检索结果-内蒙古大学图书馆

植物遗传资源学报 2013年第3期14卷 512-517页

作者：周俊琴谭晓风袁军龙洪旭中南林业科技大学/经济林培育与保护教育部重点实验室长沙410004 北京林业大学北京100083

以油茶湘林4号为材料,通过RT-PCR和RACE的方法克隆出油茶磷酸转运子Pht1基因家族一个成员的全长cD-NA序列,命名为CoPht1;1(GenBank登录号:JX403969),通过实时定量PCR的方法检测了不同磷浓度下该基因在根系中的表达水平。结果表明:CoPht1... 详细信息

以油茶湘林4号为材料,通过RT-PCR和RACE的方法克隆出油茶磷酸转运子Pht1基因家族一个成员的全长cD-NA序列,命名为CoPht1;1(GenBank登录号:JX403969),通过实时定量PCR的方法检测了不同磷浓度下该基因在根系中的表达水平。结果表明:CoPht1;1 CDS长度为1626 bp,编码542个氨基酸,与其他物种的Pht1氨基酸序列具有较高的相似性,其中与夹竹桃科长春花的Pht1相似性最高,达到88%;蛋白质二级结构和拓扑结构预测表明,CoPht1;1具有跨膜蛋白的主要特征,与其他物种的Pht1具有一致性;实时定量RT-PCR结果表明,油茶Pht1基因的表达受低磷诱导,并在受磷胁迫处理(P浓度为0.1 mmol/L)15 d时表达量最高。

关键词：油茶 Pht1 1 磷转运子基因表达模式

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林烟草KUP/HAK/KT钾转运体基因NsHAK11的亚细胞定位与表达

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中国农业科学 2014年第6期47卷 1058-1071页

作者：宋毓峰董连红靳义荣史素娟张良刘朝科冯祥国胡晓明王倩刘好宝中国农业科学院烟草研究所/农业部烟草生物学与加工重点实验室川渝中烟工业公司青岛农业大学农学与植物保护学院中国农业科学院研究生院

【目的】应用生物信息学方法,分离和克隆烟草钾转运体KUP/HAK/KT家族新基因,对其进行亚细胞定位和表达分析,为开展烟草KUP/HAK/KT钾转运体的研究提供借鉴。【方法】通过生物信息学方法,搜索林烟草(Nicotiana sylvestris)和绒毛状烟草(*... 详细信息

【目的】应用生物信息学方法,分离和克隆烟草钾转运体KUP/HAK/KT家族新基因,对其进行亚细胞定位和表达分析,为开展烟草KUP/HAK/KT钾转运体的研究提供借鉴。【方法】通过生物信息学方法,搜索林烟草(Nicotiana sylvestris)和绒毛状烟草(***)基因组数据库,预测两种烟草中的钾转运体KUP/HAK/KT家族成员,构建系统进化树。根据所获结果,从林烟草中获得一个新的烟草KUP/HAK/KT家族基因。采用Wolf PSORT对蛋白的亚细胞定位进行预测,并利用农杆菌浸润法注射本生烟(***)叶片后激光共聚焦显微镜下观察,依据融合荧光蛋白在细胞内产生荧光的位置确定蛋白的亚细胞定位,用以验证预测结果;采用PLACE网站对基因的表达模式进行预测,并用荧光定量PCR分别研究其在盛花期林烟草不同器官的表达差异及低温、高温和低钾胁迫下苗期林烟草叶片中NsHAK11的表达变化,用以验证预测结果。【结果】预测出林烟草和绒毛状烟草KUP/HAK/KT钾转运体家族均含有19个成员,进化上分为4个Cluster(簇)。根据预测序列结果,从林烟草中克隆得到一个ClusterⅢ中的基因,其编码蛋白与拟南芥(Arabidopsis thaliana)中AtKUP11的相似性最高,因此,将其命名为NsHAK11,其编码蛋白与已获得的2个烟草NrHAK1和NtHAK1的相似性仅为48%和49%,所以NsHAK11是一个新的烟草KUP/HAK/KT基因。Wolf PSORT预测显示NsHAK11主要定位于细胞质膜中。亚细胞定位试验中NsHAK11与GFP和DsRed2两种报告蛋白融合的定位结果均表明NsHAK11定位于细胞质膜中,与预测结果相符。利用PLACE网站对NsHAK11启动子分析得到,NsHAK11可表达与定位于根、花和胚芽组织中,受到低温、高温、干旱和激素等因素的影响。实时荧光定量PCR分析结果与预测结果基本一致:NsHAK11在盛花期林烟草各组织器官中均有表达,但表达水平存在强弱差异,其在主根中的表达量最高,在侧根中的表达量次之,而在叶片中的表达量最低;NsHAK11在苗期林烟草叶片中受低温、高温和低钾胁迫时呈现不同类型的上调表达,其中,低温处理时NsHAK11的表达上调程度最大且响应时间最早,高温处理时其表达上调程度次之,但在前期会出现明显抑制,低钾处理时其表达量可上调表达,但并不显著。【结论】获得了一个烟草KUP/HAK/KT基因家族新成员NsHAK11,其编码蛋白为主要定位于细胞质膜中的钾转运体,该蛋白广泛存在于各组织器官中,参与叶片响应低温、高温和低钾胁迫的应对机制。

关键词：林烟草生物信息学 KUP/HAK/KT家族 NsHAK11 亚细胞定位基因表达模式

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黄野螟硫氧还蛋白过氧化物酶Tpx基因的鉴定及表达分析

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华中农业大学学报 2018年第2期37卷 56-63页

作者：程杰吕子豪林同华南农业大学林学与风景园林学院广州510642

为阐明硫氧还蛋白过氧化物酶Tpx基因的表达模式并研究温度胁迫对其表达的影响,从黄野螟(Heortia vitessoides)成虫转录组文库中筛选获得黄野螟硫氧还蛋白过氧化物酶Tpx基因全长cDNA,命名为HvTpx(GenBank:MF521978)。序列分析显示,该序... 详细信息

为阐明硫氧还蛋白过氧化物酶Tpx基因的表达模式并研究温度胁迫对其表达的影响,从黄野螟(Heortia vitessoides)成虫转录组文库中筛选获得黄野螟硫氧还蛋白过氧化物酶Tpx基因全长cDNA,命名为HvTpx(GenBank:MF521978)。序列分析显示,该序列开放阅读框长度为588bp,共编码195个氨基酸。HvTpx属于典型2-Cys类Tpx。HvTpx的氨基酸序列与棉铃虫(Helicoverpa armigera)同源性最高,为87%,与其他昆虫的同源性在75%以上。黄野螟与棉铃虫处在系统发育树的同一分支。RT-qPCR分析结果显示:HvTpx在成虫中的表达量高于其他发育阶段;HvTpx在幼虫中肠表达量最高;HvTpx在成虫腹部表达量最高,足部表达量最低;HvTpx在0℃、10℃和35℃的基因表达量显著高于对照(25℃)。结果说明这些温度可以诱导HvTpx表达上调。

关键词：黄野螟硫氧还蛋白过氧化物酶基因表达模式温度胁迫 RT-qPCR

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杂交水稻苗期杂种优势及基因表达与产量的关系分析

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农业生物技术学报 2021年第1期29卷 23-34页

作者：王颖姮徐靖蔡秋华林强何炜谢鸿光谢华安张建福福建省农业科学院水稻研究所农业部华南杂交水稻种质创新与分子育种重点实验室/福州(国家)水稻改良分中心/福建省作物分子育种工程实验室/福建省水稻分子育种重点实验室/福建省作物种质创新与分子育种省部共建国家重点实验室培育基地/杂交水稻国家重点实验室华南研究基地/水稻国家工程实验室海南省农业科学院粮食作物研究所/海南省农作物遗传育种重点实验室

植物在发育早期就呈现出明显的杂种优势,苗期是水稻(Oryza sativa)株型形态建成和产量形成的重要时期。为了解苗期杂种优势及基因表达与产量杂种优势的相关性、探索通过水稻苗期表现预测杂交稻产量潜力的可能性,本研究选取杂交水稻有代... 详细信息

植物在发育早期就呈现出明显的杂种优势,苗期是水稻(Oryza sativa)株型形态建成和产量形成的重要时期。为了解苗期杂种优势及基因表达与产量杂种优势的相关性、探索通过水稻苗期表现预测杂交稻产量潜力的可能性,本研究选取杂交水稻有代表性亲本18份,配制45个不完全双列杂交组合,系统考查杂交组合苗期根和苗的杂种优势、基因表达及其与单株产量之间的关系。研究结果表明,同一时期根和苗的性状间、同一组织不同时期性状间都有相关性,苗期性状间有12对性状相关性显著(P<0.05),有2个苗期性状与田间单株产量呈正相关(P<0.05);杂交稻组合在萌发早期(发芽第3天, 3 d after sowing, 3DAS)杂种优势最高;6个苗期性状的中亲优势(middle parent heterosis, MPH)有13对性状正相关(P<0.01),根长-3DAS,根长-14DAS,株高-3DAS的MPH和单株产量MPH正相关(P<0.05);分析了4个根系发育相关基因在杂交稻组合和亲本间播种后第17天的表达模式,有3个基因与第17天植株的根干重和苗干重相关,4个基因的表达水平均与田间单株产量呈显著相关(P<0.05)。杂交水稻组合在种子萌发早期就表现出极强的杂种优势,苗期根和苗各性状间的杂种优势普遍具有相关性。部分性状的杂种优势以及与性状相关的基因表达水平与成熟期单株产量显著相关。本研究为利用水稻早期性状预测产量杂种优势模型的建立和杂交水稻新品种选育提供了理论基础。

关键词：水稻苗期杂种优势产量相关性基因表达模式

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胡杨耐盐基因PeuHKT1的克隆与表达分析

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分子植物育种 2016年第9期14卷 2312-2318页

作者：胥猛孙子谋刘思安陈彩慧徐立安黄敏仁南京林业大学南方现代林业协同创新中心南京210037 南京林业大学林学院南京210037 江西省林业科学院南昌330013

阳离子转运载体HKT(high-affinity K^+transporter)类蛋白既是高亲和的K^+转运载体,也是一种Na^+转运体,具有Na^+和K^+转运的双重功能,对调节细胞内Na^+/K^+动态平衡起着决定性作用。胡杨长期生长在盐渍化和干旱的土壤环境,对高盐和干... 详细信息

阳离子转运载体HKT(high-affinity K^+transporter)类蛋白既是高亲和的K^+转运载体,也是一种Na^+转运体,具有Na^+和K^+转运的双重功能,对调节细胞内Na^+/K^+动态平衡起着决定性作用。胡杨长期生长在盐渍化和干旱的土壤环境,对高盐和干旱形成了极强的适应能力,是典型的耐盐抗旱植物,成为研究多年生林木抗逆适应机制的理想材料。以胡杨根系为材料,本研究克隆鉴定了一个胡杨Peu HKT1基因,该基因含有3个外显子和2个内含子;其c DNA全长为1 076 bp,包括13 bp的5'端非翻译区(5'UTR)和232 bp的3'端非翻译区(3'UTR);长831 bp的开放阅读框(open reading frame,ORF)可编码276个氨基酸;其编码蛋白含有丰富的α-螺旋,存在多个跨膜结构域,蛋白质相对分子量(MW)为31.54 k D;理论等电点(p I)9.36;实时定量PCR技术构建了Peu HKT1基因在高盐胁迫条件下的动态表达模式,探讨了该基因参与胡杨高盐胁迫响应的信号转导途径。

关键词：胡杨 PeuHKT1 盐胁迫基因表达模式

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野生二粒小麦PYL基因家族的鉴定及其在逆境胁迫下的表达特性分析

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麦类作物学报 2022年第1期42卷 1-10页

作者：王振宇杨光赛娜潘文秋宋卫宁聂小军西北农林科技大学农学院陕西杨凌712100 旱区作物逆境生物学国家重点实验室陕西杨凌712100

脱落酸(ABA)是一类重要的植物内源激素,在调控植物生长发育和胁迫响应等方面发挥着关键作用。基因作为ABA的受体,在ABA信号转导过程中发挥着重要作用。为深入发掘野生二粒小麦PYL基因,本研究利用生物信息学对野生二粒小麦的PYL家族进行... 详细信息

脱落酸(ABA)是一类重要的植物内源激素,在调控植物生长发育和胁迫响应等方面发挥着关键作用。基因作为ABA的受体,在ABA信号转导过程中发挥着重要作用。为深入发掘野生二粒小麦PYL基因,本研究利用生物信息学对野生二粒小麦的PYL家族进行全基因组鉴定与分析。结果在野生二粒小麦基因组中共鉴定到24个PYL基因(TdPYLs),分布在1A、1B、2A、2B、3A、3B、4A、4B、7A和7B染色体上,且所有成员均含有PYR-PYL-RCAR-like功能域;系统进化分析发现,24个TdPYL基因可分为3个亚家族,同一亚家族成员间具有相似的基因结构和保守结构域;对这些PYL基因的启动子顺式元件进行预测,发现它们含有大量与逆境胁迫、光调节和ABA响应相关的元件;基于RNA-seq数据的表达特性分析发现,它们在不同组织中以及逆境胁迫下表达差异明显,并鉴定到多个与组织特异性以及胁迫响应相关的PYL基因;进一步对PYL基因的单倍型组成进行分析,发现在野生二粒小麦、栽培二粒小麦和硬粒小麦中PYL基因的遗传变异和单倍型组成具有明显的差异,发生了显著的遗传分化。本研究为深入揭示野生二粒小麦PYL基因的调控功能及其进化机制研究提供了有益信息。

关键词：野生二粒小麦脱落酸 PYL家族基因表达模式干旱及盐胁迫

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基因共表达网络分析揭示马铃薯薯块发育特征及原始抗性

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基因组学与应用生物学 2021年第4期40卷 1737-1747页

作者：颜朗张义正李燕赖先军西昌学院农业科学学院攀西特色作物研究与利用四川省重点实验室凉山615013 四川大学生命科学学院四川省分子生物学及生物技术重点实验室成都610064

转录组测序(RNA-seq)技术提供的全基因组数据信息已广泛应用于研究多个样本之间的基因表达模式和调控机制。通过构建种间或种内基因共表达网络(GCNs)挖掘的表达相关基因在功能上通常是相似的。对于马铃薯(Solanum tuberosum)而言,目前... 详细信息

转录组测序(RNA-seq)技术提供的全基因组数据信息已广泛应用于研究多个样本之间的基因表达模式和调控机制。通过构建种间或种内基因共表达网络(GCNs)挖掘的表达相关基因在功能上通常是相似的。对于马铃薯(Solanum tuberosum)而言,目前有大量的公共转录组测序数据,但是缺乏针对这些高通量数据构建的GCN网络,因此也无法探索在不同基因型、不同组织以及不同环境条件下基因的表达模式及规律。本研究选取16个公共转录组测序数据库构建了GCN网络,这些数据库涵盖了来自全球各地的11个马铃薯栽培种。基于两两间基因表达相关性,我们在GCN网络中发现了一些具有特定生物学意义的基因模块。该网络共由14个基因模块组成并富集到植物光合形态建成、薯块休眠解除等多个生理过程,其中一个模块的134个基因在原始栽培种(ssp. Andigena)中特异性高表达,且通过功能富集发现这些基因与马铃薯病害和逆境的抗性相关。该结果揭示了在马铃薯人工驯化期间基因进化压力出现遗传漂移。本研究中基于GCN网络分析揭示了马铃薯种间和种内基因共表达模块的聚类以及不同模块基因间在进化上的分化,为马铃薯基因功能研究提供了新的视角。

关键词：马铃薯转录组测序基因表达模式共表达基因

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基于油脂合成期油桐种仁转录组数据的α-亚麻酸代谢途径解析

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林业科学 2015年第3期51卷 41-48页

作者：陈昊谭晓风中南林业科技大学经济林培育与保护省部共建教育部重点实验室经济林育种与栽培国家林业局重点实验室长沙410004

【目的】油桐种仁中产出的桐油经济利用价值极高。桐油中α-桐酸的含量高达70%,然而植物体内α-桐酸代谢通路的研究还未见报道,这对直接筛选油桐α-桐酸代谢通路相关酶基因造成一定的困难。α-亚麻酸作为α-桐酸的同分异构体,其代谢通... 详细信息

【目的】油桐种仁中产出的桐油经济利用价值极高。桐油中α-桐酸的含量高达70%,然而植物体内α-桐酸代谢通路的研究还未见报道,这对直接筛选油桐α-桐酸代谢通路相关酶基因造成一定的困难。α-亚麻酸作为α-桐酸的同分异构体,其代谢通路的研究则较为深入,能为α-桐酸代谢通路的解析提供参考。因此,本研究期望在油桐种仁转录组数据的基础上,解析油桐的α-亚麻酸代谢途径,为油桐α-桐酸代谢机理的阐明提供理论参考。此外,通过调控这些基因的表达模式以及开发与之紧密连锁的分子标记,可大大加快油桐遗传改良和分子育种的进程。【方法】采用RNA-Seq技术对油桐种仁3个不同油脂合成期的转录组进行比较,获得大量差异表达的Unigene,并将这些Unigene归类于128个代谢途径。在此基础上,通过GO分类和Pathway富集性分析,解析油桐α-亚麻酸代谢通路并分析通路中相关酶基因在油脂合成期的表达变化规律。【结果】通过对Ⅰ,Ⅱ,Ⅲ期的油桐种仁RNA测序,共获得长度为200-3000个核苷酸的非冗余Unigene序列58 439条,其中能够比对到公共数据库中已知基因序列的Unigene共有41059条,占所有非冗余基因的70.3%。不同长度的非冗余Unigene序列与数据库中序列匹配的效率不同,越长的序列匹配效率越高。序列长度大于2000 bp的序列匹配效率达到98.28%,而500-1000 bp和100-500 bp的序列分别只有78.86%和48.99%的匹配效率。3个种仁油脂合成期的转录组数据中共有105个Unigene可被富集于α-亚麻酸代谢途径,占所有非冗余Unigene的0.47%。从3个转录组数据的两两比较中鉴别出一些差异表达Unigene,其中也有一些可被富集于α-亚麻酸代谢途径。通过在KEGG数据库中进行检索后发现,105个Unigene序列分别对应于14个α-亚麻酸代谢途径关键酶基因,这些基因在其他物种中都有同源基因与之对应。通过基因表达模式分析发现,整体上与合成代谢相关的基因在油脂合成期呈现上调的表达模式,而与分解代谢相关的基因则呈现下调的表达模式。【结论】在油桐种仁转录组数据的基础上,解析油桐α-亚麻酸代谢途径,获得与α-亚麻酸代谢相关的重要酶基因并分析它们在油脂合成期的表达模式,这对后续研究具有重要的启示作用。

关键词：油桐转录组测序 α-亚麻酸代谢基因表达模式

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樟树WRKY转录因子的克隆与表达分析

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分子植物育种 2018年第15期16卷 4872-4879页

作者：陈彩慧伍艳芳肖蓉章挺胥猛徐立安南京林业大学南方协同创新中心南京林业大学南京210037 江西省林业科学院、国家林业局樟树工程技术研究中心南昌330032

WRKY转录因子超家族在植物生物和非生物胁迫响应、生长发育、代谢过程中起着重要的调控作用。本研究基于樟树叶高通量转录组数据设计特异引物,以芳樟醇型樟树叶片为材料,克隆获得6个CcWRKY转录因子,分别命名为CcWRKY1,CcWRKY2,CcWRKY3,C... 详细信息

WRKY转录因子超家族在植物生物和非生物胁迫响应、生长发育、代谢过程中起着重要的调控作用。本研究基于樟树叶高通量转录组数据设计特异引物,以芳樟醇型樟树叶片为材料,克隆获得6个CcWRKY转录因子,分别命名为CcWRKY1,CcWRKY2,CcWRKY3,CcWRKY4,CcWRKY5,CcWRKY6;序列多重比对显示,CcWRKY蛋白均含有一个保守WRKYGQK氨基酸残基;系统进化分析表明,除CcWRKY2属于第Ⅱ类,其余5个基因均属第Ⅲ类WRKY转录因子亚家族;杨树原生质体瞬时表达结果显示,6个CcWRKY蛋白均定位于细胞核;实时定量PCR检测结果揭示:6个基因在不同组织的表达模式较为相似,均是嫩叶表达量高于花蕾,嫩茎和幼果;在不同化学型中,3个基因CcWRKY1,CcWRKY2,CcWRKY4在芳樟醇型樟叶中优势表达,CcWRKY3在樟脑型叶中表达量相对较高;而CcWRKY5,CcWRKY6的表达均相对较低。推测CcWRKY1,CcWRKY2,CcWRKY4可能参与单萜类化合物芳樟醇的合成调控。

关键词：樟树 WRKY 转录因子蛋白亚细胞定位基因表达模式

来源：评论

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影像-基因组学在脑胶质瘤诊疗中的应用和研究进展

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中华神经外科杂志 2021年第6期37卷 632-636页

作者：张布衣孙崇然张建民浙江大学医学院附属第二医院病理科杭州310009 浙江大学医学院附属第二医院神经外科杭州310009

2016年版世界卫生组织中枢神经系统肿瘤分类推出的新脑胶质瘤诊断规范中,除了组织学类型外,分子遗传学或分子病理学成为脑胶质瘤诊断中的必要组成部分而影像-基因组学是研究成像表型与基因表达模式之间关联性的学科,是对影像学特征和基... 详细信息

2016年版世界卫生组织中枢神经系统肿瘤分类推出的新脑胶质瘤诊断规范中,除了组织学类型外,分子遗传学或分子病理学成为脑胶质瘤诊断中的必要组成部分而影像-基因组学是研究成像表型与基因表达模式之间关联性的学科,是对影像学特征和基因组学资料进行大数据整合,以影像的方式反映分子水平的变异信息,在细胞和分子水平上定性和定量地研究疾病影像-基因组学突破了传统基于组织样本进行基因检测的局限性,将其应用于脑胶质瘤的基因诊断中是目前的研究热点:本文对影像-基因组学在脑胶质瘤诊疗中的应用和研究的进展进行综述。

关键词：中枢神经系统肿瘤脑胶质瘤诊断规范组织学类型基因组学分子病理学基因诊断基因表达模式

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