检索结果-内蒙古大学图书馆

作者：褚方萌大连理工大学

学位级别：硕士

飞蝗是我国主要的农业害虫,蝗灾的爆发给国家和社会造成了巨大的损失。上颚是飞蝗进食及为害的主要工具,其表面覆盖着坚硬耐磨的表皮。因此,如果能够阐明飞蝗上颚坚硬表皮形成的机制,进而通过RNA干扰来沉默其中关键基因的表达,降低飞蝗... 详细信息

飞蝗是我国主要的农业害虫,蝗灾的爆发给国家和社会造成了巨大的损失。上颚是飞蝗进食及为害的主要工具,其表面覆盖着坚硬耐磨的表皮。因此,如果能够阐明飞蝗上颚坚硬表皮形成的机制,进而通过RNA干扰来沉默其中关键基因的表达,降低飞蝗上颚的机械性能,从而实现对飞蝗的控制。本课题组前期工作已经获得了东亚飞蝗上颚的转录组及蛋白组数据。本论文主要对其中高丰度表皮蛋白基因的生理功能进行了研究,明确了其对上颚硬度的关键性,为设计针对东亚飞蝗的RNA农药提供了新的思路和候选靶标基因。本论文的具体研究内容如下:(1)通过转录组、蛋白组分析,挑选出在东亚飞蝗上颚中高丰度的表皮蛋白基因。通过与东亚飞蝗基因组数据库中的序列进行比对,确定目的基因序列,并从自行构建的cDNA文库中成功调取了目的基因。这四个基因分别是:35501和30044(表皮蛋白CPR-RR2家族);39539和30387(类表皮蛋白)。(2)利用实时定量PCR对四个表皮蛋白基因的转录水平进行分析。就时期特异性而言,35501基因和30044基因主要在蜕皮前高转录水平,但35501基因转录水平明显高于30044基因。39539基因在蜕皮前后均高转录水平,30387基因在蜕皮后高转录水平。就组织特异性而言,35501基因、39539基因和30044基因均在表皮中高转录水平,30387基因在前肠、气管、马氏管中有高转录水平。(3)利用RNA干扰(RNAi)对四个表皮蛋白基因的生理功能进行研究。对五龄东亚飞蝗进行特异性dsRNA的注射后,目的基因转录水平明显下调,35501、39539、30044和30387基因的转录水平分别被下调了88.7%、74.3%、85.0%和71.7%。表型分析发现,35501基因被沉默后,飞蝗的异常率达到了93.3%。其中33.3%的若虫因蜕皮线未完全打开,在蜕皮开始时死亡;16.7%的成虫出现严重畸形;43.3%的成虫出现翅和腿的畸形,成虫上颚硬度下降37.4%,表面出现褶皱且光泽度降低。39539基因被沉默后,飞蝗的异常率达到了90%,其中13.3%的飞蝗在蜕皮过程中死亡,76.7%的飞蝗蜕皮后出现腿部和翅的异常,成虫上颚硬度下降45.0%,上颚的锯齿部位出现严重变形。30044基因被沉默后,飞蝗的异常率达到了83.3%,这些飞蝗蜕皮后出现翅的异常,上颚表面光泽度降低,在硬度上并未检测出明显变化。30387基因被沉默后,飞蝗的异常率达到80%,蜕皮后都表现出翅和腿的异常,上颚表面光泽度下降,硬度无变化。

关键词：东亚飞蝗表皮蛋白基因表达模式 RNAi 纳米压痕

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茭白Zl-PINs基因功能分析

茭白Zl-PINs基因功能分析

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作者：虞悦中国计量大学

学位级别：硕士

菰黑粉菌侵染茭白植株后能够诱导植株茎部膨大形成肉质茎,茭白植株茎部膨大发育期间,茎部顶端生长、花器官发育及茎部木质化分化被显著抑制,可能与IAA（Indole-3-aceticacid）极性运输调节相关的茎部IAA含量变化相关。PIN（Pin Formed... 详细信息

菰黑粉菌侵染茭白植株后能够诱导植株茎部膨大形成肉质茎,茭白植株茎部膨大发育期间,茎部顶端生长、花器官发育及茎部木质化分化被显著抑制,可能与IAA（Indole-3-aceticacid）极性运输调节相关的茎部IAA含量变化相关。PIN（Pin Formed）是植物IAA极性运输重要输出载体,其介导的IAA极性运输参与植物生长发育的多个进程调控,包括植物顶端优势、维管发育模式、向性生长、形态建成及器官发育。本研究克隆获得茭白IAA极性运输相关Zl-PINs家族基因,并对其在茭白植株不同组织部位表达进行分析,阐明了菰黑粉菌侵染对茭白茎部Zl-PINs基因的抑制调节作用,明确了其在茎部发育进程中的表达模式,筛选获得在茭白茎部膨大发育中具有重要调节作用的Zl-PIN1c基因。采用PIN1抗体进行免疫荧光杂交,明确了Zl-PIN1蛋白在茭白茎部及须根细胞膜底的定位表达。构建了Zl-PIN1c的过表达遗传转化载体,烟草瞬时表达的亚细胞定位进一步明确了Zl-PIN1c在叶肉细胞中细胞膜及内质网的表达定位;构建并筛选获得了Zl-PIN1s过表达的拟南芥转基因株系,结合外源IAA处理,明确了Zl-PIN1c过表达对拟南芥须根及茎部生长发育的促进作用,比较分析了3个ZlPIN1s基因在拟南芥中的生物学功能表型差异,为后续菰黑粉菌侵染诱导茭白茎部膨大发育期间的IAA极性运输调节模式分析提供技术支撑及理论依据。主要结果如下:一、茭白Zl-PINs基因全长克隆克隆获得茭白Zl-PIN2、Zl-PIN3a,Zl-PIN4及Zl-PIN9基因全长序列,均具有生长素膜转运蛋白特有的Mem_trans结构域。Zl-PIN2 c DNA全长为1554 bp,编码517个氨基酸,与短花药野生稻关系较近,氨基酸序列相似性为90.52%;Zl-PIN3a c DNA全长为1743 bp,编码580个氨基酸,与短花药野生稻关系较近,氨基酸序列相似性为82.42%;Zl-PIN4 c DNA全长为1149 bp,编码382个氨基酸,与乌拉尔图小麦关系较近,氨基酸序列相似性为70.50%;Zl-PIN9 c DNA全长为1287 bp,编码428个氨基酸,与狗尾草关系较近,氨基酸序列相似性为为72.39%。二、Zl-PINs基因在茭白植株中的表达模式分析菰植株组织部位表达分析发现,克隆的Zl-PINs基因中,茎部表达的主要基因是Zl-PIN1a,Zl-PIN1b和Zl-PIN1c,Zl-PIN1c基因在茎部的表达量最高,ZlPIN1c表达量显著高于其他Zl-PIN基因（P<0.05）,Zl-PINs主要在茎部和根部表达,在叶片和叶鞘中的表达量较低,初步筛选Zl-PIN1c是茭白茎部生长发育相关的重要基因。菰黑粉菌侵染菰植株后,菰茎部的Zl-PINs基因响应菌丝侵染,Zl-PIN1s基因的表达受到菌丝的显著抑制,可能与后续发育期间茭白植株茎部顶端生长发育抑制相关。两种孕茭表型间的表达模式分析发现,Zl-PIN1c是茭白茎部膨大发育的主要基因,正常茭白茎部膨大发育期间的茎部伸长可能与Zl-PIN1c的恢复表达相关。三、Zl-PIN1s在茭白植株不同组织细胞中的定位分析采用拟南芥PIN1抗体对茎部及须根的组织切片进行免疫荧光杂交检测分析,显微观察发现:茭白植株茎部PIN1s蛋白定位于维管束周围细胞的细胞膜基部,须根分生区细胞中的PIN1s蛋白定位于细胞膜基底部,内质网中也观察到PIN1s蛋白表达。烟草瞬时表达的亚细胞定位分析发现,Zl-PIN1c主要在叶肉细胞的细胞膜及内质网中表达,进一步验证了Zl-PIN1s的免疫荧光定位分析结果,与已报道的At PIN1的定位研究基本一致。四、Zl-PIN1s过表达拟南芥转基因株系筛选及生物学功能分析构建pFGC-Egfp-Zl-PIN1s过表达遗传转化载体,构建并筛选获得过表达ZlPIN1c的拟南芥转基因阳性株系,并对其进行了表达验证分析;通过外源IAA处理,结合转基因拟南芥幼苗根系的生长发育观察,明确了3个Zl-PIN1s基因对拟南芥根长及须根数量的显著促进作用,其中Zl-PIN1c的促进效果最佳;通过地上部分生物学表型观察,分析了Zl-PIN1c过表达对拟南芥植株茎部发育的促进作用,Zl-PIN1c过表达转基因株系的花枝发育优于对照株系,初步阐明了Zl-PIN1c的生物学功能,为其在茭白茎部发育中的调节机制研究奠定了基础。

关键词：茭白菰黑粉菌茎部膨大发育 IAA极性运输 Zl-PINs 基因表达模式基因功能

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蓖麻miR396-GRF/GIF调控模块的鉴定及RcmiR396a基因编辑的初探

蓖麻miR396-GRF/GIF调控模块的鉴定及RcmiR396a基因编辑的初探

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作者：邢海彦东北林业大学

学位级别：硕士

蓖麻(Ricinus communis L.)属大戟科,蓖麻油是四大不可食用油之一,是重要的工业用油。蓖麻在各种恶劣的土壤环境中都能顽强生长,具有耐旱、耐贫瘠、耐盐碱诸多优点。由于蓖麻基因组信息不完善,其分子机理方面的研究鲜有报道。miR396是... 详细信息

蓖麻(Ricinus communis L.)属大戟科,蓖麻油是四大不可食用油之一,是重要的工业用油。蓖麻在各种恶劣的土壤环境中都能顽强生长,具有耐旱、耐贫瘠、耐盐碱诸多优点。由于蓖麻基因组信息不完善,其分子机理方面的研究鲜有报道。miR396是一类保守的内源非编码miRNAs,生长调节因子GRF和GRF互作因子GIF是较为保守的转录因子家族,在调节植物的生长发育和响应生物及非生物胁迫中发挥着至关重要的作用。蓖麻全基因组测序的完成为从分子层面揭开蓖麻miR396-GRF/GIF调控机制奠定了基础。本研究首次在蓖麻全基因组数据中挖掘miR396-GRF/GIF调控网络,并对其进行了系统地分析,得出以下结论:1、根据蓖麻全基因组测序信息,从蓖麻基因组中鉴定得到4个蓖麻miR396家族成员和11个GRF及2个GIF转录因子家族成员。2、RcmiR396可靶向所有的RcGRF成员,其中RcmiR396a和RcmiR396b的靶基因相同。3、10个蓖麻GRF家族成员在不同的组织中均有表达,RcGRF3、RcGRF6和RcGRF10在种子中表达量较高,可能暗示了它们在籽粒发育中发挥作用。4、针对预测到的蓖麻miR396a,构建CRISPR-Cas9敲除载体,尝试对miR396a进行基因编辑。

关键词：蓖麻生长发育基因表达模式基因编辑

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水稻Phi GST蛋白质功能研究

水稻Phi GST蛋白质功能研究

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作者：刘妍婧北京林业大学

学位级别：硕士

谷胱甘肽转移酶(GSTs,EC 2.5.1.18)是由一个庞大的基因家族编码。在植物中,根据其基因结构、序列保守性以及底物专一性等特点,可将GST家族分为Phi、Tau、Theta、Zeta、DHAR和Lambda等类型,其中Phi、Tau、DHAR和Lambda是植物所特有。本... 详细信息

谷胱甘肽转移酶(GSTs,EC 2.5.1.18)是由一个庞大的基因家族编码。在植物中,根据其基因结构、序列保守性以及底物专一性等特点,可将GST家族分为Phi、Tau、Theta、Zeta、DHAR和Lambda等类型,其中Phi、Tau、DHAR和Lambda是植物所特有。本文以栽培水稻(Oryza sativa)为研究材料,对水稻Phi GST基因进行了基因结构、基因表达模式及蛋白质功能研究,其主要结果如下:\n 1.从水稻基因组中鉴定出17个全长Phi GST基因,这些基因分布在4条染色体上,其中有12个Phi GST基因在水稻第1和第3条染色体上,形成2个基因簇,其余5个GST基因零散分布在第1、3、5、10四个染色体上。在这17个Phi GST基因中,16个基因具有2个内含子,只有OsGSTF3具有1个内含子。所有Phi类蛋白质具有保守的结构域,蛋白质N端较C端更为保守。\n 2.利用RT-PER鉴定了水稻17个Phi GST基因在正常生长与胁迫条件下,在根、茎、老叶、幼叶和叶鞘中的表达模式。结果发现共有8个基因在所有组织中均表达,预示着这8个GST基因是组成型表达基因;一个基因(OsGSTF10)在所有检测的样品中均未表达;其余8个Phi GST基因在某些特定组织中表达,预示着这些基因发生了功能上的分化。\n 3.克隆了12个水稻Phi GST基因,并在大肠杆菌中进行高效表达,其中5个Phi GST蛋白在大肠杆菌中以包涵体的形式存在,另外7个以可溶蛋白的形式表达,利用亲和层析纯化了7个可溶性的蛋白,对这7个GST蛋白进行了酶学性质研究。底物活性测定结果显示,有5个蛋白对GST特征底物CDNB有活性,对常见底物NBD-Cl和NBC具有活性的各有4个蛋白,有2个蛋白对DCNB有活性。此外,检测到OsGSTF1有抗除草剂的功能,OsGSTF11对Cumene hydroperoxide有活性,具有一定的抗氧化能力,而OsGSTF10、OsGSTF11阳OsGSTF12对DHAR亚家族特征底物脱氢抗坏血酸具有微弱活性。对4个蛋白进行热力学稳定性检测,发现OsGSTF1具有最高的热稳定性,能够在55℃保持80%以上的活性,而OsGSTF2、OsGSTF4、OsGSTF10稳定性相对较差,推测只能在常温下起作用。

关键词：谷胱甘肽转移酶基因表达模式蛋白质功能

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LFY同源基因DFL对甘菊成花的影响

LFY同源基因DFL对甘菊成花的影响

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作者：李芳北京林业大学

学位级别：硕士

甘菊Chrysanthemum lavandulifolium (Fisch. ex Trautv.) Makino属菊科多年生草本植物,是菊花起源的重要亲本之一,植株为二倍体,相对于大多数多倍体、非整倍体、遗传背景复杂的菊花来说其遗传背景相对简单,且与菊花一样属于典型的短日... 详细信息

甘菊Chrysanthemum lavandulifolium (Fisch. ex Trautv.) Makino属菊科多年生草本植物,是菊花起源的重要亲本之一,植株为二倍体,相对于大多数多倍体、非整倍体、遗传背景复杂的菊花来说其遗传背景相对简单,且与菊花一样属于典型的短日照植物,因此可将其作为菊属植物分子生物学研究的理想模式植物。 LEAFY (LFY)基因在植物由营养生长转向生殖生长的过渡阶段发挥重要作用,包括整合多条成花诱导途径信号,启动花分生组织的形成;同时还能够激活花器官特异性基因。DFL基因是甘菊中LFY的同源基因,它对甘菊成花可能起着重要的作用。本研究分析了甘菊LFY同源基因DFL内源表达模式,进行了甘菊DFL转基因植株鉴定及DFL(反义)基因的转化研究,并获得花期改良的植株,借此推断DFL基因在甘菊开花过程中具有重要功能。主要研究结果如下： 1.分离甘菊顶端分生组织中总RNA,使用RT-PCR技术,分析甘菊成花过程中内源DFL基因在甘菊茎端的表达情况发现,对甘菊进行12小时短日照诱导约一周左右,DFL基因在顶端分生组织转变至花器官原基形成时表达水平遵循先升高后降低再升高的模式;在花器官发育阶段,DFL基因在花透色阶段、舌状花露出花苞片时期及花初开期有表达,其中花透色阶段表达较强。这一研究结果表明,DFL基因表达规律与甘菊成花过程密切相关。 2.设计正交试验对甘菊遗传转化体系中4个因素(预培养时间、菌液浓度、侵染时间和共培养时间)在4个水平上进行优化,每个处理组合重复3次,每次每个处理侵染叶盘30个,共侵染2000个叶盘,在设定范围内筛选出了最佳遗传转化体系;外植体预培养2d,菌液浓度OD值为0.8,侵染时间为20min,共培养4d。 3.应用PBI121-ADFL载体,使用农杆菌介导叶盘转化法进行转化试验,将DFL(反义)基因导入甘菊中。研究结果表明,使用浓度为300-400mg/L的羧苄青霉素(Carb)作为抑菌剂,在含有5mg/L卡那霉素的筛选培养基中培养,待长出芽后转移至生根培养基中培养,获得到37株为Kan抗性植株,PCR检测结果发现8个阳性株系,RT-PCR检测表明其中三个株系的内源DFL基因表达水平有所降低。 4.对转DFL基因的甘菊植株进行RT-PCR检测的结果发现,在未转化植株根部检测不到DFL基因表达信号,在转化株系D4根部也没有检测到外源DFL基因表达信号,在D5、D6、D7、D8、D9株系根部则检测到DFL基因表达信号,但不同植株的表达量不同。将转基因T1代种子通过抗生素筛选,扩繁后移栽培养,对其生长发育情况及花期变化观察结果表明,T1代部分转化株系花期相对于未转基因植株提前,其他表型基本没有发生变化。上述研究结果表明,甘菊DFL基因能够促进甘菊提前开花,有望将其用于菊花开花期改良的分子育种实践中。

关键词：甘菊 DFL基因成花转化基因表达模式

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不同水氮处理对小麦生育特性和产量形成能力的影响

不同水氮处理对小麦生育特性和产量形成能力的影响

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作者：金立志河北农业大学

学位级别：硕士

研究小麦品种与水分和氮素之间的协调关系,对小麦生产上优选抗旱品种,充分利用水分和氮素资源,实现小麦的高产、优质、节本增效,保证我国农业可持续发展具有重要意义。本研究以抗旱性不同的小麦品种为材料,对其不同水氮处理下的生长发... 详细信息

研究小麦品种与水分和氮素之间的协调关系,对小麦生产上优选抗旱品种,充分利用水分和氮素资源,实现小麦的高产、优质、节本增效,保证我国农业可持续发展具有重要意义。本研究以抗旱性不同的小麦品种为材料,对其不同水氮处理下的生长发育规律、光合生理和产量形成特性及小麦抗旱相关基因的表达模式进行了研究,主要研究结果如下:1.供试小麦品种石麦22和济麦22在氮水平相同条件下,春季减灌（W1）,小麦的株高、LAI、群体总茎数和干物质积累量随之降低。随着追氮量的增加,水分对上述群体指标的影响减小。春季正常灌水条件下（W2）,济麦22的群个体性状表现优于石麦22,但是,在减灌条件下（W1）,石麦22上述指标明显优于济麦22。2.在较高的供氮水平下（N2）,春季正常灌水可有效地提高小麦叶片的SPAD、P_n、Tr和Gs,降低其胞间二氧化碳浓度（Ci）。供试小麦品种济麦22上述光合生理指标较石麦22表现好。春季减灌,对供试2个小麦品种上述光合生理指标的影响不同,石麦22的SPAD、P_n、Tr和Gs的降低幅度低于济麦22,尤其小麦生育后期两品种各光合指标差异显著。减灌条件下,增施氮肥,两品种的叶绿素含量、光合速率等光合指标明显得到改善。3.在相同氮水平下,减灌处理较正常灌水处理供试小麦叶片细胞保护酶（SOD、POD、CAT）活性增高,MDA含量增加,两个小麦品种以石麦22叶片中的SOD、POD、CAT活性明显高于济麦22,丙二醛含量则显著低于济麦22。这可能是生育后期由于水分亏缺导致细胞膜脂过氧化,活性氧累积,受底物浓度的诱导,细胞保护酶活性增强。4.在低氮减灌处理（W1N1）下,石麦22的产量显著高于济麦22。从产量构成因素来看,减灌条件下供试小麦品种的穗数无明显差异,穗粒数和千粒重下降,且济麦22较石麦22下降幅度大。减灌条件下,增施氮肥（W1N2）,两小麦品种的产量明显得到改善,且石麦22产量较正常灌水和施氮肥处理减产（5.19%）明显低于济麦22（10.94%）。表明水分和氮肥相互协调,共同影响着小麦产量的形成。选用抗旱品种,正常供氮条件下,春季只灌拔节水为品种、水和氮肥的高效组合。5.在不同供氮水平下,NFYA-A3,NFYB-A13,NF-Y subunit C,NF-YB3,NF-YA1,NF-YA3,NFYA-D3,NFYA-A2,NF-YB5和NF-YB9等10个NF-Y家族基因的表达水平对水分亏缺的响应不同,且在不同小麦品种中的表达模式也有区别,该家族基因应答水分亏缺的机理及表达模式还有待于进一步研究。对济麦22叶片转录谱特征分析表明,在减灌条件下有1678个差异表达基因,其中有1241个基因呈现上调趋势,437个基因存在下调趋势。其中766个差异表达基因富集到252个GO功能分类中,121条差异表达基因富集在50个KEGG信号通路中。综上所述,氮素和水分影响了小麦的叶绿素合成和光合碳同化能力,同时改善小麦叶片的渗透调节能力和活性氧的清除能力,进而影响小麦产量和产量构成因素。本研究表明,选用抗旱品种,正常供氮条件下,春季只灌拔节水为品种、水和氮肥的高效组合,水肥利用效率高。对水分亏缺条件下的小麦叶片差异表达基因主要参与氧化还原、代谢和蛋白磷酸化、跨膜运输、转录调控等生物学过程,表明,差异表达基因在上述生物学过程中发挥调控功能。

关键词：小麦水氮处理生长发育产量基因表达模式转录组

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肿瘤表遗传学(九)

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国际遗传学杂志 2011年第1期34卷 50-56页

作者：薛开先江苏肿瘤研究所遗传学研究室

第九讲肿瘤的表遗传学改变(1)1 概述表遗传学是研究没有DNA序列变化、可遗传的基因表达或表型改变。在生命过程中表遗传学机制表现为可遗传、动态和可逆的方式修饰基因表达,对人类正常发育和组织特异性基因表达模式的维持至关重要,表遗... 详细信息

第九讲肿瘤的表遗传学改变(1)1 概述表遗传学是研究没有DNA序列变化、可遗传的基因表达或表型改变。在生命过程中表遗传学机制表现为可遗传、动态和可逆的方式修饰基因表达,对人类正常发育和组织特异性基因表达模式的维持至关重要,表遗传学过程的

关键词：表遗传学改变基因表达模式细胞恶性转化组织特异性正常发育生命过程基因功能表型改变 DNA序列肿瘤制表人类可逆动态

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九香虫溶菌酶基因CcLys的克隆与特征分析

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山地农业生物学报 2019年第4期38卷 1-7页

作者：张振娟齐小浪李尚伟喻廷君杜娟贵州大学昆虫研究所贵州山地农业病虫害重点实验室

九香虫Coridius chinensis是我国一种重要的药食两用昆虫,溶菌酶是一种具有抗菌作用的糖苷水解酶。该研究从九香虫中克隆了一种溶菌酶基因CcLys,其cDNA长883 bp,包含一个669 bp的开放阅读框,编码222个氨基酸。九香虫溶菌酶CcLys的N-端... 详细信息

九香虫Coridius chinensis是我国一种重要的药食两用昆虫,溶菌酶是一种具有抗菌作用的糖苷水解酶。该研究从九香虫中克隆了一种溶菌酶基因CcLys,其cDNA长883 bp,包含一个669 bp的开放阅读框,编码222个氨基酸。九香虫溶菌酶CcLys的N-端包含一段由18个氨基酸组成的信号肽,成熟CcLys形成7个α-螺旋,8个β-折叠片的三维结构。同源性和聚类分析显示CcLys与茶翅蝽Halyomorpha halys溶菌酶的亲缘关系最近。基因表达谱分析表明,CcLys在九香虫的整个发育阶段都有表达,在3龄若虫中表达水平最高;该基因在所检测的成虫组织中都有表达,在脂肪体中表达水平最高。成虫被细菌诱导后,CcLys的表达水平在12 h达到峰值。该研究为进一步明确CcLys基因的功能及开发新型抗菌药物奠定基础。

关键词：九香虫溶菌酶糖苷水解酶基因表达模式

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陆地棉脂氧合酶家族基因的生物信息学及表达分析

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山西农业科学 2021年第5期49卷 531-538页

作者：韩立军刘萌萌刘宝玲王志龙薛金爱李润植山西农业大学分子农业与生物能源研究所山西太谷030801

棉花是我国重要的战略物资,然而在当今全球自然环境恶化的背景下,棉花的生产受到了严重制约。而脂氧合酶(LOX)能够在多种逆境中表现出应激反应,保证植物的正常生长。通过对陆地棉基因组数据的检索比对,鉴定脂氧合酶家族基因,并对其基因... 详细信息

棉花是我国重要的战略物资,然而在当今全球自然环境恶化的背景下,棉花的生产受到了严重制约。而脂氧合酶(LOX)能够在多种逆境中表现出应激反应,保证植物的正常生长。通过对陆地棉基因组数据的检索比对,鉴定脂氧合酶家族基因,并对其基因结构、蛋白理化性质、进化关系进行生物信息学分析以及对不同组织和冷、热、盐、PEG共4种非生物胁迫下的基因表达模式进行分析后,进一步对陆地棉幼苗4℃冷胁迫处理下的差异基因进行RT-qPCR分析。结果显示,共鉴定出22个GhLOX家族基因,不均匀分布于A和D基因组的15条染色体上,编码775~919个氨基酸,多为酸性亲水性蛋白,其中,有6个定位于细胞质中,16个定位于叶绿体中;进化关系显示,GhLOX家族基因分为9-GhLOX、13-GhLOX I、13-GhLOX II共3个亚家族;基因结构显示,保守基序由5个组氨酸残基相连的38个氨基酸组成,13-GhLOX I、13-GhLOX II亚家族相比于9-GhLOX亚家族基因结构相差较大。GhLOX家族基因在11个组织和4种非生物胁迫下存在差异表达,进一步对4℃低温处理下的6个GhLOX基因表达量分析表明,GhLOX-A5和GhLOX-D5基因可以快速响应低温胁迫。研究结果可为后续GhLOX家族基因在陆地棉冷胁迫中的功能研究奠定基础,也为棉花高产提供一定的理论依据。

关键词：陆地棉脂氧合酶(LOX) 生物信息学基因表达模式冷胁迫

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用于空间分辨转录组学数据分析的统计方法

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生物过程 2023年第1期13卷 57-63页

作者：王琳赵桂华上海理工大学理学院上海

近年来,空间转录组学的发展使得对细胞转录组及其空间位置进行多重分析得以实现。伴随着实验技术能力与效率的日益提升,发展分析方法的要求也逐渐显现。生成空间分辨转录组(SRT, Spatially Resolved Transcriptome)数据的技术正在迅速改... 详细信息

近年来,空间转录组学的发展使得对细胞转录组及其空间位置进行多重分析得以实现。伴随着实验技术能力与效率的日益提升,发展分析方法的要求也逐渐显现。生成空间分辨转录组(SRT, Spatially Resolved Transcriptome)数据的技术正在迅速改进,并应用于研究各种生物组织。研究空间定位基因表达如何为不同组织发育提供新的见解是至关重要的。我们回顾了用于分析不同SRT数据集的可用包,重点是识别空间可变基因(SVGs, Spatially Variable Genes)。另外,在测序方案不断开发的过程中,有必要对现有分析方法中的基本假设进行重新评价与调整,以便使用越来越复杂的数据。为启发和协助今后模型开发工作,这里将对空间转录组学统计学习方法研究新进展进行综述,归纳出有用资源并介绍今后的挑战与机遇。

关键词：基因表达模式空间分辨转录组统计分析

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