检索结果-内蒙古大学图书馆

东南大学学报（自然科学版） 2003年第2期33卷 201-204页

作者：谢建明孙啸谢雪英陆祖宏东南大学分子与生物分子电子学教育部重点实验室南京210096

研究和实现了 4种基因表达模式的聚类方法 ,开发了基因表达模式分析软件系统 .该软件包含了两两平均连锁聚类法、系统聚类法、自组织特征映射法和模糊聚类等聚类算法 ,其中模糊聚类算法是首次用于基因表达模式分析 .该软件同时具有数据... 详细信息

研究和实现了 4种基因表达模式的聚类方法 ,开发了基因表达模式分析软件系统 .该软件包含了两两平均连锁聚类法、系统聚类法、自组织特征映射法和模糊聚类等聚类算法 ,其中模糊聚类算法是首次用于基因表达模式分析 .该软件同时具有数据过滤、多种相似性度量选择、聚类方法选择和结果可视化等功能 .对于同一组基因表达数据 ,可通过不同的聚类算法的组合 ,提供更多的基因分类信息。

关键词：基因表达模式聚类分析软件系统模糊聚类生物信息学软件两两平均连锁聚类法系统聚类法自组织特征映射法

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中华猕猴桃EIN3/EIL转录因子家族的成员鉴定、系统进化和基因表达模式

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应用与环境生物学报 2018年第2期24卷 315-321页

作者：陈强刘建陈丹阳于丰源江梦柯郑玉凤牛向丽刘永胜黄胜雄合肥工业大学食品科学与工程学院

EIN3/EIL家族是一类非常重要的转录因子，调控植物包括果实成熟在内的众多生长发育过程. 对中华猕猴桃EIN3/EIL家族进行系统的生物信息学和比较基因组学研究，在中华猕猴桃基因组中鉴定得到8个EIN3/EIL转录因子；其蛋白序列包括1个酸性... 详细信息

EIN3/EIL家族是一类非常重要的转录因子，调控植物包括果实成熟在内的众多生长发育过程. 对中华猕猴桃EIN3/EIL家族进行系统的生物信息学和比较基因组学研究，在中华猕猴桃基因组中鉴定得到8个EIN3/EIL转录因子；其蛋白序列包括1个酸性氨基酸富集区、1个脯氨酸富集区以及5-7个碱性氨基酸富集区. 包括中华猕猴桃在内的20种植物的EIN3/EIL成员的系统进化树表明，EIN3/EIL基因在众多植物基因组中同时存在趋同和趋异的进化趋势. 中华猕猴桃EIN3/EIL基因家族成员的增加主要源于其进化过程中发生的全基因组三倍化倍增事件. 在果实成熟过程中，中华猕猴桃EIN3/EIL基因呈现组成型的高或低表达两种截然相反的基因表达趋势. 本研究鉴定得到了中华猕猴桃EIN3/EIL家族的成员，系统揭示了其成员蛋白序列中的保守区域、在不同植物物种中的进化趋势，植物基因组倍增所导致的家族成员增加，以及果实发育过程中表现出的显著的基因表达水平差异，可为中华猕猴桃EIN3/EIL基因的功能研究提供候选基因以及数据基础. （图5 表2 参25）

关键词：中华猕猴桃 EIN3/EIL 系统进化比较基因组学分析基因表达模式

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用主成分分析探索基因表达模式

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生物医学工程学杂志 2007年第4期24卷 736-741页

作者：王成雄饶妮妮王玉电子科技大学生命科学与技术学院成都610054

以时间点(阵列)为变量,对酵母时间表达序列进行主成分分析,提取出三个主成分:第一主成分代表整个酵母细胞周期中平稳的基因表达状态,第二主成分代表酵母细胞周期中lateG1期和M期差异的基因表达状态,第三主成分表示的是earlyG1期和S/G2... 详细信息

以时间点(阵列)为变量,对酵母时间表达序列进行主成分分析,提取出三个主成分:第一主成分代表整个酵母细胞周期中平稳的基因表达状态,第二主成分代表酵母细胞周期中lateG1期和M期差异的基因表达状态,第三主成分表示的是earlyG1期和S/G2期差异的基因表达状态。由第二、和第三主成分揭示出基因表达谱中四个周期性基因表达模式:分别对应lateG1期、M期、earlyG1期和S/G2期,而且发现了一批表达水平呈周期性变化的基因,为进一步研究基因周期性表达和基因调控网络提供有价值的指导。

关键词：主成分分析微阵列基因表达谱基因表达模式

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不同成骨诱导作用下骨髓间充质干细胞的基因表达模式

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四川大学学报（医学版） 2006年第6期37卷 856-859页

作者：段瑞平吴凌林云锋刘磊汤炜田卫东四川大学华西口腔医院颌面外科成都610041 现在云南省昆明市口腔医院

目的研究骨髓间充质干细胞不同成骨分化模式的分子调控机制,为将其作为骨组织缺损基因治疗的载体细胞奠定理论基础。方法用密度梯度离心结合贴壁培养法分离纯化小鼠骨髓间充质干细胞(MSCs),传代扩增后分别用矿化培养基(100nmol/L地塞米... 详细信息

目的研究骨髓间充质干细胞不同成骨分化模式的分子调控机制,为将其作为骨组织缺损基因治疗的载体细胞奠定理论基础。方法用密度梯度离心结合贴壁培养法分离纯化小鼠骨髓间充质干细胞(MSCs),传代扩增后分别用矿化培养基(100nmol/L地塞米松、10mmol/Lβ-甘油磷酸钠和50mg/mL抗坏血酸)与重组人骨形成蛋白-2(rhBMP-2,500ng/mL)进行诱导,分别于诱导后1、2周行茜素红染色鉴定钙结节形成情况;诱导后1、2和3d时用RT-PCR检测Runx2、Osx、OCN和Col的基因表达情况。结果矿化诱导组和rhBMP-2诱导组,茜素红染色均呈阳性钙结节,但矿化诱导组细胞于1周后形成矿化结节,时间早于rhBMP-2诱导组(2周后形成矿化结节);RT-PCR显示,在矿化诱导组,Runx2在诱导的1、2、3d均没有表达,Osx在诱导后2、3d有表达,OCN和Col在诱导的1、2、3d均有表达;在rhBMP-2诱导组,Runx2和Osx于诱导的第2d开始表达,OCN和Col在诱导的1、2、3d均表达。结论与rhBMP-2相比,矿化培养基通过更为直接的信号传导方式调控着骨髓间充质干细胞向成骨细胞分化,因此矿化培养基诱导骨髓间充质干细胞形成矿化结节的能力强于rhBMP-2。

关键词：骨髓间充质干细胞矿化诱导骨形成蛋白-2 基因表达模式

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WT1基因表达模式改变对NB4细胞分化的影响

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中华血液学杂志 2005年第9期26卷 543-547页

作者：沈慧玲陈子兴王玮岑建农胡绍燕赵晔苏州大学附属第一医院江苏省血液研究所215006

目的探讨WT1基因异构体对急性早幼粒细胞白血病细胞株NB4分化的影响及其分子机制。方法用电穿孔法将携带WT1基因异构体WTA(-17AA/-KTS)全长cDNA的重组真核表达载体及其对照质粒pCB6+转导NB4细胞,建立WT1基因异构体表达比例改变的单克隆... 详细信息

目的探讨WT1基因异构体对急性早幼粒细胞白血病细胞株NB4分化的影响及其分子机制。方法用电穿孔法将携带WT1基因异构体WTA(-17AA/-KTS)全长cDNA的重组真核表达载体及其对照质粒pCB6+转导NB4细胞,建立WT1基因异构体表达比例改变的单克隆细胞株。通过形态学观察,细胞周期动力学检测,NBT还原试验,细胞表面分化抗原CD11b的检测了解外源性WT1基因异构体WTA在全反式维甲酸(ATRA)诱导下对NB4细胞分化的影响。用RT-PCR检测细胞中PML/RARα、p21、c-myc基因表达的改变。结果ATRA处理细胞48h,对照组(转染空载体的NB4/CMV和未转导WTA的NB4细胞)细胞分化明显,NB4/WTA细胞只出现部分分化。流式细胞术检测NB4/WTA细胞CD11b相对荧光强度(4.63±1.63)低于对照组(8.15±1.84),ATRA作用24h后CD11b相对荧光强度(31.42±5.65)与对照组(71.95±9.36)相比差异更为明显。NB4/WTA细胞NBT还原能力较对照组下降,经ATRA处理后两组细胞之间的NBT还原能力的差异更加明显。RT-PCR提示NB4/WTA细胞PML/RARα、p21、c-myc基因的表达较对照组升高。结论增加外源性WT1基因异构体WTA的表达从而将WT1基因异构体表达的比例由+17AA/+KTS优势型转变为-17AA/-KTS优势型能部分抑制ATRA对NB4细胞的诱导分化作用,这可能与PML/RARα、p21、c-myc基因表达上调有关。

关键词：基因,WT1 细胞系,NB4 细胞分化 WT1基因异构体 NB4细胞分化基因表达模式 PML/RARα RT-PCR检测重组真核表达载体 NBT还原试验

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共表达网络分析玉米和高粱物种间基因表达模式及功能富集

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基因组学与应用生物学 2021年第5期40卷 2323-2337页

作者：赖先军张义正 James C.Schnable 颜朗西昌学院农业科学学院攀西特色作物研究与利用四川省重点实验室凉山615013 四川大学生命科学学院四川省分子生物学及生物技术重点实验室成都610064 内布拉斯加林肯大学农业与园艺学院植物科学创新中心林肯NE68588

共表达网络分析是利用海量生物学数据研究基因表达模式与功能关系的重要方法。在共表达网络中,具有相同表达模式的基因可能也具有功能上的一致性,这为我们提供了发掘未知基因功能信息的理论基础。本研究整合了60个玉米(Zea mays)和40个... 详细信息

共表达网络分析是利用海量生物学数据研究基因表达模式与功能关系的重要方法。在共表达网络中,具有相同表达模式的基因可能也具有功能上的一致性,这为我们提供了发掘未知基因功能信息的理论基础。本研究整合了60个玉米(Zea mays)和40个高粱(Sorghum bicolor),组织的转录组测序数据,首先在每个物种内利用全数据集和子集分别构建共表达网络,以测试所选样本数量对于共表达基因网络构建的影响;然后搜寻物种间成对的直系同源共线性基因,并利用其中一个物种的基因模块信息将另一物种的模块分割成在功能上更细的子模块;最后对不同大小的基因模块进行GO富集以确定其功能特征。本研究表明,共表达网络聚类基因在表达模式上具有组织特异性,且物种间有32%的共线性基因表达模式一致,GO富集分析结果显示物种间模块交叉分割亚模块的方法能得到在功能上更为相似的基因簇。另外,玉米亚基因组间有48.5%的双拷贝基因也具有相同的基因表达模式。本研究利用共表达基因网络的构建为传统的基因功能富集研究提供了新的视角,并通过物种间共表达基因网络的比较解析了直系同源共线性基因间的表达模式,从而进一步鉴定了这些在物种间具有相同表达模式和组织特异性基因的功能特征。

关键词：基因共表达网络组织特异性基因表达模式功能富集

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cDNA微阵列检测萌发期水稻重要代谢基因表达模式

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中国水稻科学 2002年第4期16卷 299-303页

作者：孙亮先董海涛李德葆浙江大学生物技术研究所

使用含 2 2 0 0条水稻表达序列标签的 c DNA微阵列检测了萌发期水稻胚芽、胚轴 (含糊粉层和盾片 )、胚根的基因表达模式 ,得到 10 32个有效的基因表达数据。其中 ,在胚芽、胚根、胚轴中特异表达的基因数分别为 5 5、10 6和 36个。以胚... 详细信息

使用含 2 2 0 0条水稻表达序列标签的 c DNA微阵列检测了萌发期水稻胚芽、胚轴 (含糊粉层和盾片 )、胚根的基因表达模式 ,得到 10 32个有效的基因表达数据。其中 ,在胚芽、胚根、胚轴中特异表达的基因数分别为 5 5、10 6和 36个。以胚轴为参比 ,70个基因在胚芽、胚根中均表达上调 ,包括延伸因子 1和多个核糖体蛋白基因 ,这些基因与顶端生长点的细胞分化和生长有关。胚轴特异表达的基因有 36个 ,大部分参与胚乳贮藏物质的代谢 ,如聚泛蛋白基因。

关键词： cDNA微阵列萌发期基因表达模式水稻物质代谢胚芽胚轴胚根

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局部叠加基因表达模式聚类分析方法研究

局部叠加基因表达模式聚类分析方法研究

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作者：王强哈尔滨工业大学

学位级别：博士

局部叠加基因表达模式是指一组基因的表达水平在条件选择性和表达多样性等生物学机制作用下表现出来的表达特征，该模式的研究与发现有助于揭示基因在不同细胞调控条件下承担的功能以及不同基因簇在整个细胞调控过程中潜在的生物学关系... 详细信息

局部叠加基因表达模式是指一组基因的表达水平在条件选择性和表达多样性等生物学机制作用下表现出来的表达特征，该模式的研究与发现有助于揭示基因在不同细胞调控条件下承担的功能以及不同基因簇在整个细胞调控过程中潜在的生物学关系。然而，局部叠加基因表达模式分析问题的特殊性给聚类分析方法研究提出了挑战，不仅要求聚类分析方法能够有效挖掘不同表达子空间下的局部基因表达模式，同时还要求所挖掘的结果具有生物学一致性并符合基因表达选择性和多样性的生物学机制。为此，本文针对局部叠加基因表达模式挖掘与分析涉及的四个密切相关的问题，即基因叠加局部表达模式的挖掘问题、基因和表达子空间双向叠加局部表达模式的挖掘问题、局部基因表达模式子空间边界模糊问题、以及局部基因表达模式的提取与优化问题，以模糊聚类和变量加权子空间聚类方法为基础，并结合了基于基因本体和基因共表达网络的基因聚类有效性验证方法，提出了模糊硬子空间聚类分析方法、模糊软子空间聚类分析方法、可变窗口分析方法和后处理分析方法，为开展局部叠加基因表达模式的挖掘与分析提供了新型有效的分析方法和工具。本文的总体研究思路是针对局部叠加基因表达模式分析的问题特性，在综合分析了现有的聚类方法特点的基础上，以模糊聚类和变量加权子空间聚类方法为基础，提出了模糊W-K-Means方法和模糊EWKM方法。所提出的方法不仅能够发现与局部基因表达模式相关的一组表达子空间以及该子空间下的局部表达基因聚类，而且能够同时实现基因与聚类之间的一对多映射，实验结果证明利用上述方法挖掘的局部叠加基因表达模式具有生物学一致性并符合基因表达的生物学机制，有效地解决了局部叠加基因表达模式的挖掘问题。此外，本文进一步针对所挖掘的局部表达基因聚类具有表达子空间边界模糊和表达模式受噪声干扰的问题，提出了可变窗口分析方法和后处理分析方法，通过交互式可视化方式查看基因聚类在不同表达子空间下局部表达模式的动态变化过程来确定基因聚类的局部表达子空间边界，并通过噪声清除、属性权重更新、表达模式建模和聚类有效性验证等一系列操作，实现局部叠加基因表达模式的增强，进一步提高了所挖掘的基因表达模式的质量。本文提出的分析方法瞄准了局部叠加基因表达模式分析问题的不同方面，并各有侧重。其中，本文提出的模糊W-K-Means方法和模糊EWKM方法集中解决了局部叠加基因表达模式挖掘问题，可变窗口方法和后处理方法集中对得到的聚类结果进行深入地分析和处理。同时，本文提出的四种分析方法都以变量加权子空间聚类方法为基础，可配合使用，作为解决局部叠加基因表达模式分析中所包括的模式挖掘、模式提取、模式优化、模式重用等问题的综合解决办法，为局部叠加基因表达模式分析的实际应用提供了新的途径。

关键词：生物信息学基因表达模式模糊聚类子空间聚类后处理

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局限性自身免疫病T细胞亚群与局部细胞相互作用及基因表达模式的研究

局限性自身免疫病T细胞亚群与局部细胞相互作用及基因表达模式的...

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作者：贾秀志哈尔滨医科大学

学位级别：博士

目的：借助生物信息的概念和手段对中枢神经系统自身免疫病MS(MultipleSclerosis，多发性硬化)、EAE(Experimental，Autoirmmune Encephalomyelitis，实验性自身免疫性脑脊髓炎)和EAU(Experimental Autoimmune Uveitis，实验性自身免疫性葡萄膜炎)中T细胞亚群与局部细胞间的相互作用关系进行探讨性研究。<br>　　方法：选取与中枢神经系统自身免疫相关的8种细胞(Th1、Th2、Th17、Treg、CTL、巨噬细胞、神经元和神经胶质细胞)及四套表达谱数据(慢性进展型及复发-缓解型EAE和MS病人)作为研究对象，分别进行基于生物过程的GO(Gene Ontology，基因本体)注释，获得二者可能参与的生物过程描述，并用Lin BMA算法计算8种细胞与不同疾病模型间的相关性。在获取不同细胞相同GO注释和各细胞独特GO注释的基础上，对细胞及其相关分子的表达模式进行探讨。在此基础上，自行构建单向EAU模型，一种更加局限的中枢神经系统自身免疫模型，实时PCR检测Th17和Treg相关分子在疾病过程中的动态表达情况，免疫组化和免疫荧光的方法检测IL-17+细胞、GFAP+星形胶质细胞、Tuj-1+视神经节细胞、浸润的CD11b+小胶质细胞的功能状态变化情况。<br>　　结果：在EAE和MS数据中发现：Th1、Th2、Th17细胞与四套表达谱数据的相关性最强；在特定情况下，T细胞亚群和局部细胞可以通过分泌相同成分行使相同或不同的生物学功能；在疾病高峰期，Th1、Treg、巨噬细胞、神经元相关的固有免疫和适应性免疫相关分子差异基因数一致；慢性进展型EAE模型中未发现抑制信号，而在复发缓解EAE模型中出现了包括补体旁路活化途径抑制成分Cfi、Cfh在内的一些负反馈的调节信号。在EAU模型中发现：在mRNA水平，多种Th17与Treg细胞功能相关分子的表达趋势高度一致；而且在炎症反应消退期，免疫炎性因子和神经营养因子的表达仍处于较高水平，而且这种变化趋势与神经细胞的反应模式是一致的；IL-17的免疫组化结果显示，不仅视网膜局部浸润的免疫细胞高表达IL-17，疾病不同时期的视网膜神经节细胞层也高表达IL-17。<br>　　结论：通过生物信息的GO注释及IL-17的免疫组化结果表明，在中枢神经系统自身免疫反应局部，一些共有成分参与免疫细胞与神经细胞间的相互作用；仅在单向EAU模型中出现T细胞相关因子的协同表达现象，在慢性进展型及复发-缓解型EAE模型中并不存在这种协同表达现象，提示因子间的协同表达决定疾病的单向进程；复发-缓解型EAE模型相对于慢性进展型EAE模型，出现了补体旁路活化途径的抑制成分Cfi和Cfh，提示Cfi和Cfh作为一种重要成分参与了疾病复发缓解进程。

关键词：自身免疫病 T细胞亚群局部细胞基因表达模式

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籽鹅卵巢组织中雌激素受体基因表达模式的研究

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黑龙江畜牧兽医 2009年第5期 43-44页

作者：康波杨焕民吉林大学畜牧兽医学院吉林长春130062 黑龙江八一农垦大学动物科技学院黑龙江大庆163319

雌激素是重要的生殖激素之一，其作用的发挥受雌激素受体（estrogen receptor，ESR）介导。因此，研究雌激素受体表达的动态变化规律对阐明鹅卵巢发育和产蛋的分子调控机制具有重要意义。研究利用实时定量PCR技术检测发育期和产蛋期籽... 详细信息

雌激素是重要的生殖激素之一，其作用的发挥受雌激素受体（estrogen receptor，ESR）介导。因此，研究雌激素受体表达的动态变化规律对阐明鹅卵巢发育和产蛋的分子调控机制具有重要意义。研究利用实时定量PCR技术检测发育期和产蛋期籽鹅卵巢组织中雌激素受体1（ESR1）和雌激素受体2（ESR2）表达的动态变化，为鹅卵巢组织中雌激素及其受体调控机理的研究奠定基础。

关键词：雌激素受体卵巢组织基因表达模式籽鹅动态变化规律实时定量PCR 分子调控机制生殖激素

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