检索结果-内蒙古大学图书馆

药物分析杂志 2023年第12期43卷 1995-2003页

作者：于雷王光裕凡文超史新昌周勇中国食品药品检定研究院北京100050

目的:探索采用多重数字PCR(dPCR)技术评价重组腺相关病毒(recombinant adeno-associated virus, rAAV)基因组完整性的可行性。方法:采用芯片式dPCR系统,针对rAAV基因组的末端反向重复序列(ITR)区和目的基因(或3’非翻译区)建立双重PCR法... 详细信息

目的:探索采用多重数字PCR(dPCR)技术评价重组腺相关病毒(recombinant adeno-associated virus, rAAV)基因组完整性的可行性。方法:采用芯片式dPCR系统,针对rAAV基因组的末端反向重复序列(ITR)区和目的基因(或3’非翻译区)建立双重PCR法,通过适量稀释使模板DNA在PCR芯片中呈理论单拷贝分布(阳性孔低于20%),单阳性孔代表非完整片段,双阳性孔代表2组引物对之间的序列完整,通过测试单、双阳性孔的比例,评价rAAV基因组的完整性;尝试采用不同样品前处理方式(病毒基因组DNA、病毒颗粒、DNaseⅠ处理),并比较测试结果。结果:双重PCR测得拷贝数与单重PCR基本一致,无明显干扰;在一定范围内,样本的实测拷贝数与模板量呈线性相关,但单阳、双阳比例基本一致;提取的病毒基因组DNA实测拷贝数减少,但双阳率高于未处理病毒样本,DNaseⅠ处理后的病毒样本实测拷贝数明显减少,单阳、双阳比例与未处理病毒样本基本一致。结论:多重dPCR技术可用于评价rAAV产品基因组完整性,具有良好的应用前景。

关键词：多重数字PCR 重组腺相关病毒基因组完整性末端反向重复序列目的基因

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小鼠诱导多能干细胞全基因组拷贝数变异分析揭示了多能性因子对基因组完整性的剂量效应

小鼠诱导多能干细胞全基因组拷贝数变异分析揭示了多能性因子对基...

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遗传学与表观遗传学前沿暨第三届中国青年遗传学家论坛

作者：陈玉琳郭琳陈捷凯赵相洁周玮晨张成王久存金力裴端卿张锋复旦大学基因工程国家重点实验室和现代人类学教育部重点实验室中国科学院广州生物医药与健康研究院中国南方干细胞生物学和再生医学研究所再生生物学重点实验室和广东省干细胞和再生医学重点实验室复旦大学生命科学学院遗传与发育协同创新中心

诱导多能干细胞(iPS),源自体细胞的重编程,在临床医学上有巨大的潜在应用价值。然而值得注意的是最新研究表明体细胞重编程形成诱导iPS的过程中会诱导基因组拷贝数变异(CNV)形成。而CNV是人类疾病非常重要的一个致病因素。目前还不清楚... 详细信息

诱导多能干细胞(iPS),源自体细胞的重编程,在临床医学上有巨大的潜在应用价值。然而值得注意的是最新研究表明体细胞重编程形成诱导iPS的过程中会诱导基因组拷贝数变异(CNV)形成。而CNV是人类疾病非常重要的一个致病因素。目前还不清楚基因组的不稳定是否与重编程方法和/或者供体细胞的遗传背景相关。另外,全基因CNV分析在技术上存在缺陷,所得CNV数据需要谨慎分析。为了研究体细胞重编程过程中可能的CNV不稳定,我们对来自同一供体细胞41例小鼠iPSCs进行全基因组分析。同一供体细胞的应用可以排除供体细胞遗传背景对iPS细胞基因组完整性的影响。不同组合和不同剂量的重编程因子的使用被用于研究诱导方法对iPS基因组完整性的影响。应用高分辨率的比较基因组杂交技术在41例iPSCs中共检测到63个CNVs。有趣的是,研究发现CNV数目与经典重编程因子的剂量呈负相关。而且,相比于经典重编程因子,使用高效工程因子诱导的iPS检测到更少的CNVs。我们研究认为重编程过程中,充分的重编程动力可以保护iPS细胞基因组的完整性。

关键词： CNV 基因组完整性诱导多能干细胞重编程因子重编程动力学

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DNA连接酶Ⅲ在线粒体基因组完整性保持中的作用

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生物化学与生物物理进展 2012年第1期39卷 31-34页

作者：郭晓强沈永青郭振清常彦忠段相林河北师范大学生命科学学院铁代谢分子生物学研究室石家庄050016 解放军白求恩军医学院生化教研室石家庄050081 河北科技师范学院生命科学系秦皇岛066600

真核DNA连接酶(DNA ligase)通过催化ATP依赖的双链DNA切口连接而在DNA复制、重组和修复过程中发挥了重要作用.DNA连接酶Ⅲ(Lig3)是一种独特性的连接酶,既可定位于细胞核,又可定位于线粒体.Lig3通过与DNA修复蛋白XRCC1作用而参与了碱基... 详细信息

真核DNA连接酶(DNA ligase)通过催化ATP依赖的双链DNA切口连接而在DNA复制、重组和修复过程中发挥了重要作用.DNA连接酶Ⅲ(Lig3)是一种独特性的连接酶,既可定位于细胞核,又可定位于线粒体.Lig3通过与DNA修复蛋白XRCC1作用而参与了碱基切除修复和其他单链断裂修复.但Lig3以XRCC1不依赖方式在线粒体DNA完整性保持方面发挥了更为重要的作用.这些研究为Lig3功能和DNA修复研究提供了新的视野.

关键词： DNA连接酶Ⅲ DNA修复线粒体DNA 基因组完整性

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果蝇eggless蛋白与windei蛋白在piRNA通路中的结构与功能研究

果蝇eggless蛋白与windei蛋白在piRNA通路中的结构与功能研究

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作者：张金栓中国科学院大学

学位级别：硕士

生物体的生殖系细胞担负着遗传信息的世代传递，其基因组的完整性对于个体和物种维持都至关重要。在动物的生殖腺中，生物体采用进化上保守、生殖系特有的天然免疫系统保护自身基因组不受外界因素及自身因素的影响(如转座子元件)。PIWI... 详细信息

生物体的生殖系细胞担负着遗传信息的世代传递，其基因组的完整性对于个体和物种维持都至关重要。在动物的生殖腺中，生物体采用进化上保守、生殖系特有的天然免疫系统保护自身基因组不受外界因素及自身因素的影响(如转座子元件)。PIWI蛋白和piRNA(PIWI-interacting RNA)在调控转座子沉默过程中发挥很重要的作用，从而维持亲子代基因组的完整性。在果蝇中，eggless/dSETDB1蛋白(人源SETDB1/鼠源ESET的同源蛋白)和windei蛋白(人源和鼠源AM/ATF7IP的同源蛋白)促使异染色质的形成从而参与piRNA介导的转座子沉默。Eggless蛋白是组蛋白H3K9甲基化转移酶，催化H3K9三甲基化形成。Windei蛋白可以稳定eggless蛋白并帮助eggless蛋白进入细胞核行使功能。若eggless蛋白或windei蛋白缺失会引起转座子元件过表达和生殖细胞的缺失，从而导致果蝇发育缺陷。　　本文我们通过酵母双杂交验证了eggless蛋白与windei蛋白相互作用的最小区域。密码子优化之后我们成功的共表达纯化出eggless蛋白与windei蛋白的复合物。此外，我们解析了windei蛋白coiled-coil结构域的晶体结构，该结构域能够和eggless蛋白相互作用。在晶体中，windei蛋白的coiled-coil结构域通过疏水作用及分子间二硫键形成同源二聚体。最后我们提出eggless蛋白与windei蛋白在piRNA通路中起作用的模型。

关键词：生殖系细胞基因组完整性 piRNA基因 eggless蛋白 windei蛋白

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