学畜牧兽医科学院青海西宁810016 青海大学农牧学院青海西宁810016 农业农村部青藏高原畜禽遗传育种重点实验室青海西宁810016 青海省高原家畜遗传资源保护与创新利用重点实验室青海西宁810016 青海省畜禽遗传资源保护利用中心青海西宁810000

微卫星或简单序列重复(SSRs)广泛分布于真核生物基因组中,其在物种基因组结构组成和功能中发挥着重要作用。本研究以2021年报道的牦牛(Bos grunniens)Y染色体基因组序列为研究对象,利用生物信息学方法系统分析了其单纯型微卫星的丰度状... 详细信息

微卫星或简单序列重复(SSRs)广泛分布于真核生物基因组中,其在物种基因组结构组成和功能中发挥着重要作用。本研究以2021年报道的牦牛(Bos grunniens)Y染色体基因组序列为研究对象,利用生物信息学方法系统分析了其单纯型微卫星的丰度状况。结果表明,在牦牛Y染色体基因组(26.36 Mb)中共发现12699个1~6个碱基重复的单纯型SSRs,总长为0.33 Mb,平均长度为25.68 bp,相对频率和相对密度分别为481.77 loci/Mb和12371.73 bp/Mb,提示牦牛Y染色体基因组包含约1.25%的单纯型SSRs。6类单纯型SSRs在牦牛Y染色体上分布不均匀,其中二碱基重复的SSRs最为丰富,总数为5835个(45.95%),平均长度为27.82 bp,而单碱基和三、四、五、六碱基重复的SSRs所占比例分别为29.79%、9.66%、8.81%、5.57%和0.22%。不同类别的单纯型SSRs其不同重复单元的重复次数存在差异,其中以A、AC、AAC等为重复单元的单纯型SSRs在牦牛Y染色体上所含比例相对较高;各重复单元重复次数的范围分别集中在12~20次(单碱基)、7~21次(二碱基)、5~10次(三碱基)、4~8次(四碱基)、4~5次(五碱基)和4~8次(六碱基)。本研究结果为深入了解牦牛Y染色体基因组重复DNA序列组成和特征特别是单纯型SSRs的丰度状况提供了参考,为后续探明牦牛Y染色体基因组结构组成和发掘牦牛Y染色体特异性SSRs标记、构建Y染色体遗传图谱等奠定了基础。

关键词：牦牛 Y染色体基因组单纯型微卫星频率密度

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