检索结果-内蒙古大学图书馆

基于基因表达综合数据库芯片的类风湿关节炎生物标志物的筛选与生物信息学分析

西安交通大学学报（医学版） 2020年第4期41卷 544-552页

作者：赵倩倩尤红俊肖丹黄婧何岚西安交通大学第一附属医院风湿免疫科陕西西安710061 空军军医大学第一附属医院临床免疫科陕西西安710032 陕西省人民医院心血管内科陕西西安710068

目的对类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)基因芯片数据进行生物信息学分析,寻找表达特征基因谱。方法利用GEO2R对基因表达综合数据库中筛选出的RA芯片进行基因差异表达分析,采用DAVID 6.8及R语言进行基因功能注释GO富集分析和KEGG... 详细信息

目的对类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)基因芯片数据进行生物信息学分析,寻找表达特征基因谱。方法利用GEO2R对基因表达综合数据库中筛选出的RA芯片进行基因差异表达分析,采用DAVID 6.8及R语言进行基因功能注释GO富集分析和KEGG通路富集分析,String-db数据库进行蛋白互作分析,并以Cytoscape3.7.1软件获取关键靶基因。结果RA患者膝关节分离出的滑膜组织中1184个基因差异表达具有统计学意义,其中664个表达上调,520个表达下调。差异表达基因被富集到信号转导、质膜和蛋白结合等70个不同的GO子集及细胞因子-细胞因子受体相互作用、破骨细胞分化、类风湿关节炎、Th17细胞分化和IL17信号通路等62个信号通路上。蛋白互作网络分析筛选出19个关键靶基因,包括NKG7、BCL6、SEMA4D、NFIL3、RAC2、MLIP、SEL1L3、GUSBP11、IGLV1-44、IGLJ3、IGLC1、IGKV1OR2-118、IGKV1OR2-108、IGKC、IGHV4-31、IGHV3-23、IGHM、IGHD和CYAT1。结论对基因表达综合数据库中RA的芯片数据分析所筛选出的部分差异表达基因,均涉及影响RA滑膜炎症发生发展的关键环节,可为该疾病的早期诊断或靶向药物的研发提供重要的实验理论依据。

关键词：类风湿关节炎基因表达综合数据库差异表达基因生物信息学

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基于基因表达综合数据库芯片挖掘结合网络药理学与分子对接探讨芒果苷治疗口腔黏膜下纤维化的机制研究

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华西口腔医学杂志 2024年第4期42卷 444-451页

作者：宋子毅杨超张云龙张柱江任天娇张欣悦李雪齐齐哈尔医学院口腔医学院齐齐哈尔161006 齐齐哈尔医学院医学技术学院齐齐哈尔161006 齐齐哈尔医学院公共卫生学院齐齐哈尔161006 齐齐哈尔医学院基础医学院齐齐哈尔161006

目的基于基因表达综合(GEO)数据库芯片挖掘、网络药理学及分子对接技术探讨芒果苷(MF)治疗口腔黏膜下纤维化(OSF)的核心作用靶标及潜在作用机制。方法基于GEO芯片挖掘OSF的潜在治疗靶点,利用数据库预测MF潜在作用靶标和收集OSF疾病靶标... 详细信息

目的基于基因表达综合(GEO)数据库芯片挖掘、网络药理学及分子对接技术探讨芒果苷(MF)治疗口腔黏膜下纤维化(OSF)的核心作用靶标及潜在作用机制。方法基于GEO芯片挖掘OSF的潜在治疗靶点,利用数据库预测MF潜在作用靶标和收集OSF疾病靶标,使用EVenn平台绘制维恩图,STRING数据库绘制蛋白质互作(PPI)网络,DAVID平台进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,Cytoscape 3.10.1软件绘制药物—靶标—通路—疾病网络图,AutoDocktools 1.5.6软件进行分子对接分析及可视化。结果从多种数据库挖掘得到MF潜在靶标356个,OSF疾病靶标360个,选取PPI网络中排名前15个关键靶蛋白,GO功能及KEGG通路富集分析结果显示,MF治疗OSF主要涉及高级糖基化终末产物-受体(AGE-RAGE)、表皮生长因子受体(EGFR)等信号通路。分子对接显示,MF与丝氨酸蛋白激酶(AKT1)、肿瘤坏死因子(TNF)等核心靶点有较佳结合活性。结论MF可能通过多靶点、多途径的方式对OSF发挥治疗作用。

关键词：口腔黏膜下纤维化芒果苷基因表达综合数据库网络药理学分子对接

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基于基因表达综合数据库的缺血性卒中缺氧相关差异基因表达分析

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中国脑血管病杂志 2023年第12期20卷 825-836页

作者：苏允琦蒋兴伟马骏巩家媛高锋华安华英宁畅文魏汉琪刘鹏宇王哲于群军事科学院军事医学研究院卫生勤务与血液研究所北京100850

目的基于基因表达综合(GEO)数据库,采用生物信息学方法分析缺血性卒中的基因表达情况,结合缺氧相关基因,解析缺氧相关差异基因(HRDEGs)表达特征,筛选出关键基因,为深入了解缺血性卒中提供重要支撑。方法从GEO数据库下载GSE16561和GSE58... 详细信息

目的基于基因表达综合(GEO)数据库,采用生物信息学方法分析缺血性卒中的基因表达情况,结合缺氧相关基因,解析缺氧相关差异基因(HRDEGs)表达特征,筛选出关键基因,为深入了解缺血性卒中提供重要支撑。方法从GEO数据库下载GSE16561和GSE58294两个数据集,采用Python软件进行数据合并,利用Combat方法消除批次效应,同时保留疾病分组特征。对消除批次效应前后的数据采用主成分分析法进行降维处理,并对缺血性卒中组和正常对照组人群进行组内相关系数(ICC)检测。对合并及批次效应消除后数据集进行基因集富集分析(GSEA)及单样本GSEA,以名义P值(NOM P-val)<0.05且假阳性率P值(FDR P-val)<0.25作为标准,筛选出具有显著差异的基因集。利用R软件对GSE16561和GSE58294数据集合并及批次效应消除后的缺血性卒中患者和正常对照者之间的差异表达基因进行鉴定[以log 2基因表达差异倍数(FC)的绝对值≥0.58和矫正P值(P adj)<0.05作为筛选标准],并与在美国国立生物技术信息中心(NCBI)中获取的缺氧相关基因进行交集,得到HRDEGs。对HRDEGs进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,使用STRING数据库构建差异表达基因的蛋白质互相作用网络,利用Cytoscape3.8软件筛选排名前10位的关键基因。结果ICC分析结果显示,消除批次效应后的GSE16561和GSE58294数据集中缺血性卒中和正常对照者的ICC分别为0.94和0.98,一致性极好。GSEA结果显示,对GSE16561和GSE58294合并及批次效应消除后的新数据集中,34个基因集在缺血性卒中样本中显著富集,筛选出表达差异基因404个(均P adj<0.05),其中高表达基因354个,低表达基因50个。与缺氧相关基因进行交集,获得64个HRDEGs。GO富集分析表明,HRDEGs主要在囊泡腔、细胞质囊泡腔、分泌颗粒腔和特殊颗粒中显著富集,具有酰胺结合、肽结合、磷脂结合和酶抑制活性等分子功能,主要参与了细胞因子产生的正向调节、炎性反应的调节、对细菌来源分子的反应和对脂多糖的反应等生物学过程。KEGG富集分析表明,HRDEGs主要在血脂与动脉粥样硬化、沙门氏菌感染、中性粒细胞胞外陷阱形成、核苷酸结合寡聚化结构域样受体信号通路、癌症中的蛋白聚糖、结核病和坏死性凋亡等通路上存在富集。基于蛋白质互相作用网络,最终筛选出了10个关键基因,分别为ARG1(精氨酸酶1)、CASP1(含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶1)、IL-1R1(白细胞介素1受体1型)、ITGAM(整合素亚基αM)、MMP9(基质金属蛋白酶9)、PTGS2(前列腺素内过氧化物合酶2)、STAT3(信号传感器和转录激活剂3)、TLR2(Toll样受体2)、TLR4、TLR8。。结论通过生物信息学挖掘,本研究获得了10个缺血性卒中与缺氧相关的关键基因,可能为后续研究工作及诊断治疗提供了潜在靶点。

关键词：缺血性卒中差异表达基因基因表达综合数据库缺氧相关基因

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基于基因表达综合数据库芯片的动脉粥样硬化核心基因的筛选及发病机制研究

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中国分子心脏病学杂志 2021年第6期21卷 4326-4334页

作者：尤红俊赵倩倩常凤军寿锡凌周娟韩稳琦陕西省人民医院心血管内科西安市710068 空军军医大学第一附属医院临床免疫科西安市710032 西安交通大学医学部第一附属医院心血管内科西安市710061

目的对动脉粥样硬化(AS)基因芯片数据进行生物信息学分析,寻找疾病相关核心(Huh)基因,并探讨其在AS发生发展中的作用。方法利用R语言包对基因表达综合数据库(GEO)中筛选出的AS芯片进行基因差异表达分析,String数据库进行蛋白相互作用分... 详细信息

目的对动脉粥样硬化(AS)基因芯片数据进行生物信息学分析,寻找疾病相关核心(Huh)基因,并探讨其在AS发生发展中的作用。方法利用R语言包对基因表达综合数据库(GEO)中筛选出的AS芯片进行基因差异表达分析,String数据库进行蛋白相互作用分析,并以Cytosrape3.7.2软件插件CytHubba筛选Huh基因,采用DAVID6.8及R语言包对Huh基因行功能注释GO富集分析和KEGG通路富集分析。结果与正常动脉内膜比较,晚期AS斑块中309个基因存在差异表达,其中121个表达上调,188个表达下调,构建PPI网络后,鉴定出21个Huh基因,即:CXCL8,IL1B,CD86,CXCL2,CXCL3,MMP1,CXCL1,CCL7、CXCR4、CCR1、SGF、ADRA2A、ADRA2C、CD69、GAL、HTR1B、ITGA4、ITGAX、PLEK、SPP1、TREM1。Hub基因被富集到253个不同的GO子集中,包括生物学过程(BP)、细胞组分(CC)和分子功能(MF)三个方面,其中各自最显著富集的子集分别为白细胞迁移、白细胞趋化性、细胞趋化性、细胞质膜外侧面、受体配体活性、G蛋白偶联受体结合、细胞因子活性、细胞因子受体结合等。同时,Hub基因被富集到类风湿关节炎信号通路、白细胞介素-17(IL-17)信号通路、核因子κB(NF-κB)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路趋化因子信号通路、细胞因子-细胞因子受体相互作用等25个信号通路中。结论通过对GEO数据库中AS的芯片数据进行分析,所筛选出的Hub基因涉及AS发生发展的多个炎症信号通路,可为AS发病机制研究或靶向药物的研发提供重要实验理论依据。

关键词：动脉粥样硬化基因表达综合数据库基因差异表达生物信息学富集分析

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基于NCBI基因表达综合数据库筛查胃癌关键基因和信号通路的分析

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检验医学 2018年第3期33卷 242-247页

作者：张鹏罗琴汪婷婷袁向亮沈立松上海交通大学医学院附属新华医院检验科上海200092

目的利用生物信息学方法筛选胃癌相关的关键基因以及参与的信号通路,初步探索胃癌发生、发展的相关指标。方法以美国国立生物技术信息中心(NCBI)基因表达综合数据库(GEO)的胃癌相关芯片数据,利用GEO2R分析平台筛选出胃癌组织和对照组织... 详细信息

目的利用生物信息学方法筛选胃癌相关的关键基因以及参与的信号通路,初步探索胃癌发生、发展的相关指标。方法以美国国立生物技术信息中心(NCBI)基因表达综合数据库(GEO)的胃癌相关芯片数据,利用GEO2R分析平台筛选出胃癌组织和对照组织表达有显著差异的基因。对这些差异基因进行基因本体(GO)生物过程分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。利用卡普兰—迈尔—绘图仪(KM-Plotter)分析关键基因对胃癌患者生存时间的影响。结果在3个胃癌数据集中共筛选出1 480个差异基因,其中上调基因879个,下调基因601个。对表达有差异的基因进行信号通路和生物功能分析,鉴定发现主要集中于细胞色素P450家族、葡萄糖醛酸转移酶家族等基因簇。进一步分析这些关键基因,新发现ALDH3A1、NEUROD1等基因与胃癌的发生、发展密切相关。根据这些关键基因表达水平的高低对胃癌患者进行分组,2个组患者生存时间差异有统计学意义(P<0.05)。结论建立的整合基因组学分析方法筛选出了新的胃癌发生、发展关键基因,该方法为胃癌研究提供了有价值的信息,为进一步的功能研究提供了依据。

关键词：基因表达综合数据库生物信息学分析信号通路胃癌

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基于基因表达综合数据库筛选急性冠脉综合征的差异基因和生物信息学分析

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当代医学 2023年第34期29卷 11-16页

作者：李楠郭莹叶郭永梅上饶市人民医院心内科江西上饶334000 江西医学高等专科学校药学院江西上饶334000

目的对急性冠脉综合征(ACS)患者和正常患者的mRNA基因芯片数据进行生物信息学分析,筛选ACS差异表达基因,确定ACS的核心基因。方法利用基因表达综合数据库(GEO)下载的数据筛选ACS患者与正常患者之间差异表达基因,对差异表达基因进行基因... 详细信息

目的对急性冠脉综合征(ACS)患者和正常患者的mRNA基因芯片数据进行生物信息学分析,筛选ACS差异表达基因,确定ACS的核心基因。方法利用基因表达综合数据库(GEO)下载的数据筛选ACS患者与正常患者之间差异表达基因,对差异表达基因进行基因功能(GO)富集分析,使用String在线数据库构建基因的蛋白互作网络(PPI),并确定ACS的核心基因。结果筛选出ACS患者与正常患者之间存在350个差异基因,上调基因244个,下调基因106个;GO富集分析结果显示,差异基因主要富集于核糖体相关的信号通路;构建差异表达基因的PPI网络共筛选出20个核心基因,治疗后ACS患者与正常患者基本转录因子3(BTF3)基因表达比较差异有统计学意义(P<0.05),两者间其他基因表达比较差异无统计学意义。结论筛选出的20个核心基因可作为ACS的核心基因,为ACS的治疗和研究提供理论指导。

关键词：急性冠脉综合征生物信息学基因表达综合数据库

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基于基因表达综合数据库与中医传承辅助系统分析气虚血瘀型脑梗死的中医药防治策略

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世界中医药 2021年第17期16卷 2562-2569页

作者：宋洋杨仁义周德生傅馨莹刘利娟颜思阳陆展辉陈瑶湖南中医药大学第一附属医院长沙410007 湖南中医药大学长沙410208

目的:利用GEO芯片数据及中医传承辅助系统,获取气虚血瘀型脑梗死的差异基因及中医药防治方剂,并分析其作用机制,为气虚血瘀型脑梗死的中医药防治策略提供理论依据。方法:采用生物信息学、数据挖掘、网络药理学等多学科交叉方法,对气虚... 详细信息

目的:利用GEO芯片数据及中医传承辅助系统,获取气虚血瘀型脑梗死的差异基因及中医药防治方剂,并分析其作用机制,为气虚血瘀型脑梗死的中医药防治策略提供理论依据。方法:采用生物信息学、数据挖掘、网络药理学等多学科交叉方法,对气虚血瘀型脑梗死的中医药防治策略进行探讨。整合基因表达综合数据库(GEO)、中医药整合药理学研究平台(TCMIP)、GeneCards、PubChem、中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、STRING、WebGestalt、DAVID多数据库资源及Cytoscape、R语言软件工具,对气虚血瘀型脑梗死疾病靶点、中药靶点进行筛选,从蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络、基因本体(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集的角度,对中医传承辅助系统数据挖掘获取的气虚血瘀型脑梗死基础方的作用机制进行探讨。结果:获取2542个气虚血瘀型脑梗死疾病靶点,其中差异基因结果显示HIF1A、PIK3CA、PIK3R1、TP53、NFKB1、HSP90AA1、CREBBP、CASP8、IL6、TNF、ITGB等表达上调,APOE、IGF1、CXCL5、SRC、ADCY5、PTGS2等表达下调,可作为疾病诊断治疗的潜在靶点。58首气虚血瘀型脑梗死方剂的用药规律,包括频次、关联及新方组合,获得气虚血瘀型脑梗死基础方剂,由黄芪、川芎、当归、地龙、党参、西洋参、白术、桃仁、赤芍、枳实10味中药组成,具有益气活血、行气化痰的功效,其作用机制可能与调控差异基因以多组分、多功能、多途径的方式,主要通过HIF-1、TNF、NF-kappa B、Apoptosis、PI3K-AKT等通路发挥作用。结论:气虚血瘀型脑梗死的中医药防治当以差异基因靶点为中心,筛选出临床基础方,根据临床辨证施治加减中药,同时可采用多学科交叉方法对气虚血瘀型脑梗死的方剂从多组分、多途径、多靶点层面进行临床与实验验证。本研究为中医药治疗气虚血瘀型脑梗死提供了方法理论上的指导,对推动中医药现代化具有重要意义。

关键词：气虚血瘀脑梗死基因表达综合数据库差异基因中医传承辅助系统网络药理学

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基于基因表达综合数据库和网络药理学探讨香参丸治疗溃疡性结肠炎的分子机制

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安徽医药 2024年第5期28卷 883-888,I0001-I0003页

作者：缪涛声李逸婷郑鸿铭胡芝凡莫乔兰邱泽鑫陈斌广州中医药大学第一临床医学院广东广州510006 广州中医药大学第一附属医院脾胃科广东广州510405

目的采用生物信息学和网络药理学分析香参丸对溃疡性结肠炎(UC)的分子机制。方法2023年1―5月通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)收集香参丸的有效成分及其相关靶点,利用基因表达综合(GEO)数据库筛选UC相关靶点,将香参丸与UC的... 详细信息

目的采用生物信息学和网络药理学分析香参丸对溃疡性结肠炎(UC)的分子机制。方法2023年1―5月通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)收集香参丸的有效成分及其相关靶点,利用基因表达综合(GEO)数据库筛选UC相关靶点,将香参丸与UC的交集靶点信息上传至STRING并通过Cytoscape 3.7.2可视化蛋白质相互作用(PPI)网络。使用Metascape数据库进行KEGG与GO通路富集分析并预测香参丸作用UC的相关通路,并绘制“中药-成分-疾病-靶点-通路”网络,利用Autodock进行分子对接。结果结果显示共筛选得到香参丸主要成分136个、靶点243个,UC相关靶点1750个,香参丸与UC交集靶点37个,筛选出关键成分槲皮素、刺芒柄花素、木犀草素以及山柰酚等,关键靶点如NOS2、PPARG、IL1B、MMP2以及ICAM1等。分子对接结果提示核心成分与核心靶点结合稳定,平均最低结合能为−5.5986 kCal/mol。KEGG与GO通路富集分析显示香参丸参与多种分子功能和生物过程,其涉及的主要通路有TNF信号通路、Toll样受体信号通路、HIF-1信号通路以及MAPK信号通路等。结论香参丸可通过多靶点、多通路改善UC症状,其主要成分槲皮素、刺芒柄花素、木犀草素以及山柰酚等可能通过TNF信号通路、Toll样受体信号通路、HIF-1信号通路以及MAPK信号通路等作用于NOS2、PPARG、IL1B、MMP2等关键靶点。

关键词：结肠炎,溃疡性香参丸网络药理学基因表达综合数据库

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GEO-基因表达综合数据库的应用与数据挖掘

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医学分子生物学杂志 2009年第2期6卷 161-166页

作者：阴常欣马文丽郑文岭南方医科大学基因工程研究所广州市510515 华南基因组研究中心广州市510800

高通量微阵列杂交技术和测序技术的快速发展，产生了大量的基因数据，生物信息迅速膨胀成为数据的海洋。为适应这种高通量基因表达数据的不断增长和人们共享数据的需要，各种数据库应用而生，其中，NCBI（national center for biotechno... 详细信息

高通量微阵列杂交技术和测序技术的快速发展，产生了大量的基因数据，生物信息迅速膨胀成为数据的海洋。为适应这种高通量基因表达数据的不断增长和人们共享数据的需要，各种数据库应用而生，其中，NCBI（national center for biotechnology information）的基因表达综合数据库（gene expression omnibus，GEO）是世界上最大的储存高通量分子丰度数据的公共数据库，用户可以提交、储存和检索多种形式的数据并免费使用。迄今为止，GEO已收录了300000个样本的数据，涉及16亿个基因表达丰度数据，涵盖500多种生物体，广泛覆盖各种生物学内容。GEO数据库操作简单，数据全面，免费共享的优势为后期数据挖掘和信息推广提供了良好的平台。文章概述了GEO数据库的结构、数据的提交、检索和其在分子生物学领域中的应用前景。登陆GEO数据库的网址为：http：／／***／geo。

关键词：基因表达综合数据库基因表达数据挖掘

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基于基因表达综合数据库芯片的慢性心力衰竭生物标志物的筛选与生物信息学分析

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心肺血管病杂志 2019年第11期38卷 1110-1115页

作者：尤红俊赵倩倩韩稳琦常凤军寿锡凌刘富强陕西省人民医院心血管内科 710068 空军军医大学第一附属医院临床免疫科

目的:对慢性心力衰竭(CHF)患者基因芯片数据进行生物信息学分析,寻找表达特征基因谱。方法:利用基因表达综合数据库(GEO)中基因芯片数据筛选出CHF信息的芯片。分别采用GO富集分析和KEGG富集分析对差异基因进行功能注释和通路分析。结果:... 详细信息

目的:对慢性心力衰竭(CHF)患者基因芯片数据进行生物信息学分析,寻找表达特征基因谱。方法:利用基因表达综合数据库(GEO)中基因芯片数据筛选出CHF信息的芯片。分别采用GO富集分析和KEGG富集分析对差异基因进行功能注释和通路分析。结果:CHF患者外周血样品中9个基因存在差异表达,其中4个(CX3CR1、HSPA1L、DYNLL1、MYC)表达上调,5个(JUN、ZNF331、RORA、TRIM13、PPP1R16B)表达下调。这些差异表达的基因被富集到不同的生物学过程或分子功能的子集中,主要集中在14个方面,在分子功能—蛋白质结合方面富集最显著(GO:0005515),同时主要富集在Inflammatory bowel disease(IBD)、MAPK signaling pathway、Erb B signaling pathway和Colorectal cancer四条通路上。结论:通过对GEO数据库中CHF的表达数据分析研究而筛选出的差异表达基因,可能为该疾病的早期诊断治疗和靶向药物的开发提供重要理论依据。

关键词：慢性心力衰竭生物信息学基因表达综合数据库

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