检索结果-内蒙古大学图书馆

作者：陈威震第一军医大学

学位级别：硕士

Barrett食管(BE)是食管鳞状上皮在胃肠反流物长期作用下被单层柱状上皮所取代的病变。目前普遍认为食管腺癌(EA)几乎都由BE发展而来，发病过程为由反流性食管炎并发BE，可能再发生异型增生及恶变。近年发现BE的患病率很高，因此对BE的... 详细信息

Barrett食管(BE)是食管鳞状上皮在胃肠反流物长期作用下被单层柱状上皮所取代的病变。目前普遍认为食管腺癌(EA)几乎都由BE发展而来，发病过程为由反流性食管炎并发BE，可能再发生异型增生及恶变。近年发现BE的患病率很高，因此对BE的监测和对伴有重度异型增生的BE患者的鉴别具有重要意义。BE及EA的诊断主要通过内镜进行，食管上皮肠型化生及异型增生无特征性的内镜征象，确诊常需依靠组织病理学检查。但BE患者进行内镜随访的最合适间隔却无法确定。大多数研究者认为应根据异型增生的程度决定随访时间，即使是这样，反复进行的内镜检查对大多数患者而言都是难以承受的负担。我们试图筛查出与BE相关的基因表达水平变化，以期作为肿瘤标志物评估BE患者发生EA的风险。一、应用基因芯片技术筛查BE相关基因 Rnalocker是一种组织保护剂，能在非冻状态下保持新鲜组织细胞中RNA分子的完整性。因Rnalocker能迅速抑制组织中RNA酶的活性，使基因表达在发生应急改变前就得以锁定，故从中提取RNA的质量跟液氮保存的样品相同。同时样品的保存不需液氮，干冰或-80℃冰箱，使样品的保存和运输变得容易和便宜。我们使用Rnalocker替代液氮进行了样本保存。每张芯片杂交需要50～200μg总RNA或2～5μg mRNA，许多体积较小的样本不能满足这一要求。而PCR扩增效率受cDNA模板长度影响，因此不能用于芯

关键词： Barrett食管食管腺癌基因表达谱基因芯片基因表达系列分析

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系统性红斑狼疮外周血单个核细胞基因表达模式

系统性红斑狼疮外周血单个核细胞基因表达模式

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作者：江薇华中科技大学

学位级别：硕士

第一部分系统性红斑狼疮外周血单个核细胞基因表达系列分析文库的生物信息学分析目的分析已构建的系统性红斑狼疮外周血单个核细胞基因表达系列分析文库,勾画系统红斑狼疮外周血单个核细胞的基因表达模式。方法利用SAGE 2000V 4.5对已... 详细信息

第一部分系统性红斑狼疮外周血单个核细胞基因表达系列分析文库的生物信息学分析目的分析已构建的系统性红斑狼疮外周血单个核细胞基因表达系列分析文库,勾画系统红斑狼疮外周血单个核细胞的基因表达模式。方法利用SAGE 2000V 4.5对已建立的SAGE文库产生的测序文件进行统计分析,上传SLE患者20个高表达基因到http://***/david/***,得到基因的功能注释,利用卡方检验筛选表达差异的基因。结果文库测序共1814个SAGE标签(tag),由1286序列不同的tag组成。这些tag中,单拷贝tag占86.6%,仅0.2%tag多于20拷贝。与已知表达序列相配的tag占68.4%,其中41.1%的tag能与多个表达序列匹配;31.6%的tag不能和已知表达序列配对,它们可能代表新基因。20个高表达基因与正常人文库比较发现3个差异表达的基因。结论研究勾画出系统性红斑狼疮外周血单个核细胞基因表达概貌。通过对比分析正常人和SLE患者的SAGE文库的生物学信息,将有助于我们了解系统性红斑狼疮的发病机制。第二部分RT-PCR验证系统性红斑狼疮外周血单个核细胞SAGE文库中神经颗粒素的差异表达目的测定神经颗粒素在系统性红斑狼疮患者和正常人中的表达情况。方法SAGE生物学分析。RT-PCR的方法验证35例系统性红斑狼疮患者和15例正常人神经颗粒素mRNA表达水平,分析神经颗粒素mRNA表达水平与SLE活动性指数(SLEDAI)相关性。结果比较系统性红斑狼疮患者和正常人SAGE文库筛选出差异表达基因神经颗粒素,活动期SLE神经颗粒素mRNA水平高于缓解期(p<0.05)及正常对照组(p<0.001),缓解期高于正常对照组(p<0.05)。系统性红斑狼疮患者Ng mRNA水平与SLEDAI正相关。结论系统性红斑狼疮外周血单个核细胞神经颗粒素高表达,与SAGE文库结果一致,神经颗粒素可能参与了SLE免疫细胞内异常的信号传导途径

关键词：红斑狼疮,系统性基因表达系列分析外周血单个核细胞红斑狼疮,系统性基因表达系列分析外周血单个核细胞神经颗粒素

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小鼠胚胎着床前期LongSAGE文库构建、验证及相关基因研究

小鼠胚胎着床前期LongSAGE文库构建、验证及相关基因研究

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作者：黄德培重庆医科大学

学位级别：硕士

使自己种群数量不断扩大,是所有生物个体在自然界生存的最终目标,因此繁衍后代是每个生物个体一生中最重要的大事。而生命的产生自古以来就是人们最关注的问题,开展对生殖领域的研究,对人类本身有着非凡的意义。在人和哺乳动物生殖过程... 详细信息

使自己种群数量不断扩大,是所有生物个体在自然界生存的最终目标,因此繁衍后代是每个生物个体一生中最重要的大事。而生命的产生自古以来就是人们最关注的问题,开展对生殖领域的研究,对人类本身有着非凡的意义。在人和哺乳动物生殖过程中,胚胎着床是建立妊娠的第一步,是决定妊娠成功与否的关键。成功的着床取决于两个条件:1、处于容受态的子宫内膜和具有侵入性的胚胎;2、两者间的同步协调反应。要达到这两点,母体与胚胎必须从一开始就建立密切的物质和信息联系。有多种分子和细胞水平的调控因子参与这一过程,如内分泌、旁分泌、邻分泌调节因子等,并通过多种细胞信号传导从时间和空间上对胚胎和子宫进行精细调控。但是子宫内膜处于容受态允许胚胎着床的时间极短,称为“着床窗口期”。胚胎通过脱去透明带、定位、黏附、侵入、着床等几个阶段,在“着床窗口期”内完成妊娠第一步。由于涉及到众多基因的调控以及错综复杂的调节因子网络的参与,胚胎着床和早期发育的详细分子机制一直不甚清楚,是生殖研究的热点。目的: 获取与胚胎着床明显相关的基因,并探讨这些基因在小鼠胚胎着床过程中可能的作用机制,为最终阐明胚胎着床分子机理奠定重要的实验基础。方法: 采用基因表达系列分析技术构建小鼠胚胎着床前期(d3)子宫内膜LongSAGE基因文库,并与我们之前构建的着床窗口期(d5)子宫内膜LongSAGE基因文库进行了比较分析。通过RT-PCR对该文库的可靠性进行了验证。此外,我们还采用3’-RACE技术对这一标签文库中某些未知片段作了进一步分析和数据库比对。结果: 结果显示,从构建好的d3 LongSAGE文库中挑选克隆113个进行测序,测序一共得到标签1697个,特异性标签为1222个,其中单一匹配标签625个(占51%),多重匹配标签305个(占25%),新标签(未知标签)293个(占24%)。与我们先前构建的着床窗口期(d5)LongSAGE基因文库(本课题组另一博士生完成)进行比较分析,有17个LongSAGE标签在d3的表达水平显著高于d5(大于25倍),有5个LongSAGE标签在d5的表达水平明显高于d3(大于20倍)。有3个未知标签在d3的表达水平显著升高(比d5至少升高12倍),有2个新标签在d5高表达(与d3相比,升高4～5倍)。我们选取了7个差异表达明显的已知基因进行了RT-PCR验证。对15个差异表达明显的未知标签进行3’-RACE分析,其中1个未知标签在相关数据库中成功找到了其对应的基因(gi:34538597)。结论: 1、本研究成功构建了小鼠胚胎着床前期(d3)LongSAGE基因文库,并与小鼠胚胎着床期(d5)LongSAGE基因文库进行了比较分析,获得了两者部份差异表达标签。我们还改进了从LongSAGE标签获取cDNA长片段的 2、通过RT-PCR证实了该LongSAGE基因文库的可靠性。 3、采用改良的3’-RACE方法,对该LongSAGE标签文库中的部份未知标签进行了分析,确定了其中一个未知标签(TCATAACGATTAACCTG)属于基因(gi:34538597)。 4、对某些差异表达基因的功能及其在胚胎着床过程中所发挥作用进行了充分的讨论,为胚胎着床机制研究提供了有价值的实验资料。

关键词：小鼠子宫内膜着床基因表达系列分析 3’-RACE

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猪胚胎骨骼肌LongSAGE文库的构建

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农业生物技术学报 2007年第1期15卷 171-172页

作者：唐中林万平李小平李勇赵书红刘榜李奎华中农业大学动物遗传育种教育部重点实验室上海华冠生物芯片公司

基因表达系列分析(SAGE,serial analysis of gene express)技术(Velculescu et al.,1995)是一种高通量基因表达分析技术,目前已在人、动物、植物、微生物等许多研究领域广泛应用(Renu and Narendra,2004)。LongSAGE是Saha et al.(2002)对原始SAGE技术的进一步改良。本研究将该技术用于猪骨骼肌转录谱分析,成功地构建通城猪胚胎骨骼肌LongSAGE文库。

关键词：猪骨骼肌转录组基因表达系列分析

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营养因子变化对真姬菇子实体发育的影响

营养因子变化对真姬菇子实体发育的影响

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作者：谢敏英南京农业大学

学位级别：硕士

真姬菇(Hypsizygus marmoreus)是一种具有很大市场潜力、营养价值很高的食药兼用菌。真姬菇是目前实现了工业化生产的食用菌中栽培周期最长的食用菌之一,子实体的发生量、质量与栽培基质中的营养成分有着密切的关系,然而,商业性栽培所... 详细信息

真姬菇(Hypsizygus marmoreus)是一种具有很大市场潜力、营养价值很高的食药兼用菌。真姬菇是目前实现了工业化生产的食用菌中栽培周期最长的食用菌之一,子实体的发生量、质量与栽培基质中的营养成分有着密切的关系,然而,商业性栽培所用的栽培基质成分复杂,无法精确分析某一营养因子对真姬菇生长发育的影响。已有的关于真姬菇的研究,主要集中于培养条件的优化、生物学特性的研究、有效成分分析、药理作用的研究上,对其遗传学方面的研究仍较薄弱,对真姬菇子实体形成的分子机制上的研究更是空白。本研究以真姬菇SIEF3133菌株为材料,根据其生理生化的特点,设计了32种不同的液体合成培养基。通过对真姬菇在不同培养基上菌丝生长、原基形成和子实体发育状况进行分析,得到适合子实体生长发育的培养基；对真姬菇生长发育期间主要生理指标进行测定；调节葡萄糖浓度,分析葡萄糖浓度变化对真姬菇子实体发育的影响；获得不同葡萄糖浓度下,真姬菇菌丝体阶段和原基阶段的SAGE表达谱,分析比较真姬菇在不同葡萄糖浓度培养基上和不同发育阶段的基因表达差异。本论文的主要实验结果如下： 1.根据真姬菇SIEF3133菌株的生理生化特点设计了32种不同的液体合成培养基,研究碳源(包括葡萄糖、羧甲基纤维素钠、淀粉、麦芽糖、果糖和乳糖)和氮源(L-谷氨酸钠、酵母提取物、胰蛋白胨、酸水解干酪素和硝酸铵)对真姬菇子实体发育的影响。对真姬菇在不同培养基上的生长发育状况进行分析,得到了一种最适合真姬菇子实体发育的液体合成培养基。培养基主要成分如下(g/L)：葡萄糖20g、L-谷氨酸钠2g、酵母提取物5g、蛋白胨3g、酸水解干酪素2g、KH2PO42g、MgSO4·7H2O1.5g、矿质元素溶液(A)10mL、微量元素溶液(B)1mL和维生素溶液(C)1mL。真姬菇在该培养基上能正常发育,最终形成可育孢子的成熟子实体。 2.对真姬菇子实体生长发育期间培养基内主要生理指标(生物量、还原糖、总糖含量、蛋白质和氨基酸含量)进行测定,在原基形成前每6天取样测定一次,而原基形成后每2天取样测定一次。结果显示,菌丝体生物量在培养结束后达到0.65g,而培养基内的营养因子的含量总体上呈不断下降的趋势,还原糖含量从2g持续下降至0.3g,而总糖的变化比较复杂,氨基酸含量从0.33g降至0.15g,可溶性蛋白的含量则在培养过程中出现多次波动。对上述各生理指标的变化进行比较发现：营养因子的变化与菌丝生长发育有着密切的联系。 3.通过调节培养基内葡萄糖的浓度,研究其对真姬菇原基形成的影响。培养基内葡萄糖浓度分别为10g/L、20g/L、30g/L和40g/L,结果表明：培养基内葡萄糖的浓度不仅影响真姬菇原基形成的速度,还影响其形成的原基的形态；当其浓度达到40g/L时,原基呈现丛生状态。 4.应用基因表达序列分析技术(SAGE)对不同葡萄糖浓度下(10g/L和40g/L),真姬菇菌丝和原基阶段的基因表达进行研究。10-m1、10-m2、40-m3和40-m4这4个SAGE文库分别产生3665084、3713976、3528430和3783886个标签,其中特异标签数分别有176028、185985、186925和180610个。由于真姬菇尚无公布的基因组数据库,我们将这些标签与NCBI上登录的担子菌基因组中标注的基因进行比对,结果显示：10-m1、10-m2、40-m3和40-m4内分别有237、252、260和241个特异标签与基因组内标签匹配。对这些SAGE文库内的标签进行比较分析后发现,无论在哪种培养基上,多个基因都在菌丝和原基阶段之间差异表达,这些基因可能参与真姬菇原基的发育,对其正常发育起着一定的作用。

关键词：真姬菇营养因子子实体发育基因差异表达基因表达系列分析

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杂交基因生物信息分析和平台构建

杂交基因生物信息分析和平台构建

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作者：高文正吉林大学

学位级别：硕士

本文首先讨论了杂交作物的背景以及一些先进的基因提取技术,然后通过具体的实验数据论述了超级杂交稻LYP9(LiangYouPei9,两优培九)与其亲本在相同组织中的基因差异,从而辨别其在成长后表现性状的差异。接下来开展了构建基于J2EE的HRGD... 详细信息

本文首先讨论了杂交作物的背景以及一些先进的基因提取技术,然后通过具体的实验数据论述了超级杂交稻LYP9(LiangYouPei9,两优培九)与其亲本在相同组织中的基因差异,从而辨别其在成长后表现性状的差异。接下来开展了构建基于J2EE的HRGD分析平台的工作,采用J2EE中的JSP、JavaBean以及Hibernate技术来构建该平台的基础组件框架。基于MVC的开发平台包含了一系列互相合作的类,使用JSP与JavaScript控制前台的页面显示,利用Hibernate数据库映射服务技术,通过JavaBean对后台进行逻辑控制。讨论了该分析平台的整体架构,从对该平台的分析到平台设计,都进行了比较详细的阐述。通过HRGD分析平台,访问者可以通过查询得到水稻等农作物不同组织相关的基因信息。利用提供的生物工具得到一些组织的详细基因数据以及功能信息,这些信息数据可以通过列表或者视图的形式展现给使用者。最后从代码角度对该平台的Tool模块进行了详细的说明。这样不仅可以从软件工程的角度了解该平台的整体开发过程,还可以明确对于使用者不同的操作后台运行的情况。

关键词：杂种优势基因表达系列分析基因表达谱杂交水稻两优培9

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核酸的定量技术研究进展

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药学进展 2006年第9期30卷 385-390页

作者：王宇刘景晶中国药科大学生命科学与技术学院江苏南京210009

综述近年来分子生物学和生物医学研究中核酸定量的新技术,如实时定量聚合酶链式反应技术、竞争性定量聚合酶链式反应技术、基因表达系列分析、微阵列技术等,并介绍这几种技术的原理、优缺点和应用情况。

关键词：核酸定量聚合酶链式反应基因表达系列分析微阵列

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植物基因差异表达的研究方法及进展

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海南大学学报（自然科学版） 2006年第3期24卷 309-316页

作者：汤华帅爱华向福英海南大学生命科学与农学院湖北省恩施职业技术学院湖北恩施445000 海南大学人事处海南海口570228

对目前在植物基因差异表达研究领域主要采用的消减杂交,DDRT-PCR,cDNA-RDA,cDNA-AFLP,SSH,基因芯片和SAGE等研究方法的原理、特点、研究进展以及发展趋势进行了综述.这些方法各有特点,可根据研究工作的需要选择合适的研究方法.

关键词：基因差异表达消减杂交差异显示PCR cDNA代表性差异分析 cDNA-AFLP 抑制消减杂交基因芯片基因表达系列分析

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一种构建和生产限制性内切酶Ecop15I的方法

一种构建和生产限制性内切酶Ecop15I的方法

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作者：陆毅祥陈莉黄兵孙云成戴雪朱远源 226016 江苏省南通市经济技术开发区常兴路76号

本发明提供了一种构建和生产重组III型限制性内切酶Ecop15I的方法。III型限制性内切酶Ecop15I在基因表达系列分析具有重要作用，而传统方法难以实现大规模的表达和纯化。本发明利用基因重组的方法，人工合成融合有纯化标签的Ecop15I的2... 详细信息

标准号: CN101538579B

本发明提供了一种构建和生产重组III型限制性内切酶Ecop15I的方法。III型限制性内切酶Ecop15I在基因表达系列分析具有重要作用，而传统方法难以实现大规模的表达和纯化。本发明利用基因重组的方法，人工合成融合有纯化标签的Ecop15I的2个亚基片段，分别克隆到原核共表达载体pACYCDuet-1的两个独立表达单元中。在IPTG诱导下，具有独立的T7启动子、核糖体结合位点、起始密码子和终止密码子表达单元在大肠杆菌中，同时独立表达酶的2个亚基，并折叠成具有生物学活性的复合结构。再通过Ni亲和层析和DEAE离子交换层析的方法进行纯化。最终得到了产量较高，活力和稳定性较好的重组型Ecop15I内切酶，从而为大规模生产提供了有效的途径。

关键词：限制性内切酶基因表达系列分析核糖体结合位点离子交换层析大肠杆菌生物学活性表达载体纯化标签复合结构基因重组起始密码亲和层析启动子重组型折叠原核诱导克隆终止融合活力

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水稻幼苗SAGE文库的构建和测序

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泉州师范学院学报 2006年第2期24卷 83-88页

作者：孙亮先泉州师范学院模式生物研究中心福建泉州362000

基因表达系列分析(Serial analysis of gene expression,SAGE)是功能基因组学研究中的一项功能强大的工具.对水稻幼苗SAGE文库的构建进行了探索试验,其主要操作步骤为:以磁珠法提取PolyA mRNA用于合成双链cDNA,再经过一系列的酶切、加... 详细信息

基因表达系列分析(Serial analysis of gene expression,SAGE)是功能基因组学研究中的一项功能强大的工具.对水稻幼苗SAGE文库的构建进行了探索试验,其主要操作步骤为:以磁珠法提取PolyA mRNA用于合成双链cDNA,再经过一系列的酶切、加接头序列、连接、PCR扩增,获得到26-bp的水稻双标签体,再将26-bp Ditag连接成标签链接体,并将其克隆进pZero-1载体中用于测序.DNA测序结果证明获得了水稻的SAGE标签.试验的各个中间步骤的结果均经过PCR验证.

关键词：水稻基因表达系列分析基因文库构建测序

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