检索结果-内蒙古大学图书馆

肿瘤 2022年第6期42卷 445-450页

作者：钟雪敏黄光武广西医科大学第一附属医院耳鼻咽喉头颈外科广西壮族自治区南宁530000

头颈癌(head and neck cancer,HNC)具有较高的瘤内异质性,即转录、遗传和表观遗传学均存在明显差异。研究表明,肿瘤内的异质性对癌症的预后有着十分重要的意义。近10年来,随着单细胞转录组测序技术(single cell RNA-sequencing,scRNA-s... 详细信息

头颈癌(head and neck cancer,HNC)具有较高的瘤内异质性,即转录、遗传和表观遗传学均存在明显差异。研究表明,肿瘤内的异质性对癌症的预后有着十分重要的意义。近10年来,随着单细胞转录组测序技术(single cell RNA-sequencing,scRNA-seq)的飞速发展,为研究肿瘤异质性提供了重要的信息。该技术可从单个细胞层面识别肿瘤微环境(tumor microenvironment,TME)中不同的细胞群,从而获得特定微环境下的细胞序列差异,为研究HNC的发病机制及治疗提供了新的方向。目前,通过scRNA-seq已经对HNC的异质性及免疫细胞与癌细胞之间的关系有了创新性了解。这些研究结果必将引导着临床治疗,促进HNC个性化和精准治疗的发展。因此,本综述旨在介绍scRNA-seq,并讨论该技术在HNC领域中的研究进展。

关键词：头颈肿瘤单细胞转录组测序技术肿瘤微环境

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单细胞转录组测序技术在水产养殖领域的应用

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广东海洋大学学报 2024年第2期44卷 130-138页

作者：张志强简纪常广东海洋大学水产学院/广东省水产动物病害防控及健康养殖重点实验室广东湛江524088

单细胞转录组测序技术可揭示不同组织细胞间和同一组织不同细胞间的异质性,已大量用于模式物种研究,但在水产养殖物种中的应用则处于起步阶段。综述单细胞转录组测序技术在水产养殖物种的人工繁殖、良种选育和病害防控相关研究中的应用... 详细信息

单细胞转录组测序技术可揭示不同组织细胞间和同一组织不同细胞间的异质性,已大量用于模式物种研究,但在水产养殖物种中的应用则处于起步阶段。综述单细胞转录组测序技术在水产养殖物种的人工繁殖、良种选育和病害防控相关研究中的应用,指出其在应用过程中存在样本采集、单细胞分离、数据分析方面的困难,并提出相应的解决举措,展望其在水产养殖领域内应用的发展前景,为促进单细胞转录组测序技术在水产养殖领域的广泛应用提供参考。

关键词：单细胞转录组测序技术水产养殖应用进展

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单细胞转录组测序技术在炎症性肠病中的研究进展

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胃肠病学 2021年第12期26卷 762-766页

作者：姚尧王丹丹耿丽张哲冯百岁刘占举郑州大学第二附属医院消化内科 450014 同济大学附属第十人民医院消化内科

炎症性肠病(IBD)为病因复杂的慢性非特异性肠道炎症,其具体的发病机制仍不完全清楚。随着高通量测序技术的不断更新和发展,其中基于单细胞水平的单细胞转录组测序技术的应用大大推进了对IBD发病机制、治疗等的认识。本文就近年单细胞转... 详细信息

炎症性肠病(IBD)为病因复杂的慢性非特异性肠道炎症,其具体的发病机制仍不完全清楚。随着高通量测序技术的不断更新和发展,其中基于单细胞水平的单细胞转录组测序技术的应用大大推进了对IBD发病机制、治疗等的认识。本文就近年单细胞转录组测序技术在IBD中的研究进展作一综述,以期为IBD发病机制的深入了解以及新药物的开发提供指导。

关键词：炎症性肠病单细胞转录组测序技术肠上皮细胞肠间质细胞单核巨噬细胞淋巴细胞

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单细胞转录组测序技术在细胞分类中的应用

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中国细胞生物学学报 2021年第2期43卷 476-483页

作者：杨佳凤陈鹏璐龚熹南昌大学生命科学学院南昌330031

多细胞有机体的细胞类型多且复杂,细胞间普遍存在异质性。目前,单细胞转录组测序(single-cell RNA sequencing,scRNA-seq)技术是一项新兴的研究单个细胞转录水平的技术,其从数千个平行的细胞中生成转录谱,揭示个体细胞基因组的差异性表... 详细信息

多细胞有机体的细胞类型多且复杂,细胞间普遍存在异质性。目前,单细胞转录组测序(single-cell RNA sequencing,scRNA-seq)技术是一项新兴的研究单个细胞转录水平的技术,其从数千个平行的细胞中生成转录谱,揭示个体细胞基因组的差异性表达,反映细胞间的异质性,从而鉴定出不同细胞类型,形成组织或器官的细胞图谱,在生物和临床医学等领域发挥重要作用。该文在对scRNA-seq测序平台进行阐述和比较的基础上,着重介绍其在神经系统和免疫系统细胞类型探索中的应用,并且总结scRNA-seq与空间转录组技术相结合的研究成果。

关键词：单细胞转录组测序技术细胞类型空间转录组细胞图谱

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单细胞转录组测序技术及其在骨发育中的应用研究进展与展望

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特产研究 2023年

作者：丁宁张然然刘欣邢秀梅中国农业科学院特产研究所特种经济动物分子生物学重点实验室东北林业大学野生动物与自然保护地学院

骨骼是一个复杂的器官，由高度异质的细胞组成，骨的发育过程需要这些异质细胞的共同作用。单细胞转录组测序技术作为新兴的技术，在研究细胞异质性方面具有独特的优势。本文对利用单细胞转录组测序技术鉴定的骨发育相关细胞群进行总结... 详细信息

骨骼是一个复杂的器官，由高度异质的细胞组成，骨的发育过程需要这些异质细胞的共同作用。单细胞转录组测序技术作为新兴的技术，在研究细胞异质性方面具有独特的优势。本文对利用单细胞转录组测序技术鉴定的骨发育相关细胞群进行总结与分析,突出骨骼中的细胞异质性和新的细胞亚群在骨发育中的关键作用，并对骨发育的研究趋势进行了展望，旨在为骨发育的相关研究提供借鉴与参考。

关键词：单细胞转录组测序技术骨发育细胞异质性

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基于单细胞转录组测序技术研究川崎病外周血单个核细胞的特点

基于单细胞转录组测序技术研究川崎病外周血单个核细胞的特点

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作者：周玉菡遵义医科大学

学位级别：硕士

目的:川崎病(kawasaki disease,KD)即皮肤黏膜淋巴结综合征,是以全身弥漫性血管炎为主要病理改变的自身免疫性疾病。对KD的发病机制虽有大量的研究,但目前尚无明确报道。转录组(transcriptome)是连接基因组遗传信息与蛋白组生物功能的... 详细信息

目的:川崎病(kawasaki disease,KD)即皮肤黏膜淋巴结综合征,是以全身弥漫性血管炎为主要病理改变的自身免疫性疾病。对KD的发病机制虽有大量的研究,但目前尚无明确报道。转录组(transcriptome)是连接基因组遗传信息与蛋白组生物功能的必经途径,可以反映特定状态下基因组的表达及调控。本次研究是利用单细胞转录组测序技术(single cell RNA sequencing,sc RNA-seq)对KD患儿外周血单个核细胞(peripheral blood mononuclear cells,PBMC)的m RNA进行测序,之后对测序得到的生物信息进一步分析,用于研究KD的PBMC特点,以探寻川崎病的发病机制。方法:选择符合典型KD诊断的患儿1例,健康儿童1例,取两组样本的外周血后制备PBMC悬液,在sc RNA-seq测序平台对PBMC进行转录组测序,对得到的大量数据进行统计、质控及过滤。对比观察组及对照组两组数据,筛选出KD的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)。在下游的生物信息分析中,通过DEGs注释出生物活性高的细胞集群及KD病理状态下差异表达程度高的基因,进一步对DEGs进行GO和KEGG功能富集分析,可探寻KD的PBMC中最活跃的生物通路以及参与生物通路的基因和基因产物。结果:1.测序得到的基因总数:观察组为22,585个,对照组为20,266个。通过数据过滤及降维分析后我们共得到KD样本中2993个DEGs;2.两组样本的细胞分别分为13个亚群,包括8个淋巴细胞亚群(2个表达CD4+的T淋巴细胞亚群,3个表达CD8+的T淋巴细胞亚群,2个B淋巴细胞亚群,1个NK细胞亚群)及5个树突状细胞亚群;***中幼稚T细胞的细胞数减少,自然杀伤细胞、成熟T细胞、B细胞、树突状细胞等的细胞数增多,特别是效应CD8+T细胞和不同基因表达模式的树突状细胞;***功能分析KD细胞的三大类功能信息。(1)分子功能:抗原、RAGE及其他肽类物质与受体结合;(2)细胞组分:细胞质囊泡、细胞质膜外侧及MHCⅡ类蛋白复合物;(3)生物过程:白细胞激活、免疫反应及免疫过程的调节。***中DEGs主要富集在造血细胞系通路。这些DEGs分布在T、B淋巴细胞、单核细胞、中性粒细胞及红细胞、血小板的不同分化阶段。且KD与部分自身免疫性疾病及在MHCⅡ类分子通路上表达相同。结论:1.本研究将淋巴细胞和树突状细胞通过差异表达基因分出更详细的亚群,展现了免疫细胞不同的分化和成熟阶段;***中树突状细胞明显增多,且亚群分类较丰富,支持了树突状细胞在KD中参与及调节免疫机制中的重要作用;***-DR参与了淋巴细胞、单核细胞、中性粒细胞甚至是红细胞和血小板的生成和分化过程;***与部分自身免疫性疾病均是通过MHCⅡ类分子调节免疫反应;***的易感性可能与HLA基因上DM、DO、DP、DQ、DR位点相关。

关键词：单细胞转录组测序技术转录组学川崎病外周血单个核细胞发病机制

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基于CRISPR的单细胞转录组测序技术研究进展

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生命的化学 2022年第1期42卷 1-11页

作者：郭俊璠黄行许乔云波上海科技大学生命科学与技术学院上海201210 广州大学生命科学学院广州510006

基于CRISPR的单细胞转录组测序技术是将单细胞转录组测序技术与CRISPR集中筛选技术结合,用于研究传统技术无法完成的细胞异质性、细胞谱系追踪、细胞互作及空间位置、药物作用靶点预测和鉴定等。本文简单比较了六种最常用的单细胞转录... 详细信息

基于CRISPR的单细胞转录组测序技术是将单细胞转录组测序技术与CRISPR集中筛选技术结合,用于研究传统技术无法完成的细胞异质性、细胞谱系追踪、细胞互作及空间位置、药物作用靶点预测和鉴定等。本文简单比较了六种最常用的单细胞转录组测序技术,重点介绍了五种基于CRISPR的单细胞转录组测序技术及应用研究,并对其推广应用所面临的挑战作出了分析,旨在为单细胞转录组测序技术的应用及创新提供参考。

关键词：单细胞转录组测序技术 Perturb-Seq CRISP-Seq CROP-Seq Mosaic-Seq Direct capture Perturb-Seq

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单细胞空间转录组测序技术的建立

单细胞空间转录组测序技术的建立

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作者：肖镜舒中国科学院大学

学位级别：硕士

单细胞转录组测序技术(Single-cell RNA-seq)是一种可以获得单个细胞转录组数据的测序技术，相比传统的转录组测序技术得到多个细胞基因表达值的平均值，单细胞转录组测序技术能得到单个细胞的转录表达数据;细胞所处的空间位置通常与之... 详细信息

单细胞转录组测序技术(Single-cell RNA-seq)是一种可以获得单个细胞转录组数据的测序技术，相比传统的转录组测序技术得到多个细胞基因表达值的平均值，单细胞转录组测序技术能得到单个细胞的转录表达数据;细胞所处的空间位置通常与之命运和功能息息相关，因此如果能同时知道感兴趣的单细胞的空间位置信息和转录表达数据，对一些异质性很高的组织相关的科学问题的研究会很有帮助。　　本文旨在开发出一种结合冰冻切片、激光显微切割、条形码(Barcode)技术获得单细胞转录组数据的高通量单细胞转录组测序技术，在不失去细胞位置信息的情况下获得单个细胞的转录组表达数据。　　首先，我们对这种新型的单细胞空间转录组测序技术做了一系列实验细节的摸索:(1)考虑到激光显微切割技术会对细胞质的量造成损失，我们对单个细胞核运用了单细胞转录组测序技术，显示可以在单个细胞核中建库成功;(2)考虑到激光显微切割过程中细胞中的RNA可能降解，我们尝试了用丙酮、36％甲醛、4％多聚甲醛和梯度酒精脱水的方法进行固定尝试，最终确定了采用梯度酒精脱水的方法对冰冻切片样品进行轻微固定。　　在完成了前期技术细节摸索后，我们选取E12.5时期的胎鼠肺分支一段上皮细胞作为数据产出对象，一共获得了能精确定位的128个细胞及其单细胞转录组数据，通过质控得到了119个细胞的单细胞空间转录组数据，并对该单细胞空间转录组数据进行了初步的转录组质量评估，发现:(1)我们的新方法能获得较准确的单细胞转录组数据，建库过程中与位置信息相关的基因表达不会在建库过程被消除;(2)用我们的新方法获取单细胞空间转录组数据在建库过程中不会损失单细胞的细胞亚群结构特征。　　虽然与口吸管挑取的单细胞测序的质量相比存在一些差距，但用我们的新方法能得到准确的单个细胞的位置信息和表达图谱，相比其他空间转录组测序技术能获取生物学意义上的单个细胞且能精确定位，平均获取的单细胞基因表达数也比较可观。我们的新方法对异质性较高的组织，尤其是发育中的器官和癌组织的研究有重要意义。

关键词：单细胞转录组测序技术冰冻切片激光显微切割条形码细胞空间位置

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单细胞转录组学测序技术的发展和挑战

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生命科学仪器 2023年第3期21卷 19-22页

作者：潘雅婷朱强远浙江大学分析仪器研究中心浙江大学控制科学与工程学院工业控制技术全国重点实验室浙江杭州310027

单细胞转录组测序技术为表征细胞异质性,解析复杂的生物系统提供了强大的工具;生物医学研究的进一步发展不断地向该技术提出新的需求。经过过去十年的飞速发展,该技术的灵敏度在逐渐提高,并且通量发生了巨大的飞跃,也实现了全转录组和... 详细信息

单细胞转录组测序技术为表征细胞异质性,解析复杂的生物系统提供了强大的工具;生物医学研究的进一步发展不断地向该技术提出新的需求。经过过去十年的飞速发展,该技术的灵敏度在逐渐提高,并且通量发生了巨大的飞跃,也实现了全转录组和全长转录本测序。本文主要介绍单细胞测序技术的发展,在灵敏度提升,通量提高和实现全转录组测序和全长转录本测序上面临的技术挑战。我们也提出未来需要开发更优的单细胞转录组测序技术,开发自动化单细胞测序仪器,并需要将该技术与空间组学和多组学测序技术更好的结合。

关键词：单细胞转录组测序技术灵敏度通量全转录组测序全长转录本测序

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基于10×Genomics技术对蓖麻毒素中毒后中性粒细胞的转录组分析

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免疫学杂志 2021年第4期37卷 300-307页

作者：申梦杨晓岚赵玲娜姜永强谷宏婧王慧军事科学院军事医学研究院微生物流行病研究所病原微生物国家重点实验室北京100071

目的探究中性粒细胞在蓖麻毒素(Ricin Toxin,RT)致毒过程中的作用,寻找解毒的有效策略。方法采用10×Genomics单细胞转录组测序技术对中毒小鼠外周血单个核细胞(PBMCs)进行转录组测序及分析,并通过流式细胞术测定目的细胞亚群。结... 详细信息

目的探究中性粒细胞在蓖麻毒素(Ricin Toxin,RT)致毒过程中的作用,寻找解毒的有效策略。方法采用10×Genomics单细胞转录组测序技术对中毒小鼠外周血单个核细胞(PBMCs)进行转录组测序及分析,并通过流式细胞术测定目的细胞亚群。结果经降维聚类、差异基因、拟时序分析结果显示CD177^(-)CD121b^(+)CCRL2^(+)中性粒细胞亚群为RT致毒过程关键亚群,随后通过流式细胞术测定显示该亚群在中毒后6小时在中性粒细胞中的比例显著升高。同时利用CCRL2抗体治疗中毒小鼠其保护率达60%。结论本研究首次发现在RT中毒后中性粒CD177^(-)CD121b^(+)CCRL2^(+)细胞亚群呈现显著升高,同时CCRL2抗体能够有效保护RT中毒小鼠,为RT致毒机制研究提供新的思路,为其治疗提供新的策略。

关键词： Ricin Toxin 中性粒细胞单细胞转录组测序技术 CCRL2

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