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文献类型

2 篇 学位论文

馆藏范围

2 篇 电子文献
0 种 纸本馆藏

日期分布

学科分类号

2 篇 农学
- 2 篇 兽医学

主题

2 篇 双重taqman实时荧...
1 篇 感染率
1 篇 ttsuv
1 篇 ttv1
1 篇 猪群感染率
1 篇 taqman实时荧光定...
1 篇 猪群
1 篇 基因序列分析
1 篇 ttv2

机构

1 篇 江西农业大学
1 篇 南昌大学

作者

1 篇 徐茜
1 篇 周延

语言

2 篇 中文

检索条件"主题词=双重Taqman实时荧光定量PCR方法"

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详细简洁

排序：

江西省猪TTSuV感染率调查与TTSuV基因的克隆及序列分析

江西省猪TTSuV感染率调查与TTSuV基因的克隆及序列分析

引用

作者：徐茜江西农业大学

学位级别：硕士

本实验通过对江西地区猪TTSuV的感染率调查与TTSuV基因的克隆及序列分析，旨在了解江西地区猪群早期与近期TTSuV的感染情况，为今后开展猪TTSuV的流行病学、病毒的生物学特性、深入研究其基因功能奠定基础。1.猪TTSuV感染率的调查：实... 详细信息

本实验通过对江西地区猪TTSuV的感染率调查与TTSuV基因的克隆及序列分析，旨在了解江西地区猪群早期与近期TTSuV的感染情况，为今后开展猪TTSuV的流行病学、病毒的生物学特性、深入研究其基因功能奠定基础。 1.猪TTSuV感染率的调查：实验运用已建立的能够高通量同时检测TTSuV1和TTSuV2的双重taqman实时荧光定量pcr对2001～2004年与2011～2012年共1168个临床猪血清样品进行TTSuV1和TTSuV2检测，结果显示：TTSuV1的总感染率为72.9%（852/1168）、 TTSuV2的总感染率为69.8%（619/1168）、总混合感染率为53.0%（815/1168）。总体上看两种基因型的感染率相差不大。其中2001年2004年的470个样品， TTSuV1的总感染率为73.2%（344/470）、 TTSuV2的总感染率为71.1%（334/470）、共感染率为53.8%（253/470）。2011年2012年的698个样品，TTSuV1的总感染率为72.3%（508/698）、TTSuV2的总感染率为68.9%（481/698）、共感染率为53.9%（376/698）。表明：TTSuV江西猪场中有较高的感染率，TTSuV1与TTSuV2感染率相差不大，且两种基因亚型的共感染率较高。 ***的克隆及同源性分析：根据GenBank上登陆的猪TTSuV1病毒（登录号：AB076001）与猪TTSuV2病毒（登录号：AY823991）各设计合成引物1对，扩增目的片段TTSuV1-D长度1000bp，TTSuV2-S长度920bp。以双重荧光定量pcr检测为强阳性猪血清核酸为模板进行pcr扩增，通过TA克隆构建到pMD18-T载体上，并转化大肠杆菌*** DH5α，经质粒双酶切验证以及测序验证，结果表明成功将TTSuV1及TTSuV2基因构建到克隆载体上。通过与GenBank已有序列进行同源性比较得出：分离株TTSuV1型基因与江西参考株（登陆号：JX173481）的同源性最高，为95.5%，分离株TTSuV2型基因与四川参考株（登录号：HQ204188）的同源性最高，为71.4%。TTSuV2型病毒的变异性比TTSuV1型要强。

关键词： TTSuV 猪群感染率双重taqman实时荧光定量pcr方法基因序列分析

来源：评论

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猪TTV实时荧光定量pcr检测方法的建立以及猪群中TTV感染情况的调查

猪TTV实时荧光定量PCR检测方法的建立以及猪群中TTV感染情况的调查

引用

作者：周延南昌大学

学位级别：硕士

TTV是一种无包膜的单股负链环状的DNA病毒,最初是1997年由日本科学家从一个输血后肝炎患者的血清中分离出,经与基因库中已知的DNA序列进行对比,证明该片段是一种全新的基因,该基因代表的病毒被认为是一种有可能引起输血后非甲-非庚型肝... 详细信息

TTV是一种无包膜的单股负链环状的DNA病毒,最初是1997年由日本科学家从一个输血后肝炎患者的血清中分离出,经与基因库中已知的DNA序列进行对比,证明该片段是一种全新的基因,该基因代表的病毒被认为是一种有可能引起输血后非甲-非庚型肝炎的新的DNA病毒,并把该病毒以患者名字命名为Torque teno virus (TTV)-因为是环状病毒,最初被归为圆环病毒科,其中包括圆环病毒属和圆圈病毒属。2008年又重新被归为细环病毒科。TTV广泛地分布于全世界,在很多家养动物如猪,牛、羊、猫和狗等中都呈现很高的感染率。其中关于猪的研究报道最多,且感染率最高,在猪群中检测到的TTV分为两种基因型-TTV1和TTV2。分别针对TTV1和TTV2的最保守的非编码区(UTR)设计特异性引物和taqman探针,建立了用于检测TTV1和TTV2的taqman实时荧光定量pcr方法。用巢式pcr方法分别扩增TTV1和TTV2中包含荧光定量pcr扩增区域的序列、回收纯化pcr产物并与pMD18-T载体连接,克隆阳性标准品,用阳性标准品为模板来优化taqman实时荧光定量pcr反应条件,并绘制标准曲线。建立的TTV1taqman实时荧光定量pcr方法检测下限为9.6copies/μL,当TTV1标准品含量在9.2x107copies/μL-9.2x102copies/μL范围内,荧光定量pcr的标准曲线图显示Ct值与TTV1标准品拷贝数的对数值之间具有良好的线性关系,相关系数(R2)为1.000,slope=-3.398,扩增效率为96.5%；与猪伪狂犬病毒(PRV)、猪细小病毒(PPV)、猪圆环病毒2型(PCV2)以及TTV2等常见的猪DNA病毒没有交叉反应,具有高度的特异性。批内变异系数小于1%、批间变异系数小于3%,有较好的重复性。建立好的TTV2taqman实时荧光定量pcr方法检测下限为56copies/μL,当TTV2标准品含量在在5.6×106copies/μL-5.6×101copies/μL范围内,荧光定量pcr的标准曲线图显示Ct值与TTV2标准品拷贝数的对数值之间具有良好的线性关系,相关系数(R2)为0.998,slope=-3.440,扩增效率为95.3%；与猪伪狂犬病毒(PRV)、猪细小病毒(PPV)、猪圆环病毒2型(PCV2)以及TTV1等常见的猪DNA病毒没有交叉反应,具有高度的特异性。批内变异系数小于1%、批间变异系数小于3%,有较好的重复性。运用建立的TTV1和TTV2taqman实时荧光定量pcr方法对220个临床的猪血清样本进行TTV1和TTV2的检测。结果显示两种基因型的感染率相差不大,分别是83.6%(184/220)和84.5%(187/220),共感染率为71.8%(158/220)。本课题还建立了能够高通量的同时能检测TTV1和TTV2的双重taqman实时荧光定量pcr方法。该方法对TTV1和TTV2的检测下限分别为9.6copies/μL和56copies/μL,TTVl的标准曲线的扩增效率为97.8%,斜率为-3.377,相关系数(R2)为1.000。TTV2的标准曲线的扩增效率为96.2%,斜率为-3.416,相关系数(R2)为0.998。与猪伪狂犬病毒(PRV)、猪细小病毒(PPV)、猪圆环病毒2型(PCV2)等常见的猪DNA病毒没有交叉反应,具有高度的特异性。TTV1和TTV2批内变异系数小于1%、批间变异系数小于3%,有较好的重复性。运用建立的TTV双重taqman实时荧光定量pcr方法对220个临床的猪血清样本进行TTV1和TTV2的检测,结果显示两种基因型的感染率相差不大,分别是82.72%(182/220)和83.18%(183/220),总的感染率为68%(150/220)。此外,为了与比较本课题建立的方法进行比较,选取了目前常用于猪TTV检测的另外两种分子生物学的方法对同样的220个猪血清样本进行检测。结果显示本课题建立的两种taqman实时荧光定量pcr方法要明显优于用于TTV检测的另外两种分子生物学的方法。本课题建立taqman实时荧光定量pcr方法具有灵敏、特异、高效等优点,能大规模地检测猪群中的TTV病毒并能评估病毒含量。

关键词： TTV1 TTV2 猪群感染率 taqman实时荧光定量pcr方法双重taqman实时荧光定量pcr方法

来源：评论

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