检索结果-内蒙古大学图书馆

广西植物 2025年第4期45卷 716-729页

作者：行冰楠梁莹莹吴文如陆亚茹邹何元彭晓祺广州中医药大学中药学院广州510006

为探究广藿香(Pogostemon cablin)叶绿体基因组的结构特征,比较不同来源广藿香叶绿体基因组的差异,该研究利用DNBSeq测序平台对广藿香全基因组进行测序,使用GetOrganelle组装完整的广藿香叶绿体基因组,通过CPGAVAS2网站对该叶绿体基因... 详细信息

为探究广藿香(Pogostemon cablin)叶绿体基因组的结构特征,比较不同来源广藿香叶绿体基因组的差异,该研究利用DNBSeq测序平台对广藿香全基因组进行测序,使用GetOrganelle组装完整的广藿香叶绿体基因组,通过CPGAVAS2网站对该叶绿体基因组进行注释,对不同来源的广藿香叶绿体基因组进行基本结构特征分析、IR/SC的边界比较、基因组比较及共线性分析、简单重复序列及散在重复序列、多样性分析和同义密码子相对使用度分析。结果表明:(1)20个不同来源广藿香叶绿体基因组全长为152461~152510 bp,注释得到132个基因,其中包含87个CDS、37个tRNA基因和8个rRNA基因。(2)mVISTA比对发现atp F、atp F-atp H、rps 16-trn Q-UUG、rpo B-trn C-GCA、acc D、psa I-ycf 4、pet A-psb J、rpl 16、rps 15-ycf 1为高变区。(3)核酸多样性大于0.002的位点位于trn M-CAU-atp B间隔区、ycf 4、rpl 32、rpl 32-trn L-UAC间隔区。(4)检测到共有64种密码子编码20个氨基酸,偏好性较强的密码子有33个,其中以A/U结尾的密码子占大多数。(5)检测出74~76个SSR、15~18个回文重复序列及12~17个正向重复序列。(6)遗传距离分析与系统发育分析发现,仅GSY_MLXY与其他栽培类型的亲缘关系较远。该研究获得了20个不同来源广藿香叶绿体基因组结构信息以及差异位点,为分子标记的开发及优良种质筛选提供了基础资料。

关键词：广藿香叶绿体基因组重复序列多样性同义密码子相对使用度

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P53基因三周期性与密码子偏好性的相关性

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物理学报 2014年第4期63卷 376-384页

作者：王其强谈承杰朱平江南大学理学院无锡214122

为了进一步研究分析P53抑癌基因的性质,对P53基因的蛋白质编码区以及对应的mRNA的三周期性进行比较分析.通过同义密码子相对使用度和拟同义密码子相对使用度方法对其分别进行计算,分析了蛋白质编码区密码子的偏好性以及mRNA密码子的偏好... 详细信息

为了进一步研究分析P53抑癌基因的性质,对P53基因的蛋白质编码区以及对应的mRNA的三周期性进行比较分析.通过同义密码子相对使用度和拟同义密码子相对使用度方法对其分别进行计算,分析了蛋白质编码区密码子的偏好性以及mRNA密码子的偏好性.结果表明:P53蛋白质编码区具有很强的三周期性,而对应的mRNA不具有三周期性;P53蛋白质编码区的密码子偏好G或C结尾的密码子程度强于对应的mRNA.说明P53基因密码子的偏好性与三周期性紧密相关,密码子的偏好程度影响着三周期性.进一步从生物角度诠释了P53蛋白质编码区和对应mRNA三周期性的异同.结合P53基因这一特性,有助于提高其基因识别的正确率,对P53基因的深入研究具有重要的意义.

关键词：三周期性偏好性 P53基因同义密码子相对使用度

来源：评论

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人类p53肿瘤蛋白的偏好性分析及其应用

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计算机应用研究 2011年第8期28卷 2987-2990页

作者：孔娟娟朱平江南大学理学院江苏无锡214122

为了深入研究人类p53肿瘤蛋白,对七条最新的人类p53肿瘤蛋白的mRNA序列的偏好性及其同源性进行了分析。利用MEGA4.0(molecular evolutionary genetics analysis)软件的Distance功能得到七条基因的mR-NA序列及其相应的蛋白质序列的同源性... 详细信息

为了深入研究人类p53肿瘤蛋白,对七条最新的人类p53肿瘤蛋白的mRNA序列的偏好性及其同源性进行了分析。利用MEGA4.0(molecular evolutionary genetics analysis)软件的Distance功能得到七条基因的mR-NA序列及其相应的蛋白质序列的同源性,并通过比较它们的RSCU和QRSCU值,对p53基因发生突变时偏好使用同义密码子的情况进行了分析。研究结果表明,基于拟氨基酸编码方法能更明显地展示出它们对同义密码子的一致偏好性,并且p53基因发生突变时偏好使用以c/g结尾的密码子,研究结果对其癌变基因和肿瘤基因的研究有一定的意义。

关键词： p53肿瘤蛋白 mRNA序列偏好性同源性同义密码子同义密码子相对使用度 QRSCU

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水稻抗白葉枯病基因之密碼子使用偏性

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台湾农业研究 2009年第3期58卷 155-168页

作者：魏夢麗鍾依涵呂椿棠呂秀英

密码子使用偏性分析对水稻白叶枯病抗病基因(Xa)之抗性分子机制之了解相当重要，因此本研究自NCBI (National Center for Biotechnology Information)公共资料库下载已完全定序的Xa基因（Xa1，xa5，xa13，Xa13，Xa21，Xa26及Xa27）及... 详细信息

密码子使用偏性分析对水稻白叶枯病抗病基因(Xa)之抗性分子机制之了解相当重要，因此本研究自NCBI (National Center for Biotechnology Information)公共资料库下载已完全定序的Xa基因（Xa1，xa5，xa13，Xa13，Xa21，Xa26及Xa27）及其家族之17个编码区序列(coding domain sequence, CDS)进行密码子使用偏性分析。首先进行各Xa基因之同义密码子相对使用度(relative synonymous codon usage, RSCU)的集群分析和对应分析，可将Xa基因之CDS明显区分成4群。进而再分别计算各群基因之同义密码子相对使用频率(relative frequency of synonymous codon, RFSC)以筛选出高频密码子，结果发现蛋白质序列具有多白胺酸重复(leucine-rich repeat, LRR)区域结构且CDS长度大於1000 bp的Xa1、Xa21及Xa26，其大多数胺基酸并无密码子使用偏好性，仅少数胺基酸偏好以A或U结尾的同义密码子；而不具LRR区域蛋白质结构且CDS 长度较短的xa5、xa13、Xa13及Xa27，则几乎所有胺基酸都偏好以C或G结尾的同义密码子。Xa1、Xa21、Xa26及Xa27的表现蛋白质皆含丰富之白胺酸(leucine, Leu)，但Xa1、Xa21及Xa26的Leu并无偏好任何密码子，亦即其表现蛋白质的Leu可选择任意同义密码子转译，而Xa27的Leu则高度偏好使用CUC。由此显见，同样对白叶枯病菌产生抗性的不同Xa基因间，呈现出密码子使用偏性的多样性。

关键词： Xa基因同義密碼子相對使用度同義密碼子相對使用頻率集群分析對應分析

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弓形虫硫氧还蛋白密码子偏好性分析

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现代畜牧兽医 2024年第12期 1-7页

作者：卢頔郑若函陈慧钦高鑫丽于春琳程子文杨宝玲王大为锦州医科大学畜牧兽医学院辽宁锦州121000 锦州医科大学基础医学院辽宁锦州121000

试验旨在分析并比较弓形虫(Toxoplasma gondii)与部分顶复门原虫、模式生物的硫氧还蛋白(thioredoxin,Trx)密码子的使用偏好性。试验获取弓形虫、疟原虫、新孢子虫、球虫、小鼠、大鼠、斑马鱼、果蝇、人等的Trx碱基序列,利用CodonW软件... 详细信息

试验旨在分析并比较弓形虫(Toxoplasma gondii)与部分顶复门原虫、模式生物的硫氧还蛋白(thioredoxin,Trx)密码子的使用偏好性。试验获取弓形虫、疟原虫、新孢子虫、球虫、小鼠、大鼠、斑马鱼、果蝇、人等的Trx碱基序列,利用CodonW软件、Hemi软件以及MEGA软件对Trx密码子的碱基组成、偏好性指标、同义密码子相对使用度(RSCU)、影响因素以及系统发育进化树等进行比较分析。结果显示:弓形虫Trx密码子碱基组成中G3、C3、GC3含量偏高,分别为46.03%、53.7%和77.18%;而GC1和GC2含量处于平均水平;密码子适应指数(CAI)、密码子偏好指数(CBI)、最佳密码子频率(FOP)、有效密码子数(ENC)、RSCU均处于较高水平,证明弓形虫Trx密码子在使用过程中产生了明显偏好;相关性分析结果显示,自然选择是产生密码子偏好性使用的主要原因。研究表明,在自然选择的进化过程中,密码子碱基组成、CAI、CBI、ENC、RSCU等因素是导致弓形虫Trx密码子产生偏好性的主要原因。

关键词：弓形虫硫氧还蛋白密码子使用偏好性同义密码子相对使用度有效密码子数

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银耳密码子偏好性分析

银耳密码子偏好性分析

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2010年中国菌物学会学术年会

作者：黄晓星谢宝贵福建农林大学菌物研究中心

本研究采用RNAiso Reagent试剂盒提取银耳Tremella fuciformis芽孢总RNA,Oligotex mRNAPurification Kit精制总RNA得到mRNA,利用cDNA Synthesis Kit将mRNA反转录合成双链cDNA,将经过CHROMA SPIN+TE-1000去短片段的cDNA与载体pBluescriptⅡSK(+)连接,通过电转化(1.5KV,200Ω,25μF)导入宿主细胞大肠杆菌DH10B中,构建了库容约为7.5×10～6cfu的银耳芽孢cDNA文库。随机抽取部分阳性克隆进行测序,共获得80条银耳芽孢蛋白编码序列(coding DNA sequence,CDS),CDS的G+C含量为59.02%,其中密码子第三位碱基的G+C含量高达69.72%,说明银耳蛋白编码基因偏爱以G或C结尾的密码子。通过两种密码子在线分析软件CodonW和CUSP对80条CDS进行分析,统计了银耳密码子的同义密码子相对使用度(relative synonymous codon usage,RSCU)和同义密码子相对使用频率(relative frequency of synonymous codon,RFSC),确定了银耳蛋白编码基因的17个高频密码子,为外源基因在银耳细胞中高效表达提供密码子优化的理论依据。比较银耳与人Homo sapiens、果蝇Drosophilamelanogaster、小鼠Mus musculus、水稻Oryza sativa、拟南芥Arabidopsis thaliana、大肠杆菌Escherichia coli、酿酒酵母Saccharomyces cerevisiae等7种模式生物以及两种食用真菌香菇Lentinula edodes、平菇Pleurotusostreatus的密码子使用频率(1/1000)和CDS G+C含量。结果表明,银耳与其他生物的密码子使用偏好性存在不同程度的差异。

关键词：银耳 cDNA文库同义密码子相对使用度同义密码子相对使用频率高频密码子

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银耳cDNA文库构建与密码子偏好性分析

银耳cDNA文库构建与密码子偏好性分析

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中国菌物学会第五届会员代表大会暨2011年学术年会

作者：黄晓星邓优锦江玉姬谢宝贵福建农林大学菌物研究中心

以银耳Tr21菌株的芽孢为材料,利用RNAiso Reagent试剂盒地提取银耳芽孢总RNA,Oligotex mRNA PurificationKit精制得到mRNA,用cDNA Synthesis Kit将mRNA反转录合成双链cDNA。通过CHROMA SPIN+TE-1000去短片段的cDNA与载体pBluescriptⅡSK(+)连接,电转化(1.5KV,200Ω,25μF)导入宿主细胞大肠杆菌DH10B中,构建了银耳芽孢cDNA文库。利用T7和T3两个引物对随机挑取的16个单菌落进行PCR扩增。结果表明:银耳芽孢cDNA文库的重组率为100%,平均插入片段约为1300bp,文库的库容约为7.5×10 cfu,达到建库要求。通过密码子在线分析软件CodonW和CUSP对经过测序获得的80条蛋白编码序列(Coding DNA Sequence,CDS)进行分析,统计了银耳密码子同义密码子相对使用度(Relative Synonymous Codon Usage,RSCU)和同义密码子相对使用频率(Relative Frequency of Synonymous Codon,RFSC),确定了银耳蛋白编码基因的18个高频密码子。分析结果还显示,银耳基因的G+C含量为59.02%,其中密码子第三位碱基的G+C含量高达69.72%,说明银耳基因偏爱以G或C结尾的密码子。

关键词：银耳 cDNA文库同义密码子相对使用度同义密码子相对使用频率

来源：评论

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