检索结果-内蒙古大学图书馆

中国医学科学院学报 2023年第4期45卷 597-607页

作者：黄子葵李斐陈跃洲刘佳铭刘嘉俊蓝素珍赣州市人民医院中医科江西赣州341000 广州中医药大学深圳临床医学院广东深圳518116 广州中医药大学第二临床医学院广州510405 广州中医药大学针灸康复临床医学院广州510405 赣州市人民医院肿瘤科江西赣州341000

目的基于系统生物信息学分析鼻咽癌样本基因芯片数据,筛选鼻咽癌的潜在预测基因,并对其进行实验验证。方法通过基因表达综合数据库筛选鼻咽癌数据集,通过limma包进行差异分析,加权基因共表达网络包进行加权基因共表达网络分析,绘制韦恩... 详细信息

目的基于系统生物信息学分析鼻咽癌样本基因芯片数据,筛选鼻咽癌的潜在预测基因,并对其进行实验验证。方法通过基因表达综合数据库筛选鼻咽癌数据集,通过limma包进行差异分析,加权基因共表达网络包进行加权基因共表达网络分析,绘制韦恩图寻找共同基因,进行基因本体富集分析及京都基因与基因组百科全书通路分析。通过蛋白质互作网络、LASSO回归及非参数检验,进一步挖掘鼻咽癌的生物标志物。通过实时荧光定量PCR和Western blot对鼻咽癌关键预测基因的mRNA及蛋白表达情况进行检测,验证结果。结果GSE12452数据集上调基因共622个,下调基因共351个,通过limma分析及加权基因共表达网络分析并交集最终获取116个交集基因,通过富集分析,生物过程主要包括细胞增殖及调控、细胞间黏附的调节等,富集于Rap1信号通路、Ras信号通路、肿瘤坏死因子信号通路等通路,经过筛选得到血管生成素2(ANGPT2)、双氧化酶2(DUOX2)、人组织因子Ⅲ(F3)、白细胞介素-15(IL-15)、脂质运载蛋白2、视黄酸受体相关孤儿受体B(RORB)共6个关键基因,实时荧光定量PCR和Western blot实验证明ANGPT2、IL-15的mRNA和蛋白在鼻咽癌细胞中高表达,DUOX2、F3、RORB的mRNA和蛋白低表达。结论ANGPT2、DUOX2、F3、IL-15、RORB为鼻咽癌的潜在预测分子标志物和治疗靶点,其机制可能与Rap1、Ras、肿瘤坏死因子等信号通路有关。

关键词：鼻咽癌生物信息学分析基因表达综合数据库加权基因共表达网络分析生物标志物差异表达基因关键基因

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

肺腺癌CASZ1表达临床意义GEO及TCGA数据库资料分析

引用

中华肿瘤防治杂志 2020年第3期27卷 193-201页

作者：刘盈黄凤祥孙盼锋彭强赵畅苗丽君郑州大学第一附属医院呼吸与危重症医学科河南郑州450052 河南大学淮河医院呼吸与危重症医学科河南郑州475000

目的 CASZ1在多种肿瘤中异常表达,并参与肿瘤的发生发展,但其在肺腺癌中的表达及临床意义罕见报道。本研究旨在探讨CASZ1表达水平与肺腺癌临床病理特征和预后的关系。方法通过基因表达谱动态分析(Gene Expression Profiling Interactive... 详细信息

目的 CASZ1在多种肿瘤中异常表达,并参与肿瘤的发生发展,但其在肺腺癌中的表达及临床意义罕见报道。本研究旨在探讨CASZ1表达水平与肺腺癌临床病理特征和预后的关系。方法通过基因表达谱动态分析(Gene Expression Profiling Interactive Analysis,GEPIA)数据库探讨CASZ1在33种肿瘤中的表达情况。通过基因表达综合(Gene Expressi on Omnibus,GEO)数据库及癌症和肿瘤基因图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库获得CASZ1在肺腺癌中的表达数据及相关病理参数,分析CASZ1表达水平与肺腺癌患者临床病理特征和总生存期(overall survival,OS)的关系,并通过免疫组化验证CASZ1蛋白在肺腺癌中的表达。通过TCGA数据库获得CASZ1在肺腺癌中的甲基化水平,分析肺腺癌中CASZ1表达失调的可能机制。采用基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)预测CASZ1相关的基因通路。结果 GEPIA数据库分析结果显示,与正常组织相比,在11种肿瘤中CASZ1表达水平下调,在2种肿瘤中表达上调。在TCGA及GSE43458、GSE118370和GSE10072既往吸烟、吸烟及从未吸烟数据集中,CASZ1表达水平在肺腺癌组织中均下调,差异有统计学意义,均P<0.001。免疫组化结果提示,CASZ1蛋白在肺腺癌组织中表达也下调,t=5.969,P<0.001。TCGA及GSE68465数据集结果提示,CASZ1基因低表达组预后差于高表达组(χ^2=6.923,P=0.009;χ^2=11.175,P=0.001)。在肺腺癌组织中,CASZ1表达水平与6个甲基化位点(cg01551133、cg08885197、cg20288000、cg14170597、cg22728186和cg20329303)关联(P<0.001),其中cg01551133、cg14170597和cg22728186高甲基化组生存期短于低甲基化水平组(χ^2=11.290,P=0.001;χ^2=12.901,P<0.001;χ^2=7.083,P=0.008)。GSEA结果提示,CASZ1低表达样本富集在G2M检查点(P<0.001,FDR<0.001)、E2F信号通路(P<0.001,FDR<0.001)等基因集。结论肺腺癌中CASZ1表达水平下调,其甲基化水平升高可能是CASZ1失调的潜在机制,CASZ1低表达提示肺腺癌患者的预后差,可作为肺腺癌患者治疗的潜在靶点。

关键词：肺腺癌 CASZ1 基因表达综合数据库癌症和肿瘤基因图谱甲基化

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

基于基因芯片整合分析筛选慢性牙周炎相关基因和转录因子

引用

华西口腔医学杂志 2021年第6期39卷 633-641页

作者：曾小丽李生娇单铮男殷俊豪姜吉蕊郑章龙李家上海牙组织修复与再生工程技术研究中心同济大学附属口腔医院·同济大学口腔医学院口腔颌面外科上海200072 上海牙组织修复与再生工程技术研究中心同济大学附属口腔医院·同济大学口腔医学院修复科上海200072

目的利用生物信息学技术分析中重度牙周炎患者炎性病变牙龈组织与健康牙龈组织间基因表达的差异。方法使用基因表达数据分析工具GEO2R从牙周炎数据集GSE10334与GSE16134中筛选差异表达基因并取交集。应用g:Profiler功能富集分析工具,分... 详细信息

目的利用生物信息学技术分析中重度牙周炎患者炎性病变牙龈组织与健康牙龈组织间基因表达的差异。方法使用基因表达数据分析工具GEO2R从牙周炎数据集GSE10334与GSE16134中筛选差异表达基因并取交集。应用g:Profiler功能富集分析工具,分别对上调及下调基因进行基因本体分析和通路分析。利用在线STRING检索工具构建蛋白相互作用(PPI)网络,并在Cytoscape软件中进行可视化及进一步分析,包括使用cytoHubba、MCODE和iRegulon等插件进行核心基因、关键模块鉴定和转录因子预测。结果共筛选出196个牙周炎差异基因,其中上调基因139个,下调基因57个;上调基因参与了免疫系统、病毒蛋白与细胞因子及细胞因子受体的相互作用、细胞因子-细胞因子受体相互作用、白细胞跨内膜迁移和趋化因子受体结合趋化因子等免疫反应相关途径,而下调基因则涉及了角质化包膜形成、角化等途径。PPI网络中处于核心位置的基因为CXC基序趋化因子配体(CXCL)8、CXCL1、CXC基序趋化因子受体(CXCR)4、选择素(SEL)L、CD19和IKAROS家族锌指(IKZF)1。PPI网络关键模块分别参与趋化因子应答、B细胞受体信号通路和白细胞介素应答。iRegulon预测结果显示,转录因子干扰素调节因子(IRF)4可信度最高。结论牙周炎的发病机制与牙龈组织中CXCL8、CXCL1、CXCR4、SELL、CD19和IKZF1等基因的表达变化密切相关,转录因子IRF4可能是重要的上游调控因子。

关键词：牙周炎基因表达综合数据库生物信息学分析差异表达基因

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

长期农药暴露的毒性作用及关键基因发掘

引用

中华劳动卫生职业病杂志 2022年第9期40卷 641-648页

作者：蒋斌杰窦建瑞韩磊张恒东张锋刘炘常州市武进区疾病预防控制中心职业病防制科常州213164 扬州市疾病预防控制中心景区分中心扬州225007 江苏省疾病预防控制中心职业病防治所南京210028 江苏省预防医学会南京210028

目的运用生物信息学方法挖掘农药慢性暴露诱导的差异表达基因(DEGs)及其富集的信号通路,探索其潜在致病机制和关键基因。方法于2021年7月,从基因表达综合数据库(GEO)中下载与农药毒效应相关的高通量基因表达谱数据,样本来源为长期接触... 详细信息

目的运用生物信息学方法挖掘农药慢性暴露诱导的差异表达基因(DEGs)及其富集的信号通路,探索其潜在致病机制和关键基因。方法于2021年7月,从基因表达综合数据库(GEO)中下载与农药毒效应相关的高通量基因表达谱数据,样本来源为长期接触农药的美洲男性农场工人和其他行业工人,获取DEGs;利用R软件clusterProfiler包对所选择的DEGs进行GO、KEGG及基因集富集分析(GSEA);采用STRING、Cytoscape等工具对其进行蛋白质相互作用网络的构建及可视化分析;借助MCODE及Cytohubba等分析得到基因功能模块,从而筛选出核心基因。结果共筛选出GSE30335数据集的DEGs 189个,其中上调基因101个,下调基因88个。GO、KEGG及GSEA结果显示,DEGs主要富集于神经元投射发育调控、运动调节、核糖体蛋白合成等生物学功能及以帕金森病为代表的复杂神经系统疾病相关的通路上。综合筛选发现,KLF1为农药暴露的核心基因,其差异表达倍数为0.456(t=-3.82,P=0.021)。结论长期农药暴露可造成接触人群多个基因的差异表达,可能通过下调KLF1并经由其介导的一系列生物学途径参与神经系统的病理学改变。

关键词：农药基因表达综合数据库生物信息学分析差异表达基因关键基因

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

基于TCGA和GEO分析m 6A调控基因在结直肠癌组织中的表达

引用

中国基层医药 2023年第1期30卷 21-29页

作者：汪洋朱娅南京医科大学第二临床医学院南京医科大学第二附属医院肿瘤科南京210000

目的:探讨N6-甲基腺嘌呤(m^(6)A)在结直肠癌组织中表达及临床意义。方法:2021年9月至2021年12月,利用癌症基因组图谱(TCGA)和基因表达综合数据库(GEO)对结直肠癌中m^(6)A相关调控因子的表达进行汇总分析,对不同临床病理特征及分子分型... 详细信息

目的:探讨N6-甲基腺嘌呤(m^(6)A)在结直肠癌组织中表达及临床意义。方法:2021年9月至2021年12月,利用癌症基因组图谱(TCGA)和基因表达综合数据库(GEO)对结直肠癌中m^(6)A相关调控因子的表达进行汇总分析,对不同临床病理特征及分子分型下m^(6)A调控因子的基因表达进行对比统计,对不同表达m^(6)A的结直肠癌病例做生存分析。结果:在TCGA数据库中,胰岛素样生长因子2 mRNA绑定蛋白1(IGF2BP1),胰岛素样生长因子2 mRNA绑定蛋白3(IGF2BP3)和YTH结构域m6A RNA结合蛋白1(YTHDF1)在结直肠癌组织中较正常组织高表达(TCGA-COAD比IGF2BP3:12.80比204.46,logFC=4.00, P=0.003;YTHDF1:2 347.56比3 712.77,logFC=0.66, P < 0.001;TCGA-READ比IGF2BP1:6.20比359.32,logFC=5.82, P=0.007;YTHDF1:2 470.10比4 369.09,logFC=0.82, P=0.020);将TCGA和GEO数据库做交集后,发现甲基转移酶样14(METTL14)、YTH结构域m6A RNA结合蛋白3(YTHDF3)和α-酮戊二酸依赖的加双氧酶AlkB同源蛋白5(ALKBH5)均在结直肠癌组织中下调(TCGA-COAD比METTL14:1 051.56比711.40,logFC=-0.56, P < 0.001;YTHDF3:4 613.85比3 155.05,logFC=-0.55, P < 0.001;ALKBH5:4 250.10比2 555.55,logFC=-0.73, P < 0.001;TCGA-READ比METTL14:1 113.3比674.36,logFC=-0.72, P < 0.001;YTHDF3:5 034.30比3 331.95,logFC=-0.60, P=0.004;ALKBH5:4 902.20比2 529.71,logFC=-0.95, P < 0.001;GEO-CRC比METTL14:6.58比6.33,logFC=-0.06, P < 0.001;YTHDF3:6.28比6.20,logFC=-0.02, P=0.002;ALKBH5:5.07比4.98,logFC=-0.02, P < 0.001)。在不同分子分型结直肠癌中IGF2BP2、HNRNPC、TP53和YTHDF2在KRAS突变中低表达(IGF2BP2:48.53比44.04, t=2.64, P=0.008;HNRNPC:121.30比112.60, t=2.32, P=0.020;TP53:65.30比60.26, t=2.11, P=0.034;YTHDF2:54.07比51.19;t=1.97, P=0.048)。不同临床病理特征分析显示,IGF2BP1在淋巴结阳性(8.97比6.11,W=20 008, P=0.002)、存在远处转移(8.94比6.41,W=19 104, P=0.009)及Ⅲ~Ⅳ期(7.46比7.13,W=8 779, P=0.025)的结直肠癌中较对照组升高。ALKBH5高表达、高龄、存在脉管侵犯和病理分期晚与较短生存期显著相关(ALKBH5高表达比ALKBH5低表达:5.85年比NA, HR:1.63,95% CI:1.071~2.491, P=0.021。> 68岁比 < 68岁:6.78年比NA,HR:1.59,95% CI:1.049~2.422, P=0.047。Ⅲ~Ⅳ期比Ⅰ~Ⅱ期:4.55年比8.33年, HR:2.89,95% CI:1.895~4.425, P < 0.001。有静脉侵犯比无静脉侵犯:5.48年比NA, HR:2.82,95% CI:1.672~4.783, P < 0.001)与生存时间短具有明显相关性。结论:m^(6)A中的部分调控因子与结直肠癌的生物学特征及预后相关。

关键词：结直肠肿瘤 n6-呋喃甲基腺嘌呤蛋白甲基转移酶类癌症基因组图谱基因表达综合数据库

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

基于网络药理学联合GEO数据库及分子对接探究脑安胶囊治疗缺血性脑卒中的作用

引用

中国临床药理学杂志 2024年第3期40卷 435-439页

作者：杨淑贤孙阿宁朱斌史卫忠赵志刚首都医科大学附属北京天坛医院药学部

目的基于网络药理学、基因表达综合数据库及分子对接技术，预测及初步验证脑安胶囊(NAC)治疗缺血性脑卒中(IS)的作用机制。方法用中药系统药理学分析平台收集NAC中的活性成分，用基因表达综合数据库筛选疾病相关差异基因。筛选获得两... 详细信息

目的基于网络药理学、基因表达综合数据库及分子对接技术，预测及初步验证脑安胶囊(NAC)治疗缺血性脑卒中(IS)的作用机制。方法用中药系统药理学分析平台收集NAC中的活性成分，用基因表达综合数据库筛选疾病相关差异基因。筛选获得两者的共同靶标后，用Cytoscape 3.8.2软件构建化合物-疾病网络；同时创建蛋白质-蛋白质相互作用网络以确定NAC治疗IS的候选靶点，并且进行基因本体和京都基因与基因组百科全书富集分析。最后用分子对接技术对核心靶点进行初步验证。结果共筛选出56个候选化合物和18 544个疾病相关差异基因，进一步通过化合物-疾病网络发现，槲皮素、山柰酚、木犀草素和黄芩素可能是NAC治疗IS的关键活性化合物。在PPI网络核心查找中，筛选到了NAC治疗IS的8个关键靶点，包括丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、B-细胞淋巴瘤因子2(Bcl-2)和半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3(CASP3)等。NAS治疗IS的关键通路主要富集在脂质和动脉粥样硬化、糖基化终末产物与其受体系统(AGE-RAGE)、肿瘤坏死因子(TNF)、白细胞介素17(IL-17)、C-型凝集素受体、凋亡、缺氧诱导因子-1(HIF-1)、MAPK等信号通路。最后，分子对接结果表明关键活性化合物(槲皮素、山柰酚、木犀草素和黄芩素)与8个关键靶点均有较好的结合力，初步验证了网络药理学的结果。结论 NAC可通过多成分、多靶点、多通路发挥治疗IS的作用。

关键词：脑安胶囊缺血性脑卒中基因表达综合数据库网络药理学分子机制

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

低浓度地西他滨促HT29结肠癌细胞增殖和机制研究

低浓度地西他滨促HT29结肠癌细胞增殖和机制研究

引用

作者：王枭杰福建医科大学

学位级别：博士

目的:明确地西他滨（DAC）促进结肠癌细胞HT29增殖的药物浓度以及该浓度对HT29细胞增殖能力,细胞周期和细胞形态学的影响。材料与方法:选择HT29人源结肠癌细胞系。根据是否采用DAC处理分两组:（1）DAC处理组:含不同终浓度DAC(10-3至100... 详细信息

目的:明确地西他滨（DAC）促进结肠癌细胞HT29增殖的药物浓度以及该浓度对HT29细胞增殖能力,细胞周期和细胞形态学的影响。材料与方法:选择HT29人源结肠癌细胞系。根据是否采用DAC处理分两组:（1）DAC处理组:含不同终浓度DAC(10-3至100μM)的DMEM培养基处理的HT29结肠癌细胞。（2）对照组:普通DMEM培养基培养的HT29结肠癌细胞。采用Cell Counting Kit-8（CCK-8）法和细胞平板克隆形成实验检测细胞增殖水平。进一步选择终浓度0.1μM的DAC处理HT29肠癌细胞,计算相对细胞活力,绘制生长曲线。流式细胞术检测细胞周期,7-AAD和Annexin V-PE双染检测细胞凋亡。连续变量采用t检验、单因素方差分析或重复测量方差分析进行比较。使用Graph Pad Prism 7软件、R 3.5.1软件或SPSS 20.0软件进行分析。P值<0.05提示差异有统计学意义。结果:与对照组相比,在10-3至0.1μM浓度范围内,DAC促进HT29肠癌细胞的增殖,而在1至10μM浓度范围,DAC对HT29肠癌细胞的活力无影响,当浓度大于100μM时,DAC抑制HT29肠癌细胞增殖。进一步选择终浓度0.1μM的DAC处理HT29肠癌细胞,计算相对细胞活力,绘制生长曲线。与对照组相比,0.1μM的DAC促进HT29肠癌细胞增殖,至第5d,0.1μM DAC组的相对细胞活力为157.7%（P<0.05）。0.1μM DAC处理可增加HT29肠癌细胞的克隆形成能力,而1μM DAC轻度抑制HT29肠癌细胞的克隆形成能力。HT29肠癌细胞呈鹅卵石状,经0.1μM DAC处理48小时后,HT29肠癌细胞呈梭形,具有间充质细胞形态。0.1μM DAC处理使HT29肠癌细胞的S期细胞比例增加（DAC组比对照组:27.0%比14.7%,P<0.01）,而G1期细胞比例下降（DAC组比对照组:57.4%比67.6%,P<0.01）,提示低浓度DAC处理促进G1/S转换。低浓度DAC(范围:10-2至10μM)可轻度降低HT29肠癌细胞早期凋亡和总凋亡率。结论:低浓度DAC促进HT29肠癌细胞增殖及克隆形成、增加HT29肠癌细胞S期比例、轻度抑制HT29肠癌细胞凋亡、使HT29肠癌细胞获得间充质细胞形态。目的:从系统生物信息学角度探索DAC促HT29结肠癌细胞增殖的机制。材料与方法:从基因表达综合数据库（Gene Expression Omnibus,GEO）下载三组微阵列数据集（数据集编号GSE41364、GSE32323、GSE22598）,通过趋势聚类分析（Series test of cluster,STC）和加权共表达网络分析（Weighted gene coexpression network analysis,WGCNA）,探索随着DAC浓度变化（0μM、5μM和10μM）,HT29结肠癌细胞系的核心通路变化,接着通过基因集变异分析（Gene set variation analysis,GSVA）,拟合并评估不同DAC浓度处理下,HT29结肠癌细胞的这些信号通路的激活水平。最后综合运用多个数据集,初步验证这些核心通路的核心基因在转录水平的表达变化。结果:STC分析结果提示,随着DAC处理浓度的递增,其转录组基因转录水平变化趋势可归纳为8个趋势模式,总体转录水平呈上升趋势。选择其中P值最小的趋势（即“趋势6”,共包含2893个基因,P=3.7E-169）进一步行信号通路富集分析。WGCNA分析提示,共有6个模块与DAC治疗相关,纳入进一步分析。通过对WGCNA分析中与DAC处理存在强相关性的模块基因,以及趋势6数据集内的基因进行生物学过程、信号通路富集和分子功能富集分析。结果提示不同DAC处理HT29肠癌细胞可改变如下细胞功能和信号通路:（1）E2F介导的细胞周期蛋白E相关G1/S转换;（2）凋亡通路;（3）上皮-间质转化（EMT）途径的调控。采用GSVA分析不同浓度DAC（0μM、5μM和10μM）处理HT29结肠癌细胞后前述核心通路的活性变化。结果提示,5μM DAC使3条G1/S转换细胞周期相关通路活性增加,而随着DAC浓度增加（10μM）,活性被抑制;随着DAC浓度增加,EMT通路逐步轻度激活,而内源性凋亡通路活性逐渐下降。接着采用两个独立GEO数据集（GSE32323和GSE22598）验证DAC处理HT29结肠癌细胞组（单浓度或多浓度）和对照组之间核心信号通路上关键分子的转录组水平变化。结果提示DAC可不同程度上调E2F介导的细胞周期蛋白E相关G1/S转换、凋亡通路和EMT的关键分子的转录。结论:经DAC处理后,HT29结肠癌细胞系转录组基因转录水平呈上升趋势。共3条信号通路,包括E2F介导的

关键词：地西他滨 HT29结肠癌细胞系增殖凋亡地西他滨 HT29结肠癌细胞系基因表达综合数据库趋势聚类分析加权共表达网络分析基因集变异分析地西他滨 HT29结肠癌细胞系 RT-PCR Western blot 地西他滨 HT29结肠癌细胞系甲基化 BSP BCL2

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

CKS2基因对前列腺癌细胞增殖迁移作用及上游靶向调控机制的研究

CKS2基因对前列腺癌细胞增殖迁移作用及上游靶向调控机制的研究

引用

作者：苏浩北京协和医学院

学位级别：博士

第一部分基于GEO和TCGA数据库前列腺癌关键基因的筛选目的:通过生物信息学分析的方法来筛查鉴定前列腺癌的关键基因,并探索其可能的作用机制。方法:我们使用GEO2R工具筛选GSE104749、GSE38241以及GSE46602数据队列中前列腺癌与癌旁组... 详细信息

第一部分基于GEO和TCGA数据库前列腺癌关键基因的筛选目的:通过生物信息学分析的方法来筛查鉴定前列腺癌的关键基因,并探索其可能的作用机制。方法:我们使用GEO2R工具筛选GSE104749、GSE38241以及GSE46602数据队列中前列腺癌与癌旁组织的差异表达基因,使用STRING数据库构建差异基因编码的蛋白质相互作用网络(PPI),使用MCODE插件寻找PPI中核心的亚组模块基因。通过对核心基因进行基因集富集分析(GSEA)和生存分析,确定核心基因在前列腺癌发病机制中的潜在分子机制。结果:我们在GSE46602、GSE104749和GSE38241数据队列共筛选出174个前列腺癌差异表达基因。通过MCODE插件鉴定出PPI核心的亚组模块基因,包括ANLN、AURKA、NCAPG、CCNB1、EZH2、CKS2、CDCA5、CENPU、BIRC5、RRM2、NUSAP1、CENPF、TOP2A、ECT2 和 TK1。CKS2 可以作为差异基因中关键的明星差异基因。CKS2的表达水平与前列腺癌病理分期及患者不良预后存在着密切的联系。GSEA分析结果提示CKS2高表达组患者中,细胞周期、错配修复等细胞增殖相关通路显著富集。结论:CKS2的表达水平与前列腺癌病理分期及患者不良预后存在着密切的联系,CKS2可能通过影响细胞周期、错配修复等分子通路调控前列腺癌的发生和发展。因此,CKS2是前列腺癌发展过程中的重要关键基因,可作为前列腺癌诊断的潜在生物标志物和治疗靶点。第二部分 CKS2对前列腺癌生物学行为的影响目的:探索CKS2在前列腺癌患者病理组织中的表达水平及其与患者临床特征之间的关系,并进一步在细胞系中验证其对前列腺癌生物学行为的影响。方法:收集2020年至2022年于北京协和医院行前列腺癌根治术的120例前列腺癌患者的病理标本和临床信息,通过免疫组化检测CKS2在前列腺癌和癌旁组织中的表达水平,并分析CKS2表达水平与患者临床特征之间的关系;培养人正常前列腺细胞系RWPE-1和前列腺癌细胞系22Rv1和PC3,通过qRT-PCR和Western blot检测CKS2的表达水平;通过RNA干扰技术敲低CKS2表达水平后,进行CCK-8、EdU、Transwell实验和划痕实验。结果:前列腺癌组织的免疫组化染色的H-score评分的中位数为117,而癌旁组织评分的中位数为75,CKS2在前列腺癌组织中的表达水平显著高于癌旁组织(P=0.043)。前列腺癌细胞系中的CKS2在mRNA水平和蛋白水平均高于正常前列腺细胞系(P<0.01)。通过RNA干扰技术敲低前列腺癌细胞系中CKS2表达水平后,前列腺癌细胞的增殖能力和迁移能力显著减弱(P<0.05)。结论:CKS2在前列腺癌组织中的表达水平显著升高,并且具有促进前列腺癌细胞增殖和迁移作用,可能成为前列腺癌的潜在生物标记物和治疗靶点。第三部分 MicroRNA-26a下调CKS2抑制前列腺癌的增殖和迁移目的:探讨microRNA-26a及其靶基因CKS2对前列腺癌细胞系增殖和迁移能力的影响。方法:通过生物信息学方法、双荧光素酶报告基因实验预测并验证CKS2是microRNA-26a的靶基因。用qRT-PCR方法检测microRNA-26a在前列腺癌细胞系和人正常前列腺细胞系中的表达水平。采用CCK-8、克隆形成实验、Transwell实验和划痕实验观察转染microRNA-26a模拟剂后对前列腺癌细胞系22Rv1和PC3增殖、迁移能力的影响。结果:生物信息学方法预测CKS2是microRNA-26a的潜在靶点。通过双荧光素酶报告基因实验确定CKS2是microRNA-26a的下游靶基因。MicroRNA-26a在前列腺癌细胞系中表达水平明显低于正常前列腺细胞系(P<0.001)。转染microRNA-26a模拟剂后,CKS2在mRNA和蛋白表达水平皆明显降低(P<0.01)。转染microRNA-26a模拟剂后能显著抑制前列腺癌的增殖、迁移能力(P<0.05)。共转染microRNA-26a和CKS2后发现,CKS2能够消除microRNA-26a对前列腺癌细胞增殖、迁移的抑制作用。结论:CKS2是microRNA-26a的潜在靶点,在前列腺癌细胞系中microRNA-26a的表达水平显著降低。MicroRNA-26a可以靶向作用于CKS2,从而抑制前列腺癌的增殖、迁移能力。

关键词：前列腺癌周期蛋白依赖性激酶亚基基因表达综合数据库癌症基因组图谱前列腺癌周期蛋白依赖性激酶亚基增殖迁移前列腺癌周期蛋白依赖性激酶亚基 microRNA-26a 双荧光素酶报告基因

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

转录因子RUNX1激活OPN促进头颈恶性肿瘤进展及耐药的机制研究

转录因子RUNX1激活OPN促进头颈恶性肿瘤进展及耐药的机制研究

引用

作者：刘凯东南大学

学位级别：博士

第一部分头颈恶性肿瘤差异表达基因的鉴定和生物信息学分析背景:头颈部鳞状细胞癌(head and neck squamous cell carcinoma,HNSCC)是世界范围内第六大癌症,每年新增约55万人。由于这类癌症位于上气消化道的关键部位,其治疗方法对患者的... 详细信息

第一部分头颈恶性肿瘤差异表达基因的鉴定和生物信息学分析背景:头颈部鳞状细胞癌(head and neck squamous cell carcinoma,HNSCC)是世界范围内第六大癌症,每年新增约55万人。由于这类癌症位于上气消化道的关键部位,其治疗方法对患者的生活质量有很大影响。在过去的几十年里,5年总生存率仍然保持在40%-60%左右。此癌症治疗的障碍包括疾病的不断进展及耐药。这是由癌细胞固有的异质性造成的。因此,鉴定HNSCC癌变进展和耐药的候选基因受到了广泛关注。目的:鉴定HNSCC癌变进展和耐药的候选基因,并生物信息学分析候选基因的功能及通路信息。方法:本研究从基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库中下载了芯片数据。鉴定差异表达基因,并对其进行功能富集分析。通过Cytoscape软件构建蛋白-蛋白相互作用网络(protein‐protein interaction,PPI),并挑选出核心基因,再次进行功能富集分析。在癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)中验证核心基因在HNSCC中的表达。结果:从GEO数据库(GSE58911,GSE107591)中鉴定出316个差异表达基因,其主要生物学过程分别为细胞外基质组织、细胞粘附、胶原分解代谢、胶原原纤维组织和表皮发育。主要细胞成分包括细胞外间隙、细胞外泌体、细胞外区、细胞外基质和蛋白质细胞外基质。主要分子功能包括细胞外基质结构组成、肝素结合、胶原结合、金属肽酶活性和丝氨酸型肽酶活性。通路分析显示,差异基因主要参与细胞外基质受体相互作用、阿米巴病、黏附灶和药物代谢细胞色素P450。蛋白互作网路中获得了一个由13个核心基因组成的显著模块。这些核心基因中分泌磷酸蛋白1(Secreted phosphoprotein 1,SPP1)表现出较高节点度且在HNSCC肿瘤组织中显著过表达。结论:本研究中发现的差异表达基因和核心基因有助于我们了解HNSCC不断进展及耐药的分子机制,为HNSCC的诊断和治疗提供候选靶点。第二部分OPN(SPP1)通过KRAS/MEK通路影响头颈鳞癌恶性进展及介导西妥昔单抗耐药的机制研究背景:目前得知癌症治疗过程中的获得性耐药主要归因于相关基因的改变。西妥昔单抗(Cetuximab,CTX)是首个批准用于HNSCC的免疫治疗药物。CTX克服了HNSCC的免疫抑制环境,增加了对癌症治疗的临床反应。然而,临床反应显示众多患者在治疗过程中出现了获得性耐药。因此,临床迫切需要确定在HNSCC中对CTX敏感性的分子决定因素以及CTX的耐药机制。SPP1又称骨桥蛋白(Osteopontin,OPN),是一种多功能分泌酸性糖蛋白,由SPP1基因编码,参与多种生理和病理生理过程,包括免疫反应和癌症进展。然而,SPP1在HNSCC中的异常表达调控机制尚不清楚,是否与肿瘤耐药相关仍需进一步阐明。目的:研究SPP1基因在HNSCC中的表达及作用,并探究CTX的耐药机制。方法:本研究通过采用实时定量PCR和Western blot技术等检测HNSCC组织和细胞中SPP1的表达。建立了稳定的SPP1在细胞系中的过表达和下调。采用细胞计数Kit-8、transwell实验和流式细胞术研究SPP1在恶性表型中及在CTX耐药中的作用。采用裸鼠异种移植模型,验证SPP1和MEK通路抑制剂的作用。结果:SPP1在HNSCC组织中表达上调,在Fa Du和SCC-9细胞中表达上调。过表达SPP1可促进细胞增殖、迁移和侵袭,抑制细胞凋亡,而沉默SPP1则相反。机制研究表明,KRAS/MEK通路的激活参与了SPP1诱导的HNSCC恶性进展和CTX的耐药性。此外,下调SPP1或使用MEK抑制剂可以克服CTX的这种耐药模式。结论:本研究中发现SPP1通过KRAS/MEK通路影响HNSCC的恶性表型和CTX的耐药,这可能是HNSCC的一种新的潜在治疗靶点。第三部分转录因子RUNX1激活OPN促进头颈鳞癌恶性进展的机制研究背景:癌症转移进展仍然是HNSCC的主要负担,并与当前治疗的最终耐药性有关。值得注意的是,复杂的分子转录程序和下游信号通路参与了HNSCC从癌前病变发展到侵袭、转移和治疗耐药的过程。Runt相关转录因子1(Runt-related transcription factor 1,RUNX1),又称急性髓系白血病蛋白1(acute myeloid leukemia 1 protein,AML1),是RUNX转录因子家族的成员,是参与基本细胞和发育过程、干细胞生物学和肿瘤发生的重要主转录因子。尽管对RUNX1在不同癌症中的作用已有很多报道,但在头颈鳞癌中,其调控与肿瘤进展、侵袭和转移密切相关的基因(例如OPN)的机

关键词：头颈部鳞状细胞癌基因表达综合数据库差异表达基因核心基因癌症基因组图谱头颈部鳞癌 SPP1 KRAS/MEK 恶性进展西妥昔单抗耐药头颈部鳞癌 RUNX1 OPN MAPK 转移

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

抑制性受体FcγRIIB在肝细胞癌中的表达

引用

昆明理工大学学报（自然科学版） 2022年第5期47卷 153-159,171页

作者：秦娣杨雪秦学林南京体育学院运动健康学院江苏南京210014 江苏省运动与健康工程协同创新中心江苏南京210014 南京传奇生物科技有限公司江苏南京211100

研究了抑制性受体FcγRIIB在肝细胞癌(HCC)中的表达,为探讨肝脏炎癌转化的调控机制提供理论基础.利用肿瘤基因组图谱(TCGA)、基因表达综合数据库(GEO)和肿瘤数据库(Oncomine)分析肝癌中FcγRIIBmRNA的表达,采用实时定量PCR(qRT-PCR)验... 详细信息

研究了抑制性受体FcγRIIB在肝细胞癌(HCC)中的表达,为探讨肝脏炎癌转化的调控机制提供理论基础.利用肿瘤基因组图谱(TCGA)、基因表达综合数据库(GEO)和肿瘤数据库(Oncomine)分析肝癌中FcγRIIBmRNA的表达,采用实时定量PCR(qRT-PCR)验证FcγRIIB在临床HCC患者肿瘤样本中的表达,通过单次注射N-亚硝基二乙胺(DEN)诱导小鼠HCC并检测FcγRIIB的表达.生物信息学分析显示FcγRIIB在HCC中低表达;qRT-PCR结果显示,临床HCC患者肿瘤样本和DEN诱导小鼠肝癌模型中FcγRIIB的表达均降低.生物信息学、临床样本和小鼠模型三方面得出一致结论,即FcγRIIB在HCC中低表达,提示FcγRIIB可能成为肝癌诊断或预后新的生物标志物,并在肝脏炎癌转化中发挥重要作用.

关键词：肝细胞癌 FcγRIIB 炎症肿瘤基因组图谱基因表达综合数据库肿瘤数据库

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

建议与咨询留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

时间限定

文献类型

馆藏选择

核心期刊

语言

文献类型

帮助

文字说明：

检索规则说明：

检索范例：

分类表

所选分类

限定检索结果

文献类型

馆藏范围

日期分布

学科分类号

主题

机构

作者

语言

请选择保存的检索档案：

请选择收藏分类：

通借通还

建议与咨询 留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

时间限定

文献类型

馆藏选择

核心期刊

语言

文献类型

帮助

文字说明：

检索规则说明：

检索范例：

分类表

所选分类

限定检索结果

文献类型

馆藏范围

日期分布

学科分类号

主题

机构

作者

语言

请选择保存的检索档案： 新增检索档案 确定 取消

请选择收藏分类： 新增自定义分类 确定 取消

通借通还

建议与咨询留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

请选择保存的检索档案：

请选择收藏分类：