检索结果-内蒙古大学图书馆

作者：寇新猛清华大学

学位级别：硕士

癌症是目前威胁人类健康的重要因素,然而对于癌症发生和发展的机制目前还存在巨大的探索空间。本研究从公开的TCGA数据库选取533个肺腺癌患者的转录组RNA数据,以及对应的59个正常组织的样本作为对照,分别通过两种基于负二项分布的算法... 详细信息

癌症是目前威胁人类健康的重要因素,然而对于癌症发生和发展的机制目前还存在巨大的探索空间。本研究从公开的TCGA数据库选取533个肺腺癌患者的转录组RNA数据,以及对应的59个正常组织的样本作为对照,分别通过两种基于负二项分布的算法对实验组与对照组进行表达差异分析,得到在肿瘤组织中每个基因的表达差异信息,最后以log2Fold Change(表达量比值的对数)和p值作为筛选指标,得到表达量显著上调和显著下调的基因数目,以及表达差异最明显的十个基因,最后比较了两种算法的区别。本文为进一步的基因表达研究提供了意见。

关键词：肺腺癌转录组负二项分布基因表达差异分析

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干酪乳杆菌Zhang在VBNC态过程中的基因表达差异分析

干酪乳杆菌Zhang在VBNC态过程中的基因表达差异分析

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第十七届益生菌与健康国际研讨会

作者：马学波庞静代利霞包秋华内蒙古农业大学乳品生物技术与工程教育部重点实验室农业农村部奶制品加工重点实验室内蒙古自治区乳品生物技术与工程重点实验室

干酪乳杆菌Zhang在逆境胁迫下会进入活的但不可培养态（VBNC态）,细胞内部发生相应的应激反应来抵抗逆境条件。本文用高通量RNA-seq转录组测序技术研究干酪乳杆菌Zhang进入VBNC态的过程中基因表达差异性。结果显示干酪乳杆菌Zhang进入V... 详细信息

干酪乳杆菌Zhang在逆境胁迫下会进入活的但不可培养态（VBNC态）,细胞内部发生相应的应激反应来抵抗逆境条件。本文用高通量RNA-seq转录组测序技术研究干酪乳杆菌Zhang进入VBNC态的过程中基因表达差异性。结果显示干酪乳杆菌Zhang进入VBNC细胞的五个过程中分别有2 617,2 642,2 577,2 829,2 840个基因表达。选取表达量上调或下调5倍的基因集,通过GO富集分析和KEGG富集分析,分析差异表达基因的功能及相关代谢途径。研究发现干酪乳杆菌Zhang进入VBNC态过程中5个基因（LCAZH621、LCAZH986、LCAZH038、LCAZH040、LCAZH174）基因表达量持续上调5倍。有5个基因（LCAZH024、LCAZH210、LCAZH339、LCAZH621、LCAZH754）持续下调5倍。初步从基因角度解释了干酪乳杆菌Zhang在逆境条件下应变机理,将对于提高乳酸菌的利用效率及活力有极大意义。

关键词：干酪乳杆菌Zhang VBNC态转录组基因表达差异分析

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CFH基因在特发性肺纤维化中的新角色:验证与功能研究

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东南大学学报（医学版） 2024年第3期43卷 346-355页

作者：史宁乃菲沙·买买提王亮尚晓倩孙玉钦周金萍陈佳慧李佳峻王晶马秀敏新疆医科大学附属肿瘤医院医学检验中心省部共建中亚高发病成因与防治国家重点实验室新疆乌鲁木齐830011 新疆医科大学第五附属医院新疆乌鲁木齐830011 海南医科大学第二附属医院海南海口570100 新疆医科大学第一附属医院新疆乌鲁木齐830011

目的:探讨特发性肺纤维化(IPF)治疗的新途径。方法:通过生物信息学算法来探索与IPF进展相关的共同表达基因和生物途径。应用加权基因共表达网络分析(WGCNA)识别两组数据集重叠的共表达基因模块。随后,利用GEO公共数据集公布的基因表达数... 详细信息

目的:探讨特发性肺纤维化(IPF)治疗的新途径。方法:通过生物信息学算法来探索与IPF进展相关的共同表达基因和生物途径。应用加权基因共表达网络分析(WGCNA)识别两组数据集重叠的共表达基因模块。随后,利用GEO公共数据集公布的基因表达数据(GSE24206和GSE53845)识别常见差异表达基因(DEGs)和相关功能。然后采用实验对富集到的基因进行验证。结果:通过生物信息学算法,利用WGCNA在两组数据集中鉴定出与IPF进展相关的核心基因模块。结合GSE24206和GSE53845中的基因表达数据识别出25个核心基因,其中包括补体因子H(CFH)、COL14A1、CXCL12、FNDC1、POSTN 5个关键候选基因。通过基因本体和通路分析,揭示了这些基因与IPF生物过程、分子功能和细胞组分的关联。通过蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析,确认了CFH在IPF中的重要性。收集IPF患者的临床标本及正常标本验证,包括实时荧光定量PCR(RT-qPCR)、免疫组化和免疫印迹法进一步证实了CFH与IPF进程密切相关。结论:CFH在IPF患者中显著升高,为CFH成为治疗IPF疾病的靶点提供了依据,为IPF提供了新的治疗方式。

关键词：补体因子H 特发性肺纤维化基因表达差异分析生物标志物蛋白质-蛋白质相互作用

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干旱胁迫对烟草两品种幼苗生理生化特性及NtDEGP5基因表达的影响

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亚热带植物科学 2023年第1期52卷 1-8页

作者：舒彦淇罗家骏贾傛吏段丽丽莫泽君刘仁祥贵州大学烟草学院贵州贵阳550025

以烟草Nicotianatabacum抗旱品种NC82和干旱敏感品种云烟87幼苗为材料,利用PEG-6000对幼苗进行干旱胁迫处理,研究干旱胁迫对烟草不同品种Fv/Fm、SOD活性、POD活性、MDA含量等生理生化指标及NtDEGP5基因表达的影响,为进一步开展NtDEGP5... 详细信息

以烟草Nicotianatabacum抗旱品种NC82和干旱敏感品种云烟87幼苗为材料,利用PEG-6000对幼苗进行干旱胁迫处理,研究干旱胁迫对烟草不同品种Fv/Fm、SOD活性、POD活性、MDA含量等生理生化指标及NtDEGP5基因表达的影响,为进一步开展NtDEGP5基因的功能研究提供依据。结果表明,干旱胁迫对烟苗的Fv/Fm、SOD活性、POD活性、MDA含量有影响,随着干旱的持续,Fv/Fm呈逐渐下降趋势,POD、SOD活性和MDA含量呈先升高后降低的趋势;不同品种对干旱胁迫的响应有差异,在干旱胁迫0~9 h,云烟87幼苗的Fv/Fm降幅大于NC82,POD、SOD活性、MDA含量的增幅小于NC82,胁迫12h后与对照差异不显著。干旱胁迫下不同品种、不同器官间的Nt DEGP5基因表达有差异,云烟87幼苗根、茎、叶中的表达量均较低,NC82幼苗根中的表达量较低,但干旱胁迫9~12 h后叶和茎的表达量较高。NC82幼苗叶片NtDEGP5基因表达量与Fv/Fm、POD活性、MDA含量呈显著正相关。Fv/Fm、SOD活性、POD活性、MDA含量可作为烟草苗期抗旱性评价指标,NtDEGP5基因表达量与抗旱评价指标显著相关,该基因可能具有抗旱性功能。

关键词：烟草干旱胁迫 NtDEGP5基因基因表达差异分析

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鲫(Carassiusauratus)转录组分析与分子标记开发

鲫(Carassiusauratus)转录组分析与分子标记开发

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中国科协第264次青年科学家论坛

作者：廖小林水利部中国科学院水工程生态研究所水利部水工程生态效应与生态修复重点实验室

鲫(Carassiusauratus)广泛分布于欧亚大陆,是一种重要的淡水养殖鱼类,同时也是开展基因组进化与生理适应性研究(如耐低氧)的潜在模式鱼类。在本研究中,通过构建脑、肌肉、肾脏与肝脏组织等4个转录组文库,采用Roche454测序方法开展了二... 详细信息

鲫(Carassiusauratus)广泛分布于欧亚大陆,是一种重要的淡水养殖鱼类,同时也是开展基因组进化与生理适应性研究(如耐低氧)的潜在模式鱼类。在本研究中,通过构建脑、肌肉、肾脏与肝脏组织等4个转录组文库,采用Roche454测序方法开展了二倍体鲫的转录组分析。260万条原始序列组装得到12.77万个unigene,包括近8.49万个isotig和4.28万个singleton。基因注释结果表明:22,273个unigene比对到14,449个蛋白;14,398个unigene比对到GO数据库,涉及84,876个功能类别;通过KEGG注释,共有6,382个unigene比对到237个KEGG通路,进一步分析可能与鲫耐低氧有关的糖酵解/糖原异生途径,共鉴别出168个unigene编码糖酵解/糖原异生途径中的23个酶。基因表达谱分析表明,在脑组织中基因表达最活跃;相比于其它组织,肌肉组织中表达上调的基因最多,肝脏组织中表达下调的基因最多。分子标记分析表明,获得了5,784个可能的SNP位点、11,295个微卫星标记,其中5,364个微卫星标记的侧翼序列超过50bp。这些研究结果有利于今后开展鲫的分子育种研究,同时为揭示多倍体起源以及耐低氧的分子机制积累了基础数据。

关键词：鲫转录组测序基因表达差异分析耐低氧

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鲫(Carassiusauratus)转录组分析与分子标记开发

鲫(Carassiusauratus)转录组分析与分子标记开发

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中国科协第264次青年科学家论坛暨中国科协水产动物育种与生物技术青年科学家论坛

作者：廖小林水利部中国科学院水工程生态研究所水利部水工程生态效应与生态修复重点实验室湖北武汉430079

鲫(Carassiusauratus)广泛分布于欧亚大陆，是一种重要的淡水养殖鱼类，同时也是开展基因组进化与生理适应性研究(如耐低氧)的潜在模式鱼类。在本研究中，通过构建脑、肌肉、肾脏与肝脏组织等4个转录组文库，采用Roche 454测序方法开展... 详细信息

鲫(Carassiusauratus)广泛分布于欧亚大陆，是一种重要的淡水养殖鱼类，同时也是开展基因组进化与生理适应性研究(如耐低氧)的潜在模式鱼类。在本研究中，通过构建脑、肌肉、肾脏与肝脏组织等4个转录组文库，采用Roche 454测序方法开展了二倍体鲫的转录组分析。

关键词：鲫转录组测序基因表达差异分析耐低氧