检索结果-内蒙古大学图书馆

作者：高乐荆涵 529000 广东省江门市蓬江区东成村22号

本发明实施例提供了一种面向基因组数据的匹配患者查询方法。方法包括：初始化医疗机构MI系统，生成系统参数和密钥，并为用户提供注册服务；在基因组数据库S上构建新型压缩德布鲁因图并加密，将加密的德布鲁因图外包给第一代理服务器PS... 详细信息

标准号: CN118039050A

本发明实施例提供了一种面向基因组数据的匹配患者查询方法。方法包括：初始化医疗机构MI系统，生成系统参数和密钥，并为用户提供注册服务；在基因组数据库S上构建新型压缩德布鲁因图并加密，将加密的德布鲁因图外包给第一代理服务器PS₁；对成功注册的用户生成加密查询，并将加密查询发送给第一代理服务器PS₁；在收到加密查询后，第一代理服务器PS₁在第二代理服务器PS₂的辅助下将搜索加密的德布鲁因图并返回具有匹配患者加密标识符，以使用户通过解密密文读取所有标识符。基于此，本发明实施例能够使得用户可以在不泄漏患者隐私的前提下进行匹配性计算，实现更精确和高效的匹配患者查询。

关键词：加密代理服务器匹配患者查询查询标识符读取基因组数据库基因组数据加密标识符成功注册患者隐私解密密文生成系统医疗机构用户生成用户提供注册服务初始化匹配性构建密钥泄漏搜索压缩返回

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转基因大豆生信分析平台的构建及口岸初步应用

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中国口岸科学技术 2023年第7期5卷 72-78页

作者：杜鹃刘誉刘振宇马鑫淼李浩辰马毅董志珍天津国际旅行卫生保健中心(天津海关口岸门诊部) 天津300456

本研究立足海关业务特点和实际需求,运用计算存储服务器整合和数据挖掘应用等技术,研究转基因大豆数据库及数据分析方法,建立基于可视化操作的转基因大豆生物信息分析平台。基于长期收集和积累的转基因植物基因组数据库,构建大豆泛基因... 详细信息

本研究立足海关业务特点和实际需求,运用计算存储服务器整合和数据挖掘应用等技术,研究转基因大豆数据库及数据分析方法,建立基于可视化操作的转基因大豆生物信息分析平台。基于长期收集和积累的转基因植物基因组数据库,构建大豆泛基因组参考基因,结合大豆各品系标准样本,通过对大豆样品进行测序和序列分析,将其中的可疑序列进行筛选、组装后,再根据统计阈值参数判断待鉴定样本是否为转基因品种/品系,实现通过基因测序数据对转基因大豆进行高效鉴别。依托分布式云计算技术建立转基因大豆分析平台,形成基因测序数据分析方法,提高转基因大豆鉴别速度和精度。构建了具有可视化、操作简单、功能强大、数据安全性和信息保密性强等优点的转基因大豆生信分析平台,该分析平台简化了转基因大豆数据分析操作,可视化编排的流程为检测技术人员进行数据分析操作提供了便利,一键操作即可实现转基因大豆数据分析,快速、精准鉴别转基因大豆非法序列。

关键词：转基因大豆分析平台生信分析基因组数据库

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金边红苞凤梨基因组解析及叶片花青素合成关键调控基因筛选

金边红苞凤梨基因组解析及叶片花青素合成关键调控基因筛选

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作者：冯礼俊四川农业大学

学位级别：硕士

生物的全基因组信息对于解析关键性状分子调控机制,助力分子设计育种,缩短育种年限非常重要。金边红苞凤梨(Ananas comosus *** ***,2n=50)因其果实苞片为红色,且具有绿白镶嵌的金边嵌合叶片,嵌合叶片会因花青素的积累而呈现出艳丽的红... 详细信息

生物的全基因组信息对于解析关键性状分子调控机制,助力分子设计育种,缩短育种年限非常重要。金边红苞凤梨(Ananas comosus *** ***,2n=50)因其果实苞片为红色,且具有绿白镶嵌的金边嵌合叶片,嵌合叶片会因花青素的积累而呈现出艳丽的红色而成为重要的观叶植物。叶片花青素的含量和种类组成决定了其叶片颜色的呈现,尤其是在金边白化组织中。深入理解其叶色形成的分子机理,是通过分子设计育种手段创制多彩叶色新品种的理论基础。但缺乏参考基因组信息限制了我们对其花青素合成相关调控基因的定位和克隆,进而难以绘制其完整的分子调控网络用于分子设计育种工作。因此,本文构建了金边红苞凤梨的参考基因组,解析了金边红苞凤梨的基因组特点,搭建了凤梨科基因组数据库(Bromeliaceae Genomic Database,BGD,http://124.70.188.239:8200/)。并在此基础上,整合目前已发表的金边红苞凤梨多组学测序数据,对金边红苞凤梨叶片花青素合成关键调控基因进行了初步筛选和验证,获得的主要研究结果如下: 1、本研究结合高深度的PacBio测序、Illumina测序和Hi-C测序,开发了针对高杂合率、高重复率金边红苞凤梨基因组的组装策略,获得了金边红苞凤梨染色体水平的高质量参考基因组。基因组大小为～461 Mb、Contig N50为2.97 Mb,Scaffold N50为19.43 Mb,超过99%以上的基因组序列被挂载到25条假染色体上且基因组BUSCOs评估显示金边红苞凤梨参考基因组完整性达到了97.3%。将金边红苞凤梨参考基因组与另外3个凤梨属(Ananas)植物参考基因组从完整性和连续性等指标进行比较,金边红苞凤梨基因组是目前组装质量最高的凤梨属植物基因组。此外,基因组注释结果表明金边红苞凤梨基因组中约68.2%的序列为重复序列,蛋白编码基因26,113个,snRNA、miRNA、tRNA和rRNA这四类非编码RNA的数量分别为194、142、379和94个。 2、对金边红苞凤梨和另外12个单子叶植物的比较基因组学分析显示菠萝(Ananas comosus)和红苞凤梨(Ananas comosus ***)类观赏凤梨在～19.64百万年前(Mya)分化,并鉴定到45个可能与金边红苞凤梨适应性机制有关的正选择基因。群体遗传分析表明金边红苞凤梨遗传背景单一。没有明显的群体混合现象,而红苞凤梨野生品系“CB5”则存在群体混合现象,与菠萝“卡因”和“皇后”品种有杂交史。最后,将金边红苞凤梨基因组与“卡因”菠萝品系“F153”和红苞凤梨野生品系“CB5”的基因组分别进行基因组存在/缺失变异(presence/absence variation,PAV)分析,鉴定出金边红苞凤梨基因组上的特异性序列和缺失序列,这些序列信息可为解析不同品种的遗传差异和凤梨属植物泛基因组的构建提供参考。 3、本研究基于Python Flask网络框架,搭建了BGD数据库。数据库目前收录了5个凤梨科(Bromeliaceae)植物及模式植物拟南芥(Arabidopsis thaliana)和水稻(Oryza sativa)的基因组数据,并配套开发了6个功能模块:账户模块、检索模块、序列比对模块、基因组可视化模块、下载模块和讨论模块。用户可通过网页访问的形式实现基因信息检索、序列比对、基因组可视化及问题讨论等操作。而除了数据库收录的基因组数据,用户还能在BGD数据库的下载模块获取本文进行比较基因组学分析、群体遗传学分析、变异分析、基因表达分析、WGCNA共表达分析的详细结果。 4、本研究整合目前已发表的金边红苞凤梨多组学测序数据对其叶片花青素合成关键调控基因进行了初步筛选和验证。首先基于本地BLAST比对在全基因组范围初步鉴定了62个花青素合成途径结构基因,并通过这62个基因在不同颜色叶片的差异表达分析及转录组和代谢组联合关联分析,筛选出7个关键结构基因(1个AbPAL、2个Ab4CL、2个AbCHI、1个AbF3H和1个AbDFR),这7个基因涉及花青素合成途径的全部3个阶段。之后,整合20个不同颜色、不同发育时期的叶片转录组数据进行WGCNA共表达分析,筛选出3个可能与叶片花青素合成密切相关的模块。根据这三个模块所含的转录因子和花青素合成途径结构基因的关联权重和蛋白互作网络分析进一步筛选出2个可能在金边红苞凤梨叶片花青素合成中扮演重要调控作用的MYB类转录因子(11g000160.1＿MYB和17g010700.1＿MYB)。最后,我们通过不同颜色叶片的色素含量测定和实时荧光定量PCR分析,初步验证了RNA-Seq分析的结果。本文执行数据分析所编写的Python、R及Shell代码已

关键词：金边红苞凤梨基因组组装与注释基因组分析基因组数据库花青素合成调控

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根际“隐形军团”神秘面纱被揭开

根际“隐形军团”神秘面纱被揭开

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光明日报

作者：晋浩天

本报北京3月13日电（记者晋浩天）北京大学生命科学学院、北大—清华生命科学联合中心白洋团队13日凌晨在国际学术期刊《细胞》发表成果，构建首个作物根际细菌基因组数据库以及作物根际病毒基因组数据库，一举突破植物—菌群互作研究... 详细信息

本报北京3月13日电（记者晋浩天）北京大学生命科学学院、北大—清华生命科学联合中心白洋团队13日凌晨在国际学术期刊《细胞》发表成果，构建首个作物根际细菌基因组数据库以及作物根际病毒基因组数据库，一举突破植物—菌群互作研究的“数据荒漠”困境。该研究不仅将公开的作......

关键词：根际细菌基因组数据库作物根际微生物组宏基因组

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呼和浩特突破高活性乳酸菌产业化难题

呼和浩特突破高活性乳酸菌产业化难题

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内蒙古日报(汉)

作者：郑学良张云飞

本报呼和浩特3月9日讯（记者郑学良通讯员张云飞）3月9日，记者从呼和浩特市科技局获悉，由内蒙古科拓生物有限公司（以下简称“科拓生物”）实施的自治区“揭榜挂帅”项目——“乳酸菌资源挖掘和全产业链应用技术深度开发利用及其... 详细信息

本报呼和浩特3月9日讯（记者郑学良通讯员张云飞）3月9日，记者从呼和浩特市科技局获悉，由内蒙古科拓生物有限公司（以下简称“科拓生物”）实施的自治区“揭榜挂帅”项目——“乳酸菌资源挖掘和全产业链应用技术深度开发利用及其产业化”日前取得阶段性重要进展。该项目......

关键词：乳酸菌基因组数据库产业化种质资源库呼和浩特高活性

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“千种海洋生物基因测序”首年成果在青岛发布

“千种海洋生物基因测序”首年成果在青岛发布

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青岛日报

作者：王凯

本报9月5日讯青岛海洋研究成果取得新突破。5日，“千种海洋生物基因测序项目”暨全球海洋微生物基因库建设及应用成果联合发布会在青岛自贸片区中德生态园举行，全球海洋微生物基因组数据库成果和全球海洋微生物功能基因资源挖掘研究... 详细信息

本报9月5日讯青岛海洋研究成果取得新突破。5日，“千种海洋生物基因测序项目”暨全球海洋微生物基因库建设及应用成果联合发布会在青岛自贸片区中德生态园举行，全球海洋微生物基因组数据库成果和全球海洋微生物功能基因资源挖掘研究成果发布。就在前一天，这项重磅研究成果......

关键词：海洋微生物海洋生物基因组数据库微生物组基因测序

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面向基因组数据相似度的高效匹配及隐私保护方法、系统

面向基因组数据相似度的高效匹配及隐私保护方法、系统

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作者：朱辉朱丹李晖寇笑语陈游 710071 陕西省西安市太白南路2号西安电子科技大学

本发明属于信息安全技术领域，公开了一种面向基因组数据相似度的高效匹配及隐私保护方法、系统，客户端利用获取的系统参数对个人基因组数据进行转换加密，生成查询请求发送给云服务器请求搜索相似基因组，对接收到相似基因组标签进行... 详细信息

标准号: CN111967048B

本发明属于信息安全技术领域，公开了一种面向基因组数据相似度的高效匹配及隐私保护方法、系统，客户端利用获取的系统参数对个人基因组数据进行转换加密，生成查询请求发送给云服务器请求搜索相似基因组，对接收到相似基因组标签进行混淆处理后发送给医疗机构终端请求相似患者信息并对自身健康状况做出评估；医疗机构终端生成系统参数并面向客户端提供注册服务，同时将存储在本地的基因组数据库外包给云服务面向用户提供相似基因组查询服务；云服务器存储医疗机构终端外包的加密遗传BK树，并在密文树上进行计算搜索，返回给用户相似基因组的标签集。本发明实现了医疗机构终端及用户的原始基因组数据隐私保护，提高了相似基因组的匹配效率。

关键词：基因组医疗机构终端基因组数据隐私保护云服务器加密存储搜索标签个人基因组数据基因组数据库信息安全技术客户端提供查询服务查询请求高效匹配患者信息健康状况面向用户匹配效率生成系统系统参数注册服务客户端相似度云服务密文混淆遗传返回转换评估

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他们绘制贝类“生命之树”

他们绘制贝类“生命之树”

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中国科学报

作者：廖洋王红梅李华昌

收集整合近4200份多组学数据资源、软体动物多组学资源来自1450个物种……近期，中国工程院院士、中国海洋大学教授包振民团队面向全球科学共同体发布了迄今最大规模的软体动物（俗称贝类）功能和进化基因组学综合数据库MolluscDB2.0，... 详细信息

收集整合近4200份多组学数据资源、软体动物多组学资源来自1450个物种……近期，中国工程院院士、中国海洋大学教授包振民团队面向全球科学共同体发布了迄今最大规模的软体动物（俗称贝类）功能和进化基因组学综合数据库MolluscDB2.0，并基于该数据库的物种分类和覆盖情况绘制......

关键词：软体动物基因组数据库团队成员系统生物学生命之树

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骆驼基因资源利用及其产业化关键技术研究与示范

骆驼基因资源利用及其产业化关键技术研究与示范

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作者：吉日木图哈斯苏荣明亮张文彬伊丽斯仁达来何静冉启伟苏布登格日勒那仁巴图道勒玛海勒郭富城斯日古楞萨仁图娅内蒙古中哈骆驼研究院内蒙古农业大学阿拉善盟畜牧研究所内蒙古沙漠之神生物科技有限公司

中国双峰驼资源丰富，产业发展迅猛，应用广泛。几千年来，双峰驼都与戈壁地区的农牧民紧密联系在一起，对维系当地人民繁衍生息、农牧业的发展、稳定边疆以及巩固国家生态安全均起着不可替代的作用。但是，由于人工选育工作相对滞后、... 详细信息

标准号: 2300080116

中国双峰驼资源丰富，产业发展迅猛，应用广泛。几千年来，双峰驼都与戈壁地区的农牧民紧密联系在一起，对维系当地人民繁衍生息、农牧业的发展、稳定边疆以及巩固国家生态安全均起着不可替代的作用。但是，由于人工选育工作相对滞后、产奶量偏低等因素，导致不同品系双峰驼经济性状极不平衡，畜牧业产值降低，遗传资源大量流失，严重制约着中国骆驼产业的健康发展。针对上述现状，该项目绘制双峰驼染色体水平的基因组精细图谱，收集保存丰富的骆驼种质资源，揭示双峰驼起源和迁徙路线，建立骆驼科动物基因组数据库。通过创建新型养殖模式、合理补饲和科学调教等途径显著提高骆驼平均产奶量，突破骆驼产奶量低的技术瓶颈。开发驼奶相关系列产品并实现产业化，在内蒙古、新疆等地区进行推广，取得良好的产业效果。主要的技术创新点如下：1.利用二代、三代及Hi-C辅助组装相结合的测序策略，组装获得了连续性好、准确度高的染色体水平的双峰驼基因组精细图谱，填补了双峰驼群体在大规模可用参考基因组数据集上的空白。2.采用高通量测序技术，解析了世界范围内13个双峰驼品种的群体遗传结构，建立了骆驼科动物基因组数据库，对深入和系统研究双峰驼结构与功能基因组学以及进一步推动骆驼遗传改良具有重要理论意义和实用价值。3.采用候选基因选择、转录组学和简化基因组等技术，鉴定了产奶、解毒能力、毛色相关的关键基因和突变位点，以及应用于亲子鉴定中的SSR位点。作用意义、应用推广及取得的经济效益：通过创建新型养殖模式、合理补饲和科学调教途径，在结题时已提高双峰驼平均产奶量40%-60%，同时推广应用骆驼专用真空挤奶器，目前平均产奶量已提高到每天每峰2.3kg，解决了中国骆驼奶源不足的产业瓶颈难题。建立高产奶驼繁育基地，开展乳用双峰驼定向选育工作。建立并投入运行灭菌驼乳、驼乳粉和驼奶片生产线3条，开发液态驼乳、驼初乳粉、全脂驼乳粉、儿童型驼乳粉、驼奶片等5项产品，解决了中国驼乳产品加工的工艺难题，兴起和引领自治区乃至全国骆驼产业的普遍发展。结题时已实现年新增产值2000万元、年新增利税230万元经济效益，且有大幅增加趋势。自主研发功能性驼乳脂膏霜、驼乳滋润面霜、驼峰脂护手霜和驼乳护肤乳液;编写出版首套骆驼系统性专著。围绕上述成果，授权国家发明专利6项，制定团体标准6项，在Communications Biology、Molecular Ecology Resources等杂志发表SCI论文16篇，中文核心期刊14篇。

关键词：骆驼人工选育基因组数据库

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一种单链DNA产物的扩增方法及其应用

一种单链DNA产物的扩增方法及其应用

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作者：刘云龙尤慧玲文喻杨杨帆顾月清 211198 江苏省南京市江宁区龙眠大道639号

本发明公开了一种单链DNA产物的扩增方法及其应用，属于生物检测领域，通过在基因组数据库中筛找一段与检测靶标序列无关的非人类基因组序列作为通用型单加尾引物；将通用型单加尾引物序列的3’端连接到其中一条病原体核酸序列引物序列... 详细信息

标准号: CN117965687A

本发明公开了一种单链DNA产物的扩增方法及其应用，属于生物检测领域，通过在基因组数据库中筛找一段与检测靶标序列无关的非人类基因组序列作为通用型单加尾引物；将通用型单加尾引物序列的3’端连接到其中一条病原体核酸序列引物序列的5’端；靶标特异性引物在退火温度条件下进行指数性扩增；再以通用型单加尾引物进行线性扩增，反应生成单链DNA产物；同时，基于该单链DNA扩增方法，结合CRISPR‑Cas系统，建立了一种无需PAM序列依赖的病原体核酸检测方法；本发明解决了传统方法对于单链DNA扩增中引物设计难度大、扩增效率低的问题；同时解决了CRISPR‑Cas系统在进行靶标序列识别时对于PAM序列依赖的问题。

关键词：单链DNA 扩增加尾引物通用型病原体核酸序列依赖靶标非人类基因组序列靶标特异性引物退火基因组数据库生物检测领域序列引物序列扩增效率温度条件线性扩增序列识别引物设计指数性检测应用

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